59 research outputs found
Use It or Lose It Harmony in Komo
This paper discusses a case of putative dominance reversal in the Komo language (Otero 2015, 2019), which we analyze as a related, but distinct repair strategy called âUse it or Lose itâ (Mullin & Pater 2015).Mullin & Pater (2015) argue that Use it or Lose it harmony is a pathological prediction of Agree for the same basic reason that âSour Grapesâ harmony (Wilson 2003, 2006; Heinz & Lai 2013) has been regarded as pathological â both Use it or Lose it and Sour Grapes harmony patterns are non-myopic (Wilson 2003, 2006). Wilson argues that unbounded spreading patterns are universally myopic, and as such, no theory should predict that the realization of some element in spreading â trigger or target â depends on downstream information. However, recent research has shown that some patterns in natural languages are, in fact, non-myopic, indicating that the predictions of Agree are not as problematic as previously thought. This paper argues that the best analysis of Komo relies on the activity of [Atr] and both regressive [+Atr] spreading and [+Atr] trigger effacement are repairs to a single marked structure in the language, *VC0[Hi, Atr]
Icy Targets in KarajĂĄ ATR Harmony as Contrast Preservation
This paper presents a novel application of Contrast Preservation (Lubowicz 2003) to analyze a puzzling pattern of icy targets (Jurgec 2011). Icy targets are segments which harmonize but then block the spread of harmony, and a particularly theoretically challenging type is present in KarajĂĄ, in which derived and underlying [+ATR] high vowels behave differently (Ribeiro 2002;2012). We show that this harmony pattern can be successfully analyzed by considering the behaviour of these icy targets as a form of contrast preservation, where high [-ATR] vowels must harmonize when followed by a [+ATR] vowel, but the underlying contrast between [-ATR] and [+ATR] high vowels is preserved on any preceding vowels. The icy target effect thus emerges as a way to compromise between the pressure to harmonize high vowels and the pressure to preserve underlying ATR contrasts in high vowels. In this way, we extend Contrast Preservation Theory to include vowel harmony patterns, opening new opportunities to analyze puzzling patterns as a choice in which contrasts to preserve
SLY regulates genes involved in chromatin remodeling and interacts with TBL1XR1 during sperm differentiation
Sperm differentiation requires unique transcriptional regulation and chromatin remodeling after meiosis to ensure proper compaction and protection of the paternal genome. Abnormal sperm chromatin remodeling can induce sperm DNA damage, embryo lethality and male infertility, yet, little is known about the factors which regulate this process. Deficiency in Sly, a mouse Y chromosome-encoded gene expressed only in postmeiotic male germ cells, has been shown to result in the deregulation of hundreds of sex chromosome-encoded genes associated with multiple sperm differentiation defects and subsequent male infertility. The underlying mechanism remained, to date, unknown. Here, we show that SLY binds to the promoter of sex chromosome-encoded and autosomal genes highly expressed postmeiotically and involved in chromatin regulation. Specifically, we demonstrate that Sly knockdown directly induces the deregulation of sex chromosome-encoded H2A variants and of the H3K79 methyltransferase DOT1L. The modifications prompted by loss of Sly alter the postmeiotic chromatin structure and ultimately result in abnormal sperm chromatin remodeling with negative consequences on the sperm genome integrity. Altogether our results show that SLY is a regulator of sperm chromatin remodeling. Finally we identified that SMRT/N-CoR repressor complex is involved in gene regulation during sperm differentiation since members of this complex, in particular TBL1XR1, interact with SLY in postmeiotic male germ cells.This work was supported by Inserm
(Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale), the Agence Nationale de
la Recherche program ANR-12âJSV2-0005â01 (to JC), Labex âWho am I?â(ANR-11-
