Variant rs6749447 (T > G) in the serine threonine kinase gene is associated with cardiovascular complications, the Tampere adult population cardiovascular risk study

ABSTRACT: We have previously shown an association of STK39 (serine threonine kinase) rs6749447 (T > G) with hypertension in the Tampere adult population cardiovascular risk study in 50-year-old subjects. These 1196 subjects were followed up to the age of 65 years to determine whether rs6749447 is also associated with coronary artery disease (CAD), transient ischemic attack (TIA), or early cardiovascular death.DNA samples were collected by buccal swabs and genotypes were determined by PCR. Hypertension, TIA, and CAD were determined by questionnaire and the National Hospital Discharge Registry. Outcomes for death were collected from the National Statistics Centre. Linkage disequilibrium analysis and gene expression correlations for rs6749447 were done in silico.After following the subjects up to the age of 60 years the rs6749447 G-allele still associated with hypertension (P = .009). The variation did not associate with CAD (P = .959). The risk for TIA was 5.2-fold among G-allele carriers compared to TT genotype even after adjusting for body mass index (P = .036, 95% CI 1.11-24.59). After follow-up of the subjects to the age of 65 years, adjusting for body mass index, the G-allele was associated with 3.2-fold risk of premature cardiovascular death (P = .049, 95% CI 1.00-10.01).In conclusion, the STK39 genetic variant rs6749447 was significantly associated with TIA and premature cardiovascular death in a Finnish cohort. The in silico results of linkage disequilibrium and gene expression analyses also showed associations that were distinct from the retention of salt effect on kidneys proposed earlier for this intronic variation.publishedVersionPeer reviewe

Periodic cohort health examinations in the TAMRISK study show untoward increases in body mass index and blood pressure during 15 years of follow-up

Background Obesity is a significant risk factor for hypertension and diabetes. A cohort of 50-year-old voluntary periodic health examination (PHE) participants was analyzed 15 years retrospectively. Our aim was to evaluate changes in body mass index (BMI) and blood pressure in subjects diagnosed with hypertension and/or diabetes in comparison with healthy controls. Methods Voluntary periodic health examinations (PHE) of the citizens have been carried out by the city of Tampere, Finland. Health data, including body mass index (BMI) and blood pressure, were recorded every five years, starting at the age of 35 (baseline). A total of 339 subjects from the 50-year-old cohort having hypertension and/or diabetes were chosen to the study group. The control group included 604 subjects from the 50-year-old cohort who had the same follow-up information but were not diagnosed with hypertension and/or diabetes. Results In the study group the mean BMI had increased from 26.1 at baseline to 28.5 at the final 15-year follow-up examination. The corresponding increase in the control group was from 23.8 at baseline to 25.5 at the final follow-up. The difference in change with time between the groups was statistically significant (p = 0.04). On the average, the controls gained 4.9 kilograms, whereas subjects in the study group gained 7.0 kilograms over the 15 years of follow-up. Systolic and diastolic blood pressures were also higher in the study group already at baseline and systolic blood pressure increased with time more in the study group than in the control group (p = 0.004). Conclusions BMI and blood pressure were higher in the study group in comparison with the controls already at baseline at 35 years, and the differences were not favorably changed during the follow-up. Apparently, the effect of PHE had not been as efficient as planned on subjects in the study group, who were already slightly overweight at baseline. Keywords: Periodic health examinations; Body mass index; HypertensionBioMed Central open acces

Structural and functional characteristics of xenavidin, the first frog avidin from Xenopus tropicalis

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Avidins are proteins with extraordinarily high ligand-binding affinity, a property which is used in a wide array of life science applications. Even though useful for biotechnology and nanotechnology, the biological function of avidins is not fully understood. Here we structurally and functionally characterise a novel avidin named xenavidin, which is to our knowledge the first reported avidin from a frog.</p> <p>Results</p> <p>Xenavidin was identified from an EST sequence database for <it>Xenopus tropicalis </it>and produced in insect cells using a baculovirus expression system. The recombinant xenavidin was found to be homotetrameric based on gel filtration analysis. Biacore sensor analysis, fluorescently labelled biotin and radioactive biotin were used to evaluate the biotin-binding properties of xenavidin - it binds biotin with high affinity though less tightly than do chicken avidin and bacterial streptavidin. X-ray crystallography revealed structural conservation around the ligand-binding site, while some of the loop regions have a unique design. The location of structural water molecules at the entrance and/or within the ligand-binding site may have a role in determining the characteristic biotin-binding properties of xenavidin.</p> <p>Conclusion</p> <p>The novel data reported here provide information about the biochemically and structurally important determinants of biotin binding. This information may facilitate the discovery of novel tools for biotechnology.</p

