Caracterización parcial fenotípica y del 16S rDNA de bacterias promotoras para el desarrollo vegetal

Los microorganismos de suelo guardan una relación estrecha con las plantas, en particular las bacterias pueden auxiliar de manera simbiótica o no. El estudio de las bacterias promotoras en el crecimiento vegetal es limitado por lo que este trabajo pretende contribuir en el conocimiento de algunas característica fenotípicas y genotípicas de cepas bacterianas para el desarrollo vegetal. Se solicitaron dos cepas bacterianas crioconservadas de la Colección de Cultivos Bacterianos de FES-Iztacala UNAM para su análisis. Se realizó activación de las cepas, análisis fenotípico; morfología colonial, tinción de Gram, caracterización bioquímica: Oxidación¬Fermentación, Catalasa, Oxidasa e Indol, amplificación y secuenciación de la región 16S rDNA para analisis de BLAST en GenBank. Adicionalmente se uso como referencia DNA genómico de las cepas AAA1, SRA1 y RRJ1 caracterizadas por morfología y bioquímica previamente e identificadas como Pseudomonas sp. La cepa RH8530 fue identificada como Rhizobium tropici por pruebas tradicionales y similitud de 80% con Sinorhizobium meliloti. El análisis molecular determinó en dos DNA genomico de las cepas de referencia inconsistencia en su caracterización.The soil microorganisms are closely related to the plants, in particular the bacteria can help in a symbiotic manner or not. The study ofthe promoter bacteria in plant growth is limited so this work aims to contribute to the knowledge of sorne phenotypic and genotypic characteristics of bacterial strains for plant development. Two cryopreserved bacterial strains were requested from the Bacterial Culture Collection of FES¬lztacala UNAM for analysis. Activation of the strains was performed, phenotypic analysis; Colonial morphology, Gram stain, biochemical characterization: Oxidation-Fermentation, Catalase, Oxidase and Indole, amplification and sequencing ofthe 16S rDNA region for BLAST analysis in GenBank. Additionally, DNA genomic of strains AAA1, SRA1 and RRJ1 characterized by morphology and biochemistry previously identified as Pseudomonas sp. Strain RH8530 was identified as Rhizobium tropici by traditional tests and similarity and 80% with Sinorhizobium meliloti. The molecular analysis determined in two DNA genomic strains of reference inconsistency in its characterization

Compuestos derivados del 2-aminobenzimidazol y 2-aminobenzotiazol contra Candida albicans

La candidiasis es una infección común en la piel, cavidad oral, esófago, tracto gastrointestinal, vagina y sistema vascular en el hombre. Aunque las infecciones se producen en pacientes inmunocomprometidos o debilitados. Los microorganismos responsables son diversas especies de Candida, reportándose resistencia a distintos antimicrobianos. Con el objetivo de encontrar nuevos agentes terapéuticos se sintetizaron una serie de compuestos derivados del 2-aminobenzimidazol y 2-aminobenzotiazol que se sabe presentan actividades antibacterianas y antimicóticas. La actividad antimicótica se determinó con un bioensayo in vitro, usando la técnica de difusión en agar, se analizaron 39 cepas aisladas de vaginitis y se determinó la concentración mínima inhibitoria (CMI) utilizando el método estandarizado por el CLSI (Clinical Laboratory Standard Institute). De las 39 cepas de Candida albicans aisladas, el 54% presentó sensibilidad al compuesto 1, el 74% de las cepas presentó sensibilidad al compuesto 2 y 5% de las cepas de estudio presentaron sensibilidad al compuesto 5. El compuesto 2 presentó mayor número de cepas sensibles que para el medicamento usado como control, el itraconazol, donde el 67% de las cepas de Candida fueron sensibles al medicamento.Candidiasis is a common infection in the skin, oral cavity, esophagus, gastrointestinal tract, vagina and vascular system in humans. Although most infections occur in immunocompromised or debilitated patients. Responsible microorganisms are several Candida species reporting resistance to antimicrobial agents, so a series of compounds derived from 2-aminobenzimidazole and 2-aminobenzothiazole were synthesized which know to have antibacterial and antifungal activities. Antymicotic activity was determined by performing an in vitro bioassay using diffusion technique in agar, 39 strains isolated from vaginitis were analyzed and the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined using the standardized method CLSI (Clinical Laboratory Standard Institute). Of the 39 Candida albicans strains isolated, 54% presented sensitivity to compound 1, 74% of the strains had sensitivity to compound 2 and 5% of the strains of study showed sensitivity to compound 5. Compound 2 had the highest number of Sensitive strains than for the drug used as a control, itraconazole, where 67% of Candida strains were sensitive to the drug

