Genetic dissection of antigen presentation pathways

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Ciências Morfológicas), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2010.Effective immune responses against tumor antigens that are not endogenously expressed by dendritic cells (DCs) and against virus that do not infect antigen presenting cells (APCs) require extracellular antigens to stimulate CD8+ T cells via the MHC I pathway through a process known as cross-presentation. The molecular mechanisms that direct endocytosed antigens from the classical MHC II-restricted presentation pathway to the MHC I pathway are for the most part not understood. We have completed a screen for genes with a role in this process using a subset of an shRNA lentiviral library enriched for mouse kinases and phosphatases. In this screen we measured the proliferation of CD8+ T (OT-I) cells in response to the stimulation of bone marrow derived DCs (BMDCs) by OVA-expressing S. cerevisiae. After testing over 1000 genes in duplicate and two rounds of phenotypic validation, we have chosen ~80 genes that reproducibly caused increased (more than 1.5 SDEV) or reduced (less than 1.2 SDEV) rates of CD8+ T proliferation. We also tested these 80 genes in a similar assay but using B3Z as the responder cell line. We have found that 15 genes caused a significant change in the levels of IL-2 production. Because IL-2 production by this cell line requires presentation of the SIINFEKL peptide by MHC I but it is co-stimulator independent, it is likely that this group of genes regulates presentation while the other group regulates co-stimulator induction. We performed qPCR validation of the knockdowns and additional secondary screens on this group of 80 genes so that we could identify those that are specifically required for cross-presentation. Among these we validated 1 novel gene that seems to be predominatly involved in cross-presentation, which is a good candidate for follow-up mechanistic studies. Interestingly, it is neither a kinase nor a phosphatase. Therefore, my results suggest that the overwhelming majority of kinases and phosphatases involved in antigen presentation play a role in both canonical and antigen cross-presntation pathways. In the hope to find genes that specifically regulate antigen cross-presentation, I decided to expand our search to include most known genes with a role in vesicle traffic within the cell. In this second phase of our screen we measured the proliferation of CD8+ T (OT-I) cells in response to the stimulation of BMDCs after incubation with soluble OVA. After testing 155 genes, we have chosen 44 genes that reproducibly caused increased (more than 1.0 SDEV) or reduced (less than -0.7 SDEV) rates of CD8+ T proliferation to be tested in the MHC class II pathway. We found 12 genes that caused a significant change in the levels of OT-I proliferation, but had moderate or no effect on Class II antigen presentation. We performed qPCR validation of the knockdowns on this group of 12 genes and identified 8 novel genes with good correlation profiles. These are excellent candidates for future mechanistic studies and the exploration of their in vivo role in antigen cross-presentation in different biologically relevant contexts.Uma resposta imunitária eficaz contra antigénios tumorais, que não são endogenamente expressos por células dendríticas, e contra vírus que não infectem células apresentadoras de antigénios, requer a estimulação de células T CD8+ por parte de antigénios extracelulares via moléculas MHC I, num processo denominado de “apresentação cruzada de antigénios”. Os mecanismos moleculares que direccionam antigénios endocitados do processo clássico de apresentação restringido a moléculas MHC II, para a via de classe I são largamente desconhecidos. Realizámos um screen com o objectivo de identificar genes envolvidos neste processo, usando uma parcela de uma biblioteca lentiviral de shRNA enriquecida em cinases e fosfatases de ratinho. Neste screen, foi medida a proliferação de células T CD8+ (OT-I) em resposta à estimulação de células dendríticas derivadas da medula óssea após incubação com S. cerevisiae expressando ovalbumina. Após testar mais de 1000 genes em duplicado e realizando duas fases de validação fenotípica, foram escolhidos cerca de 80 genes que repetidamente causaram um aumento (mais de 1.5 SDEV) ou diminuição (menos de -1.2 SDEV) na taxa de proliferação de células T CD8+. Os referidos 80 genes foram igualmente testados num ensaio idêntico utilizando a linha celular B3Z. Foram identificados 15 genes cuja secreção de interleucina-2 (IL-2) foi significativamente diferente dos controlos. Dado que a secreção de IL-2 por esta linha celular requer a apresentação do péptido SIINFEKL associado à molécula de MHC I, mas esta é independente da expressão de moléculas co-estimuladoras, é plausível que este grupo de genes possa regular a apresentação, enquanto que os restantes tenham um papel na indução de co-estimuladores. Realizaram-se validações por qPCR dos níveis de knockdown, bem como screens secundários adicionais no grupo de 80 genes para que pudessem ser identificados os especificamente envolvidos na apresentação cruzada de antigénios. Neste grupo identificámos 1 gene que parece estar predominantemente envolvido na apresentação cruzada em antigénios, o qual é um bom candidato para estudos mecanísticos posteriores. Os resultados descritos sugerem que a maioria das cinases e fosfatases envolvidas na apresentação de antigénios desempenham um papel quer na via canónica, quer na de apresentação cruzada dos mesmos. Como tal, decidimos expandir a nossa pesquisa por forma a incluir todos os genes descritos com um papel no tráfego vesicular da célula. Nesta segunda fase, medimos a proliferação de células T CD8+ (OT-I) em resposta à estimulação de células dendríticas derivadas da medula óssea incubadas com ovalbumina solúvel. Após testar 155 genes no contexto da apresentação cruzada de antigénios, foram escolhidos 44 genes que reprodutivelmente causaram um aumento (mais de 1.0 SDEV) ou diminuição (menos de -0.7 SDEV) na taxa de proliferação de células T CD8+ para serem testados no contexto de apresentação por moléculas MHC II. Foi observado que 12 genes causam uma alteração específica nos níveis de proliferação de células OT-I e com um efeito moderado ou mesmo inexistente ao nível da apresentação em classe II. Realizaram-se validações por qPCR dos níveis de knockdown destes 12 genes e foram identificados 8 genes com bons perfis de correlação. Estes constituem excelentes candidatos para futuros estudos mecanísticos e para a investigação do seu papel in vivo na apresentação cruzada de antigénios em diferentes contextos biológicos.Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT); Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento; Fundação Calouste Gulbenkia

