Tek Açıklıklı Tarihi Taş Köprülerde Form Değişikliğinin Köprünün Sismik Davranışına Etkisinin Değerlendirilmesi: Niksar Yılanlı (Leylekli) Köprü Örneği

Bu çalışmada zaman içerisinde geometrik form değişikliklerine maruz kalmış tarihi Yılanlı (Leylekli) köprüsünün deprem performansı değerlendirilmiştir. Çalışmada, köprünün özgün formu ve değişime uğramış formu 3D katı model olarak ANSYS sonlu elemanlar yazılımı kullanılarak modellenmiştir. Her iki yapı için statik ve zaman tanım alanında analizler gerçekleştirilerek, gerilme ve deformasyonlar irdelenmiştir.  Mimari ve estetik açıdan hiçbir şekilde olumlu karşılanmayacak olan köprü formunun değiştirilmesinin, yapının deprem performansını olumlu yönde etkilediği analiz sonuçlarından anlaşılmaktadır. Gerek statik analizden gerekse dinamik analizden elde edilen veriler asimetrik köprü modelinin daha az zorlandığını ortaya koymaktadır. Bu durumun, zaten çok rijit olan köprü yapısının form değişikliğinin yapı rijitliğinde ilave artışa sebep olmasından kaynaklandığı söylenebilir

Novel 1,3,4-Thiadiazole Derivatives as Antibiofilm, Antimicrobial, Efflux Pump Inhibiting Agents and Their ADMET Characterizations

In this study, 1,3,4-thiadiazole derivatives were obtained from the reaction of benzophenone-4,4'-dicarboxylic acid and N-substitute-thiosemicarbazide compounds with each other. After the synthesis of the final products, some biological properties of these compounds such as antibiofilm, antimicrobial and efflux pump inhibiting efficiencies were evaluated. According to the MBC/MFC test, all the activities were found to be bacteriostatic, also, especially the biofilm inhibition activity of C1 against K. pneumoniae is noteworthy. In addition, C4 was observed to exhibit efflux pump inhibition activity in E. coli, whereas C2 and C3 in K. pneumoniae. The absorption and emission values of the molecules were obtained and electrochemical studies were performed. In addition; absorption, metabolism, distribution, excretion and toxicity (ADMET) scores were predicted using the pharmacokinetic properties of all 1,3,4-thiadiazole compounds. Finally, the electrochemical stabilities of the synthesized molecules have been analyzed by using cyclic voltammetry in 0.1 M TBAPF6 in DMSO as a supporting electrolyte

