Deteksi dan Kuantifikasi Cemaran Babi pada Sampel Olahan Daging Menggunakan Real-time PCR

 AbstrakMetode pengujian cemaran babi menjadi faktor penting dalam sertifikasi produk halal. Metode yang cepat dan robust diperlukan untuk deteksi dan kuantifikasi cemaran babi. Metode Real-time PCR atau dikenal dengan istilah quantitative PCR (qPCR) merupakan metode alternatif untuk deteksi dan kuantifikasi cemaran babi berdasarkan residu keberadaan DNAnya pada sampel olahan pangan. Metode ekstraksi DNA dan kit amplifikasi yang tahan terhadap inhibitor menjadi kunci keberhasilan penggunaan qPCR untuk pendeteksian dan kuantifikasi cemaran babi. Pendeteksian cemaran DNA dengan probe qPCR digunakan karena mempunyai kelebihan tahan terhadap inhibitor, cepat, spesifik, dan multipel target. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan menguantifikasi cemaran DNA babi menggunakan metode ekstraksi DNA secara cepat dan qPCR. Tahapan penelitian ini adalah ekstraksi DNA, amplifikasi, deteksi, dan kuantifikasi DNA babi. Sampel berasal dari produk olahan pangan, seperti bakso, sosis, daging burger, siomay, kuah daging, dan daging isi roti. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat cemaran babi pada sampel bakso, daging burger, dan kuah bakso. Hasil yang didapatkan menunjukkan bakso memiliki persentase kontaminasi sejumlah 25%, sedangkan kuah daging sejumlah 12,5%. Hasil penelitian ini dapat direkomendasikan untuk laboratorium penguji makanan sebagai metode deteksi cemaran babi dalam produk pangan secara cepat dan akurat.AbstractPork contamination testing method is an important factor in halal product certification. A fast and robust method is needed for the detection and quantification of pig contamination. Real-time PCR method or commonly known as quantitative PCR (qPCR) is an alternative method for the detection and quantification of pork contamination based on the pig’s DNA residual presence in processed food samples. DNA extraction method and inhibitor-resistant amplification kit are the keys of successful qPCR implementation for the detection and quantification of pig contamination. Detection of DNA contamination with qPCR probe is used because it has some advantages, such as resistant to inhibitors, fast, specific, and multiple targets. This research aimed to detect and quantify pig’s DNA contamination using rapid DNA extraction method and qPCR. The stages of this research were pig’s DNA extraction, amplification, detection, and quantification. The samples taken from processed food products, such as meatballs, sausage, burgers’ meat, dumplings, meat broth, and meat filled in the bread. The results showed that there was pork contamination in the samples of meatballs, burgers’ meat, and meat broth. The results showed that the meatballs had a contamination percentage of 25%, while the meat broth had a contamination percentage of 12.5%. The results of this study can be a recommendation for food testing laboratories as a method of detecting the pork contamination in food products quickly and accurately

In Silico Analysis of Actin Gene as a Candidate for DNA Non-Halal Detection Base on Real-Time PCR

Actin genes are genes that are common in organisms, and their expression is constitutive. These genes are used for gene normalization and internal control of DNA extraction, but the actin gene is not widely used for halal certification tests. Bioinformatic studies help to analyze the experiment through in silico more deeply before the experiment is carried out in laboratory, making it more efficient and time effective. uMelt is an analysis to predict the melting curve of target amplification in real-time PCR. Real-time PCR has been widely used for screening and detection of pork content in a product. This research aimed to explore actin gene as a candidate for testing pork using qPCR. The study was carried out in two main stages, namely alignment of the DNA sequence and analysis of the melting curve using the uMelt approach. The results showed a set of actin genes containing conserved regions that can be used as degenerate primers with different family-type coverages. Melting curve prediction with uMelt shows differences in tm peaks so as the types of samples can be easily identified. The use of bioinformatic applications such as uMelt helps in the simulation of predicting the melting curve to increase the precision of the analysis