Avidin related protein 2 shows unique structural and functional features among the avidin protein family

BACKGROUND: The chicken avidin gene family consists of avidin and several avidin related genes (AVRs). Of these gene products, avidin is the best characterized and is known for its extremely high affinity for D-biotin, a property that is utilized in numerous modern life science applications. Recently, the AVR genes have been expressed as recombinant proteins, which have shown different biotin-binding properties as compared to avidin. RESULTS: In the present study, we have employed multiple biochemical methods to better understand the structure-function relationship of AVR proteins focusing on AVR2. Firstly, we have solved the high-resolution crystal structure of AVR2 in complex with a bound ligand, D-biotin. The AVR2 structure reveals an overall fold similar to the previously determined structures of avidin and AVR4. Major differences are seen, especially at the 1–3 subunit interface, which is stabilized mainly by polar interactions in the case of AVR2 but by hydrophobic interactions in the case of AVR4 and avidin, and in the vicinity of the biotin binding pocket. Secondly, mutagenesis, competitive dissociation analysis and differential scanning calorimetry were used to compare and study the biotin-binding properties as well as the thermal stability of AVRs and avidin. These analyses pinpointed the importance of residue 109 for biotin binding and stability of AVRs. The I109K mutation increased the biotin-binding affinity of AVR2, whereas the K109I mutation decreased the biotin-binding affinity of AVR4. Furthermore, the thermal stability of AVR2(I109K) increased in comparison to the wild-type protein and the K109I mutation led to a decrease in the thermal stability of AVR4. CONCLUSION: Altogether, this study broadens our understanding of the structural features determining the ligand-binding affinities and stability as well as the molecular evolution within the protein family. This novel information can be applied to further develop and improve the tools already widely used in avidin-biotin technology