The role of social justice regarding the adult-use cannabis regulation : a scoping review of literature

Cannabis is the most commonly used psychoactive substance in the world. Although there is a trend towards normalizing its use, approaches towards regulating adult use vary between countries. The aim of this study was to explore the social justice implications of regulating cannabis. To achieve this goal, a Scoping Review (SR) approach was used that encompassed a set of 31 articles. Data analysis was carried out using software specialized in qualitative research, namely NVivo. The study thus sets out to: (1) describe the role of social justice in cannabis regulation by identifying the emerging themes that operationalize the social justice approach in a cannabis regulation context; (2) identify the specific effects of regulation in the context of social justice. Based on the literature, a set of themes/sub-themes was generated, such as racial criminalization and racial capitalism, which proved to be crucial to understanding the systemic inequalities still present in cannabis regulation. As a result, it was possible to identify and produce guidelines that can inform policymakers in order to enhance social justice in the context of cannabis regulation.A canábis é a substância psicoativa mais comumente usada no mundo. Embora se verifique adulto, variam entre países. Este estudo teve como objetivo explorar as implicações da justiça social na regulação da canábis. Para alcançar esse objetivo, utilizou-se uma abordagem de Scoping Review (SR) que englobou um conjunto de 31 artigos. A análise dos dados foi uma tendência de normalização do seu uso, as abordagens no sentido da regulação do uso executada por meio de um software especializado em pesquisa qualitativa, nomeadamente o NVivo. Deste modo, o estudo propõe-se a: (1) descrever o papel da justiça social na regulação da canábis através da identificação dos temas emergentes que operacionalizam a abordagem da justiça social num contexto de regulação da canábis; (2) identificar os efeitos específicos da regulação no contexto da justiça social. Com base na literatura foi gerado um conjunto de temas/subtemas como a criminalização racial e o capitalismo racial, que demonstraram ser cruciais para compreender as desigualdades sistémicas ainda presentes na regulação da mesma. Neste seguimento, foi possível identificar e produzir orientações que possam informar decisores políticos no sentido de potenciar a justiça social no contexto da regulação da canábis