LABX-0071 under program ANR-11-IDEX-0005-01) and a Marie Curie fellowship
FP7-PEOPLE-2010-IEF-273143 (to JC
Nouvelles donnĂ©es sur lâaxe hepcidine-ferroportine par des mĂ©thodes dâanalyses protĂ©omiques
Lâhepcidine est une hormone prĂ©sentant un rĂŽle essentiel dans lâhomĂ©ostasie du fer. Elle agit sur la ferroportine : un transporteur membranaire du fer. Ce transporteur est prĂ©sent Ă la surface des macrophages (cellules intervenant dans le recyclage de lâhĂšme Ă©rythrocytaire) et des cellules absorbantes du duodĂ©num : les entĂ©rocytes (point dâentrĂ©e du fer alimentaire). La ferroportine permet lâabsorption et le recyclage du fer. Pour maintenir un taux de fer non toxique pour lâorganisme, lâhepcidine se lie Ă la ferroportine et induit son internalisation puis sa dĂ©gradation. Un dĂ©faut d'homĂ©ostasie du fer peut engendrer de trĂšs diverses maladies telles qu'une hĂ©mochromatose ou une anĂ©mie microcytaire hypochrome. L'Ă©tude des 2 protagonistes du maintien de l'homĂ©ostasie du fer (ferroportine et hepcidine) permettra d'identifier des cibles thĂ©rapeutiques.Ce projet porte, dâune part, sur lâĂ©tude de lâeffet du fer sur la formation des ponts disulfures de lâhepcidine, et dâautre part, sur lâidentification des partenaires sĂ©riques de lâhepcidine. Nous avons aussi Ă©tudiĂ© le signal de dĂ©gradation de la ferroportine. Pour ces trois problĂ©matiques, lâapproche rĂ©alisĂ©e est une approche protĂ©omique par spectromĂ©trie de masse.LâĂ©tude in vitro portant sur la formation des ponts disulfures de lâhepcidine a montrĂ© quâen prĂ©sence de fer, les ponts disulfures sâoxydent plus rapidement quâen absence de fer. Ceci montre que le fer est un catalyseur du repliement tridimensionnel de lâhepcidine. Il reste Ă dĂ©montrer si cette observation existe in vivo.LâĂ©tude des partenaires sĂ©riques de lâhepcidine a mis en Ă©vidence lâalpha 2 macroglobuline, la protĂ©ine C3 du complĂ©ment, la Glycosyl PhosphatidyLinositol phospholipidase D1, le plasminogĂšne et une protĂ©ine encore non caractĂ©risĂ©e. Lâalbumine, bien que peu spĂ©cifique, a aussi Ă©tĂ© dĂ©tectĂ©e comme Ă©tant un transporteur potentiel de lâhepcidine dans le sĂ©rum.Enfin, lâĂ©tude quantitative des Rafts lipidiques contenant la ferroportine a montrĂ© que Skap2 et Fyb (2 kinases) Ă©taient recrutĂ©s de façon prĂ©coce dans ces microdomaines en prĂ©sence de Fer et diminuĂ©s en prĂ©sence dâhepcidine, au mĂȘme titre que la ferroportine. Ce phĂ©nomĂšne suggĂšre quâil sâagit de partenaires de la ferroportine et que des systĂšmes de phosphorylation peuvent ĂȘtre impliquĂ©s lors de lâinternalisation de la ferroportine. Par ailleurs, nous avons observĂ© le mĂȘme profil quantitatif que la ferroportine avec lâhĂšmoxygĂ©nase 1. Il est connu que cette protĂ©ine est rĂ©gulĂ©e transcriptionnellement par lâhĂšme, mais notre Ă©tude rĂ©vĂšle quâelle est aussi directement augmentĂ©e par le fer dans les rafts
Analyse de la différenciation érythroïde humaine, murine et aviaire : évolution du protéome et des histones
Terminal erythroid differentiation (TED) is the transformation of progenitors to red cells. I used proteomic analysis to characterize the evolution of the proteome of murine, human and avian cells during TED. From 5000 to 8000 proteins were quantified in copy numbers per cell in these models. The main results are : 1- Most differences between human and murine TED observed at the transcriptomique level are largely buffered at the proteome level. 2- The avian erythroblasts show molecular features very different of those of murine and human erythroid cells such as an increase of KIT expression during TED. 3- Unlike murine cell lines usually used to study TED, G1ER and MEL, that only partially differentiate, MEDEP cells realize a complete TED, similar to that of primary cells. 