Mapa de ligamiento del gen Endotelina-1 en el cromosoma 2 del pollo

El objetivo de este estudio fue asignar por mapa ligamiento el gen Endotelina-1 (END1) al cromosoma 2 del pollo (GGA2). Los microsatélites MCW0314, MCW0245, ADL0164, MCW0264 y el diseño de cebadores fueron usados para la amplificación de secuencias específicas de END1. La técnica PCR-SSCP y el uso de geles denaturantes permitió la tipificación de los genotipos. Para la construcción del mapa se usaron los genotipos identificados en una población de 200 pollos Cobb500 utilizando el programa Mapmaker® version 3.0b. El resultado es un mapa del GGA2 donde END1 está ligado a los microsatélites reportados en un locus de un carácter cuantitativo (QTL) para susceptibilidad de los pollos de engorde a desarrollar el síndrome de hipertensión pulmonar

Asociación de polimorfismos de nucleótido simple de los genes endotelina 1, óxido nítrico sintasa endotelial y factor inducible por hipoxia 1α, con síndrome de hipertensión pulmonar en pollos de engorde

El objetivo de este trabajo fue asociar polimorfismos de nucleótido simple (SNP) de los genes candidatos Endotelina 1 (ET-1), Óxido Nítrico Sintasa Endotelial (eNOS) y Factor Inducido por Hipoxia 1 Alfa (HIF1α), con el síndrome de hipertensión pulmonar (SHP) en una población comercial de pollos de engorde sometida a hipoxia crónica y mapear el gen eNOS. Para los cuales se amplificaron in vitro microsatélites y segmentos intrónicos de los genes candidatos. Se emplearon geles de poliacrilamida denaturantes y nodenaturantes para visualizar los alelos. Los genotipos homocigotos y heterocigotos fueron secuenciados y analizados para identificar la naturaleza de los cambios. Para establecer asociación se usó el software Lamp-0.09 y para construir el mapa de ligamiento se empleo el programa MAPMAKER 3.0. Los resultados fueron ubicación del gen eNOS sobre brazo largo del cromosoma 2 (GGA2q) y asociación de SNP en los genes eNOS y HIF1α con la susceptibilidad a desarrollar el síndrome de hipertensión pulmonar en grandes alturas. Se concluye que la susceptibilidad de los pollos de engorde está asociada con fallas en la regulación de la transcripción del gen eNOS y pos-transcripción del genHIF1α, debidas a polimorfismos hallados en elementos de regulación cis y transactivación que interfieren con los niveles de expresión de los genes relacionados, además de estimar la ubicación cromosómica del gen eNOS por ligamiento genético con el gen ET-1 y 4 microsatélites al GGA2q, que lo enmarca dentro de una región cromosómica asociada con el SHP. / Abstract. The aim of this study was associated to the single nucleotide polymorphisms (SNPs) in candidate genes Endothelin 1 (ET-1), endothelial nitric oxide synthase(eNOS) and hypoxia-inducible factor 1 alpha (HIF1α), with pulmonary hypertension syndrome (PHS) in commercial population of broiler chickens subjected to chronic hypoxia and eNOS gene mapping. The microsatellites and introns segments of candidate genes were amplified in vitro. Non-denaturantes and denaturantes Polyacrylamide gels have been used for allelic reading. Homozygous and heterozygous genotypes were sequenced and analyzed to identify the nature’s change. To establish this association we used Lamp-0.09 software and MAPMAKER 3.0. software to build the linkage map. The results were the location of the eNOS gene over chromosome 2 long arm (GGA2q). The eNOS gene SNPs and HIF1α gene SPNs were associated with susceptibility to develop PHS at high altitudes. We conclude that susceptibility of broiler chickens to PHS is associated with failures in eNOS gene transcription regulation and even to failures with post-transcription HIF1α, due to polymorphisms found in regulatory elements- cis and activation- trans, cause interferences with the expression levels of the related genes. In addition to estimate the chromosomal location of the eNOS gene by genetic linkage with the gene ET-1 and 4 microsatellites to GGA2q, which lay within a HPS associated chromosomal region.Maestrí

Síndrome de hipertensión pulmonar ¿un origen genético en pollos de engorde?