PELATIHAN PENGGUNAAN APLIKASI MENDELEY UNTUK PENYUSUNAN KARYA ILMIAH

Penyusunan karya ilmiah merupakan tugas yang tak terhindarkan dalam dunia akademik. Namun, banyak mahasiswa, dosen, dan guru yang menghadapi kesulitan dalam mengorganisir referensi dan merujuk pada sumber yang relevan. Oleh karena itu, pelatihan penggunaan aplikasi Mendeley dilaksanakan dengan tujuan memberikan solusi bagi permasalahan tersebut. Pelatihan ini dilaksanakan secara online melalui aplikasi Zoom pada bulan Maret 2023 dengan jumlah peserta sebanyak 58 orang, yang berasal dari berbagai kalangan seperti mahasiswa, dosen, dan guru. Kegiatan ini dilaksanakan di Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam pelatihan ini meliputi penyampaian materi secara terstruktur, demonstrasi penggunaan aplikasi Mendeley, serta sesi tanya jawab dan diskusi. Peserta diberikan pemahaman tentang fitur-fitur Mendeley, seperti pencarian, pengelolaan, dan pengutipan referensi, serta penulisan daftar pustaka yang terstruktur. Hasil pelatihan menunjukkan peningkatan pemahaman peserta dalam penggunaan Mendeley dan kemampuan mereka dalam mengelola referensi serta merujuk pada sumber secara efisien. Peserta juga dapat memanfaatkan fitur kolaborasi Mendeley untuk saling berbagi pengalaman dan pengetahuan. Dengan memanfaatkan Mendeley, proses penyusunan karya ilmiah dapat dilakukan dengan lebih efisien dan efektif. Peserta dapat mengoptimalkan penggunaan teknologi dalam penyusunan karya ilmiah, meningkatkan kualitas, dan memberikan kontribusi yang lebih baik dalam penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan

PELATIHAN PENYUSUNAN ARTIKEL ILMIAH TERINDEKS SINTA

Kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan adalah pelatihan penyusunan artikel ilmiah terindeks SINTA. Kegiatan ini dilaksanakan secara online melalui aplikasi Zoom pada tanggal 20 Maret 2023 dengan jumlah peserta sebanyak 33 peserta dari berbagai kalangan seperti guru, mahasiswa, dan dosen. Tujuan dari kegiatan ini adalah meningkatkan pengetahuan, keterampilan, dan kesadaran peserta dalam penyusunan artikel ilmiah yang berkualitas dan dapat diindeks pada SINTA. Metode yang digunakan dalam kegiatan ini meliputi sesi presentasi, diskusi interaktif, dan penugasan individu. Hasil dari kegiatan ini menunjukkan adanya peningkatan signifikan dalam pengetahuan dan keterampilan peserta terkait penyusunan artikel ilmiah terindeks SINTA. Peserta berhasil mengembangkan kemampuan dalam menyusun argumen yang jelas, menggunakan gaya penulisan akademik, dan mengidentifikasi jurnal terindeks SINTA yang relevan. Kegiatan ini memberikan manfaat yang positif dalam pengembangan ilmu pengetahuan dan pengabdian kepada masyarakat melalui publikasi ilmiah yang relevan dan bermutu

Artikel Review : Kajian Molekuler Obat Pada Kanker Payudara

Kanker merupakan salah satu penyakit penyebab kematian tertinggi di seluruh dunia. Dilansir dari International Agency for Research on Cancer dalam GLOBOCAN 2020, menunjukkan bahwa kasus kanker payudara menduduki peringkat pertama dengan kasus terbanyak. Sekitar 65.858 kasus (16,6%) dari total 396.914 kasus kanker terjadi di Indonesia. Dua pilar utama manajemen kanker payudara adalah pengobatan locoregional dan terapi sistemik; Karakteristik histologis dan molekuler kanker payudara mempengaruhi keputusan pengobatan. Obat kanker payudara memiliki mekanisme kerja yang berbeda-beda dalam pengobatannya. Sistematik review artikel ini bertujuan untuk melakukan perbandingan setiap obat terapi kanker serta mekanisme kerja obat dan kondisi yang diperlukan untuk mengonsumsi obat tersebut.  Review artikel ini dilakukan melalui  penelurusan pustaka database Pubmed, Google Scholar, dan Science Direct yang mengacu pada jurnal publikasi taraf internasional dan nasional terindeks sinta. Sebanyak 28 jurnal digunakan dalam review artikel ini. Kajian beberapa obat yang digunakan dalam pengobatan kanker payudara dianalisis. Beberapa obat tersebut adalah Trastuzumab, Pertuzumab, Lapatinib, Tucatinib, dan Neratinib dengan target reseptor HER2, EGFR, dan HER. Mekanisme kerjanya terutama untuk menghambat proliferasi, fosforilasi, dan homodimerisasi HER2, EGFR, HER4, AKT dan MEK dalam sel HER2 yang mengekspresikan sel kanker payudara sehingga pertumbuhan sel kanker dapat dihambat