A consumer-oriented mobile application for assessment of household appliances

Trabalho de projeto de mestrado, Engenharia Informática , 2023, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasBuildings and their energy-consuming equipment constitute a significant proportion of energy consumption within the European Union. In response to the need for reduced costs and environmental impact, consumers opt for high-efficiency class home appliances to satisfy energy demands. However, energy assessment and performance indicators in the European Union energy labeling regulation do not reflect the real-life utilization of appliances. To address this issue, the H2020 European project SATO aims to develop appliance energy assessments capable of expressing real-life utilization and life-cycle evolution. To offer users an intuitive platform for accessing comprehensive appliance information, this thesis involves designing, implementing, and evaluating a mobile application for Android and iOS in collaboration with Worten. This application is intended to inform users about their appliances’ real-life energy performance, regulatory energy labels, and cost estimates and facilitate fault and anomaly detection. The mobile user interface was created using the cross-platform mobile framework Flutter, with Flask as the intermediary for all interactions with the SATO platform. The development process followed a structured and iterative approach, starting with the initial requirements analysis, progressing through system and prototype design and implementation, and concluding with a thorough mobile application usability evaluation. As part of the evaluation process, users were asked to complete a questionnaire that included specific tasks within the application. Likert-scale and open-ended questions were also used to identify potential usability concerns or functionality issues. In general, the results indicate that participants found the tasks easy to complete and were generally satisfied with the time taken. They found the mobile application highly intuitive and were pleased with the diverse features available. Nonetheless, the evaluation uncovered some minor challenges that present valuable opportunities for improvement

Forever vulnerable : pledge for a former child soldier status

Child soldiers, as a prevalent phenomenon widely condemned by the international community, have been slowly becoming a policy priority in the humanitarian field. Regrettably, once this condition becomes part of their past, there is almost a loss of interest or even forgetfulness of their vulnerable condition. Driven by disbelief due to ICC’s disregard for the “former child soldier condition” of the defendant Dominic Ongwen, and the insufficient—and sometimes non-existent— international legal framework for former child soldiers, we propose a protective status for individuals who fall within the definition of former child soldiers. Eligibility for this status is based on the very own definition of former child soldiers, which, in turn, should highlight the heterogeneity of this group, whose vulnerability stems from the past gross violation of their human rights. Accordingly, the proposal of a protective status implies addressing different experiences that are directly linked to different protection needs. Yet, due to the number of issues that this status can raise, we selected the type of participation in hostilities as our guiding element. Nevertheless, the ultimate protection of a vulnerable group can only be obtained through a legal instrument, which is why we aim to set this status in a binding article. Thus, we ask ourselves: why are child soldiers deserving of international law’s protection, but not individuals whose past is tainted by the same violations of their human rights and whose future is conditioned by their past experiences?As crianças-soldado, enquanto fenómeno prevalecente e veementemente repudiado pela comunidade internacional, têm vindo a aferir-se como uma prioridade na ação política internacional em matéria de direito humanitário. Lamentavelmente, assim que esta condição passa a fazer parte do seu passado, verifica-se uma súbita indolência e até negligência perante a vulnerabilidade inerente a estes indivíduos. Motivados pelo desapreço evidenciado pelo Tribunal Penal Internacional quanto à condição de ex-criança-soldado inerente a Dominic Ongwen, bem como pela insuficiência - e por vezes, inexistência - do regime jurídico referente esta mesma condição, propomos-mos, com esta dissertação, a apresentar um estatuto protetor para os indivíduos que se aferem como ex-crianças-soldado. A elegibilidade para a obtenção deste estatuto é baseada na própria definição do conceito de ex-criança-soldado que, por sua vez, deverá evidenciar a heterogeneidade e vulnerabilidade patentes a este grupo. Destarte, a proposta do referido estatuto, implica que nos debrucemos sobre as diversas experiências destes indivíduos, estando estas diretamente ligadas a necessidades distintas de proteção. Contudo, pela multiplicidade e complexidade das questões que este estatuto pode suscitar, selecionámos a forma de participação nas hostilidades enquanto o elemento condutor do nosso estudo. Não obstante, a proteção efetiva de um grupo de pessoas vulneráveis é apenas possível de ser alcançada através de garantia jurídica. É precisamente neste sentido que nos propomos a desenvolver uma disposição jurídica vinculativa do estatuto de ex criança-soldado. Enfim, questionamo-nos: porque é que as crianças-soldado são dignas da proteção do direito internacional, mas o mesmo não se verifica quanto aos indivíduos cujos passados estão manchados pelas mesmas violações de direitos humanos e cujo futuro é condicionado pelo trauma de experiências passadas

Enhancing accessible communication: from European Portuguese to Portuguese Sign Language

Portuguese Sign Language (LGP) is the official language in deaf education in Portugal. Current approaches in developing a translation system between European Portuguese and LGP rely on hand-crafted rules. In this paper, we present a fully automatic corpora-driven rule-based machine translation system between European Portuguese and LGP glosses, and also two neural machine translation models. We also contribute with the LGP-5-Domain corpus, composed of five different text domains, built with the help of our rule-based system, and used to train the neural models. In addition, we provide a gold collection, annotated by LGP experts, that can be used for future evaluations. Compared with the only similar available translation system, PE2LGP, results are always improved with the new rule-based model, which competes for the highest scores with one of the neural models.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Linfoma não-Hodgkin e hepatite C : a propósito de um caso clínico

