Perplexity as a tool for the allocation of proficiency levels to utterances written by foreign language learners

La asignación de niveles de competencia a escritos producidos por aprendices de una lengua es una tarea altamente subjetiva. Es por esto que el desarrollo de métodos que evalúen escritos de manera automática puede ayudar tanto al profesorado como al alumnado. En este trabajo, hemos explorado dos vías mediante el uso del corpus CAES. Dicho corpus está formado por escritos de aprendices de español y etiquetado con niveles CEFR (hasta el C1). La primera aproximación es un modelo de aprendizaje profundo llamado Deep-ELE que asigna niveles de competencia a las frases. La segunda aproximación llevada a cabo ha consistido en estudiar la perplejidad de las frases de los estudiantes de distintos niveles, para luego clasificarlos en niveles. Ambas aproximaciones han sido evaluadas, y se ha comprobado que pueden usarse de manera exitosa para clasificar frases por niveles. En concreto, el modelo Deep-ELE obtiene una accuracy de 81,3% y un QWK de 0,83. Como conclusión, este trabajo es un paso para entender cómo las herramientas del procesado de lenguaje natural pueden ayudar a las personas que aprenden un segundo idioma.The allocation of proficiency levels to utterances written by foreign language learners is a subjective task. Therefore, the development of methods to automatically evaluate written sentences can help both students and teachers. In this work, we have explored two different approaches to tackle this task by using the corpus CAES, which contains written utterances of learners of Spanish labelled with CEFR levels (up to C1). The first approach is a deep learning model called Deep-ELE which assigns proficiency levels to sentences. The second approach consists in studying the perplexity of sentences written by students of different levels, to later allocate levels to those sentences based on such an analysis. Both approaches have been evaluated, and results confirm that they can be used to successfully classify written sentences into proficiency levels. In particular, the Deep-ELE model reaches an accuracy of 81.3% and a weighted Cohen Kappa of 0.83. As a conclusion, this work is a step towards better understanding how natural language processing methods can help learners of a second language.Esta investigación ha sido parcialmente financiada por los proyectos AFIANZA 2022/02, PID2020-115225RB-I00 de MCIN/AEI/ 10.13039/501100011033 y PID2020-116641GB-I00 de MCIN/AEI/10.13039/501100011033

La perplejidad como herramienta para estimar la asignación de nivel de competencia en escritos de una lengua extranjera

The allocation of proficiency levels to utterances written by foreign language learners is a subjective task. Therefore, the development of methods to automatically evaluate written sentences can help both students and teachers. In this work, we have explored two different approaches to tackle this task by using the corpus CAES, which contains written utterances of learners of Spanish labelled with CEFR levels (up to C1). The first approach is a deep learning model called Deep-ELE which assigns proficiency levels to sentences. The second approach consists in studying the perplexity of sentences written by students of different levels, to later allocate levels to those sentences based on such an analysis. Both approaches have been evaluated, and results confirm that they can be used to successfully classify written sentences into proficiency levels. In particular, the Deep-ELE model reaches an accuracy of 81.3% and a weighted Cohen Kappa of 0.83. As a conclusion, this work is a step towards better understanding how natural language processing methods can help learners of a second language.La asignación de niveles de competencia a escritos producidos por aprendices de una lengua es una tarea altamente subjetiva. Es por esto que el desarrollo de métodos que evalúen escritos de manera automática puede ayudar tanto al profesorado como al alumnado. En este trabajo, hemos explorado dos vías mediante el uso del corpus CAES. Dicho corpus está formado por escritos de aprendices de español y etiquetado con niveles CEFR (hasta el C1). La primera aproximación es un modelo de aprendizaje profundo llamado Deep-ELE que asigna niveles de competencia a las frases. La segunda aproximación llevada a cabo ha consistido en estudiar la perplejidad de las frases de los estudiantes de distintos niveles, para luego clasificarlos en niveles. Ambas aproximaciones han sido evaluadas, y se ha comprobado que pueden usarse de manera exitosa para clasificar frases por niveles. En concreto, el modelo Deep-ELE obtiene una accuracy de 81,3% y un QWK de 0,83. Como conclusión, este trabajo es un paso para entender cómo las herramientas del procesado de lenguaje natural pueden ayudar a las personas que aprenden un segundo idioma

Primer aislamiento en Uruguay de Escherichia coli productora de toxina Shiga del serotipo O157:H7 en una niña con síndrome urémico hemolítico

En mayo de 2002 se aisló por primera vez en Uruguay Escherichia coli O157:H7, productora de toxina Shiga a partir del coprocultivo de una niña de 16 meses procedente de Melo, con diagnóstico de síndrome urémico hemolítico. La cepa, productora de toxinas Shiga tipo 2 y tipo 2 variante humana a, era genéticamente distinta de las cepas circulantes en Argentina