Target Aksi Obat Gefitinib Pada Reseptor Tirosin Kinase Terhadap Penyakit Kanker Paru

Kanker paru merupakan tumor ganas di paru-paru yang asalnya dari epitel saluran nafas. Faktor penyebab kanker paru adalah mutasi gen pada jalur sinyal Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR). EGFR merupakan kelompok reseptor tirosin kinase yang dapat mentriger jalur molekuler yang mendorong pertumbuhan sel, proliferasi dan survival sel. Review jurnal ini bertujuan untuk mengetahui target aksi obat gefitinib pada reseptor tirosin kinase terhadap penyakit kanker paru. Dalam review jurnal dilakukan dengan menggunakan metode tinjauan pustaka sistematis dan meta-analisis. Salah satu obat terapi Non Small Cell Lung (NSCLC) adalah gefitinib yang mengalami mutasi EGFR TK. Mekanisme kerja obat gefitinib adalah dengan menghambat kerja EGFR tyrosine kinase dengan mengikat ATP untuk berikatan dengan domain intraseluler EGFR tyrosine kinase katalitik sehingga menghambat proliferasi sel kanker dan menghambat angiogenesis tumor. Terapi molekuler tertarget diberikan biasanya pada penderita kanker paru dengan stadium lanjut dengan EGFR positif

Review: Target Aksi Obat Terhadap Reseptor Dopamin

Reseptor merupakan sebuah makromolekul protein seluler bersifat spesifik yang berikatan langsung dengan ligan. Terapi molekuler reseptor digunakan sebagai target aksi obat dengan hasil efikasi tepat. Reseptor dopamine memiliki peran penting dalam kinerja kontrol pergerakan sebagai fungsi kognitif dan fungsi peredaran. Reseptor dopamine adalah suatu target aksi obat dalam terapi penyakit terapi seperti parkinson dan skizofrenia. Dopamine merupakan senyawa neurotransmitter endokrin pada kelas katekolamin dan memiliki peran sangat penting dalam mengontrol motorik, kognisi, kepuasan, dan gairah. Beberapa subtipe terdapat pada reseptor dopamine yaitu pertama D1&D5 sebagai pembentukkan cAMP dengan aktivasi merangsang protein G dan kedua D2, D3 & D sebagai menghambat pembentukkan cAMP mengaktifkan G-arrestin. Pada target aksi obat glutamat  dapat mengurangi aktivitas glutamat yang berhubungan dengan perkembangan gejala skizofrenia. Skizofrenia merupakan seseorang yang mengalami gangguan mental kepribadian dan emosi, penyakit ini menyerang otak. Adapun peran dopamine dalam sistem saraf pusat adalah menunjukkan neuromodulator dalam psikosis penggunaan psikostimulan yang mengakibatkan pelepasan dopamin diselesaikan dengan menggunakan penghambatan dopamine. Dalam mengetahui target aksi obat terhadap reseptor dopamine dengan mengumpulkan beberapa jurnal internasional dari google scholar yang terpublikasikan

REVIEW: Mekanisme Molekuler Obat Glibenklamid (Obat Anti Diabetes TIPE-2) Sebagai Target Aksi Obat Kanal Ion Kalium