At least 83 % of non-synonimous polymorphisms which are of the simple nucleotide type have been identified in high performance commercial birds, such as Broiler, Layer and Silkie. This has allowed the collection of information about the variation rate in the nucleotide sequence in the chicken genome. The abovementioned variation occurs at 5 x 10-3 intervals in the nucleotide chain. It is important to look for associations among those variations, related to key phenotype characters, such as disease resistance or susceptibility. An example is the pulmonary arterial hypertension in meat-type broilers, a syndrome which accounts for nearly 30 % of mortality. A step toward the identification of these associations has been implemented by using both molecular technologies and statistical models that allow the generation of quick results useful in the implementation of breeding and selection programs. The present document describes both, the methodology for sequencing the domestic chicken genome and the polymorphism identification within candidate genes of susceptible broiler chickens prone to develop hypoxic pulmonary hypertension. Current implications to increase the knowledge about native species genome related to the use of molecular genetics are also discussed.La identificación de por lo menos el 83 % de polimorfismos de nucleótido simple de tipo no sinónimo en líneas comerciales de alto rendimiento como el pollo para asadero, ponedoras y gallinas de plumaje sedoso, proporcionan información acerca de la tasa de variación en la secuencia de nucleótidos del genoma del pollo, la cual ocurre cada 5 x 10-3 nucleótidos. Es importante encontrar asociaciones entre dichas variantes con características fenotípicas de interés como la susceptibilidad o la resistencia a enfermedades y tal es el caso de la hipertensión arterial pulmonar, síndrome ampliamente reconocido en pollos de engorde, que ocasiona hasta un 30 % de la mortalidad en líneas comerciales de rápido crecimiento. Un paso hacia la identificación de estas asociaciones es el empleo tanto de herramientas moleculares como de modelos estadísticos que permitan obtener en corto tiempo los resultados necesarios para iniciar un plan adecuado de selección y mejoramiento. El presente documento describe la metodología de secuenciación del genoma del pollo doméstico, el uso de técnicas de identificación de polimorfismos de genes candidatos en pollos comerciales susceptibles al Síndrome de Hipertensión Pulmonar y las implicaciones actuales generadas por la implementación de técnicas de genética molecular en busca de un mayor conocimiento del genoma de las especies domésticas nativas

Síndrome de hipertensión pulmonar ¿un origen genético en pollos de engorde?

