Meditsiinidoktor Paul Korrovits

5. septembril 2008 kaitses Tartu Ülikoolis doktoriväitekirja Paul Korrovits. Töö teemaks oli “Asümptomaatiline põletikuline prostatiit: levimus, etioloogilised tegurid, diagnostikavõimalused”. Tööd juhendasid dots Reet Mändar (TÜ mikrobioloogia instituut) ja dr Margus Punab (TÜ Kliinikumi androloogiakeskus) ning oponeeris prof Michael Marberger Viini Ülikoolist. Eesti Arst 2009; 88(2):141−14

Vaginal microflora during pregnancy and its transmission to newborn

http://www.ester.ee/record=b1053276~S58*es

Inimese mikrobioota biopank Tartu Ülikoolis

Eesti Arst 2018; 97(3):170–17

UXP Portal 2.0 Functional Requirements Specification

Cybernetica on välja töötanud toote Unified eXchange Platform (UXP), pakkumaks turvalist ja töökindlat organisatsioonidevahelist andmevahetuskihti. UXP Portal on universaalne klientrakendus üle UXP platvormi pakutavate teenuste tarbimiseks. UXP Portal’i esimese versiooni põhjal tehtud järeldused viisid vajaduseni arendada välja versioon 2.0.Käesolev bakalaureusetöö kirjeldab UXP Portal 2.0 arendusprotsessi käigusvalminud äriprotsesside modelleerimise ja funktsionaalsete nõuete spetsifitseerimise tööprotsessi ja tulemusi. Projekti tarkvaraarendusprotsessi aluseks on Rational Unified Process (RUP). Projekti raames valminud skeemid järgivad unifitseeritud modelleerimiskeele (UML) põhimõtteid. Nii talitluse kui ka süsteemi käitumise kirjeldamiseks on kasutatud kasutusmallimudeleid. Valminud kasutusmallimudelid on sisendiks arendusprotsessi järgnevatele tööülesannetele.Nõuete spetsifitseerimise muutis keeruliseks tõsiasi, et UXP Portalit arendatakse ettevõtte oma tootena ehk puudub konkreetne klient, kellega koostöös nõudeid välja selgitada. Sellest hoolimata võib välise interaktsioonidisaineriga toimunud koostöö põhjal hinnata, et funktsionaalsete nõuete spetsifikatsioon oli piisava detailsusastmega koostöö alustamiseks.Cybernetica has developed the Unified eXchange Platform (UXP) — an interoperability platform designed to serve as a secure and reliable data exchange infrastructure.UXP Portal is a component that serves as a universal client applicationfor accessing services over UXP infrastructure. Experience with the initial version of UXP Portal led to the development of version 2.0.This Thesis describes the process and the outputs of business process modelingand functional requirements specification for the development of UXP Portal 2.0.The development process is based on the Rational Unified Process (RUP). Themodels were created using Unified Modeling Language (UML) notation. Use-Case Models were developed for both the business and system level domains. The Use- Case Models will serve as an input for the implementation tasks.The requirements specification process was complicated by the fact that UXPPortal is developed as a product that has no direct customer to elicit requirements from. However, the requirements specification described in this Thesis proved to be sufficient for designing a user interface prototype in cooperation with an external interaction designer

Suuõõne mikroobiökoloogia kroonilise parodontiidi puhul

Krooniline parodontiit on hammast ümbritsevate kudede põletik, mille tähtsamaks tekkepõhjuseks peetakse peamiselt hambakatus paiknevaid gramnegatiivseid anaeroobseid mikroorganisme, samas ei ole võimalik esile tuua ühte kindlat haigustekitajat. Arvatakse, et igemealuse keskkonna muutumine tingib mikrofloora tasakaalu häirumise, kuid ei ole teada, missugused mikroobigrupid on sellesse protsessi haaratud. Töös on võrreldud kroonilist parodontiiti põdevate ja tervete isikute igemealust mikrofloorat ning hinnatud kariogeensete mikroorganismide olemasolu ja hulka süljes võrrelduna vastavate kliiniliste näitajatega

