Transcriptoma de frutos de Coffea arabica L. ao longo do seu desenvolvimento inicial.

Neste trabalho foi realizado o seqüenciamento de RNA em larga escala de 12 bibliotecas de Coffea arabica cv. IAPAR59: folha, flor, frutos ao longo do seu desenvolvimento e frutos tratados com o indutor de metabolismo secundário metiljasmonato. Foram gerados no total 84.798.835 sequências (Illumina, HiSeq2000), que foram montadas em 127.600 contigs com tamanho médio de 1264bp, dos quais 65480 foram considerados como variantes de splicing únicos (unigenes). Neste trabalho, reportamos a montagem de novo do transcriptoma realizada com as sequências destas bibliotecas e os dados preliminares de anotação funcional e categorização. Trata-se do primeiro trabalho de sequenciamento Illumina com frutos de cafeeiro, que pode trazer importantes informações sobre genes candidatos relacionados a produção de compostos-chave envolvidos na qualidade do café e maturação de frutos

Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits.

Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications

Identificação e caracterização de genes relacionados à biossíntese de ácidos clorogênicos em Coffea arabica L.

O Brasil é o maior produtor e exportador de café no cenário mundial , a lém de ser o segundo maior mercado consumidor da bebida, atrás apenas dos Estados Unidos. Pesquisas estão em desenvolvimento para aumentar o conhecimento genético de cafeeiros relacionada com a qualidade do produto. A qualidade da bebida é diretamente influenciada pelos compostos químicos presentes no grão de café, como por exemplo, ácidos clorogênicos (CGAs) que são relacionados à adstringência da bebida. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos associados a produção dos CGAs, os objetivos deste trabalho são: i) identifica rdosgenes da viade biossíntese dos CGAs; ii) caracterizar o perfil transcricional in silico para alguns genes candidatos. Neste estudo foi utilizada uma montagem de Novo do transcriptoma de C. arabica e os seus respectivos 65,480 unigenes obtidos através de RNA-Seq de folhas, flores e de persiperma de frutos em diferentes fases de desenvolvimento. Foram identificados 45 genes candidatos para a via de biossíntese dos CGAs, os quais incluem todos os principais genes descritos para esta rota metabólica (fenilalanina amonialiase, cinamato 4-hidroxilase, 4-couramato CoA ligase, 4-couramato 3-hidroxilase, hidroxicinamoil quinato transferase e cafeoil-CoA O-metilttransferase)

Um Sistema de Apoio à Decisão Baseado em Agentes para Tratamento de Ocorrências no Setor Elétrico

Empresas fornecedoras de energia elétrica e mantenedoras das redes de distribuição lidam diariamente com a reparação de falhas na rede elétrica e alocação de veículos especializados para atendimento de ocorrências. Em geral, tais empresas dispõem de recursos humanos limitados para cumprir estas atividades. Este artigo apresenta um Sistema de Apoio à Decisão Inteligente (SADI) que propõe-se a apoiar estas tarefas oferecendo sugestões de como distribuir e alocar veículos para efetuar manutenções na rede elétrica. A inteligência do SADI é implementada com a tecnologia de agentes, uma abstração ideal considerando o caráter distribuído do problema em questão

Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis.

Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the starting point for enhancing our knowledge about the coffee genes that are transcribed during the flowering and initial fruit development stages

Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia.

O café é uma valiosa commodity agrícola, sendo sua bebida uma das mais populares do mundo. Apesar do sucesso dos programas de melhoramento em Coffea arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos. Além disso, a estreita base genética de C. arabica pode dificultar a obtenção de cultivares resistentes a pragas e a doenças ou tolerantes a estresses abióticos. Os acessos selvagens de C. arabica geneticamente distantes das variedades cultivadas proporcionam novos alelos para enriquecer sua variabilidade genética. O objetivo deste trabalho foi validar marcadores moleculares do tipo SSR em um painel de 24 acessos de C. arabica da coleção da Etiópia, realizar um estudo da diversidade , estrutura e seleção de genótipos Para futuros trabalhos de introgressão no melhoramento. Neste trabalho foram utilizados 58 marcadores microssatélites (SSR) obtidos de análises in silico a partir de dados de RNA-seq da cultivar Iapar 59 e de sequências de BACs de Hibrido de Timor 832/2, e 77 SSR obtidos de uma extensa revisão bibliográfica em C. arabica e/ou C. canephora. Dos 135 SSR utilizados, 122 resultaram em produtos de amplificação e 31 foram polimórficos no painel. Desses, 20 SSR foram altamente informativos com valores de PIC acima de 0,7, e sete são descritos pela primeira vez. Um total de 165 alelos foram obtidos com média de 5,3 alelos por loco. O estudo de diversidade e estrutura genética dos acessos separou os genótipos em três principais grupos. A utilização de marcadores SSR informativos assim como o estudo de diversidade e estrutura genética destes e dos demais acessos permitirá a criação de uma coleção nuclear, facilitando a conservação, acessibilidade e uso de recursos genéticos de cafeeiros da Etiópia

Método para registro continuo da pressão intracraniana A method for continuous monitoring of the intracranial pressure

Pacientes com hipertensão intracraniana aguda podem ser melhor manipulados se a pressão intracraniana for constantemente medida. Uma série de 91 pacientes com traumatismos cranio-encefálicos agudos, hemorragia subaracnóidea, encefalite, hemorragia intracerebral, ou intoxicação por monóxido de carbono foi acompanhada usando o interruptor a pressão de Numoto por um método aqui descrito. O principal benefício tem sido o conhecimento do valor da pressão intracraniana a todo momento e a detecção rápida de elevações da pressão. Complicações se limitaram a 3 casos de infecção. Dois deles foram pequenas coleções purulentas no ponto de saída do tubo no couro cabeludo. Um paciente com uma fratura craniana exposta, laceração cerebral e hematoma intracerebral desenvolveu uma infecção da ferida operatoria e abscesso cerebral que requereu drenagem.Patients suffering acute intracranial pressure increases can be more advantageously handled if the intracranial pressure is constantly monitored. 91 patients with acute head injuries, hydrocephalus, cerebral infarction, subarachnoid hemorrhage, encephalitis, intracerebral hemorrhage, or carbon monoxide intoxication have been so monitored by using the Numoto pressure switch by a method herein described. The main advantage has been the knowledge of the level of intracranial pressure at any given time and the early detection of a rising pressure when this phenomenon occurred. There were no complications except for 3 cases of infection. Two of these cases were minor purulent collections only at the site of exit of the tube in the scalp. One patient with a compound wound, cerebral laceration, and intracerebral hematoma developed a wound infection and brain abscess which required drainage

Método para registro continuo da pressão intracraniana

Pacientes com hipertensão intracraniana aguda podem ser melhor manipulados se a pressão intracraniana for constantemente medida. Uma série de 91 pacientes com traumatismos cranio-encefálicos agudos, hemorragia subaracnóidea, encefalite, hemorragia intracerebral, ou intoxicação por monóxido de carbono foi acompanhada usando o interruptor a pressão de Numoto por um método aqui descrito. O principal benefício tem sido o conhecimento do valor da pressão intracraniana a todo momento e a detecção rápida de elevações da pressão. Complicações se limitaram a 3 casos de infecção. Dois deles foram pequenas coleções purulentas no ponto de saída do tubo no couro cabeludo. Um paciente com uma fratura craniana exposta, laceração cerebral e hematoma intracerebral desenvolveu uma infecção da ferida operatoria e abscesso cerebral que requereu drenagem