Kanal Ion merupakan protein pori pada membran sel yang bersifat selektif, salah satu ion yang dapat melewatinya adalah ion Kalium (K+). Kanal ion K+ berperan sebagai kekuatan penstabil untuk repolarisasi dan mengatur restin potensial. Salah satu obat yang bekerja pada kanal ion K+ adalah obat golongan sulfonilurea yaitu obat antidiabetes. Contoh obat golongan sulfonilurea adalah Glibenklamid yang mana ia bekerja dengan cara menstimulasi sekresi insulin melalui penutupan kanal kalium yang sensitif terhadap ATP di sel-sel beta pankreas. Pada artikel ini yang akan dibahas yaitu mekanisme molekuler dari obat Glibenklamid sebagai target aksi obat kanal ion kalium. Metode yang digunakan adalah metode studi literatur. Sebanyak enam belas jurnal telah dipilih melalui mesin pencari PubMed dan Google Scholar dengan menggunakan kata kunci seperti, Kanal ion, Kanal ion K+, Glibenklamid, Obat diabetes tipe-2, Mekanisme Diabetes Tipe-2, Mekanisme molekuler glibenklamid, Kanal kalium sebagai target aksi obat, Mekanisme kanal kalium sebagai target aksi obat, dan Mechanism action of K+ ion channel. Obat Glibenklamid yang merupakan obat untuk penyakit Diabetes Mellitus bekerja pada kanal ion K+ dimana mekanismenya dapat menurunkan kadar glukagon serum dan menutup kanal kalium di jaringan selain pankreas. Glibenklamid Akan menstimulasi sel ? Pankreas dan merangsang sekresi insulin melalui eksositosis

Comparison of Two PCR Primer Sets for In-House Validation of GHSR Gene Variation Detection Employing Artificial Recombinant Plasmid Approach

Stunting is a significant global public health problem caused by long-term dietary deficits that affect many children worldwide. Both environmental and genetic factors, including variants in the GHSR gene, play a crucial role in stunted growth. This study used an artificial recombinant plasmid DNA method to evaluate two primer set combinations for identifying DNA variants in the GHSR gene. Selecting suitable primer sets for identifying GHSR genetic variants linked to stunting is essential, as evidenced by PCR and sequencing techniques. The target gene, based on the GHSR reference sequence, consists of eight DNA variations (ΔQ36, G57G, P108L, L118L, R159R, C173R, D246A, and A277P). A recombinant plasmid was created by inserting a 1000 bp fragment of the GHSR gene into the pUC57 backbone. Primer sets were chosen based on their capacity to amplify these eight genetic variations and were optimized and validated using PCR methods. PCR and bi-directional sequencing verified the existence of surrounding DNA and specific single nucleotide variants (SNVs). In our study, we discovered four changes in the DNA sequence (R159R G>A, C173R T>C, D246A A>C, and A277P G>C) using the E1_F2/E1_R3 primer pair. Additionally, a new combination of primers (E1_F1/E1_R3) effectively detected seven DNA sequence mutations (ΔQ36 del CAG, G57G C>T, P108L C>T, L118L C>T, R159R G>A, C173R T>C, and D246A A>C). We have developed a new combination of forward and reverse primers to identify seven SNVs in the GHSR gene, which could serve as a diagnostic tool in clinical laboratory settings

Pengantar Bioteknologi

Perkembangan bioteknologi dalam kehidupan mengalami perkembangan yang cepat. Konsep dasar bioteknologi berawal dari pemanfaatan mikroorganisme pada awal peradaban untuk kebutuhan makanan dan minuman. Saat ini, bioteknologi berkembang menjadi suatu teknik pemanfaatan makhluk hidup untuk menciptakan suatu produk yang lebih bermanfaat bagi kehidupan. Bioteknologi mencakup bidang ilmu genetika, biokimia, biologi molekuler dan mikrobiologi dalam pencarian teknik aplikasi menciptakan produk baru. Pemahaman konsep keilmuan dasar tentang bioteknologi merupakan hal yang diperlukan untuk memahami konsep tersebut. Buku Pengantar Bioteknologi ini disusun untuk memberikan gambaran mengenai bioteknologi dan aplikasi dalam berbagai aspek. Buku ini merupakan pengantar menuju wawasan bioteknologi dan kajian aplikasi keilmuan terkait penerapan bioteknologi dalam kehidupan. Buku ini ditulis oleh ilmuwan dan peneliti yang memiliki keahlian di bidang bioteknologi. Materi dalam buku ini diharapkan dapat memudahkan pembaca untuk mendapatkan gambaran tentang konsep bioteknologi. Buku ini terdiri dari 12 bab yang membahas mengenai pengertian bioteknologi, konsep dasar yang bersinggungan langsung dengan biologi sel, biologi molekuler, hingga rekayasa genetika, serta aplikasinya