Free energy calculation of ion and ligand binding to membrane proteins

Membran proteinleri, iyon kanalları, taşıyıcılar ve reseptörler, biyolojik olarak önemli proteinler arasındadır. Zira onlar hücrelerin çevreleri ile iletişimine izin verir. Dolayısıyla membran proteinleri hemen hemen bütün ilaçlara hedef durumundadır. Deneysel ve hesaplamalı bilimlerde son yıllarda ortaya çıkan gelişmeler membran proteinlerine olan ilgiyi daha da artırmıştır. Bu alanda mihenk taşı olan gelişme elbette membran proteinlerinin kristal yapısının elde edilmesi olmuştur. İlk olarak bakteriyel KcsA potasyum kanalının kristal yapısı elde edilmiş ve arkasından memelilere ait potasyum kanallarının kristal yapıları bulunmuştur. Yaklaşık bir on yıl sonra Glütamin Taşıyıcısının (GltPhT) kristal yapısı elde edilmiştir. Deneysel gelişmelere son olarak eklenen çalışma Na+ kanalının kristal yapısıdır (NavAb). Deneysel gelişmelere benzer, daha hızlı gelişmeler bilgisayar teknolojilerinde de görülmektedir. Paralel hesaplama algoritmalarının donanım teknolojilerindeki gelişmeleri izlemesi, moleküler modelleme ve simülasyon metotlarının benzer gelişmeler göstermesi membran proteinlerinde yapılan hesaplamalı çalışmaları yoğunlaştırmıştır. Bu çalışmada membran proteinlerine örnek teşkil eden lösin (Leu) aminoasit taşıyıcısının ve NavAb iyon kanalının moleküler dinamik modellemesi yapılmıştır. Leu taşıyıcısında iyon bağlanma mekanizması serbest enerji metotları kullanılarak çalışılmıştır. Deneysel çalışmada verilen Na2 bağlanma pozisyonunun en derin potansiyelle, Na1 pozisyonunun ikinci derin ve Leu aminoasitinin en sığ potansiyelle bağlandığı gösterilmiştir. Açık bir Leu taşıyıcısına giren bir Na+ iyonu ilk olarak Na2 bağlanma pozisyonunu dolduracak, arkasından ikinci Na+ iyonu Na1 bağlanma pozisyonunu dolduracak ve en son olarak ta Leu aminoasiti bağlanacaktır. Deneysel çalışmalarda kapalı yapı bulunduğundan sadece iyon/substrat bağlanma süreci incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmını NavAb iyon kanalının moleküler dinamik modellemesi oluşturmuştur. Voltaj kapılı bakteriyel Nav kanalının kristal yapısı Payandeh tarafından 2011 yılında elde edildi. Voltaj kapılı sodyum kanalları aksiyon potansiyelini başlatması nedeniyle çok önemlidir. Bu kanalda yapı fonksiyon ilişkisinin anlaşılması için moleküler dinamik modelleme çalışması yapılmıştır. Serbest enerji metotları kullanılarak iyon bağlanmasının enerjisi çalışılmış, Na+ iyonu için filtre içinde bağlanma pozisyonları ve bağlanma enerjileri elde edilmiştir. Deneysel verilerden Nav kanalının Cav kanalına benzer olduğu bilinmekte ve Nav kanalında Ca++ iyonu geçtiği gözlenmektedir. Bu çalışmada ayrıca Ca++ iyonunun Nav kanalında geçmesini anlamak için kanal filtresi boyunca Ca++ iyonu için PMF yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda Ca++ iyonunun Na+ iyonu ile karşılaştırıldığında daha yüksek bir bağlanma afinitesine sahip olduğu gözlenmiştir. Bunlardan yola çıkarak kanalda bir Ca++ iyonu varken Na+ iyonunun kanal filtresinden geçişinin serbest enerji hesapları çalışılmış, Ca++ iyonunun kanalı tıkadığı gözlenmiştir.Membrane proteins, such as ion channels, transporters and receptors are biologically among the most important proteins because they allow the cells to communicate with their environments; they are the targets of most, and perhaps all, pharmaceuticals. Recent developments emerging in experimental and computational sciences in recent years increased the interest in membrane proteins significantly. Milestone of the development of this area, of course, has been to obtain the crystal structure of membrane proteins. Firstly crystal structure of a bacterial KcsA potassium channel was obtained and then the crystal structures of mammalian potassium channels were found. Nearly a decade later, the crystal structure of glutamate transporter (GltPhT) was obtained. The latest developments in the experimental study are obtaining of the crystal structure of Na channel (NavAb). Similar to experimental progress or even more rapid advances are seen in computer technologies. Developments of parallel computing algorithms in molecular modeling and simulation methods, following the hardware technologies, intensified the computational studies of membrane proteins. In this study, molecular dynamics simulations of NavAb ion channel and leucine (Leu) transporter, which are examples of membrane proteins, were performed. Ion binding mechanism in the leucine transporters was studied by using free energy methods. In the experimental study it was shown that Na2 binding site is found the deepest potential energy, and secondly deep potential energy is found in the Na1 binding site and the shallowest potential energy is found for the amino acid of Leu. Na ions entering into an open Leu transporter is going to occupy firstly the Na2 binding site and secondly the Na1 binding site and finally Leu is going to bind. Since closed structure exists, in experimental studies only ion/ligand binding process was investigated. The second part of the study is molecular dynamics modeling of the NavAb ion channel. The crystal structure of the voltage-gated bacterial Nav channel was obtained in 2011 by Payandeh et al. Voltage-gated sodium channels is very important due to the onset of action potentials. Molecular dynamics modeling has been conducted to understand the structure-function relationship for this channel. Using free energy methods, energetics of ion binding is studied and the binding energies and positions were obtained for Na+ ions in the filter. It has been known from the experimental data that Nav and Cav channels are similar and Ca++ ions are permiating in the Nav channels. A potential of mean force calculation is performed for Ca++ ion through the channel axis of the Nav. As a result of this study we observed Ca++ ions have a higher binding affinity than that Na+. Based on these findings, we studied the transport of Na+ ion through the filter of the channel when there is Ca++ ion in it was studied with potential of mean force and it was observed that Ca++ ion blocks the channel

CALCIUM DYNAMICS

Bu çalışmada sinir hücrelerinde sinaptik iletimin nasıl oluştuğu ve sinaptik iletimde kalsiyum iyonlarının N-metil D-aspartat (NMDA) kanalları boyunca nasıl iletildiği incelendi. Markov Modeli kullanılarak sinir hücresine kalsiyum giriş çıkışının matematiksel eşitlikleri çalışıldı. Yeni çözümler bilinen sonuçlarla karşılaştırıldı.In this study it has been examined that synaptic transmission generated in the neuron and transmission of calcium ions through the N-methyl D-aspartate (NMDA) channels in synaptic transmission. Mathematical equations of calcium entrance and exit have been studied by using Markov Model. Finally, the new solutions have been compared with know results

Modelling the strengthening of top coverings of historical structures with steel material by finite elements method

