Using Stratego/XT for Generation of Software Connectors

Software connectors are used in component based systems as a special entities modeling and realizing component interactions. Besides this behavior, connectors can provide extra functionality and benefits (e.g. logging, adaptation, monitoring). This approach requires generation of connector code with respect to requirements of components, a target environment and features specified at the design stage. In this thesis we show how to extend the existing connector generator [33] by the Stratego/XT transformation engine, which includes a language for implementing program transformations and a collection of transformation tools. We use the toolset to realize a simple method of defining connector implementation, which is use as a template for a process of generation source code.Softwarové konektory hrají významnou roli v komponentových systémech, kde pomáhají modelovat a realizovat spojení mezi komponentami. Krom toho můžou také rozšiřovat vlastnosti spojení přidáním definované funkcionality (např. logování, monitorování, adaptace). Pro tyto účely je ale nutné konektory generovat v závislosti na podmínkách, které jsou specifikovány vlastními komponentami, prostředím a nebo návrhářem. Tato práce se snaží rozšířit existující generátor konektorů [33] pomocí systému Stratego/XT, který zahrnuje jazyk pro implementaci programových transformací a sadu podpůrných nástrojů. Pomocí tohoto systému realizujeme způsob, kterým lze snadno definovat vlastní implementaci softwarového konektoru a následně vygenerovat zdrojový kód konektoru dle daných požadavků.Department of Software EngineeringKatedra softwarového inženýrstvíFaculty of Mathematics and PhysicsMatematicko-fyzikální fakult

Exhaustive testing of safety critical Java

With traditional testing, the test case has no control over non-deterministic scheduling decisions, and thus errors dependent on scheduling are only found by pure chance. Java Path Finder (JPF) is a specialized Java virtual machine that can systematically explore execution paths for all possible schedulings, and thus catch these errors. Unfortunately, execution-based model checkers, including JPF, cannot be easily adapted to support real-time programs. We propose a scheduling algorithm for JPF which allows testing of Safety Critical Java (SCJ) applications with periodic event handlers at SCJ levels 0 and 1 (without aperiodic event handlers). The algorithm requires that deadlines are not missed and that there is an execution time model that can give best- and worst-case execution time estimates for a given program path and specific program inputs. Our implementation, named R SJ, allows to search for scheduling dependent memory access errors, certain invalid argument errors, priority ceiling emulation protocol violations, and failed assertions in application code in SCJ programs for levels 0 and 1. It uses the execution time model of the Java Optimized Processor (JOP). We test our tool wit

Constructing Domain-Specific Component Frameworks through Architecture Refinement

Acceptance rate: 38%International audienceRecently, a plethora of domain-specific component frameworks (DSCF) emerges. Although the current trend emphasizes generative programming methods as cornerstones of software development, they are commonly applied in a costly, ad-hoc fashion. However, we believe that DSCFs share the same subset of concepts and patterns. In this paper we propose two contributions to DSCF development. First, we propose DomainComponents --- a high-level abstraction to capture semantics of domain concepts provided by containers, and we identify patterns facilitating their implementation. Second, we develop a generic framework that automatically generates implementation of DomainComponents semantics, thus addressing domain-specific services with one unified approach. To evaluate benefits of our approach we have conducted several case studies that span different domain-specific challenges

COMBINATION OF ATOMIC FORCE MICROSCOPY AND COMET ASSAY FOR ANALYSIS OF DNA DAMAGE INDUCED BY PDT

The aim of the present study was to evaluate the efficiency of photosensitisation induced by two photosensitizers, TMPyP and ClAlPcS2, tested in vitro on the tumor cell line MCF7. The oxidative damage of DNA in MCF-7 cells was analyzed by comet assay (CA) combined with Atomic Force Microscopy (AFM). The ability of detection of apoptotic response detected by Atomic Force Microscopy at the individual molecule level of DNA was successfully demonstrated; when DNA get damaged, cleavage to fragments caused by photodynamic treatment was directly visualized by AFM imaging of individual molecules. Its accuracy and reliability was validated through the comparison with traditional single cell agarose electrophoresis