Metsälain ja metsätuholain muutosten arviointi

Arvioinnin tavoitteena oli muodostaa kokonaiskuva metsälain muutoksen ja metsätuhojen torjunnasta annetun lain toimivuudesta ja lakimuutosten tavoitteiden toteutumisesta. Lisäksi tarkasteltiin lainsäädäntöä suhteessa toimintaympäristön muutoksiin. Kysymyksenasettelu noudatti maa- ja metsätalousministeriön tarjouspyynnön arviointikysymyksiä. Arvioinnissa käytettiin muun muassa Luonnonvarakeskuksen ja Suomen metsäkeskuksen tietoaineistoja, tilastoja ja seurantatietoja sekä olemassa olevia tutkimuksia ja selvityksiä. Hanke muodostui viidestä osa-alueesta: 1) Toimintaympäristön muutos suhteessa lakimuutosten tavoitteisiin, 2) Metsälain muutoksen tavoitteiden toteutuminen, 3) Metsätuholain tavoitteiden toteutuminen, 4) Metsälain ja metsätuholain säännösten vaikutukset hallintoon ja lainvalvontaprosesseihin, 5) Johtopäätökset ja kehittämisehdotukset. Toimintaympäristön muutoksina nousivat keskeisinä esiin globaalin kysynnän seurauksena muutos entistä selluvaltaisempaan metsäteollisuuteen Suomessa, kysymys puun riittävyydestä potentiaalisille uusille investoinneille, biodiversiteetin heikkenemisen jatkuminen, kestävä hakkuumäärä, kun huomioidaan ilmastonmuutoksen ehkäisyyn ja sopeutumiseen liittyvät toimet ja ilmastopolitiikka, muut kestävyyden näkökulmat sekä suometsiin liittyvät erityiskysymykset, sekä poikkeuksellisen kevyt rahapolitiikka ja sen vaikutukset muun muassa finanssipolitiikkaan. Metsälain uudistamisen jälkeen metsien uudistamisikä on laskenut, mutta uudistamisjäreys kasvanut metsien aiempaa nopeamman kasvun seurauksena. Uudistaminen tehdään kuitenkin VMI-havaintojen mukaan edelleen selkeästi myöhemmin (ikä, läpimitta) kuin mitkä olivat alimmaisrajat uudistamisrajojen ollessa vielä voimassa. Metsälakimuutoksen mahdollistama eri-ikäisrakenteinen metsänkasvatus on lähtenyt hyvin hitaasti liikkeelle. Vuonna 2018 jatkuvan kasvatuksen ilmoitukset metsänkäyttöilmoituksissa kuitenkin jo yleistyivät. Jatkuvan kasvatuksen hakkuiden vähäisyydestä johtuen ei ole vielä mahdollista tehdä yleistettäviä arvioita siitä, miten menetelmää on käytännössä toteutettu ja millaisiin kohteisiin sitä on sovellettu. Metsänomistaja 2020 -tutkimuksen (2019) alustavien tulosten mukaan lain suoma valinnanvapaus on lisännyt metsänomistajien tyytyväisyyttä nykyisiä metsänhoito- ja hakkuutapoja kohtaan, mutta samalla niiden metsänomistajien osuus, jotka ovat epävarmoja soveltaisivatko jatkuvan kasvatuksen menetelmää omissa metsissään, on lisääntynyt. Uudistettu metsälaki on parantanut metsänomistajan mahdollisuuksia reagoida kohtaamaansa taloudelliseen ympäristöön, kuten puumarkkinoihin, korkotasoon, luotonsaantirajoituksiin ja verotukseen. Eri-ikäis- ja tasaikäishakkuista tehtyjen kannattavuustarkastelujen perusteella jatkuvan kasvatuksen vähäinen määrä ja metsänomistajien epävarmuus saattavat johtua myös puunostajien eri-ikäisleimikoista melko yleisesti tarjoamasta harvennushakkuiden hintatasosta. Se parantaa tasaikäishakkuiden suhteellista kannattavuutta myös eri-ikäisrakenteisissa metsissä. Jos hintataso on harvennushakkuiden hintatasoa korkeampi, eri-ikäishakkuiden kannattavuus paranee. Arvioinnin tulosten mukaan metsänhoitorästit ovat vuodesta 2015 alkaen hieman vähentyneet ja metsänhoidollinen tila varttuneissa taimikoissa ja nuorissa kasvatusmetsissä hieman kohentunut. Kehitys on kuitenkin todennäköisesti seurausta lisääntyneistä hakkuista ja puun kysynnästä eikä sillä ole suoraa yhteyttä lakimuutokseen. Myös vuonna 2015 voimaan tulleen uuden kestävän metsätalouden rahoituslain painotukset ovat jossain määrin voineet vaikuttaa taimikoiden ja nuorten metsien hoitoon. Lakimuutoksen metsänhoidollisten ja puuntuotannollisten vaikutusten arvioimiseksi kuuden vuoden tarkastelujakso on kuitenkin liian lyhyt. Metsien monimuotoisuudelle