Genetic evaluation of carcass traits in dairy cattle

Two new genetic evaluations on carcass data, extracted from the Normabev database, have been developed by the UMT 3G (Gestion Génétique et Génomique des populations bovines). The first (VB) is a multibreed evaluation of sires on their ability to produce veal calves. It evaluates sires of dual-purpose breeds Montbeliarde (MON) or Normande (NOR) and sires of beef breeds mated with dairy cows. The second (JB) evaluates sires of the MON, NOR and Simmental (SIM) breeds on their ability to produce young bulls for slaughter. The JB evaluation considers three traits simultaneously (carcass weight, age at slaughter and carcass conformation), the VB four (the same three, plus meat color). Heritability estimates are moderate to quite high for carcass weight and conformation (0.12 to 0.37, depending on the breed and the evaluation), lower for age at slaughter and meat color (0.05 to 0.27). Genetic correlations between carcass weight and conformation and between carcass weight and age at slaughter are favorable. Genetic correlations between JB traits on one hand and VB, milk production and female type traits on the other hand were also estimated. These correlations are low to moderate (favorable) between JB and milk production. Hence, meat production traits can be improved without compromising genetic trends on milk production traits too much. JB traits are favorably correlated with VB (0.32 to 0.70) and female type traits. VB polygenic evaluations became official in 2015. JB polygenic evaluations will be official in 2017. JB and VB genomic evaluations are currently developed in MON and NOR, following the methodology applied in other dairy cattle genomic evaluations

Performances collected on carcass traits and meat quality

This survey is open to all the partners of the CORE Organic 2-Org-Cows and Dairy Health Cow projects. Its aim is: To decide which type of data would be available for the 2-Org-cows project, in order to compare performances on meat quality and carcass from data collected in the farms followed in the project (wp3) To have a global view on the data available on a larger scale, and on the level of harmonization within and between countries, in order to contribute to define, at the national and at the international levels, novel traits potentially interesting for genetic evaluations on meat quality and carcass performances of dual purpose breeds (prospective approach). Don't hesitate to contact me if you have some difficulties with some questions. Sophie Mattalia (France, Institut de l'Elevage, [email protected]) There are 63 questions in this surve

Selection of cattle: situation and perspectives

Cet article présente la sélection bovine dans les deux filières bovines laitière allaitante qui ont chacune leurs particularités, en particulier la place de l’insémination animale ou le développement de la base de sélection, mais aussi des propriétés communes, pour la plupart issues de la Loi sur l’Élevage qui a défini l’organisation de la sélection. Progressivement, les objectifs de sélection ont évolué vers la prise en compte d’un nombre croissant de caractères et la diminution du poids de la productivité au profit des caractères fonctionnels. La Loi d’orientation agricole de 2006 et l’émergence de la sélection génomique à partir de 2009 ont profondément modifié l’organisation de la sélection avec l’abandon du testage sur descendance, la mise en place de populations de référence, la concentration des acteurs économiques, une mutualisation nationale moindre au profit d’initiatives d’entreprises mais aussi d’accords internationaux. Un nouveau changement majeur est attendu avec la mise en application en 2018 du Règlement Zootechnique Européen qui modifie le cadre organisationnel de la sélection.This paper presents an overview of selection in both dairy and beef cattle in France. Both branches have their own particularities such as the extent of insemination use or the level of performance recording development, but also common properties derived from the Breeding Law (1966) which defined the major management characteristics of cattle breeding in France. Gradually, breeding objectives have included an increasing number of traits and been reoriented from productivity to functional traits. The Agriculture Orientation Law in 2006 and the emergence of genomic selection in 2009 deeply modified the selection procedures with the end of progeny testing, the implementation of reference populations for accurate genomic prediction, but also larger companies, a lower national influence replaced by company driven strategies and some international initiatives. A new major change is expected with the application of the European Regulation on Animal Selection in 2018