Efecto de ciclos hidratación-deshidratación durante la germinación en semillas del género ferocactus

El proceso de germinación para la planta es una etapa arriesgada durante su ciclo de vida, en especial para aquellas pertenecientes a zonas áridas como ocurre con las cactáceas, que pasan por períodos discontinuos de hidratación, por lo que, la memoria de hidratación es un proceso vital y una adaptación natural para estas plantas. En el presente trabajo se utilizaron las semillas de E. grusonii, F. clausen, F. peninsulae, F. pilosus, F. recurvus; de las cuales únicamente la última de estas evidenció dicho fenómeno al expresar curvas de germinación similares a F. peninsulae, planta que en el 2014 fue confirmada la presencia de este proceso; la temperatura, además del agua, fue un factor de restricción en los ensayos, al someter a las especies a distintas temperaturas que afectaron en mayor medida la germinación conforme esta disminuyó.The germination process for the plant is a risky stage during its life cycle, especially for those belonging to arid areas such as cacti, which go through discontinuous periods of hydration, so hydration memory is a process vital and a natural adaptation for these plants. In the present work the seeds of E. grusonii, F. clausen, F. peninsulae, F. pilosus, F. recurvus were used; of which only the last of these evidenced this phenomenon by expressing germination curves similar to F. peninsulae, a plant that in 2014 was confirmed the presence of this process; temperature, in addition to water, was a restriction factor in the tests, by subjecting the species to different temperatures that affected germination to a greater extent as it decreased

Nanopartículas de plata de Punica granatum cultivada en San Lucas, Atotonilco el Grande, Hidalgo

Las nanopartículas de plata se han utilizado recientemente en diferentes campos de investigación tales como medicina, ingeniería y microbiología. En este trabajo se obtuvieron nanopartículas de plata (AgNPs) vía síntesis verde, utilizando como agente reductor el jugo de la granada roja (Punica granatum) y como agente precursor nitrato de plata (AgNO3) 10mM. Evaluamos la capacidad inhibitoria de las nanopartículas (GpAgNO3Ps) síntetizadas, en dos bacterias fitopatógenas. El arreglo experimental fue de 5 tratamientos con 5 repeticiones. La presencia de nanopartículas se determinó mediante el cambio de color y su caracterización con espectroscopia ultravioleta visible (UV-vis). La formación de nanopartículas de los arilos de P. granatum (GpAgNO3) se evidenció por el cambio de color y punto máximo de absorbancia a los 300 nm. Los resultados arrojaron que las GpAgNPs inhibieron el crecimiento de Xhantomonas campestri y de una cepa bacteriana aislada de Punica granatum.Silver nanoparticles have been used recently in different fields of investigation, such as medicine, engineering, microbiology, etc. In this work, the silver nanoparticles (AgNPs) were obtained via green synthesis, using red pomegranate juice (Punica granatum) as a reductive agent and silver nitrate (AgNO3) 10mM as a precursor agent. We evaluated the inhibitory capacity of the synthesized nanoparticles (GpAgNO3Ps), applying the nanoparticles to two phytopathogenic bacteria. The experimental arrangement was of 5 treatments with 5 repetitions. The presence of nanoparticles was determined through change of color and its caracterization with visible ultraviolet spectroscopy (UV-vis). The formation of nanoparticles of the arils of P. granatum (GpAgNO3) was evidenced by the change of color and maximum absorbency point at 300 nm. The results showed that GpAgNPs inhibited the growth of Xhantomonas campestri and one isolated bacterial strain of Punica granatum

