Deleterious variants in TRAK1 disrupt mitochondrial movement and cause fatal encephalopathy

This is the author accepted manuscript. The final version is available from Oxford University Press via the DOI in this record.The corrigendum to this article is in ORE: http://hdl.handle.net/10871/33588Cellular distribution and dynamics of mitochondria are regulated by several motor proteins and a microtubule network. In neurons, mitochondrial trafficking is crucial because of high energy needs and calcium ion buffering along axons to synapses during neurotransmission. The trafficking kinesin proteins (TRAKs) are well characterized for their role in lysosomal and mitochondrial trafficking in cells, especially neurons. Using whole exome sequencing, we identified homozygous truncating variants in TRAK1 (NM_001042646:c.287-2A > C), in six lethal encephalopathic patients from three unrelated families. The pathogenic variant results in aberrant splicing and significantly reduced gene expression at the RNA and protein levels. In comparison with normal cells, TRAK1-deficient fibroblasts showed irregular mitochondrial distribution, altered mitochondrial motility, reduced mitochondrial membrane potential, and diminished mitochondrial respiration. This study confirms the role of TRAK1 in mitochondrial dynamics and constitutes the first report of this gene in association with a severe neurodevelopmental disorder.D.M.E. and J.K. are supported by the Office of Naval Research (ONR) Grant N000141410538. M.S. is supported by the BBSRC (BB/K006231/1), a Wellcome Trust Institutional Strategic Support Award (WT097835MF, WT105618MA), and a Marie Curie Initial Training Network (ITN) action PerFuMe (316723). M.C.V.M., J.S., H.P., C.F., T.V. and W.A.G. are supported by the NGHRI Intramural Research Program. G.R. is supported by the Kahn Family Foundation and the Israeli Centers of Excellence (I-CORE) Program (ISF grant no. 41/11)

Geometric rank of tensors and subrank of matrix multiplication

Motivated by problems in algebraic complexity theory (e.g., matrix multiplication) and extremal combinatorics (e.g., the cap set problem and the sunflower problem), we introduce the geometric rank as a new tool in the study of tensors and hypergraphs. We prove that the geometric rank is an upper bound on the subrank of tensors and the independence number of hypergraphs. We prove that the geometric rank is smaller than the slice rank of Tao, and relate geometric rank to the analytic rank of Gowers and Wolf in an asymptotic fashion. As a first application, we use geometric rank to prove a tight upper bound on the (border) subrank of the matrix multiplication tensors, matching Strassen's well-known lower bound from 1987

An improved lower bound for arithmetic regularity

The arithmetic regularity lemma due to Green [GAFA 2005] is an analogue of the famous Szemerédi regularity lemma in graph theory. It shows that for any abelian group G and any bounded function f : G → [0, 1], there exists a subgroup H ≤ G of bounded index such that, when restricted to most cosets of H, the function f is pseudorandom in the sense that all its nontrivial Fourier coefficients are small. Quantitatively, if one wishes to obtain that for 1 - ϵ fraction of the cosets, the nontrivial Fourier coefficients are bounded by ϵ, then Green shows that |G/H| is bounded by a tower of twos of height 1/ϵ3. He also gives an example showing that a tower of height Ω(log 1/ϵ) is necessary. Here, we give an improved example, showing that a tower of height Ω(1/ϵ) is necessary