tärkeiden rakennepiirteiden kehittymistä arvioitiin VMI-aineistolla tarkastelemalla lahopuuston ja säästöpuuston määrän ja rakenteen kehitystä sekä metsä-lainuudistuksessa lisättyihin tärkeisiin elinympäristöihin kohdistuneita toimenpiteitä ja muutoksia. VMI-aineistolla tarkasteltiin myös toimenpidemuutoksia vähätuottoisilla ojitusalueilla. Suomen metsäkeskuksen metsänkäyttöilmoitusten 2010–2018 perusteella tarkasteltiin toimenpiteitä niillä metsänkäsittelykuvioilla, joilla oli ilmoitettu olevan erityisen tärkeä elinympäristö sekä erityisen tärkeiden elinympäristöjen pienialaisuuden ja puuston luonnontilaisuuden tulkintaa ennen ja jälkeen lakimuutoksen. Muutoksia metsälakikohteiden osuudessa leimikoiden alasta, keskipinta-alassa, keskipuustossa ja käsittelyssä tarkasteltiin vertaamalla luonnonhoidon laadun arvioinnin tuloksia ennen ja jälkeen metsälakimuutoksen. Kuolleen puun määrä on jatkanut kasvuaan Etelä-Suomen metsämaalla 2010-luvulla. Pohjois-Suomessa kuolleen puun määrä on edelleen vähentynyt, mutta negatiivinen kehitys näyttää tasaantuneen. Kuolleen puun määrä puuntuotannon maalla varsinkin Etelä-Suomessa on vielä niin alhainen, että sen määrää on aiheellista kasvattaa. Vanhojen metsien määrä Etelä-Suomessa on jatkanut selvää vähenemistään metsälain muutoksen jälkeenkin. Valtaosa metsälain 10 §:ssä mainituista suotyyppikohteista sijaitsee jo ennestään suojelualueilla tai rajoitetun puuntuotannon alueilla. Ennen ja jälkeen lakimuutoksen toteutettujen inventointien (VMI11–VMI12) välillä suotyyppien osuudet suojelualueilla, rajoitetun puuntuotannon ja puuntuotannon alueilla pysyivät samankaltaisina. Hakkuita tällaisilla kasvupaikoilla oli tehty vähän, mutta ko. suotyyppien tila oli kuitenkin heikentynyt lievästi. Metsälain muutos edellyttää, että metsälakikohteen on aina oltava joko pienialainen tai metsätaloudellisesti vähämerkityksellinen ollakseen laissa tarkoitettu erityisen tärkeä elinympäristö. Luonnonhoidon laadun arviointitulosten mukaan lakikohteiden rajaamisessa tai käsittelyssä ei olisi tapahtunut merkitseviä muutoksia. Tulosten tulkinnassa on kuitenkin otettava huomioon pienestä otoskoosta johtuva tunnuslukujen suuri keskivirhe. Metsäkeskuksen tekemän tarkastelun perusteella voidaan arvioida, että metsälakimuutoksen seurauksena metsälakikohteiden pinta-ala on pienentynyt noin 27 000 hehtaaria. Näistä huomattava osa on vähäpuustoisia soita, mutta puustoisilla kohteilla, kuten metsälakipuronvarsissa, rehevissä korvissa ja lehdoissa, metsälakikohteen statuksen poistolla voi olla ekologisesti merkittäviä negatiivisia vaikutuksia melko lyhyelläkin tähtäimellä. Lain yhtenä tavoitteena oli parantaa monimuotoisuuden turvaamista, mutta metsälakikohteiden vähentymisen vaikutus on päinvastainen. Metsälakikohteiden määrittelyä, tulkintasuosituksia, rajaamista sekä poistojen merkitystä suhteessa monimuotoisuuden turvaamisen tavoitteisiin olisi tarpeen tarkastella tarkemmin erillisessä hankkeessa. Metsätuholain tavoitteena on varmistaa, että metsänkäsittelyssä, puunkorjuussa ja puutavaran varastoinnissa ei heikennetä metsien terveydentilaa. Tätä arvioitiin kirjanpainajan ja ytimennävertäjän osalta liittyen metsätuholaissa säädettyihin puutavaran poistopäivämääriin ja niiden käytännön toimivuuteen eri puolille maata säädetyillä vyöhykkeillä (A-, B- ja C- vyöhykkeet, etelästä pohjoiseen). Päivämäärät perustuvat lämpösummiin, joiden tiedetään ennustavan kaarnakuoriaisten aikuistumista. Kirjanpainajan osalta vyöhykkeellä B lämpösummat ovat täyttyneet suurelta osin samassa tahdissa vyöhykkeen A kanssa, joten takaraja 24.7 on B-vyöhykkeelle selvästi liian myöhäinen. Vyöhykkeen A takaraja (15.7) on sen sijaan toiminut useammin kuin ollut ei-toimiva. Kuorellisen kuusipuutavaran poistamisen takarajaa (nykyään 24.7) tulisi vyöhykkeellä B aikaistaa yhdeksällä