Estandarización de RT-PCR durante la expresión diferencial de genes en el proceso de hidratacióndeshidratación de Ferocactus peninsulae y Ferocactus recurvus

El objetivo del presente estudio fue estandarizar la técnica de RT-PCR para la expresión diferencial de genes durante la germinación de F. peninsulae y F. recurvus con tiempos de hidratación-deshidratación. Se empleó cDNA obtenido previamente a distintos tiempos de germinación con un tratamiento de hidratación y deshidratación. Previo a la estandarización, se diseñaron los iniciadores a utilizar por medio del programa primer3 para posteriormente evaluar su calidad junto con la del cDNA, la RT-PCR se llevó a cabo con kits comerciales. Se amplificaron regiones de los genes CASP, ULP, SEEP, LEAP, FEER, TRXH, junto con ACTINA para cactáceas como testigo. Los resultados de la RT-PCR determinaron en relación a la expresión de actina y la técnica fue capaz de reconocer diferencias de expresión entre cada tiempo, gen y especie.The objective of this study was to standardize the RT-PCR technique for differential gene expression during germination of F. peninsulae and F. recurvus with hydrationdehydration times. CDNA previously obtained at different germination times was used with a hydration and dehydration treatment. Prior to standardization, the first ones to be used were designed through the primerr program to subsequently evaluate their quality along with that of the cDNA. The RT-PCR was carried out with commercial kits. Regions of the CASP, ULP, SEEP, LEAP, FEER, TRXH genes were amplified, along with ACTINA for cacti as control. The results of the RT-PCR were determined in relation to actin expression and the technique was able to recognize differences in expression among each time, gene and species

Percepción de los estudiantes de nuevo ingreso a la carrera de Biología acerca de un laboratorio de ciencias

La desigualdad educativa en México incluyendo el nivel bachillerato, dificulta la enseñanza del método científico y el trabajo del laboratorio como parte del conocimiento en el área de ciencias. El objetivo del trabajo es indagar sobre el conocimiento referente a un laboratorio, previo al ingreso a la carrera de Biología. Se aplicó un cuestionario a 241 estudiantes para indagar: las palabras relacionadas a un laboratorio de ciencias; sobre equipos e instrumentos de laboratorio identificados auditivamente o utilizados; el reconocimiento visual de equipos e instrumentos para su identificación y referir su función; las expectativas de aprendizaje. Los resultados indican que los estudiantes de nuevo ingreso en su mayoría escriben a lo sumo tres palabras relacionadas con este campo, se destacan: experimento, batas e investigación. Se establecieron diez categorías, la principal es insumos de laboratorio. La expectativa de aprendizaje primordial corresponde a la adquisición de habilidades para el laboratorio y el aprendizaje del método científico. Se requiere incrementar las actividades de uso de los equipos especializados como herramienta para generar respuestas, fortalecer los conceptos teóricos y el desarrollo del método científico.Educational inequality in Mexico, including high school, makes it difficult to teach the scientific method and work in the laboratory as part of knowledge in the area of science. The objective of the work is to inquire about the knowledge related to a laboratory, prior to entering the Biology degree. A question naire was applied to 241 students to inquire: the words related to a science laboratory; on laboratory equipment and instruments identified auditory or used; visual recognition of equipment and instruments for identification and refer their function; Learning expectations The results indicate that new students mostly write at most three words related to this field, they stand out: experiment, gowns and research. Ten categories were established, the main one is laboratory supplies. The expectation of primary learning corresponds to the acquisition of skills for the laboratory and the learning of the scientific method. It is necessary to increase the activities of using specialized equipment as a tool to generate responses, strengthen theoretical concepts and the development of the scientific method

Diversidad y estructura genética de Quercus crassifolia en sitios de manejo forestal y uso local en Sierra Juárez, Oaxaca