VLIV FOTODYNAMICKÉ TERAPIE NA CYTOMECHANIKU NÁDOROVÉ BUNĚČNÉ LINIE HELA

Během posledních desetiletí byla k zobrazování detailních struktur biologických preparátů používána zejména elektronová mikroskopie (EM). Ačkoliv nám EM poskytuje vysoké rozlišení; zobrazovat vzorky bez fixace a barvení není zcela jednoduché a je tímto limitováno. Jak se ale ukazuje, mikroskopie atomárních sil (AFM) se zdá být vhodným nástrojem nejen pro zobrazení biologických struktur, ale i k jejich manipulaci s nimi v nativním stavu a v přirozeném prostředí. Navíc nám poskytuje přesné morfologické a mechanické informace v reálném čase a v nanorozlišení. Moderní AFM přístroj pracuje s pikonewtonovou silovou interakcí s povrchem preparátu, což nám umožňuje provádět detailní studie mofrologických charakterizací biologického vzorku a popisy interakcí hrot-vzorek. Jako biologický objekt byla vybrána HeLa buněčná linie (nádor děložního hrdla virového původu), která je citlivá vůči fotodynamické terapii za současného využití ftalocyaninového senzitizeru. Pro detekci změn v buněčné kultuře byly použity dva různé mikroskopy atomárních sil: Bioscope Catalyst od firmy Bruker a Ntegra AURA od firmy NT-MDT jako nástroj pro detekci mechanických změn po terapii. Naše práce má za úkol upozornit na jednu z aplikací mikroskopie atomárních sil - mechanickou charakterizaci buněk před a po poškození fotodynamickou terapií, která může mít výhledově velký přínos v diagnostice různých onemocnění

EFFECT OF THE ZINC PHTHALOCYANINE MEDIATED PHOTODYNAMIC THERAPY ON CYTOSKELETAL APPARATUS OF HELA CELLS

This study deals with the utilization of photosensitizer (λmax ~ 660 nm) from the group of the phthalocyanines, in photodynamic therapy. Effect of the zinc phthalocyanine photosensitizer mediated photodynamic therapy was evaluated in vitro on the tumor cell line – HeLa (cervical cancer cells) using mass spectrometry and atomic force and fluorescent microscopy techniques

INOVACE PRAKTICKÝCH ÚLOH VE VÝUCE LÉKAŘSKÉ BIOFYZIKY LÉKAŘSKÉ FAKULTY UNIVERZITY PALACKÉHO

Vzhledem k nutnosti zvyšování úrovně vzdělávacího procesu je nezbytné modernizovat výuku i přístrojové vybavení na výukových pracovištích Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Kvalita výuky musí odpovídat současným nárokům studentů na vysokou úroveň výuky. Bez moderního přístrojového vybavení ve výukových laboratořích by nebylo možné v rostoucí konkurenci dalších vzdělávacích institucí uspět. Udržitelnost projektu je zajištěna pokračováním výuky v akreditovaných studijních programech na LF UP v Olomouci, výukové texty budou využívány studenty i v dalších ročnících a případné další finanční náklady pro realizaci nových úloh budou hrazeny z provozních prostředků Ústavu lékařské biofyziky. V rámci inovací praktické výuky byly připraveny nové laboratorní úlohy, které jsou zavedeny do praktické výuky předmětů Lékařská biofyzika, biometrie a výpočetní technika pro studijní program Všeobecné lékařství a předmětu Lékařská biofyzika pro studijní program Zubní lékařství. Nezbytnou součástí přípravy nových laboratorních úloh je vytvoření výukových textů, které prostřednictvím podrobného teoretického popisu doplňují praktické demonstrace

