Generation of a Zebrafish Knock-In Model Recapitulating Childhood ETV6 : RUNX1-Positive B-Cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia

Approximately 25% of children with B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (pB-ALL) harbor the t(12;21)(p13;q22) translocation, leading to the ETV6::RUNX1 (E::R) fusion gene. This translocation occurs in utero, but the disease is much less common than the prevalence of the fusion in newborns, suggesting that secondary mutations are required for overt leukemia. The role of these secondary mutations remains unclear and may contribute to treatment resistance and disease recurrence. We developed a zebrafish model for E::R leukemia using CRISPR/Cas9 to introduce the human RUNX1 gene into zebrafish etv6 intron 5, resulting in E::R fusion gene expression controlled by the endogenous etv6 promoter. As seen by GFP fluorescence at a single-cell level, the model correctly expressed the fusion protein in the right places in zebrafish embryos. The E::R fusion expression induced an expansion of the progenitor cell pool and led to a low 2% frequency of leukemia. The introduction of targeted pax5 and cdkn2a/b gene mutations, mimicking secondary mutations, in the E::R line significantly increased the incidence in leukemia. Transcriptomics revealed that the E::R;pax5mut leukemias exclusively represented B-lineage disease. This novel E::R zebrafish model faithfully recapitulates human disease and offers a valuable tool for a more detailed analysis of disease biology in this subtype.Peer reviewe

Lapsiperheiden vahvat rahataidot (VaRa) -intervention kehittäminen ja tutkimus

Peer reviewe

Therapeutic targeting of LCK tyrosine kinase and mTOR signaling in T-cell acute lymphoblastic leukemia

Relapse and refractory T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) has a poor prognosis, and new combination therapies are sorely needed. Here, we used an ex vivo high-throughput screening platform to identify drug combinations that kill zebrafish T-ALL and then validated top drug combinations for preclinical efficacy in human disease. This work uncovered potent drug synergies between AKT/mTORC1 (mammalian target of rapamycin complex 1) inhibitors and the general tyrosine kinase inhibitor dasatinib. Importantly, these same drug combinations effectively killed a subset of relapse and dexamethasone-resistant zebrafish T-ALL. Clinical trials are currently underway using the combination of mTORC1 inhibitor temsirolimus and dasatinib in other pediatric cancer indications, leading us to prioritize this therapy for preclinical testing. This combination effectively curbed T-ALL growth in human cell lines and primary human T-ALL and was well tolerated and effective in suppressing leukemia growth in patient-derived xenografts (PDX) grown in mice. Mechanistically, dasatinib inhibited phosphorylation and activation of the lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) to blunt the T-cell receptor (TCR) signaling pathway, and when complexed with mTORC1 inhibition, induced potent T-ALL cell killing through reducing MCL-1 protein expression. In total, our work uncovered unexpected roles for the LCK kinase and its regulation of downstream TCR signaling in suppressing apoptosis and driving continued leukemia growth. Analysis of a wide array of primary human T-ALLs and PDXs grown in mice suggest that combination of temsirolimus and dasatinib treatment will be efficacious for a large fraction of human T-ALLs.Peer reviewe

Nature Summer Camp 2011 : Nuorisovaihtoleirin suunnittelu ja toteutus Rotarypiirille 1380