Changes in dairy cattle breeding goals and selection methods

Over the last decades, the dairy stock has undergone major changes, and the selection of dairy cattle has become an internal business.With current prospects of milk quota removal, falling prices, increasing herd sizes, changes in the farmers’ way of working and diversification of demand, the ideal cow of the future will have to demonstrate autonomy, robustness and feed efficiency, and will have to produce a rich milk whose composition meets the requirements of humans. Selection methods will change radically with the ongoing development of genomic selection. Animal identification, pedigree and performance recording will remain, but progeny testing of bulls will diminish. Resources will be pooled between research and supervision organisations, breeding companies and other operators, and there will be an increased need for training.Dans les dernières décennies, le cheptel a évolué en profondeur et la sélection des bovins laitiers s'est internationalisée. Dans un contexte prévisible de suppression des quotas, de baisse du prix du lait, d'accroissement de la taille des structures, d'évolution du rapport des éleveurs au travail et de diversification de la demande, la vache idéale de demain devra faire preuve d'autonomie, de robustesse et de sobriété, produisant un lait riche dont la composition répondra aux besoins de l'homme. Les méthodes de sélection vont radicalement changer avec le développement en cours de la sélection génomique. L'identification, l'état civil et le contrôle des performances se maintiendront mais l'épreuve de la descendance des taureaux d'insémination va régresser. La mutualisation des moyens sera renforcée entre organismes de recherche et d'encadrement, entreprises de sélection et opérateurs de base, et les besoins de formation vont s'amplifier

International genome-wide meta-analysis identifies new primary biliary cirrhosis risk loci and targetable pathogenic pathways.

Primary biliary cirrhosis (PBC) is a classical autoimmune liver disease for which effective immunomodulatory therapy is lacking. Here we perform meta-analyses of discovery data sets from genome-wide association studies of European subjects (n=2,764 cases and 10,475 controls) followed by validation genotyping in an independent cohort (n=3,716 cases and 4,261 controls). We discover and validate six previously unknown risk loci for PBC (Pcombined<5 × 10(-8)) and used pathway analysis to identify JAK-STAT/IL12/IL27 signalling and cytokine-cytokine pathways, for which relevant therapies exist

La sélection dans l’espèce bovine et ses perspectives

Cet article présente la sélection bovine dans les deux filières bovines laitière allaitante qui ont chacune leurs particularités, en particulier la place de l’insémination animale ou le développement de la base de sélection, mais aussi des propriétés communes, pour la plupart issues de la Loi sur l’Élevage qui a défini l’organisation de la sélection. Progressivement, les objectifs de sélection ont évolué vers la prise en compte d’un nombre croissant de caractères et la diminution du poids de la productivité au profit des caractères fonctionnels. La Loi d’orientation agricole de 2006 et l’émergence de la sélection génomique à partir de 2009 ont profondément modifié l’organisation de la sélection avec l’abandon du testage sur descendance, la mise en place de populations de référence, la concentration des acteurs économiques, une mutualisation nationale moindre au profit d’initiatives d’entreprises mais aussi d’accords internationaux. Un nouveau changement majeur est attendu avec la mise en application en 2018 du Règlement Zootechnique Européen qui modifie le cadre organisationnel de la sélectionThis paper presents an overview of selection in both dairy and beef cattle in France. Both branches have their own particularities such as the extent of insemination use or the level of performance recording development, but also common properties derived from the Breeding Law (1966) which defined the major management characteristics of cattle breeding in France. Gradually, breeding objectives have included an increasing number of traits and been reoriented from productivity to functional traits. The Agriculture Orientation Law in 2006 and the emergence of genomic selection in 2009 deeply modified the selection procedures with the end of progeny testing, the implementation of reference populations for accurate genomic prediction, but also larger companies, a lower national influence replaced by company driven strategies and some international initiatives. A new major change is expected with the application of the European Regulation on Animal Selection in 201

Genetic parameters for stillbirth in French beef cattle breeds

International audienc

Assessment of connectedness in the international genetic evaluation of Simmental and Montbéliard breeds.