Meditsiinidoktor Silver Türk

Eesti Arst 2010; 89(2):15

Sperma mikrofloora kroonilise prostatiidi korral

Krooniline prostatiit on sage, kuid halvasti uuritud haigus, mille etioloogia on suuresti teadmata. Patsientidel leitakse prostata-spetsiifilistest materjalidest ainult ühel juhul kümnest traditsioonilisi uropatogeene (Enterobacteriaceae või Enterococcus), üheksal juhul kümnest jääb haigusetekitaja leidmata. Meie eesmärgiks oli selgitada välja seosed prostatiidi ja rutiinse diagnostika raamidest väljapoole jäävate mikroobide vahel nagu anaeroobsed bakterid, mükoplasmad ning korüünebakterid. Selleks tehti komplekssed mikrobioloogilised uuringud prostatiidipatsientidel ja kontrolluuritavatel. Tööst selgus, et prostatiidipatsientide spermas esinevad arvukad polümikroobsed kooslused, kus on oluline osakaal anaeroobsetel bakteritel ning kus mikroorganismide kontsentratsioon ning erinevate liikide arv on oluliselt suuremad kui kontrolluuritavatel. Ka mükoplasmasid leidub prostatiidipatsientide spermas oluliselt sagedamini ning teatud liigid – Ureaplasma parvum ja Mycoplasma genitalium – seostusid oluliselt haigusega. Korüneformsetest bakteritest esines prostatiidipatsientidel oluliselt sagedamini Corynebacterium’i G-grupi omi, lisaks leidus neil märksa rohkem korüneformide liike suures kontsentratsioonis. Korüneformsed bakterid on vähetundlikud prostatiidi ravis sageli kasutatavate fluorokinoloonide suhtes, kuid nad on tundlikud penitsilliinide ja TMP/SMX suhtes. Eesti Arst 2010; 89(2):83−9

Commentary: Uterine Microbiota: Residents, Tourists, or Invaders?

The recently published review by Baker et al. summarizes the current status of uterine microbiota with the aim to promote research priorities and discussion on this novel research field (1). The authors are to be congratulated on this much anticipated review as microbiota in the uterus is one increasing research area, though poorly investigated microbial niche relative to other organs. However, emerging evidence is beginning to indicate that the uterine microbiota has important implications for female (reproductive) health and disease, and it is becoming evident that the concept of sterile uterus is outworn, although the true core uterine microbiota still needs to be assessed.SA is funded by grants RYC-2016-21199 and ENDORE SAF2017-87526 from the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MINECO), and European Regional Development Fund (FEDER)

Helicobacter pylori infektsioonide teaduspõhine diagnostika ja mikroobivastane ravi

Ülevaates on käsitletud Helicobacter pylori (HP) infektsioonide diagnoosimise ja ravi võimalusi ravile raskesti alluvatel haigetel. Artikkel on Eesti Arstis avaldatud ülevaate (1) edasiarendus vajaduste ja võimaluste kohta HP antibiootikumitundlikkuse selgitamisel Eestis. Artiklis on analüüsitud mõningaid Tartu Ülikoolis varem uuritud mõjureid HP infektsioonide patogeneesis, samuti kohalike patogeenide antibiootikumitundlikkuse profiili. Maastrichti konsensuslike raviskeemidega HP ravi ebaõnnestumise korral soovitame molekulaarselt määrata HP tüvede antibiootikumitundlikkuse ja kasutada probiootikume antibiootikumravi kõrvalmõjude vähendamiseks

Phase stability and oxygen-sensitive photoluminescence of ZrO2:Eu,Nb nanopowders

This work was supported by institutional research funding ( IUT34-27 and IUT2-14 ) of the Estonian Ministry of Education and Research .We studied structure and oxygen-sensitive photoluminescence (PL) of ZrO2:Eu,Nb nanocrystalline powders synthesized via a sol-gel route and heat-treated up to 1200 °C. The material containing only 2 at% Eu3+ was predominantly monoclinic, whereas 8 at% of Eu3+ stabilized tetragonal phase. Comparable amount of niobium co-doping effectively suppressed the formation of tetragonal phase. PL of Eu3+ ions was observed under direct excitation at 395 nm. PL decay kinetics showed that the luminescence was partially quenched, depending on doping concentrations and ambient atmosphere. At 300 °C, the PL intensity of all samples systematically responded (with up to 70% change) to changing oxygen content in the O2/N2 mixture at atmospheric pressure. At low doping levels, the dominant factor controlling the PL intensity was an energy transfer from excited PL centers to randomly distributed defects in the ZrO2 lattice. We argue that the charge transfer between the defects and adsorbed oxygen molecules alters the ability of the defects to quench Eu3+ luminescence. At high doping levels, another type of sensor response was observed, where some Eu3+ emitters are effectively switched on or off by the change of ambient gas. A remarkable feature of the studied material is a reversing of the sensor response with the variation of the Nb concentration.Estonian Ministry of Education and Research IUT34-27 and IUT2-14; Institute of Solid State Physics, University of Latvia as the Center of Excellence has received funding from the European Union’s Horizon 2020 Framework Programme H2020-WIDESPREAD-01-2016-2017-TeamingPhase2 under grant agreement No. 739508, project CAMART