Vuonna 2011 Seinäjoen ammattikorkeakoulun maa- ja metsätalouden yksikön opiskelijoille annettiin tehtäväksi järjestää Rotarypiirin 1380 toimeksiantona kan-sainvälinen nuorisovaihtoleiri. Opinnäytetyön tekijät suunnittelivat ja järjestivät leiriviikon ohjelman. Rotaryt valitsivat leirille yhteensä 18 nuorta neljästätoista eri maasta EEMA- alueelta. EEMA- alue käsittää Euroopan, Turkin, Israelin, muuta-mat Afrikan maat ja Kanadan. Leiriläiset viettivät ensin viikon isäntäperheissä Etelä- Pohjanmaan alueella ja sen jälkeen heille järjestettiin leiri Ähtärin Tuomarniemellä 7.8–13.8. Leirin nimi oli Nature Summer Camp ja sen tarkoituksena oli tutustuttaa nuoret Suomen luontoon monipuolisesti. Leiri suunniteltiin ja toteutettiin Suomen Rotary ry:n ja opinnäytetyöntekijöiden yhteistyönä. Rotaryt myönsivät leirille budjetin, jonka puitteissa leirin ohjelma, majoitus, ruokailu ja kuljetukset piti toteuttaa. Ohjelmassa hyödynnettiin lähialueen matkailuyritysten palveluita ja opinnäytetyöntekijöiden omia suhteita paikallisiin yrityksiin ja ihmisiin. Leiriläiset pääsivät muun muassa melomaan, ratsastamaan, retkeilemään ja tutustumaan vanhoihin suomalaisiin perinteisiin. Leiriläisiltä kerättiin palautetta päivittäin. Lomakkeissa tiedusteltiin mielipiteitä päi-vän ohjelmasta ja käytännön järjestelyistä. Saatu palaute oli pääasiassa erittäin positiivista. Leiriläiset, opinnäytetyöntekijät ja työn tilaaja olivat leirin päättyessä erittäin tyytyväisiä leirin toteutukseen. Leirin yhtenä tavoitteena oli luoda elinikäisiä ystävyyssuhteita leiriläisten välille. Opinnäytetyöntekijät olivat positiivisesti yllättyneitä siitä, kuinka nuoret loivat leirille upean yhteenkuuluvuuden tunteen ja ryhmähengen heti alusta asti. Yhteydenpito leiriläisten välillä on jatkunut leirin jälkeen ja jokainen nuorista jäi kaipaamaan toisiaan ja erityisesti Suomea.International Rotary Youth Exchange camp was arranged by Rotarian district 1380 on 7.8-13.8.2011. The name of the camp was Nature Summer Camp and the theme of the camp was to present the versatility of the Finnish nature. The 18 youngsters came from 14 different EEMA-countries. The EEMA-countries consists of all of the European countries plus Israel, Turkey, Canada and some on the African countries. They spent their first week in different families from Ostrobothnia learning about Finnish culture and habits. The actual camp week was arranged in Tuomarniemi, Ähtäri. The Rotarians had the authority to decide on the financial matters. The authors of the camp were responsible for the planning and organising the programme. The campers had the opportunity to visit some local attractions and experience differ-ent nature activities. For example they were able to ride a horse, paddle a kayak and hike in the National Park of Seitseminen. Feedback was collected from the campers daily. The idea was to know the camp-ers opinions about the program and other arrangements. Mainly the feedback was positive and at the end of the camp week the campers, authors and the Rotarians were very pleased to the program. One of the main goals was to build lifelong friendships among the campers. The camp leaders were positively surprised how well the campers created a feeling of cohesion and team spirit in the first hours of the camp. Communication between the campers has continued after the camp especially through the social media

Nuorten lääkkeettömät ahdistuksen hallintamenetelmät

Nuorten mielenterveyden ongelmat ovat yleisiä ja ne ovat lisääntyneet viime vuosina. Ahdistuneisuushäiriöt kuuluvat nuorten yleisimpiin mielenterveyden häiriöihin. Nuorena alkaneet mielenterveyshäiriöt taas ennustavat aikuisiän mielenterveyden häiriöitä. Ahdistus voi rajoittaa nuoren sosiaalista elämää, heikentää koulunkäyntiä ja elämänlaatua sekä lisätä itsemurhariskiä. Nuori voi myös yrittää hallita ahdistustaan haitallisilla keinoilla. Tämän vuoksi apua ja hoitoa on tärkeää saada tarpeeksi aikaisin ahdistuksesta kärsivälle nuorelle. Nuoren ahdistusta voidaan hoitaa lääkkeellisillä ja ei-lääkkeellisillä keinoilla. Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää lääkkeettömiä ahdistuksen hallintakeinoja nuorille. Opinnäytetyö toteutettiin kuvailevana kirjallisuuskatsauksena. Valitulla tutkimuskysymyksellä haettiin tietoa nuorten lääkkeettömistä ahdistuksen hallintamenetelmistä. Työhön valittiin kuusi kansainvälistä tutkimusta, jotka ovat julkaistu viiden vuoden sisällä Pubmed- ja Cinahl Ultimate tietokannoista. Lääkkeettömiä ahdistuksen hallintakeinoja on erilaisia ja ne ovat yksinkertaisia, edullisia ja helposti toteuttavia. Ahdistuksen hallinnassa voidaan hyödyntää mindfulnessia, rentoutumista, musiikkipohjaisia videopelejä ja luonnossa oleskelua. Tutkimusten mukaan keinot ovat tehokkaita ahdistuksen hallintaan ja lievittämiseen niin kotiympäristössä kuin sairaalaympäristössäkin. Kirjallisuuskatsauksen perusteella voidaan todeta, että lääkkeettömiä ahdistuksen hallintakeinoja nuorille on useita, ne ovat helposti toteuttavia sekä tehokkaista ahdistuksen hoitoon