Oaks play an important ecological, social and economic role; however, few studies evaluate the effect of human activities on population genetics of species in genus Quercus. The objective of this work was to evaluate the effect of forest management and local use on genetic diversity of Quercus crassifolia. Eight nuclear microsatellites were used for 12 populations, covering six forest sites that had been managed and six sites of local use. The results indicate that the species has an average moderate genetic diversity (H e = 0.764 ± 0.014), without signifitive differences between, sites with local use and forest management. We found a low genetic structure among population (F ST = 0.025 ± 0.047 y R ST = 0.157 ± 0.135), due to a moderate gene flow (N e m = 6.7), which is responsible for the absence of loci under directional selection. The excessive extraction of individuals affects the population viability and regeneration of the species, which in the future may have a negative effect on the genetic diversity and the processes of genetic differentiation among populations. This study provides essential information that will be useful for decision-making in conservation activities and management plans for Q. crassifolia in Sierra Juárez, Oaxaca.Los encinos desempeñan un importante papel ecológico, social y económico, no obstante, son escasos los estudios que evalúan el efecto de las actividades humanas sobre las poblaciones de especies del género Quercus. El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética en poblaciones en sitios con aprovechamiento de leña para uso local y sitios de manejo forestal de Quercus crassifolia en Sierra Juárez, Oaxaca, para brindar información básica para la conservación y manejo de la especie. Se emplearon ocho microsatélites nucleares en 12 poblaciones (seis de aprovechamiento para uso local y seis sometidas a manejo forestal). Los resultados obtenidos indican que la especie presenta en promedio una moderada diversidad genética (H e = 0.764 ± 0.014), sin diferencias significativa entre los sitios con uso local y manejo. Se encontró una baja diferenciación genética entre poblaciones (F ST = 0.025 ± 0.047 y R ST = 0.157 ± 0.135) debido a un flujo génico moderado (N e m = 6.7) que favorece la ausencia de loci bajo selección direccional. El aprovechamiento excesivo de individuos afecta la retención y regeneración de la especie, que a futuro puede incidir negativamente en la variación genética y en los procesos de diferenciación entre poblaciones. Este estudio aporta información esencial que será útil para la toma de decisiones en actividades de conservación y planes de manejo para Q. crassifolia en Sierra Juárez, Oaxaca

Manejo forestal y diversidad genética de Pinus patula Schiede ex Schltdl, & Cham, en Sierra Juárez, Oaxaca

This work focuses on the genetic study of Pinus patula Schiede ex Schltdl. & Cham., the most important species in the forest sector of the Sierra Juarez in Oaxaca, in order to evaluate the effect of forest management on genetic diversity of reforested sites and natural regeneration. It also seeks to determine whether the intensive logging of the mid-twentieth century genetically impoverished the species. Three microsatellites were used for six sites, covering three forest areas that had been managed for one, five and eighteen years, and three areas of natural regeneration. The resulting allelic richness (A° = 59 and Ae = 16) and genetic diversity (He = 0,802) was high, and there were no significant differences in genetic diversity between managed and natural regeneration sites. However, there was a lack of genetic structure (Fst = 0,056) at sites with moderate gene flow (Ne m = 4,19). Furthermore, UPGMA cluster analysis suggested that the genesis of individual trees in the managed sites were taken from one site on Capulálpam de Méndez. In conclusion P. patula has not been genetically impoverished by present or past forest management and has characteristics in its life story that promote genetic diversity and high rates of inbreeding. Also, the great abundance of in-bred individuals in the sites are actually a dampening factor on allelic loss. However, an inadequate selection of parent trees and a low effective number of in-bred individuals can affect the stability of allelic frequency, and lead to considerable allelic loss in the future.Este trabajo se enfoca en el estudio genético de Pinus patula Schiede ex Schltdl. & Cham, la especie más importante en el ramo forestal en Sierra Juárez, Oaxaca, con la finalidad de evaluar el efecto del manejo forestal en la diversidad genética en sitios reforestados y de regeneración natural. Asimismo, busca determinar si la intensa explotación forestal de la mitad del siglo XX depauperó genéticamente a la especie en estudio. Se emplearon tres microsatélites, para seis sitios, tres bajo manejo forestal de uno, cinco y 18 años y tres con regeneración natural. Los resultados obtenidos de riqueza alélica (A° = 59 y Ae = 16) y diversidad genética (He = 0,802) fueron altos, y no existen diferencias significativas en la diversidad genética entre sitios manejados y de regeneración natural. Por otro lado, se encontró una estructuración genética intermedia según los criterios de Wright (Fst = 0,056) entre los sitios. El análisis de agrupamiento de UPGMA sugiere que la procedencia de individuos de los sitios manejados fue de un solo sitio, Capulálpam de Méndez. En conclusión P. patula no ha sido depauperado genéticamente por manejo forestal presente o pasado y tiene características en su historia de vida que promueven la diversidad genética como altas tasas de entrecruzamiento. Asimismo, la alta abundancia de individuos en los sitios actúa como factor amortiguador en la pérdida alélica. Sin embargo, una inadecuada selección de árboles padre y un bajo número efectivo de individuos pueden afectar las frecuencias alélicas estables y llevar a una pérdida alélica considerable en el futuro