päivällä, eli samaan takarajaan vyöhykkeen A kanssa (15.7). Ytimennävertäjän kohdalla poistopäivämäärät eivät ole olleet riittäviä lähestulkoon minään vuonna 2000-luvulla, mutta ko. laji ei aiheuta valtakunnan tasolla merkittäviä tuhoja. Näin ollen muutoksia lakiin on perusteetonta ehdottaa tuhojen vähyyden ja kunnollisen tutkimusaineiston puutteessa. Jatkotoimenpiteenä esitämmekin pinoinventoinnin ja kasvaintuhojen mittaamisen toistamista laajemmalla aineistolla eri puolilla Suomea, sekä kasvutappioiden mittaamista ja arviointia terminaalivarastojen ja tehdasalueiden ympärysmetsissä. Näiden perusteella voitaisiin numeerisesti arvioida sitä minkä kokoiset mäntypinot aiheuttavat merkittäviä riskejä ympärysmetsille sekä saada arvio ytimennävertäjien aiheuttamien kasvutappioiden vakavuudesta. Ennen näitä selvityksiä nykyisiä säädöksiä on perusteetonta muuttaa. Metsätuholain muutos teki juurikäävän torjunnasta velvoittavaa. Arvioinnissa selvitettiin, tulisiko torjuntavelvoite laajentaa koskemaan myös turvemailla kasvavia männiköitä ja onko kantokäsittelyn nykyinen maantieteellinen rajaus tarkoituksenmukainen. Lain muutoksen yhteydessä säädettiin ammattimaisille toiminnanharjoittajille omavalvontavelvollisuus, jonka toimivuutta myös tarkasteltiin. Alueellinen rajaus kesäaikaisen juurikäävän torjunnan pakollisuudesta on lähtökohtaisesti kohtuullisen onnistunut. Vapaaehtoinen kantokäsittely voi kuitenkin olla perusteltua myös parhaiten tuottavissa rajan pohjoispuolella sijaitsevissa metsissä. Lisäksi juurikäävän pakollisen torjunnan rajausta olisi ilmastonmuutoksen takia tarkasteltava uudelleen esimerkiksi kymmenen vuoden välein. Kantokäsittelyn edellyttäminen myös mäntyvaltaisilla turvemailla tehdyissä kesähakkuissa on tarpeen ainakin sellaisilla kasvupaikoilla, joilla sen kustannukset alittavat tuoton. Rajaus voitaisiin tehdä esimerkiksi metsätyypin mukaan. Juurikäävän torjunnan muuttuminen pakolliseksi ja siihen liittyvä omavalvonnan korostuminen näyttäisivät parantaneen kantokäsittelyn laatua. Tämä johtopäätös on lyhyen seuranta-ajan takia epävarma, joten kantokäsittelyn laadun kehitystä on seurattava myös jatkossa. Arvioinnissa selvitettiin myös hallinnon ja lainvalvonnan näkökulmasta taimikon perustamisilmoituksesta luopumisen vaikutuksia, metsärikkomuskynnyksen nostamisen vaikutusta seuraamusjärjestelmän tehokkuuteen, digitalisaation ja metsävaratiedon kehittymisen vaikutuksia sekä omavalvonnan riittävyyttä juurikäävän ja hyönteistuhojen torjunnan laadun takaamiseksi. Hallinnon ja valvonnan kannalta metsälain ja metsätuholain uudistus on toteuttanut pääsääntöisesti sille asetetut tavoitteet. Hallinnollisen taakan keventämisen taustalla tulisi olla kokonaisvaltainen kustannus-hyötyanalyysi. Esimerkiksi taimikon perustamisilmoituksista luopuminen on vähentänyt hallinnollista taakkaa, mutta varjopuolena heikentänyt metsävaratiedon laatua, jota ei tältä osin ole todennäköisesti onnistuttu korvaamaan muilla tiedonkeruumenetelmillä. Metsälain ja metsätuholain rikkomusten sanktioinnissa tulisi harkita sakkorangaistuksen sijasta hallinnollista seuraamusmaksua. Maastotarkastuksista tulisi siirtyä digitaalisiin menetelmiin, mikä edellyttää kehittämispanostuksia. Metsätuholaissa ammattimaisen toiminnanharjoittajan määritelmää tulisi täsmentää siten, että se kattaisi myös puun välitystoimintaa harjoittavat tahot. Metsälain ja metsätuholain muutosten voimaantulosta on kuusi vuotta, mikä on vielä liian lyhyt aika arvioida lakien todellisia vaikutuksia, koska lainsäädännöllisten muutosten lisäksi monet muutkin tekijät vaikuttavat metsien käsittelyyn ja metsätuhojen esiintymiseen. Esimerkiksi alhaiset reaalikorot ja metsäteollisuuden korkeasuhdanne ovat luoneet poikkeuksellisen toimintaympäristön, mikä on vaikuttanut muun muassa hakkuiden voimakkuuteen, metsien