Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation.

Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation

An Independent Evaluation of the Psychometric Properties of the Russian Version of the Pediatric Daytime Sleepiness Scale (PDSS)

Background. The quality of sleep significantly impacts children’s day-to-day performance, with at least 20% reporting issues with sleepiness. Valid tools for assessing the quality of sleep are needed. Objective. In this study, we assessed the psychometric properties of the Russian version of the Pediatric Daytime Sleepiness Scale (PDSS). The initial adaptation of the PDSS was conducted on a sample from the Arctic regions of Russia. This location may have influenced the scale's generalizability due to variations in natural daylight across different areas of the country. Design. To rectify this, we gathered a comprehensive, geographically diverse sample from Russia. This combined dataset comprised 3772 participants between 10 to 18 years of age, from nine different regions of Russia. Results. We confirmed the unifactorial structure of the PDSS, which showed no regional effects. The psychometric analysis indicated that one item from the 8-item PDSS could be removed, thereby improving the scale's model fit. We also observed gender and age impacts on sleep quality: boys reported fewer sleep-related issues than girls, and younger children reported fewer problems than older children. Conclusion. This study validates the usefulness and reliability of the Russian version of the PDSS, thereby enhancing its general applicability. Furthermore, we replicated previously reported age and sex effects on the sleep quality of school-aged children

Психогенетика пространственных способностей человека

Introduction. This scientific review aims to understand the etiology of human spatial abilities. Spatial thinking is a complex combination of cognitive abilities related to recognizing, transforming, and storing information about objects and predicting the transformation of interactions among them under the influence of other factors. In this work we tend to provide the most complete description of spatial abilities as a specific type of mental activity that underlies practical and theoretical problem-solving in the framework of psychology and genetics to emphasize the importance of synthesizing the experimental data and psychological foundations of spatial intelligence. Theoretical Basis. This review presents the results of genetically informative studies of human spatial abilities. Since the ability to orientate in space is an integral characteristic of all living organisms, spatial abilities are of evolutionary and adaptive importance. In cognitive psychology, spatial skills are understood as the ability to operate with mental spatial images, schemes, and models of reality. Moreover, these abilities vary widely among individuals. The analysis of the etiology of these individual differences showed a significant contribution (69 %) of hereditary factors in the formation of spatial abilities. The results of twin studies indicate the need for searching specific polymorphic variants in genes involved in the development of spatial skills. Large-scale longitudinal studies have shown that spatial abilities are a reliable predictor of individuals’ achievements in science, technology, engineering, and mathematics (STEM). Therefore, studying their molecular-genetic mechanisms merits special attention. Results and Discussion. Various experimental studies on the psychogenetics of human spatial abilities first reported very interesting findings confirming their hereditary nature. Thus, spatial intelligence is a moderately heritable trait, which development involves a wide range of genetic factors causing the activation of various signaling pathways of the metabolism of the human organism.Введение. Представленный научный обзор направлен на понимание этиологии пространственных способностей человека. Пространственное мышление – сложный комплекс когнитивных способностей, позволяющих распознавать, преобразовывать и сохранять информацию об объектах, прогнозировать трансформацию взаимодействий между ними под влиянием прочих факторов. Настоящая работа направлена на получение наиболее полного описания пространственных способностей как специфического вида умственной деятельности, лежащего в основе выполнения практических и теоретических задач, решаемых индивидом, с позиции психологии и генетики, чтобы подчеркнуть важность синтеза накопленных экспериментальных данных и психологических основ пространственного интеллекта в общем. Теоретическое обоснование. Представлен обзор результатов генетически информативных исследований пространственных способностей человека. Так как умение ориентироваться в пространстве является неотъемлемой чертой всех живых организмов, пространственные способности имеют эволюционно-адаптивное значение и также важны для индивида. В когнитивной психологии под пространственными навыками понимаются способности оперировать мысленными пространственными образами, схемами, моделями реальности, причем эти способности существенно различаются между людьми. Анализ этиологии этих индивидуальных различий выявил значительный вклад (69 %) наследственных факторов в формирование пространственных способностей. Результаты близнецовых исследований ставят задачу поиска конкретных полиморфных вариантов в генах, вовлеченных в развитие пространственных навыков. В целом ряде масштабных лонгитюдных исследований показано, что пространственные способности являются надежным предиктором достижений человека в области естественных наук, технологий, инженерии и математики (STEM), поэтому изучение их молекулярно-генетических механизмов представляется важной и актуальной задачей. Результаты и их обсуждение. В ходе проведения различного рода экспериментальных работ по психогенетике пространственных способностей человека были впервые получены весьма интересные данные, подтверждающие их наследственную природу. Выявлено, что пространственный интеллект является умеренно наследуемым признаком, в развитии которого задействован широкий спектр генетических факторов, обуславливающих активацию различных сигнальных путей метаболизма организма человека