Human evolution in Siberia: from frozen bodies to ancient DNA

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The Yakuts contrast strikingly with other populations from Siberia due to their cattle- and horse-breeding economy as well as their Turkic language. On the basis of ethnological and linguistic criteria as well as population genetic studies, it has been assumed that they originated from South Siberian populations. However, many questions regarding the origins of this intriguing population still need to be clarified (e.g. the precise origin of paternal lineages and the admixture rate with indigenous populations). This study attempts to better understand the origins of the Yakuts by performing genetic analyses on 58 mummified frozen bodies dated from the 15^thto the 19^thcentury, excavated from Yakutia (Eastern Siberia).</p> <p>Results</p> <p>High quality data were obtained for the autosomal STRs, Y-chromosomal STRs and SNPs and mtDNA due to exceptional sample preservation. A comparison with the same markers on seven museum specimens excavated 3 to 15 years ago showed significant differences in DNA quantity and quality. Direct access to ancient genetic data from these molecular markers combined with the archaeological evidence, demographical studies and comparisons with 166 contemporary individuals from the same location as the frozen bodies helped us to clarify the microevolution of this intriguing population.</p> <p>Conclusion</p> <p>We were able to trace the origins of the male lineages to a small group of horse-riders from the Cis-Baïkal area. Furthermore, mtDNA data showed that intermarriages between the first settlers with Evenks women led to the establishment of genetic characteristics during the 15^thcentury that are still observed today.</p

Predicting haplogroups using a versatile machine learning program (PredYMaLe) on a new mutationally balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex): Unlocking the full potential of the human STR mutation rate spectrum to estimate forensic parameters

We developed a new mutationally well-balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex) together with a machine learning (ML) program PredYMaLe to assess the impact of STR mutability on haplogourp prediction, while respecting forensic community criteria (high DC/HD). We designed CombYplex around two sub-panels M1 and M2 characterized by average and high-mutation STR panels. Using these two sub-panels, we tested how our program PredYmale reacts to mutability when considering basal branches and, moving down, terminal branches. We tested first the discrimination capacity of CombYplex on 996 human samples using various forensic and statistical parameters and showed that its resolution is sufficient to separate haplogroup classes. In parallel, PredYMaLe was designed and used to test whether a ML approach can predict haplogroup classes from Y-STR profiles. Applied to our kit, SVM and Random Forest classifiers perform very well (average 97 %), better than Neural Network (average 91 %) and Bayesian methods (< 90 %)

Résultats préliminaires et perspectives des études anthropo-génétiques dans la vallée du Vicdessos

National audienc

Envol vers d'autres horizons

Virginie Stevens est chercheuse à la Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale. Ses recherches s'appuient sur différents modèles biologiques : oiseaux mais aussi amphibiens, reptiles et surtout papillons. Grâce au métatron présent à Moulis en Ariège, elle peut mener ses recherches non seulement en milieu naturel mais aussi en milieu contrôlé. Cette double approche s'avère un atout important pour analyser et modéliser un phénomène aussi complexe que la dispersion, sujet majeur de ses reche..

La tête dans les étoiles!

Indice N°3 : revisiter l'espace grâce au 3D.... This visualisation of the three-dimensional structure of the Pillars of Creation within the star formation region Messier 16 (also called the Eagle Nebula) is based on new observations of the object using the MUSE instrument on ESO’s Very Large Telescope in Chile. The pillars actually consist of several distinct pieces on either side of the star cluster NGC 6611. In this illustration, the relative distance between the pillars along the line of ..

HTME 2015 se prépare!!

Homme, tu m'étonnes! version 2015 se prépare. Un indice pour le thème de cette année ? Retrouvez nous très bientôt sur ce carnet ou dès à présent sur twitter #HTME2015 où la veille a commencé

Quand le duo se fait trio! Échanges avec V. Servais

Bonne nouvelle, le carnet évolue et et ouvre HTME au-delà des frontières. C'est avec plaisir que nous avons pu échanger cette année avec notre collègue Belge, Véronique Servais.. Retour sur cet échange ! Suite à la brève sur l'article de V. Servais, nous nous sommes aventurés à l'informer et prendre contact. Belle surprise à la clé !! Non seulement le retour fut positif mais riche d'échanges ! Deux articles ont constitué le socle de ces échanges (ref. ci-après) L'anthropobiologiste que je sui..

les Billets de Fleur!

Fleur, jeune journaliste de talent, accompagne le service de communication dans ses différentes missions. C'est avec plaisir que Fleur nous accompagnera à la rencontre des chercheurs participants à la journée HTME 2016. Sous sa plume, c'est une autre façon de découvrir la science et de vivre les dessous de HTME. A découvrir donc de septembre à octobre ce nouveau format : "les billets de Fleur"

Patrimoine Mathématique : Retour d'impressions d'A. Chéritat

Alors même que le programme 2015 de « Homme, tu m'étonnes !» se finalise plusieurs actualités sont en lien avec sa thématique « Patrimoine/Science et Numérique ». Ainsi, la journée du 19 septembre au Muséum de Toulouse intitulée « patrimoine du XXI°s : la numérisation 3D » sera l'occasion de s’immerger dans la thématique, de s'émerveiller mais aussi d'initier et partager nos réflexions avant la journée HTME du 24 Novembre. A l'occasion des journées européennes du patrimoine 2015, d'autres ani..

Echanges au cours de la campagne d'inventaire PATSTEC : un billet d'Anne Claire Jolivet

Le billet d'Anne Claire Jolivet vient nous illustrer une des visions du patrimoine scientifique par le monde de la recherche. Il nous fait par également des réflexions qui accompagnent les usages du numérique dans les démarches de sauvegarde et patrimonialisation.Ce billet vient comme un prélude à ce qui sera le sujet de la table ronde de la journée HTME 2015. Le billet d'Anne Claire Jolivet : A la recherche des sciences récemment disparues … " Échanges au cours de la campagne d’inventaire da..