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2020O vírus da hepatite C (VHC) constitui um importante fator predisponente no desenvolvimento tumoral. Evidência recente aponta para uma potencial relação causal com o linfoma não-Hodgkin (LNH) de células B, principalmente em áreas de maior prevalência do VHC. Neste contexto, apresenta-se o caso clínico de um doente do sexo masculino, 61 anos de idade, etnia caucasiana, com antecedentes pessoais de hábitos toxifílicos, alcoólicos e tabágicos, com o diagnóstico de hepatite C crónica e linfoma esplénico da zona marginal, na sequência do qual é submetido a esplenectomia e a regime de quimioterapia e radioterapia adjuvantes, tendo alcançado resposta hematológica completa. O doente é reencaminhado para consulta de gastrenterologia do Hospital Santa Maria, para tratamento da hepatite C crónica e, neste sentido, administra-se o regime combinado de interferão-α peguilado (pegIFN-α) e ribavirina, suspenso ao terceiro mês de tratamento por ausência de negativação vírica conquanto posteriormente, com recurso a terapêutica combinada de sofosbuvir e ledipasvir, alcança-se a resposta virológica completa. Previamente ao início do segundo regime terapêutico, o doente é diagnosticado com adenocarcinoma pulmonar, de classificação T3N0M0, sendo submetido a regime de quimioterapia e radioterapia neoadjuvantes e resseção, em bloco, do lobo superior do pulmão direito e segmentos posteriores dos quatro primeiros arcos costais, permitindo a remissão oncológica. Neste contexto e, agora em remissão virológica, posterior recidiva com metastização cerebral, obriga a nova intervenção cirúrgica, com remoção macroscópica da lesão maligna e radioterapia adjuvante, mantendo-se clinicamente e analiticamente estável até à atualidade. Ainda pouco se conhece sobre a melhor abordagem terapêutica de doentes oncológicos com concomitante infeção vírica crónica, ainda que a infeção pelo VHC não deva constituir contraindicação ou protelar o início do tratamento oncológico urgente. Perante este caso clínico, procura-se aprofundar a possível associação entre ambas as patologias e perceber o paradigma terapêutico atual disponível para estes doentes.The hepatitis C virus (HCV) is an important risk factor in tumoral development. In recent studies, a potential causal relationship has been established between the virus and B-cell non-Hodgkin lymphoma (B-NHL), predominantly in areas of high HCV prevalence. Accordingly, I hereby present the case of a 61-year-old man, with a background of drug and alcohol abuse and smoking habits, with chronic HCV infection and B-NHL, namely, splenic marginal zone lymphoma for which the patient was treated with splenectomy and adjuvant chemotherapy and radiotherapy, having achieved a sustained hematologic response. In respect to the HCV infection, the first treatment regimen of pegylated interferon-α and ribavirin was unsuccessful, having been suspended after three months of treatment with no decrease of the viral load. However, a sustained virologic response was finally attained after receiving dual therapy with direct-acting antivirals, sofosbuvir and ledipasvir. Notwithstanding, before the start of the second treatment regimen, the patient was admitted with the diagnosis of pulmonary adenocarcinoma, classified as T3N0M0, submitted to neoadjuvant chemotherapy and radiotherapy and block resection of the pulmonary lobe and the posterior segments of the first four costal arches, allowing malignant remission. Thereafter, now cured of chronic viral infection, posterior cerebral metastization, required the patient to undergo surgical intervention, with macroscopic resection of the malignant mass and adjuvant radiotherapy. The patient remains clinically and analytically stable up to the present time. Today, evidence is scarce, and efforts are being made in order to understand what the best therapeutic approach is to oncologic patients with the simultaneous diagnosis of chronic hepatitis C and B-NHL, although HCV infection shouldn’t delay or contraindicate providing early urgent cancer treatment when necessary. In view of the clinical case, I seek to understand the potential correlation between HCV infection and B-NHL and perceive the current therapeutic tools available to these patients