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Serotipos, perfil plasmídico y antibiotipos de cepas de Shigella flexneri aisladas de niños menores de 5 años con diarrea sanguinolenta usuarios de los servicios de Salud Pública

Fil: Mota, María Inés. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Varela, Gustavo. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gadea, María del PIlar. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Caffer, María Inés. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Enterobacterias; Argentina.Fil: Sirok, Alfredo. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Schelotto, Felipe. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Introducción: en niños menores de 5 años con diarrea sanguinolenta, Shigella flexneri es el agente bacteriano más frecuentemente recuperado en nuestro medio. La shigellosis es una de las enfermedades infecciosas en las cuales el tratamiento con antimicrobianos es efectivo. La elección empírica del antimicrobiano adecuado es problemática debido a la resistencia de Shigella a diversos antibióticos. Esta situación estimuló el interés en el desarrollo de vacunas para el control de esta enfermedad. Debido a que algunas vacunas están orientadas a promover la respuesta inmune serotipo específica, es importante establecer la distribución de los serotipos prevalentes en la población que interesa inmunizar. El objetivo de este estudio fue caracterizar 50 cepas de Shigella flexneri aisladas a partir de niños con diarrea sanguinolenta, recuperadas en cuatro encuestas etiológicas de gastroenteritis. Método: a cada una se le realizó: serotipificación, estudio del patrón de lipopolisacárido, perfil plasmídico y estudio de sensibilidad a diferentes antimicrobianos. Resultados: los serotipos prevalentes fueron 2a, 3c, 4, 6, y 1. Se identificaron diez antibiotipos diferentes. En los cultivos del serotipo 2a se hallaron tres patrones plasmídicos; el 5 fue el más frecuente, seguido por el 6 y el 7. El análisis de la evolución de los antibiotipos circulantes mostró una tendencia hacia la aparición de tipos con mayor espectro de resistencia. Conclusiones: vista esta evolución, y de acuerdo a los resultados obtenidos, resulta de interés ensayar un inmunógeno que incluya los determinantes “O” específicos de los serotipos 2a, 1, 3c, 4, 6 y el de Shigella sonnei

Serotipos, perfil plasmídico y antibiotipos de cepas de Shigella flexneri aisladas de niños menores de 5 años con diarrea sanguinolenta usuarios de los servicios de Salud Pública

Fil: Mota, María Inés. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Varela, Gustavo. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gadea, María del PIlar. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Caffer, María Inés. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Enterobacterias; Argentina.Fil: Sirok, Alfredo. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Schelotto, Felipe. Universidad de la República. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Introducción: en niños menores de 5 años con diarrea sanguinolenta, Shigella flexneri es el agente bacteriano más frecuentemente recuperado en nuestro medio. La shigellosis es una de las enfermedades infecciosas en las cuales el tratamiento con antimicrobianos es efectivo. La elección empírica del antimicrobiano adecuado es problemática debido a la resistencia de Shigella a diversos antibióticos. Esta situación estimuló el interés en el desarrollo de vacunas para el control de esta enfermedad. Debido a que algunas vacunas están orientadas a promover la respuesta inmune serotipo específica, es importante establecer la distribución de los serotipos prevalentes en la población que interesa inmunizar. El objetivo de este estudio fue caracterizar 50 cepas de Shigella flexneri aisladas a partir de niños con diarrea sanguinolenta, recuperadas en cuatro encuestas etiológicas de gastroenteritis. Método: a cada una se le realizó: serotipificación, estudio del patrón de lipopolisacárido, perfil plasmídico y estudio de sensibilidad a diferentes antimicrobianos. Resultados: los serotipos prevalentes fueron 2a, 3c, 4, 6, y 1. Se identificaron diez antibiotipos diferentes. En los cultivos del serotipo 2a se hallaron tres patrones plasmídicos; el 5 fue el más frecuente, seguido por el 6 y el 7. El análisis de la evolución de los antibiotipos circulantes mostró una tendencia hacia la aparición de tipos con mayor espectro de resistencia. Conclusiones: vista esta evolución, y de acuerdo a los resultados obtenidos, resulta de interés ensayar un inmunógeno que incluya los determinantes “O” específicos de los serotipos 2a, 1, 3c, 4, 6 y el de Shigella sonnei

Publicaciones del Instituto de Biología Aplicada. Tomo 54

María Rambla. — Estudio de las especies ibéricas de los géneros Odiellus y Lacinius (Fam. Phalangiidae). Federico Emiliani. — Algunos aspectos bacteriológicos del lago Vilá (Gerona, España). María del Pilar Gracia. — Estudio analítico y morfológico de las Tecamebas muscícolas. Enrique Gadea. — Sobre la filogenia interna de los Nematodos. Enrique Gadea. — La implicación filático-sistemática de los Rizópodos. F. Español. — Entomofauna forestal española : Fam. Lucanidae (Col. Scarabaeoidea). F. Español. — Notas sobre los anóbidos (Col.). Francisco Castelló. — Estudio anatómico de la musculatura parietal y del manto de los moluscos poliplacóforos. Luis Villar. — Explotación y conservación de la Naturalesa en el Alto Roncal (Navarra oriental).Peer reviewe

