Environment Monitoring for Pharmaceuticals Storage

katedra: MTI; přílohy: fotografie, 1 CD ROM; rozsah: 71 s., 15 s. příloh.Cílem diplomové práce bylo vytvořit HW pro sledování teploty a vlhkosti ve skladovacích prostorách s léky. Z důvodu universálnosti zařízení bylo vybráno rozhraní čidel 1-Wire (jednovodičová sériová linka). To zajišťuje libovolný výběr čidla k měření různých fyzikálních veličin podle požadavků v průmyslu (např. teplota, tlak, hmotnost, napětí, vlhkost, proud, snímaní otáček{\dots}). Výhodou těchto senzorů je snadná kalibrace, malé množství potřebných komponentů a výjimečně nízká cena technologie. Vzhledem k jednoduché adresovatelnosti senzorů je možné pomocí síťového protokolu (sběrnici 1-Wire) připojit libovolné množství čidel a tím vytvořit síť MicroLan, umožňující snadnou změnu konfigurace a značný dosah sítě. Pro ukázku bylo sestaveno a použito několik čidel teploty a vlhkosti od společnosti DALLAS Semiconductor (teploměr DS18B20 a vlhkoměr DS2438Z). Pro řízení zařízení byl vybrán procesor STR912FW44X6 od firmy STMicroelectronics s jádrem ARM966E-S. Právě tento procesor nabízí mnoho dalších rozhraní vzdálených komunikací, díky kterým mohou být data ze senzorů přenášena nejen do počítače, ale i například do mobilního telefonu nebo PDA pomocí technologie Bluetooth. Velkou předností byla možnost připojení vzniklého HW zařízení do lokální sítě Ethernet a tím zpřístupnění dat po internetu. Dále je možnost použít komunikaci RS232, průmyslovou komunikaci RS485 nebo CAN. Data jsou také zobrazována na LCD modulu. Bylo nutné vytvořit aplikaci spravující a zobrazující výsledné hodnoty teploty a vlhkosti v přehledných grafech a tabulkách. Naměřené hodnoty lze sledovat v real-time režimu nebo stáhnout z interní flash paměti, kde by se měřené hodnoty ukládaly v určité časové periodě. Výsledkem diplomové práce je zařízení s pracovním názvem SMComm, které umožňuje nejen sledování teploty a vlhkosti, ale i jiných fyzikálních veličin, nejen ve skladovacích prostorách, ale i v průmyslu.The main objective of this Diploma Thesis is the design and realization of hardware for the measurement of temperature and humidity in storage rooms with pharmaceuticals products. In order to comply with the requirements of the device universality, the 1-Wire (the single wire serial line) communication technology was used. This provides the possibility for the choice from a wide variety of sensors of several physical quantities according to requirements from the industry (e.g. temperature, pressure, weight, voltage, humidity, current, etc.). Advantages of such sensors are the easy calibration, small amount of components, and the extremely low cost of the technology. Thanks to the easy addressability of the sensors, it is possible to interconnect the arbitrary number of sensors using the network protocol of the 1-Wire bus to create a MicroLan network. As a demonstration, several temperature and humidity sensors by DALLAS Semiconductor has been realized and used in the system. Processor STR912FW44X6 by STMicroelectronics based on ARM966E-S core has been chosen in the system. This processor provides several other interfaces and communication protocols, which can be used to transmit the data from sensors to personal computers, mobile phones, PDAs or other devices equipped with the Bluetooth technology. Great advantage of the designed hardware is its possibility to connect the device to the local Ethernet network, which makes it possible to access the data over the Internet. In addition, it is possible to use the RS232, RS485 or CAN communication protocols. Data can be also displayed on a small LCD panel. It was necessary to create software for data processing and for displaying the temperature and humidity data in the form of graphs and tables. The measured data can be traced in a real-time mode or retrieved from the internal flash memory, where they were stored for some period of time. Result of the Diploma Thesis is the hardware device titled SMComm, which allows the monitoring of several physical quantities such as temperature and/or humidity in the storage rooms or in the industry

Financing of retail units estabilishment in company Italfashion, spol. s r.o.