4- Using different analysis strategies some of which being based on the use of heavy isotopes (SuperSILAC), I show that, unlike a hypothesis proposed by some teams, the total quantity of nuclear histones doesnât decrease during TED. 5- Using a multiple digestion method, I identified isoformes of histones in erythroid cells and their evolution during TED. I performed an analysis of their post translational modifications showing a temporary increase of the phosphorylation of residue 18 of histones H1.3, H1.4, H1.5, and many changes of post translational modifications of histone H3 during TED.La diffĂ©renciation Ă©rythroĂŻde terminale (DET) correspond Ă la formation de globules rouges Ă partir des progĂ©niteurs. Jâai utilisĂ© lâanalyse protĂ©omique pour caractĂ©riser lâĂ©volution du protĂ©ome des cellules murines, humaines et aviaires lors de la DET. Entre 5000 et 8000 protĂ©ines ont Ă©tĂ© quantifiĂ©es en nombre de copies par cellule dans ces diffĂ©rents modĂšles. Les principaux rĂ©sultats sont les suivants : 1- Les diffĂ©rences importantes entre les DET humaine et murine dĂ©crites au niveau des transcriptomes sont largement rĂ©duites au niveau des protĂ©omes. 2 - Les Ă©rythroblastes de poulet prĂ©sentent des caractĂ©ristiques molĂ©culaires trĂšs diffĂ©rentes de celles des cellules Ă©rythroĂŻdes murines ou humaines comme lâaugmentation dâexpression de KIT lors de la DET. 3- Contrairement aux lignĂ©es murines gĂ©nĂ©ralement utilisĂ©es GIER et MEL qui ne rĂ©alisent quâune diffĂ©renciation partielle, les cellules MEDEP rĂ©alisent une DET complĂšte, semblable Ă celle des cellules primaires. 4- En utilisant diffĂ©rentes approches dont certaines basĂ©es sur lâutilisation dâisotopes lourds (SuperSILAC), jâai montrĂ© que, contrairement Ă une hypothĂšse dĂ©fendue par diffĂ©rentes Ă©quipes, la quantitĂ© totale dâhistones nuclĂ©aires ne diminue pas au cours de la DET. 5- En utilisant une mĂ©thode de digestions multiples, jâai identifiĂ© les isoformes dâhistones exprimĂ©es dans les cellules Ă©rythroĂŻdes et leur Ă©volution au cours de la DET. Jâai rĂ©alisĂ© une analyse de leurs modifications post traductionnelles qui a montrĂ© lâaugmentation transitoire de la phosphorylation des rĂ©sidus 18 des histones H1.3, H1.4 et H1.5, ainsi que de nombreux changements de modifications post traductionnelles des histones H3 jusquâici jamais dĂ©crites lors de la DE
Analysis of human, murine and avian erythroid differentiation : modification of the proteome and histones
La diffĂ©renciation Ă©rythroĂŻde terminale (DET) correspond Ă la formation de globules rouges Ă partir des progĂ©niteurs. Jâai utilisĂ© lâanalyse protĂ©omique pour caractĂ©riser lâĂ©volution du protĂ©ome des cellules murines, humaines et aviaires lors de la DET. Entre 5000 et 8000 protĂ©ines ont Ă©tĂ© quantifiĂ©es en nombre de copies par cellule dans ces diffĂ©rents modĂšles. Les principaux rĂ©sultats sont les suivants : 1- Les diffĂ©rences importantes entre les DET humaine et murine dĂ©crites au niveau des transcriptomes sont largement rĂ©duites au niveau des protĂ©omes. 2 - Les Ă©rythroblastes de poulet prĂ©sentent des caractĂ©ristiques molĂ©culaires trĂšs diffĂ©rentes de celles des cellules Ă©rythroĂŻdes murines ou humaines comme lâaugmentation dâexpression de KIT lors de la DET. 3- Contrairement aux lignĂ©es murines gĂ©nĂ©ralement utilisĂ©es GIER et MEL qui ne rĂ©alisent quâune diffĂ©renciation partielle, les cellules MEDEP rĂ©alisent une DET complĂšte, semblable Ă celle des cellules primaires. 4- En utilisant diffĂ©rentes approches dont certaines basĂ©es sur lâutilisation dâisotopes lourds (SuperSILAC), jâai montrĂ© que, contrairement Ă une hypothĂšse dĂ©fendue par diffĂ©rentes Ă©quipes, la quantitĂ© totale dâhistones nuclĂ©aires ne diminue pas au cours de la DET. 5- En utilisant une mĂ©thode de digestions multiples, jâai identifiĂ© les isoformes dâhistones exprimĂ©es dans les cellules Ă©rythroĂŻdes et leur Ă©volution au cours de la DET. Jâai rĂ©alisĂ© une analyse de leurs modifications post traductionnelles qui a montrĂ© lâaugmentation transitoire de la phosphorylation des rĂ©sidus 18 des histones H1.3, H1.4 et H1.5, ainsi que de nombreux changements de modifications post traductionnelles des histones H3 jusquâici jamais dĂ©crites lors de la DETTerminal erythroid differentiation (TED) is the transformation of progenitors to red cells. I used proteomic analysis to characterize the evolution of the proteome of murine, human and avian cells during TED. From 5000 to 8000 proteins were quantified in copy numbers per cell in these models. The main results are : 1- Most differences between human and murine TED observed at the transcriptomique level are largely buffered at the proteome level. 