Titulo en ingles: Pulmonary hypertension syndrome ¿does it have a genetic origin in broiler chickens?RESUMEN:  La identificación de por lo menos el 83 % de polimorfismos de nucleótido simple de tipo no sinónimo en líneas comerciales de alto rendimiento como el pollo para asadero, ponedoras y gallinas de plumaje sedoso, proporcionan información acerca de la tasa de variación en la secuencia de nucleótidos del genoma del pollo, la cual ocurre cada 5 x 10-3 nucleótidos. Es importante encontrar asociaciones entre dichas variantes con características fenotípicas de interés como la susceptibilidad o la resistencia a enfermedades y tal es el caso de la hipertensión arterial pulmonar, síndrome ampliamente reconocido en pollos de engorde, que ocasiona hasta un 30 % de la mortalidad en líneas comerciales de rápido crecimiento. Un paso hacia la identificación de estas asociaciones es el empleo tanto de herramientas moleculares como de modelos estadísticos que permitan obtener en corto tiempo los resultados necesarios para iniciar un plan adecuado de selección y mejoramientoEl presente documento describe la metodología de secuenciación del genoma del pollo doméstico, el uso de técnicas de identificación de polimorfismos de genes candidatos en pollos comerciales susceptibles al Síndrome de Hipertensión Pulmonar y las implicaciones actuales generadas por la implementación de técnicas de genética molecular en busca de un mayor conocimiento del genoma de las especies domésticas nativasPalabras clave: marcadores genéticos, SNPs, whole-genome shotgun, Gallus gallus, epidemiología genética, regresión logísticaABSTRACT:  At least 83 % of non-synonimous polymorphisms which are of the simple nucleotide type have been identified in high performance commercial birds, such as Broiler, Layer and Silkie. This has allowed the collection of information about the variation rate in the nucleotide sequence in the chicken genome. The abovementioned variation occurs at 5 x 10-3 intervals in the nucleotide chain. It is important to look for associations among those variations, related to key phenotype characters, such as disease resistance or susceptibility. An example is the pulmonary arterial hypertension in meat-type broilers, a syndrome which accounts for nearly 30 % of mortalityA step toward the identification of these associations has been implemented by using both molecular technolo- gies and statistical models that allow the generation of quick results useful in the implementation of breeding and selection programsThe present document describes both, the methodology for sequencing the domestic chicken genome and the polymorphism identification within candidate genes of susceptible broiler chickens prone to develop hypoxic pulmonary hypertension. Current implications to increase the knowledge about native species genome related to the use of molecular genetics are also discussedKey Words: genetic markers, SNPs, whole-genome shotgun, Gallus gallus, genetic epidemiology, logistic regressionTitulo en ingles: Pulmonary hypertension syndrome ¿does it have a genetic origin in broiler chickens?RESUMEN:  La identificación de por lo menos el 83 % de polimorfismos de nucleótido simple de tipo no sinónimo en líneas comerciales de alto rendimiento como el pollo para asadero, ponedoras y gallinas de plumaje sedoso, proporcionan información acerca de la tasa de variación en la secuencia de nucleótidos del genoma del pollo, la cual ocurre cada 5 x 10-3 nucleótidos. Es importante encontrar asociaciones entre dichas variantes con características fenotípicas de interés como la susceptibilidad o la resistencia a enfermedades y tal es el caso de la hipertensión arterial pulmonar, síndrome ampliamente reconocido en pollos de engorde, que ocasiona hasta un 30 % de la mortalidad en líneas comerciales de rápido crecimiento. Un paso hacia la identificación de estas asociaciones es el empleo tanto de herramientas moleculares como de modelos estadísticos que permitan obtener en corto tiempo los resultados necesarios para iniciar un plan adecuado de selección y mejoramientoEl presente documento describe la metodología de secuenciación del genoma del pollo doméstico, el uso de técnicas de identificación de polimorfismos de genes candidatos en pollos comerciales susceptibles al Síndrome de Hipertensión Pulmonar y las implicaciones actuales generadas por la implementación de técnicas de genética molecular en busca de un mayor conocimiento del genoma de las especies domésticas nativasPalabras clave: marcadores genéticos, SNPs, whole-genome shotgun, Gallus gallus, epidemiología genética, regresión logísticaABSTRACT:  At least 83 % of non-synonimous polymorphisms which are of the simple nucleotide type have been identified in high performance commercial birds, such as Broiler, Layer and Silkie. This has allowed the collection of information about the variation rate in the nucleotide sequence in the chicken genome. The abovementioned variation occurs at 5 x 10-3 intervals in the nucleotide chain. It is important to look for associations among those variations, related to key phenotype characters, such as disease resistance or susceptibility. An example is the pulmonary arterial hypertension in meat-type broilers, a syndrome which accounts for nearly 30 % of mortalityA step toward the identification of these associations has been implemented by using both molecular technolo- gies and statistical models that allow the generation of quick results useful in the implementation of breeding and selection programsThe present document describes both, the methodology for sequencing the domestic chicken genome and the polymorphism identification within candidate genes of susceptible broiler chickens prone to develop hypoxic pulmonary hypertension. Current implications to increase the knowledge about native species genome related to the use of molecular genetics are also discussedKey Words: genetic markers, SNPs, whole-genome shotgun, Gallus gallus, genetic epidemiology, logistic regressio