FOTOTOXICKÝ VLIV PORFYRINOVÝCH SENSITIZERŮ A VIDITELNÉHO ZÁŘENÍ NA GRAM-POZITIVNÍ METHICILIN-REZISTENTNÍ KMEN S. AUREUS

The use of antimicrobial photodynamic therapy (aPDT) as a therapeutic modality for the treatment of localized microbial infections represents an developing new field. The emergence of strains resistant to antibiotics has provided the necessary impulse for new drug or technology discoveries to combat these resistant compounds. Although the aPDT is still in infancy, its need is still growing. Like PDT, main components of antimicrobial photodynamic therapy are appropriate light, dye called photosensitizer and created reactive oxygen species. In this article photosensitizers TMPyP and ZnTPPS4 are investigated for antimicrobial photodynamic therapy. We tested these porphyrins on bacterial methicilin – resistant strain MRSA alone and bound in complex created with hp-β-cyclodextrin. The light emitting diodes (414 nm) were used at the doses 0 and 150 J/cm2. Tested concentrations were from 0.78 to 100 μM. This experimental work predicated that TMPyP is very successful compound in aPDT. In contrary to ZnTPPS4 which was efficient for eradication of tested gram-positive bacteria only in higher concentrations

VLIV ULTRAZVUKU NA ÚČINNOST FOTODYNAMICKÉ TERAPIE – IN VITRO STUDIE

Photodynamic therapy (PDT) belongs in perspective modalities of cancer treatment. It is based on the tumour-selective accumulation of a photosensitizer followed by irradiation with light of a specific wavelength. PDT is widely developed nowadays due to its high specificity and selectivity along with absence of the unadvisable side-effects. Sonodynamic therapy (SDT) exploits ultrasound to induce cytotoxic effect of sensitizer. In our study we tested the possibility of combination of this therapies and icrease of efficiency. Our results suggest that irradiation in combination with application of therapeutic ultrasound increases production of reactive oxygen species and reduces viability of tumour MCF7 cells, compared to irradiation of ZnTPPS4 only, especially in the case of higher therapeutic doses. In the future, the combination of PDT and SDT can bring a new treatment modality for malignant and also nonmalignant diseases

Efeito de extrato de algas no enraizamento de estaca de pitaia

In Brazil, pitaya has assumed relevant marketing status as a result of the fruit high demand and the low national production. However, pitaya cultivation needs technical studies. Thus, the present work aimed to evaluate the effect of algae extract and indolbutyric acid (IBA) on rooting of pitaya cuttings from species Hylocereus undatus and Hylocereus polyrhizus. Pitaya cuttings were treated with IBA, algae extract, the combination of IBA and algae extract, and the control. For H. undatus the best responses for root number, volume and mass were obtained from cuttings treated with algae extract and the combination of IBA and algae extract. For H. polyrhizus, the best responses for number of shoots, volume and root mass were obtained in cuttings treated with IBA, algae extract and the combination of IBA and algae extract. The algae extract (SprintAlga TS®) is promising as an alternative or complement to IBA.No Brasil a pitaia tem assumido status mercadológico relevante, visto a alta demanda da fruta e a reduzida produção nacional. Contudo, a cultura da pitaia carece de estudos técnicos. Dessa forma, o presente trabalho teve por objetivo avaliar o efeito de extrato de algas e do ácido Indolbutírico (AIB) no enraizamento e na brotação de estacas das espécies de pitaia Hylocereus undatus e Hylocereus polyrhizus. Estacas de pitaia foram tratadas com AIB, extrato de algas, combinação de AIB e extrato de algas, e a testemunha. Para H. undatus as melhores respostas de número, volume e massa de raízes foram obtidas em estacas tratadas com o extrato de algas e com a combinação de AIB e extrato de alga. Para H. polyrhizus as melhores respostas para número de brotações, volume e massa de raízes foram obtidas em estacas tratadas com o extrato de algas, com AIB e com a combinação de AIB e extrato de alga. O extrato de algas SprintAlga TS® se mostrou promissor como alternativa ou complemento ao AIB