Tarihi yapıların restorasyonunda genellikle tarihi yapı malzemesiyle uyumlu geleneksel malzeme kullanılmaktadır. Ancak geleneksel malzemenin elde edilemediği veya bazı yapısal sorunlar nedeniyle geleneksel malzemeyle restorasyonun yapılamadığı durumlar söz konusu olabilir. Bu durumda, çağdaş malzemeler tarihi yapıların restorasyonunda kullanılabilmektedir. Bu amaçla bu tez çalışmasında hasar görmüş prototip tonoz modelleri üretilmiş; üzerinde farklı hasar durumlarına göre üç farklı çelik konstrüksiyon ile sağlamlaştırma önerisi hazırlanmıştır. Bu öneriler, SAP2000 programında sonlu elemanlar yöntemiyle modellenerek analiz edilmiştir. Analizlerin değerlendirme sonuçları doğrultusunda üst yapıda benzer sorunu olan bir tarihi yapının (Tokat Deveci Hanı) yapısal modelleri üretilmiş ve çelik ile üst örtü sağlamlaştırma önerileri hazırlanmış ve analiz edilmiştir. Bu analiz sonucunda, yapısal davranış ve malzeme gerilmeleri açısından, örnek yapının çelikle sağlamlaştırılmasında geleneksel malzemeye göre daha olumlu sonuçlar elde edilmiştir.Conventional materials compatible with historical construction materials are usually used for restoration of historical structures. However, in some cases the conventional materials cannot be obtained, or the structure cannot be restored by conventional materials due to some structural problems. In this case, modern materials may be used in the restoration of historical structures. For this purpose, damaged prototype vault models were produced in this thesis, and three different strengthening proposals were prepared for these models according to various damage situations by using steel structure. These proposals were analyzed and evaluated in SAP2000 program by modeling with finite elements method. Structural models of a historical structure (Tokat Deveci Hanı) with the similar problem on the top covering were produced in accordance with the assessment results of the analysis, and strengthening proposals of the top covering by steel were prepared and analyzed. As a result of this analysis, more favorable results were obtained in strengthening the sample structure by steel rather than a conventional material in terms of structural behavior and material stresses

Tarihi Yapılarda Üst Örtülerin Çelik Malzeme ile Tamamlanmasının Yapısal Açıdan İncelenmesi

Bu çalışmada tarihi Tokat Deveci Hanı’nın hasar görmüş tonozu için geleneksel malzeme dışında çelik konstrüksiyon ile sağlamlaştırma önerisi hazırlanmıştır. Yapı sonlu elemanlar yöntemiyle SAP2000 programı kullanılarak modellenerek statik ve dinamik açıdan yapısal analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizlerde literatürde verilen malzeme özellikleri ve deprem yönetmeliğinin ilgili formülleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar deformasyon ve gerilme haritaları üzerinden tartışılmıştır. Bu veriler ışığında hasarlı tonozlu yada benzer konstrüksiyona sahip yapılar için geçici yada kalıcı olarak çelikle sağlamlaştırma-tamamlama uygulamalarının mevcut yapının sismik performansına olumlu yönde etkisinin olduğu görülmüştür

Some molecular properties and reaction mechanism of synthesized isatin thiosemicarbazone and its zinc(II) and nickel(II) complexes

The aim of this study is to 1H-Indole-2,3-dione 3-[N-(4-fluorophenyl)-thiosemicarbazone and its&nbsp;zinc(II) and nickel(II) complexes. The structures of the synthesized compounds were confirmed by&nbsp;spectral data and elemental analysis. They were optimized by B3LYP theory with different basis&nbsp;sets. The optimized structures were compared with the experimental values. TD-DFT calculationson electronic absorption spectra in gas phase and DMSO were performed to determine the&nbsp;electronic transitions of the compounds. The Frontier Molecular Orbital analysis were also done inorder to identify the charge transfer interaction that takes place between the molecular orbitals.&nbsp;Reaction mechanism of 1H-indole-2,3-dione-3-(N-4-fluorophenyl&nbsp;thiosemicarbazone) molecules&nbsp;were also studied.</p

Investigating the addition of enzymes in gluten-free flours - the effect on pasting and textural properties

A wide range of enzymes (fungal amylase, esterase, hemicellulase, glucose oxidase and transglutaminase) were added to gluten-free flours (buckwheat, corn and rice) at different concentrations (0, 1, 3, 5,10 g/100 kg flour) to investigate the effects on pasting properties of flour and texture profiles of the flour gels. Concerning the pasting properties, fungal amylase enzyme consistently affected the flour properties. Breakdown of complex starch molecules into simpler sugars due to the enzyme activity decreased the overall viscosity parameters (at least trough viscosity by 50%, breakdown viscosity by 80%, final viscosity by 60% and setback viscosity by 67%) during the application of heating, shearing and cooling cycle. Increasing enzyme concentration decreased these values further due to increase in the rate of hydrolysis. Texture profiles of the flour gels showed good relation with pasting properties. Decreasing viscosity of gluten-free gels by enzymes caused reduction in the firmness of the gels. The hardest gel was found as corn flour at the highest amylase enzyme concentration (10 g/100 kg flour). However, the highest springiness, resilience, cohesiveness and adhesiveness value was observed for buckwheat starch gel. (C) 2016 Published by Elsevier Ltd