Caracterización de un nuevo geminivirus asociado con los síntomas de moteado amarillo de la okra (Abelmoschus esculentus) en México

En 2000 y 2001, en campos de producción de okra (Abelmoschus esculentus (L.) Moench) en los Estados de Guerrero y Morelos, se observó una enfermedad que causa un rayado amarillo y distorsión severa del fruto, moteado y mosaico amarillo brillante, distorsión y reducción del tamaño de hojas. En algunas ocasiones y en pocas plantas de okra con síntomas, se logró identificar variantes de los virus AMV, TBSV, INSV y a un potyvirus desconocido, por transmisión mecánica en plantas indicadoras y diferenciales, así como por ensayos serológicos ELISA. Sin embargo, ninguno de ellos causó síntomas visibles en plantas de okra sanas en pruebas de transmisión mecánica, sugiriendo que estos virus de ARN no son responsables de la sintomatología observada en campo. El injerto de plantas de okra enfermas a plantas sanas, causó síntomas de rayado en fruto y moteado foliar, confirmando la presencia de un agente patogénico no transmisible de manera mecánica pero sí por injerto. El injerto de segmentos de plantas de Datura stramonium y Capsicum annuum previamente inoculadas por biobalística, utilizando ADN total procedente de plantas de okra enfermas, causó rayado y moteado amarillo en plantas de okra sanas sugiriendo la presencia de un virus de ADN. El análisis de hibridación tipo Dot blot, usando una sonda general (gen de la proteína de la cápside del Pepper huasteco virus) y el ensayo de PCR (utilizando oligonucleótidos degenerados para amplificar el gen de la proteína de la cápside), confirmaron la presencia de un geminivirus en todas las plantas de okra con los síntomas de moteado amarillo procedentes de campo y de las injertadas en el invernadero. Un fragmento de ADN viral de 632 bp, obtenido de los ensayos de la PCR, fue clonado y secuenciado (Número de acceso AF349113). El análisis de la secuencia sugiere que este virus es un nuevo begomovirus que muestra relaciones filogenéticas con el Squash leaf curl virus y el Sida golden mosaic virus. Se sugiere el nombre de Okra yellow mottle virus (OYMV) para este patógeno

Descripción molecular de hongos macromicetos del género Amanita de Villa del Carbón, México, empleando la región LSU rDNA

Los hongos son un grupo de organismos altamente diverso que cumplen funciones primordiales en los bosques templados. Se caracterizaron morfológica y etnobiológicamente 27 cuerpos fructíferos de hongos del género Amanita, colectados en Villa del Carbón, México. Se registraron 7 especies distintas; a partir de encuestas semiestructuradas se obtuvieron 15 nombres vernáculos. Se caracterizó también molecularmente a este grupo de hongos, utilizando la región LSU del rDNA; finalmente se utilizaron distintos métodos bioinformáticos y filogenéticos.Fungi are a highly diverse group of organisms, which account for primary functions on the temperate forests. 27 fruiting bodies of Amanita, collected around Villa del Carbón, México, were morphological, ethnobiological and molecularly characterized. 7 different species were listed and 15 traditional names were recorded through semi structured surveys. They were also molecularly characterized using the LSU region of the rDNA using specialized software and phylogenetic methods