Mention d'édition : Bulletin of the International Bull evaluation ServiceInternational audienc

Mortalité des veaux : analyse phénotypique et étude de la composante génétique

The decrease in calf mortality is a major issue for the cattle sector. The MORPHE project, funded by France Genetique Elevage was aimed at quantifying the genetic impact on calves and heifer mortality from birth to reproduction period and to define relevant phenotypes for new genetic evaluations. The phenotypic analysis of mortality was carried out on nine dairy breeds and 10 beef breeds from birth and death events reported in the national information system between 2005 and 2011. Between zero and six months, the average mortality rate depended on the breeds (from 10.5 to 19.2% in dairy breeds and from 5.1 to 13.7% in beef breeds). It also depended on the sex of the calf (+ 3% mortality for males), calving rank of dam (lower mortality in multiparous), farm size (lower mortality in small herds for dairy breeds) and birth period (higher calf mortality for birth between December and March for dairy breeds). The calf mortality rate between three and 180 days had a high phenotypic variability between sires, ranging from less than 5% for the best bulls to 10 or even 15% for the worse ones. In beef breeds, the genetic study of stillbirth (0-2 days) was a priority. This trait was split into a direct and a maternal effects. Four models were tested on three breeds (Charolaise, Limousine, and Parthenaise) to measure the impact of disconnection between herds and the discrete nature of the phenotype. Heritabilities were low (from 1 to 2%) but consistent between models. The differences of stillbirth for bulls evaluated in extreme classes were important. The comparison of breeding values estimated with the four models showed the importance of connectedness between herds. The model could probably be improved by integrating within herd heterogeneous variances. In dairy breeds, heritability of mortality was estimated with a threshold model at different life stages for Holstein, Montbeliarde, Normandy, Simmental and Brown Swiss breeds. It ranged between 0.1 and 0.9% for the first month of life and between 0.3 and 2.1% between 1 and 6 months of age. Despite these low heritability estimates, the implementation of a geneticLa baisse de la mortalité des veaux est un enjeu majeur pour les filières bovines. Le projet FGE MORPHE, visait à quantifier l’impact génétique sur la mortalité des veaux et des génisses entre leur naissance et leur mise en reproduction et à définir des phénotypes pertinents pour de nouvelles évaluations génétiques. L’analyse phénotypique de la mortalité a été réalisée sur 9 races laitières et 10 races allaitantes à partir des déclarations de naissance et de mortalité des veaux entre 2005 et 2011. Entre 0 et 6 mois, le taux moyen de mortalité est variable selon les races (entre 10,5 et 19,2% en races laitières et entre 5,1 et 13,7% en races allaitantes). Il dépend également du sexe du veau (+3% de mortalité chez les mâles), du rang de vêlage de la mère (moindre mortalité chez les multipares), de la taille des élevages (moindre mortalité dans les petits troupeaux en races laitières), et de la période de naissance (mortalité plus importante des veaux laitiers naissant entre décembre et mars). Sur la période 3-180 jours, le taux de mortalité des veaux présente une variabilité phénotypique importante entre pères, allant de moins de 5% pour les meilleurs à 10 voire 15% pour les moins bons. En races allaitantes, l’étude génétique de la mortinatalité (0-2 jours) a été prioritaire. Ce caractère est décomposé en un effet direct et un effet maternel. 4 modèles ont été testés sur 3 races (Charolaise, Limousine et Parthenaise), afin de mesurer l’impact de la déconnexion entre troupeaux et du caractère discontinu du phénotype. Les héritabilités sont faibles et cohérentes entre modèles, de l’ordre de 1 à 2%. Les écarts de moyennes phénotypiques des taureaux évalués dans les classes extrêmes sont importants. La comparaison des valeurs génétiques estimées avec les 4 modèles montre l’importance de la prise en compte de la déconnexion entre troupeaux. Le modèle pourrait probablement être amélioré en intégrant des variances hétérogènes intra troupeau. Dans les races laitières, l’héritabilité de la mortalité entre 3 et 180 jours a été estimée avec un modèle à seuil à différents stades de vie pour les races Holstein, Montbéliarde, Normande, Simmental et Brune. Elle est généralement comprise entre 0,1 et 0,9% pour les stades de vie définis au cours du 1 er mois et entre 0,3 et 2,1% entre 1 et 6 mois. Ce niveau faible reste cependant compatible avec la mise en œuvre d’une évaluation génétique, dans la perspective d’une prise en compte de ces caractères en sélection génomique