Diplomová práce analyzuje finanční zdroje a prostředky podniku Italfashion, spol. s r.o., v letech 2003 - 2006 na základě vybraných metod finančí analýzy. Obsahuje návrhy možných investičních variant, které mají vést ke zlepšení způsobů financování jednotlivých investičních projektů v budoucích letech.My dissertation analyses financial resources and funds of the Italfashion Ltd. company in years 2003 - 2006 on the basis of selected methods of financial analysis. If designs possible investment variations which should lead to the improvement of ways of financing particular investment projects in future.

In silico design and validation of conotoxin-based peptides for neuroblastoma nanotherapy

Práca sa zaoberá in silico dizajnom a validáciou peptidov založených na konotoxíne - MrIA, izolovaného z morských slimákov druhu Conus marmoreus a možnosti využitia týchto peptidov v liečbe neuroblastómu pomocou cielenia norepinefrínového transportéru. Päť peptidov založených na tomto konotoxíne bolo simulovaných pomocou simulácii molekulárnej dynamiky, ich trajektórie boli analyzované pre zistenie vlastností týchto peptidov. Dva homologické modely ľudského norepinefrínového transportéru boli vytvorené pre analýzu väzobných vlastností peptidov založených na konotoxíne ku norepinefrínovému transportéru. Peptidy boli následne syntetizované a použité na pokrytie apoferitínových nanočastíc s elipticínom uväzneným vnútri apoferitínu. Vytvorené peptidy a nanočastice boli ďalej skúmané pre objasnenie ich fyzikálo-chemických vlastností. Interakcie a cytotoxicita boli skúmané aplokáciou nanočastíc na bunky neuroblastómu a epitelu. Z in silico a in vitro analýz vyšiel YKL-6 peptid ako najlepší kandidát na ďalší výskum.This thesis is focused on in silico design and validation of peptides based on -MrIA conotoxin from Conus marmoreus marine snail species, and their possible use in the treatment of neuroblastoma through norepinephrine transporter targeting. Five conotoxin-based peptides were designed using molecular dynamics simulations, and their trajectories were analyzed to determine peptide properties. Two homology models of human norepinephrine transporter were prepared for further analysis of binding properties of the conotoxin-based peptides to norepinephrine transporter. Peptides were synthesized and used to coat apoferritin nanoparticles with cytotoxic agent ellipticine trapped inside apoferritin’s cavity. Created peptides and nanoparticles were analyzed to determine their physico-chemical characteristics. Furthermore, cellular uptake and cytotoxicity towards neuroblastoma and epithelial cell lines were studied. From both in silico and in vitro studies, it appears that YKL-6 peptide is the best candidate for further research.

Mycobiota of spices and aromatic herbs

A total of 67 samples of spices and herbs were tested for mould contamination. From 50.7% of samples, moulds were not isolated. The most dominant genera were Aspergillus and Penicillium. Potential producers of mycotoxins Aspergillus spp. and Penicillium spp. were tested for the ability to produce some mycotoxins. Isolates of potentially toxinogenic species were found to produce various mycotoxins, namely alfatoxin B1 (Aspergillus flavus), cyclopiazonic acid (Aspergillus flavus), sterigmatocystin (Emericella nidulans), roquefortine C (Penicillium allii, P. chrysogenum, P. crustosum, P. expansum), penitrem A (P. crustosum) and patulin (P. expansum). Some of the tested isolates produce two mycotoxins: A. flavus (aflatoxin B1 and cyclopiazonic acid), P. crustosum (roquefortine C and patulin) and P. expansum (roquefortine C and patulin). None of the tested isolates of Aspergillus section Nigri screened, appeared to produce ochratoxin A. Totally 11 samples were analysed for the presence of aflatoxins and ochratoxin A. Aflatoxin B1 was found in 5 (45.5%) out of 11 samples analysed with levels ranging from 0.14 to 2.9 µg.kg-1. In one sample we detected aflatoxin G1.  Ochratoxin A was found in 3 samples (27.3%), with levels ranging from 2.2 to 5.19 µg.kg-1. No sample was contaminated by aflatoxins or ochratoxin A above the maximum admitted threshold established by the European legislation

Solvent Accessibility Promotes Rotamer Errors during Protein Modeling with Major Side-Chain Prediction Programs

