Oaks play an important ecological, social and economic role; however, few studies evaluate the effect of human activities on population genetics of species in genus Quercus. The objective of this work was to evaluate the effect of forest management and local use on genetic diversity of Quercus crassifolia. Eight nuclear microsatellites were used for 12 populations, covering six forest sites that had been managed and six sites of local use. The results indicate that the species has an average moderate genetic diversity (H e = 0.764 ± 0.014), without signifitive differences between, sites with local use and forest management. We found a low genetic structure among population (F ST = 0.025 ± 0.047 y R ST = 0.157 ± 0.135), due to a moderate gene flow (N e m = 6.7), which is responsible for the absence of loci under directional selection. The excessive extraction of individuals affects the population viability and regeneration of the species, which in the future may have a negative effect on the genetic diversity and the processes of genetic differentiation among populations. This study provides essential information that will be useful for decision-making in conservation activities and management plans for Q. crassifolia in Sierra Juárez, Oaxaca.Los encinos desempeñan un importante papel ecológico, social y económico, no obstante, son escasos los estudios que evalúan el efecto de las actividades humanas sobre las poblaciones de especies del género Quercus. El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética en poblaciones en sitios con aprovechamiento de leña para uso local y sitios de manejo forestal de Quercus crassifolia en Sierra Juárez, Oaxaca, para brindar información básica para la conservación y manejo de la especie. Se emplearon ocho microsatélites nucleares en 12 poblaciones (seis de aprovechamiento para uso local y seis sometidas a manejo forestal). Los resultados obtenidos indican que la especie presenta en promedio una moderada diversidad genética (H e = 0.764 ± 0.014), sin diferencias significativa entre los sitios con uso local y manejo. Se encontró una baja diferenciación genética entre poblaciones (F ST = 0.025 ± 0.047 y R ST = 0.157 ± 0.135) debido a un flujo génico moderado (N e m = 6.7) que favorece la ausencia de loci bajo selección direccional. El aprovechamiento excesivo de individuos afecta la retención y regeneración de la especie, que a futuro puede incidir negativamente en la variación genética y en los procesos de diferenciación entre poblaciones. Este estudio aporta información esencial que será útil para la toma de decisiones en actividades de conservación y planes de manejo para Q. crassifolia en Sierra Juárez, Oaxaca