2- The avian erythroblasts show molecular features very different of those of murine and human erythroid cells such as an increase of KIT expression during TED. 3- Unlike murine cell lines usually used to study TED, G1ER and MEL, that only partially differentiate, MEDEP cells realize a complete TED, similar to that of primary cells. 4- Using different analysis strategies some of which being based on the use of heavy isotopes (SuperSILAC), I show that, unlike a hypothesis proposed by some teams, the total quantity of nuclear histones doesnât decrease during TED. 5- Using a multiple digestion method, I identified isoformes of histones in erythroid cells and their evolution during TED. I performed an analysis of their post translational modifications showing a temporary increase of the phosphorylation of residue 18 of histones H1.3, H1.4, H1.5, and many changes of post translational modifications of histone H3 during TED
Nouvelles donnĂ©es sur lâaxe hepcidine-ferroportine par des mĂ©thodes dâanalyses protĂ©omiques
Lâhepcidine est une hormone prĂ©sentant un rĂŽle essentiel dans lâhomĂ©ostasie du fer. Elle agit sur la ferroportine : un transporteur membranaire du fer. Ce transporteur est prĂ©sent Ă la surface des macrophages (cellules intervenant dans le recyclage de lâhĂšme Ă©rythrocytaire) et des cellules absorbantes du duodĂ©num : les entĂ©rocytes (point dâentrĂ©e du fer alimentaire). La ferroportine permet lâabsorption et le recyclage du fer. Pour maintenir un taux de fer non toxique pour lâorganisme, lâhepcidine se lie Ă la ferroportine et induit son internalisation puis sa dĂ©gradation. Un dĂ©faut d'homĂ©ostasie du fer peut engendrer de trĂšs diverses maladies telles qu'une hĂ©mochromatose ou une anĂ©mie microcytaire hypochrome. L'Ă©tude des 2 protagonistes du maintien de l'homĂ©ostasie du fer (ferroportine et hepcidine) permettra d'identifier des cibles thĂ©rapeutiques.Ce projet porte, dâune part, sur lâĂ©tude de lâeffet du fer sur la formation des ponts disulfures de lâhepcidine, et dâautre part, sur lâidentification des partenaires sĂ©riques de lâhepcidine. Nous avons aussi Ă©tudiĂ© le signal de dĂ©gradation de la ferroportine. Pour ces trois problĂ©matiques, lâapproche rĂ©alisĂ©e est une approche protĂ©omique par spectromĂ©trie de masse.LâĂ©tude in vitro portant sur la formation des ponts disulfures de lâhepcidine a montrĂ© quâen prĂ©sence de fer, les ponts disulfures sâoxydent plus rapidement quâen absence de fer. Ceci montre que le fer est un catalyseur du repliement tridimensionnel de lâhepcidine. Il reste Ă dĂ©montrer si cette observation existe in vivo.LâĂ©tude des partenaires sĂ©riques de lâhepcidine a mis en Ă©vidence lâalpha 2 macroglobuline, la protĂ©ine C3 du complĂ©ment, la Glycosyl PhosphatidyLinositol phospholipidase D1, le plasminogĂšne et une protĂ©ine encore non caractĂ©risĂ©e. Lâalbumine, bien que peu spĂ©cifique, a aussi Ă©tĂ© dĂ©tectĂ©e comme Ă©tant un transporteur potentiel de lâhepcidine dans le sĂ©rum.Enfin, lâĂ©tude quantitative des Rafts lipidiques contenant la ferroportine a montrĂ© que Skap2 et Fyb (2 kinases) Ă©taient recrutĂ©s de façon prĂ©coce dans ces microdomaines en prĂ©sence de Fer et diminuĂ©s en prĂ©sence dâhepcidine, au mĂȘme titre que la ferroportine. Ce phĂ©nomĂšne suggĂšre quâil sâagit de partenaires de la ferroportine et que des systĂšmes de phosphorylation peuvent ĂȘtre impliquĂ©s lors de lâinternalisation de la ferroportine. Par ailleurs, nous avons observĂ© le mĂȘme profil quantitatif que la ferroportine avec lâhĂšmoxygĂ©nase 1. Il est connu que cette protĂ©ine est rĂ©gulĂ©e transcriptionnellement par lâhĂšme, mais notre Ă©tude rĂ©vĂšle quâelle est aussi directement augmentĂ©e par le fer dans les rafts
Towards a QGIS-based Graph Carrier of Urban Information and Spotting Wind Behavior at the Pedestrian Level
International audienc
- âŠ