Side-chain rotamer prediction is one of the most critical late stages in protein 3D structure building. Highly advanced and specialized algorithms (e.g., FASPR, RASP, SCWRL4, and SCWRL4v) optimize this process by use of rotamer libraries, combinatorial searches, and scoring functions. We seek to identify the sources of key rotamer errors as a basis for correcting and improving the accuracy of protein modeling going forward. In order to evaluate the aforementioned programs, we process 2496 high-quality single-chained all-atom filtered 30% homology protein 3D structures and use discretized rotamer analysis to compare original with calculated structures. Among 513,024 filtered residue records, increased amino acid residue-dependent rotamer errors─associated in particular with polar and charged amino acid residues (ARG, LYS, and GLN)─clearly correlate with increased amino acid residue solvent accessibility and an increased residue tendency toward the adoption of non-canonical off rotamers which modeling programs struggle to predict accurately. Understanding the impact of solvent accessibility now appears key to improved side-chain prediction accuracies.OA-hybri

A description of significant differences in technical preparation of water slalom and canoe sprint in K1 category

Thesis title: A description of significant differences in technical preparation of water slalom and canoe sprint in K1 category. Thesis objective: The objective of the thesis is to determine the main features typical of technical preparation of kayakers in Czech canoeing clubs and to describe possible differences in the preparation of sprint kayakers and water slalom kayakers. Methods of data processing: The work is based on mixed research. The racers and coaches were presented with a questionnaire concerning technical preparation. Collected output was analyzed using the methods of quantitative research and of analytical induction. Results: Several significant differences were detected between the technical preparation of sprint kayakers and water slalom racers. To develop basic kayaking strokes, water slalom racers in mostly younger age categories use other water sports, especially wild water, more frequently. In preparatory exercises sprint racers limit themselves to stroke sequencing. Water slalom racers use a wider range of preparatory exercises to develop basic kayaking stroke. In order to gain feedback, water slalom racers use videorecording analysis several times a month and that not only during technical preparation period. In sprint canoeing the videorecording analysis is used..

In silico design and validation of conotoxin-based peptides for neuroblastoma nanotherapy

Práca sa zaoberá in silico dizajnom a validáciou peptidov založených na konotoxíne - MrIA, izolovaného z morských slimákov druhu Conus marmoreus a možnosti využitia týchto peptidov v liečbe neuroblastómu pomocou cielenia norepinefrínového transportéru. Päť peptidov založených na tomto konotoxíne bolo simulovaných pomocou simulácii molekulárnej dynamiky, ich trajektórie boli analyzované pre zistenie vlastností týchto peptidov. Dva homologické modely ľudského norepinefrínového transportéru boli vytvorené pre analýzu väzobných vlastností peptidov založených na konotoxíne ku norepinefrínovému transportéru. Peptidy boli následne syntetizované a použité na pokrytie apoferitínových nanočastíc s elipticínom uväzneným vnútri apoferitínu. Vytvorené peptidy a nanočastice boli ďalej skúmané pre objasnenie ich fyzikálo-chemických vlastností. Interakcie a cytotoxicita boli skúmané aplokáciou nanočastíc na bunky neuroblastómu a epitelu. Z in silico a in vitro analýz vyšiel YKL-6 peptid ako najlepší kandidát na ďalší výskum

Biocompatible protein cages for encapsulation and internatization of small interfering RNA

Práca sa zaoberá vytváraním apoferitínového nanotransportéru s enkapsulovanou fluorescenčne značenou malou interferujúcou RNA. Predmetom sú optimalizácia pH, množstva siRNA pri enkapsulácii siRNA do apoferitínu a chemicko-fyzikálna charakterizácia vzniknutého nanotransportéru. Prvá časť popisuje teoretické vedomosti potrebné pre pochopenie tematiky práce. Druhá časť obsahuje metódy použité na realizáciu práce a zhodnotené výsledky. Vytvorené nanočastice mali optimálnu veľkosť taktiež výbornú hemokompatibilitu ale ich dlhodobá stabilita nevyhovovala požiadavkám.This thesis is focused on creation of apoferritin nanocarrier with encapsulated small interfering RNA marked with fluorescent dye. Main objectives are optimization of pH and amount of siRNA encapsulated into apoferritin cavity and physicochemical characteristics of created nanocarrier. First part deals with theoretical knowledge necessary for understanding concept of this thesis. Second part describes used methods and evaluated results. Created apoferritin nanocarriers were optimal in size with great hemocompatibility, but long-term stability didn’t meet our expectations.