A dimens?o espiritual no processo de viver envelhecendo

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:53:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 417994.pdf: 10736925 bytes, checksum: ab0a171195946960874f79dffe355973 (MD5) Previous issue date: 2009-08-21Introdu??o: O envelhecimento ? um est?gio vital e natural de todo ser humano, ocorrendo durante toda a vida. A espiritualidade ? inata ao ser humano e possui qualidades fundamentais como a bondade, benevol?ncia, respeito, compaix?o e interesse pelo outro e pode ser vivenciada atrav?s da religiosidade. Objetivo: Investigar como os indiv?duos de faixas et?rias diferentes vivenciam a espiritualidade no seu processo de envelhecimento. M?todo: Foi realizado um estudo transversal nos trinta bairros de Chapec? SC de julho a janeiro de 2009, com 2.160 pessoas nas faixas et?rias de 20 aos 39 anos, 40 aos 59 anos e acima de 60 anos. Resultados: Houve predom?nio do sexo feminino, de casados, cat?licos e 82,3% praticam sua religi?o. 28,2% participam de outras atividades religiosas, o que lhes confere gratifica??o e sentido ? sua vida. 68,5% acreditam na exist?ncia de elementos espirituais e afirmam que eles os auxiliam em diferentes situa??es. Os pesquisados oram/rezam como forma de agradecimento e o fazem em diferentes locais e de prefer?ncia deitados. Acreditam na B?blia e n?o praticam a religiosidade social. Praticam o habito de leitura de livros religiosos relacionados ? sua religi?o. 67,0% j? tiveram experi?ncia confirmando a exist?ncia de Deus e 26,0% dos pesquisados relataram que esta experi?ncia esta ligada a obten??o e melhora da sa?de em casos de doen?as graves. Para 71,5% dos pesquisados o homem ? um ser espiritual. O nascimento dos filhos foi o evento mais feliz para os pesquisados e relataram sensa??o de felicidade. A perda familiar foi o evento mais triste e marcante relatado por 58,9% dos pesquisados e o choro foi a atitude tomada frente a este evento. 32,2% dos pesquisados conversam com Deus e pedem auxilio para a supera??o das dificuldades que encontram na vida. Em rela??o ao recebimento de uma not?cia de doen?a grave, piora da sa?de ou pouco tempo de vida, 18,1% dos pesquisados afirmam que iriam aproveitar a vida intensamente. A espiritualidade ? importante na vida de 72,2% dos pesquisados. Para 31,6% dos pesquisados, a concep??o de ter sa?de consiste em n?o ter dor e aus?ncia de doen?a. 41,8% apontam que para ter sa?de ? necess?rio manter h?bitos saud?veis como alimenta??o, higiene adequada e atividades f?sicas. 31,3% dos pesquisados apontam que a religi?o ou a sua cren?a fortalece e auxilia na supera??o dos problemas independente de sua origem. Conclus?es: 1)Os indiv?duos de diferentes faixas et?rias vivenciam a espiritualidade no processo de viver envelhecendo de forma diferenciada, mas ela ? apontada como uma dimens?o importante e presente na vida de cada um. 2)Observa-se que indiv?duos de 40 a 59 anos se reconhecem mais espiritualizados do que os de 60 a 69 anos. Ap?s esta idade verifica-se que o processo de envelhecer traz uma maior signific?ncia a dimens?o espiritual, al?m disso, os mais idosos tendem a dar uma maior import?ncia a esta dimens?o do que indiv?duos mais jovens. A espiritualidade para os mais idosos proporciona seguran?a nos momentos de inseguran?a de const?ncia na fragilidade do envelhecimento. 3)As pr?ticas espirituais mais evidenciadas foram: rezar em qualquer lugar, freq?entar atividades religiosas (missas, cultos), atividades em prol da comunidade, e a realiza??o de leituras relacionadas com a sua religi?o. 4)A exist?ncia de elementos espirituais ? aceitos em todas as faixas et?rias pesquisadas, e observou-se que quanto maior a faixa et?ria a cren?a na exist?ncia de elementos espirituais ? mais s?lida. 5)A maioria dos pesquisados pertencem ? religi?o cat?lica, entretanto mesmo em outras religi?es observa-se a pratica religiosa. 6) Observou-se que os pesquisados informam participar de outras atividades religiosas em prol da comunidade tais como: pastor, ministros, catequizador, grupos de ora??o, palestrantes e organizador de campanhas solid?rias. Referem-se a estas atividades como gratificantes e que lhes proporciona sentido a vida. S?o exercidas pelos pesquisados em diferentes atividades e obedecem a sua condi??o f?sica e disponibilidade de tempo. 7) Evidenciou-se que a pr?tica religiosa mais comum entre todas as faixas et?rias ? a ora??o/reza para o enfrentamento das situa??es de tristeza e alegria, independente do local e posi??o, sendo que a mais praticada ? orar/rezar na posi??o deitada. 8) As maiorias dos entrevistados rezam para agradecimento e fortalecimento pessoal. Pode-se observar que para os idosos a ora??o/reza ? uma forma de remiss?o dos pecados e um pedido para a melhoria da sa?de, ? significativamente diferente das outras faixas et?rias. 9) Em rela??o aos objetos de f? e de cren?a, a leitura da B?blia ? o elemento mais significativo, seguido da cren?a em santos que ocorre em maior propor??o nos adultos jovens e adultos. 10) Apartir dos resultados sugere-se que a pr?tica da espiritualidade/religiosidade intimamente relacionada ao processo sa?de/doen?a influenciando positivamente para a melhoria e aquisi??o de h?bitos saud?veis, fortalecendo e auxiliando na supera??o dos problemas. 11) Observou-se diferen?as significativas entre os indiv?duos de diferentes faixas et?rias com rela??o ? espiritualidade no processo de viver envelhecendo, sendo que se pode evidenciar que o idoso torna mais valorizada a espiritualidade