Päivittäinen työlupakäytäntö rakennustyömailla

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää kokemuksia päivittäisen työlupakäytännön käytöstä rakennustyömailla Suomessa sekä selventää, mikä päivittäinen työlupakäytäntö on ja miten se sijoittuu töiden toteutus- ja turvallisuussuunnitteluun. Päivittäisellä työlupakäytännöllä tarkoitetaan työturvallisuuden varmistamisessa käytettävää käytäntöä, jossa ennen töiden aloittamista käydään työn toteuttajan ja työn tilaajan kanssa läpi kuitattava lomake, joka sisältää esimerkiksi tietoa töiden toteuttamiseen käytettävistä resursseista, töiden sijainnista ja työn riskeistä sekä niiden hallintakeinoista. Käytäntö on laajemmin käytössä teollisuudessa. Työ tehtiin YIT Suomi Oy:lle ja tutkimuksen aineistona on käytetty YIT Suomi Oy: toteuttamia projekteja. Tutkimukseen on haastateltu henkilöitä, jotka ovat työskennelleet projekteissa, joissa on ollut käytössä päivittäinen työlupakäytäntö. Esimerkkeinä käytetyissä projekteissa tilaaja on ollut teollisuuden toimija, minkä vuoksi projekteissa on ollut tilaajaan vaatimuksena käyttää työlupakäytäntöä. Tutkimuksessa havaittiin, että päivittäiseen työlupakäytäntöön ei ole totuttu rakennustyömailla ja sen käytön vaatimaan työmäärään ei ole osattu varautua. Suurimmat hyödyt nähtiin vaativissa työvaiheissa ja isoissa projekteissa, joissa on paljon erillisiä toimijoita. Perus rakennustyöhön työlupakäytännön ei nähty tuovan juurikaan lisäarvoa. Työlupien sisältämää riskienarviointia pidettiin hyödyllisenä. Opinnäytetyöstä saa yleiskäsityksen, mikä päivittäinen työlupakäytäntö on ja miten sen käyttöön voi varautua. Jos päivittäinen työlupakäytäntö on tilaajan vaatimus rakennusprojektissa siihen kannattaa varata riittävästi työnjohdon resursseja. Päivittäisen työlupakäytännön käyttöönottoa rakennusalalla tulee harkita tarkasti ja punnita sen tuomia hyötyjä verrattuna sen vaatimiin resursseihin. Jos käytäntöä halutaan kehittää, vaatisi se lisää dataa tukemaan sen tuomia hyötyjä.The objective of this bachelor’s thesis was to collect information on the usage of work permit systems on construction sites in Finland, and to clarify what the work permit system is and how it relates to method statements and job safety analyses. The work permit system is a practice which is used daily for ensuring occupational safety. It is a form that is filled and signed by permit issuer and permit receiver before the work starts. The form states for example what is done and where, how the work is implemented, the resources for the implementation, and provides a risk analysis. The work permit system is more commonly used in the industrial field. The thesis was produced for YIT Finland Ltd. and the data was collected from YIT Finland’s construction projects. YIT’s staff members who had worked in construction projects in which the work permit system was used were interviewed for the research. In the example projects the clients were from the industrial field, and it was their requirement that the work permit systems must be used. The research suggests that the staff on construction sites is neither accustomed to using the work permit system, nor prepared for the workload the system brings. The work permit system’s advantages were considered to lie in the management of demanding work phases and on larger sites with many suppliers. In terms of basic construction work, the system was not considered to bring any extra value. The risk analysis part was found to be useful. The thesis gives general knowledge about work permit systems and helps to prepare for its use. If a client requires the use of the work permit system, it is recommended to reserve enough staff resources from the contractor for the task. The introduction of work permit systems on constructing field should be considered with care. The pros and cons should be weighed considering the resources the work permit system demands. Additional data is necessary if further development is considered

Cemetery Considerations: The Case of Nokia Viik, Finland

Finnish cairn sites are typically defined through the concepts of ‘grave’ or ‘cemetery’, their main purpose being associated with burials. However, when one examines cemetery-related contexts in Iron Age Finland, they exhibit a great deal of variation with regard to the existence of interments, how they can be identified, and how they correlate with other finds. The case study, a re-examination of Cairn 4 at Nokia Viik, excavated in 1986–1987, illustrates some of these issues. With a focus on understanding the chronology, osteology, formation, and more detailed spatial character of the cairn, it is revealed that the monument has been accumulated over several centuries and includes elements that cannot easily be explained as individual burials or even cremation remains in a collective grave context. The site’s timespan extends from the Late Roman Iron Age and the Migration Period to the Merovingian Period and the Viking Age, where especially the latter periods seem to include deposited materials not related to any actual or distinguishable funerals. One major issue addressed is how to interpret complex structures, where distinct burials are difficult to define, and human remains only occur as one component