Estudo de caso

Num mercado cada vez mais competitivo, torna-se imperativo implementar metodologias que permitam identificar todas as atividades que não acrescentam valor, no sentido da otimização e melhoria dos processos produtivos. A filosofia Lean permite dar resposta a estas necessidades das empresas, porque se apoia em diversas ferramentas que permitem analisar, detetar e tomar medidas que possibilitam a eliminação dos desperdícios, contribuindo para a redução dos custos e melhoria da qualidade dos produtos e serviços. O trabalho desenvolvido nesta dissertação consistiu na aplicação e desenvolvimento da metodologia SMED assim como, a aplicação das ferramentas 5S, Standardized Work, Visual Management, com o intuito de otimizar o processo de setup, diminuindo o tempo e os desperdícios em acolchoadoras de tampos de colchões, na empresa Novaqui. S.A. Através da aplicação dos conceitos e metodologia usada foi possível reduzir os tempos de setup para metade, na ordem dos 50% a 60%. Verificando-se, portanto que através da aplicação de ferramentas Lean, é possíveis melhorias significativas e eliminar desperdícios, tornando assim a empresa mais competitiva.In an increasingly competitive market, it becomes imperative to implement methodologies that allow identifying all activities that do not add value, in the sense of optimizing and improving production processes. The Lean philosophy enables companies to respond to these needs because it relies on a variety of tools to analyze, detect and take measures to eliminate waste and reduce costs and improve the quality of products and services. The work developed in this dissertation consisted of the application and development of the SMED methodology as well as the application of the 5S tools, Standardized Work, Visual Management, in order to optimize the setup process, reducing time and waste in mattress toppers, in the company Novaqui.SA. Through the application of the concepts and methodology used it was possible to reduce setup times by half, in the order of 50% to 60%. Thus, by applying Lean tools, it is possible to significantly improve and eliminate waste, thus making the company more competitive

Efeitos psicossociais da prática de Yoga

O Yoga tem sido entendido como uma atividade que promove o bem-estar dos seus praticantes. O objetivo principal desta tese é conhecer e descrever os efeitos psicossociais da prática de Yoga. Para atingir este objetivo recorreu-se a metodologias diversificadas, a saber: uma revisão teórica do estado da arte, entrevistas a professores muito experientes e opiniões de praticantes recolhidas com questionários. O primeiro estudo consta de uma revisão sistemática de literatura que procurou identificar efeitos psicossociais da prática de Yoga. Sintetizaram-seos estudos empíricos com intervenções com Yoga, com referências a efeitos psicossociais e identificando os constructos abordados. Identificaram-se os principais constructos avaliados, os resultados, as conclusões, as recomendações e as limitações dos estudos encontrados. O segundo estudo, qualitativo, complementando o primeiro, procurou conhecer os efeitos psicossociais do Yoga na opinião de professores, com muita experiência na prática, lecionação e formação de professores de Yoga. Os seguintes três estudos, de natureza descritiva, utilizaram instrumentos quantitativos, nomeadamentequestionários com questões tipo Likert, validados para a população portuguesa, que recolheram opiniões de praticantes e não praticantes de Yoga. Os constructos investigados, identificados nos estudos anteriores, foram os seguintes: atenção plena, bem-estar, felicidade, satisfação com a vida, resiliência, otimismo, autoavaliações nucleares e bem-estar espiritual. Nos estudos realizados concluiu-se que a prática de Yoga promove efeitos positivos a nível psicossocial, contribuindo para uma melhoria de diversos constructos psicossociais e, consequentemente, da qualidade de vida das pessoas que o praticam.Definiram-se implicações práticas, bem como limitações e recomendações para futuras investigações.Yoga has been understood as an activity that promotes the well-being of its practitioners. The main objective of this thesis is to know and describe the psychosocial effects of Yoga practice. To achieve this goal, we resorted to diversified methodologies, namely, a theoretical review of the state of the art, interviews with very experienced teachers and opinions of practitioners collected by questionnaires. The first consists of a systematic literature review that sought to identify psychosocial effects of Yoga practice. Empirical studies with yoga interventions were synthesized, with references to psychosocial effects and identifying the constructs addressed. The main evaluated constructs, results, conclusions, recommendations and limitations of the studies were identified. The second qualitative study, complementing the first, sought to know the psychosocial effects of Yoga in the opinion of teachers, with much experience in the practice, teaching and training of other Yoga teachers. The following three descriptive studies used quantitative instruments, namely questionnaires with Likert-type questions, validated for the Portuguese population, which gathered opinions from practitioners and non-practitioners of Yoga. The investigated constructs identified in previous studies were the following: mindfulness, well-being, happiness, life satisfaction, resilience, optimism, core self-assessments, and spiritual well-being. The studies concluded that the practice of Yoga promotes positive effects at psychosocial level, contributing to an improvement of various psychosocial constructs and, consequently, the quality of life of people who practice it. Practical implications as well as limitations and recommendations for future investigations have been defined