Bacterial pathogens associated with bloody diarrhea in Uruguayan children

Fil: Mota, María Inés. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gadea, María del Pilar. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gonzalez, S. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gonzalez, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Pardo, L. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Sirok, A. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Rivas, M. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Algorta, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Schelotto, F. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Varela, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Diarrheal disease continues to be a serious health problem, especially in developing countries. Bloody diarrhea represents approximately 20-30% of all cases and has higher morbidity and mortality. Treatment with antibiotics is beneficial in cases of Shigella, Campylobacter, Yersinia and Salmonella infection, principally in those children with a higher risk of invasive disease. The aims of this study were to detect the bacterial agents associated with bloody diarrhea in children and to determine their antimicrobial susceptibility patterns. Between June 2001 and January 2008, 249 children with bloody diarrhea were studied. Shigella and Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) were recovered from 48 (19.3%) and 3 (1.2%) of the total of cases, respectively. In 49 out of 249 children, in whom other enteropathogens were investigated, we recovered Campylobacter jejuni from 7 children (14.3%), Salmonella spp. from 2 (4.1%) and Aeromonas spp. from 1 (2%) in addition to Shigella from 7 children (14.3%). Thirty-four (70%) Shigella isolates showed resistance to ampicillin and 13 (27%) to trimethoprim-sulfamethoxazole. All Shigella isolates were susceptible to nalidixic acid, ciprofloxacin and ceftriaxone. Salmonella and STEC isolates were susceptible to all antibiotics assayed. Thus, the use of trimethoprim-sulfamethoxazole or ampicillin would not be appropriate for the empirical treatment of Shigella – associated diarrhea

Bacterial pathogens associated with bloody diarrhea in Uruguayan children

Fil: Mota, María Inés. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gadea, María del Pilar. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gonzalez, S. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Gonzalez, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Pardo, L. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Sirok, A. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Rivas, M. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Servicio de Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Algorta, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Schelotto, F. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Varela, G. Instituto de Higiene Arnoldo Berta. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Diarrheal disease continues to be a serious health problem, especially in developing countries. Bloody diarrhea represents approximately 20-30% of all cases and has higher morbidity and mortality. Treatment with antibiotics is beneficial in cases of Shigella, Campylobacter, Yersinia and Salmonella infection, principally in those children with a higher risk of invasive disease. The aims of this study were to detect the bacterial agents associated with bloody diarrhea in children and to determine their antimicrobial susceptibility patterns. Between June 2001 and January 2008, 249 children with bloody diarrhea were studied. Shigella and Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) were recovered from 48 (19.3%) and 3 (1.2%) of the total of cases, respectively. In 49 out of 249 children, in whom other enteropathogens were investigated, we recovered Campylobacter jejuni from 7 children (14.3%), Salmonella spp. from 2 (4.1%) and Aeromonas spp. from 1 (2%) in addition to Shigella from 7 children (14.3%). Thirty-four (70%) Shigella isolates showed resistance to ampicillin and 13 (27%) to trimethoprim-sulfamethoxazole. All Shigella isolates were susceptible to nalidixic acid, ciprofloxacin and ceftriaxone. Salmonella and STEC isolates were susceptible to all antibiotics assayed. Thus, the use of trimethoprim-sulfamethoxazole or ampicillin would not be appropriate for the empirical treatment of Shigella – associated diarrhea

Primer aislamiento en Uruguay de Escherichia coli productora de toxina Shiga del serotipo O157:H7 en una niña con síndrome urémico hemolítico

Fil: Gadea, María del Pilar. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Varela, Gustavo. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Bernadá, Mercedes. Facultad de Medicina. Clínica Pediátrica B; Uruguay.Fil: Sirok, Alfredo. Facultad de Medicina.Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Mota, María Inés. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Sabelli, Rosana. Centro Asistencial del Sindicato Médico del Uruguay. Clínica Pediátrica B; Uruguay.Fil: Grotiuz, Germán. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Schelotto, Felipe. Facultad de Medicina. Departamento de Bacteriología y Virología; Uruguay.Fil: Chinen, Isabel. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Chillemi, Germán. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Fisiopatogenia; Argentina.Fil: Rivas, Marta.ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Bacteriología. Servicio Fisiopatogenia; Argentina.En mayo de 2002 se aisló por primera vez en Uruguay Escherichia coli O157:H7, productora de toxina Shiga a partir del coprocultivo de una niña de 16 meses procedente de Melo, con diagnóstico de síndrome urémico hemolítico. La cepa, productora de toxinas Shiga tipo 2 y tipo 2 variante humana a, era genéticamente distinta de las cepas circulantes en Argentina