kannattavuuteen sijoituskohteena ja todennäköisesti myös uudistamisiän alenemiseen ja uudistamisripeyden paranemiseen. Metsälaki on osaltaan vaikuttanut muutosten toteutumiseen ja joissakin tapauksissa mahdollistanut muutoksen, mutta se ei ole ollut ainoa muutosta aiheuttava tekijä. Lakimuutosten tavoitteina oli lisätä metsänomistajien valinnanvapautta, parantaa metsätalouden kannattavuutta, turvata monimuotoisuus ja metsien terveys, selkeyttää säännöksiä ja tehostaa viranomaistoimintaa. Säännösten selkeyttämisen ja viranomaistoiminnan näkökulmasta uudistus on ollut onnistunut kokonaisuus. Metsänomistaja 2020 -tutkimuksen alustavien tulosten mukaan myös metsänomistajien tyytyväisyys metsänhoitomenetelmiin on kasvanut, vaikka toisaalta myös epätietoisuus siitä, millä tavalla metsiä kannattaisi käsitellä, on lisääntynyt. Pelot negatiivisesta kehityksestä metsänhoidossa eivät toistaiseksi ole osoittautuneet aiheellisiksi. Muutokset metsissä ovat kuitenkin vielä pieniä ja metsänhoidon näkökulmasta lakimuutosten onnistumista on syytä arvioida uudelleen joidenkin vuosien kuluttua, jolloin vaikutuksista voidaan eliminoida muun muassa talouden suhdanteista ja sään vuotuisista vaihteluista johtuvat vaikutukset. Niillä toimenpiteillä, joilla lain valmistelun yhteydessä esitettiin olevan suotuisia monimuotoisuusvaikutuksia laajoilla alueilla (vähätuottoisten turvemaiden uudistamisvelvoitteen poisto, eri-ikäiskasvatuksen salliminen, puulajivalinnan vapautuminen) on tähän mennessä ollut vain vähän havaittavissa olevia monimuotoisuusvaikutuksia. Nämä toimenpiteet koskevat toistaiseksi varsin pieniä pinta-aloja, ja mahdolliset positiiviset monimuotoisuusvaikutukset ilmenevät vasta pitkällä aikavälillä. Metsälain muutoksen kautta voimaan tulleella metsälain 10 §:n kohteiden supistamisella ja poistoilla on kuitenkin suora negatiivinen vaikutus monimuotoisuuteen. Lakikohteiden käsittely vaikuttaa välittömästi monimuotoisuuden kannalta arvokkaimpiin metsiin. Vaikutuksia tulisi selvittää tarkemmin, kuin mitä tässä arvioinnissa on ollut mahdollista tehdä. Myös metsien uudistamisiän aleneminen (syystä riippumatta) vaikuttaa todennäköisesti negatiivisesti monimuotoisuuteen. Metsätuholaki on ollut juurikäävän torjunnan osalta suhteellisen onnistunut, mutta hyönteistuhojen torjunnan näkökulmasta laki ei ole nykyisellään kaikilta osin toimiva. Laajamittaisten tuhojen estämiseksi ilmaston lämmetessä puutavaran poistopäivämääriä olisi ainakin kuusen osalta osin aikaistettava. Metsälain ja metsätuhojen torjunnasta annetun lain vaikutusarvioinnin laatimista tuki ohjausryhmä, johon kuuluivat Marja Kokkonen (ohjausryhmän puheenjohtaja, MMM), Anu Islander (Metsäteollisuus ry), Simo Jaakkola (Koneyrittäjät ry), Lea Jylhä (MTK ry), Panu Kunttu (WWF), Maarit Loiskekoski (YM), Kai Merivuori/Jussi Joensuu (Sahateollisuus ry), Anna Rakemaa (Suomen metsäkeskus), Satu Rantala (MMM) ja Tatu Torniainen (MMM). Arviointiraportin kirjoittajat haluavat kiittää ohjausryhmää asiantuntevasta ja rakentavasta palautteesta sekä erityisesti vilkkaasta, eri näkökulmia avaavasta keskustelusta, jonka toivomme välittyvän myös tämän raportin lukijalle.202

Structure and characterization of a novel chicken biotin-binding protein A (BBP-A)

BACKGROUND: The chicken genome contains a BBP-A gene showing similar characteristics to avidin family genes. In a previous study we reported that the BBP-A gene may encode a biotin-binding protein due to the high sequence similarity with chicken avidin, especially at regions encoding residues known to be located at the ligand-binding site of avidin. RESULTS: Here, we expand the repertoire of known macromolecular biotin binders by reporting a novel biotin-binding protein A (BBP-A) from chicken. The BBP-A recombinant protein was expressed using two different expression systems and purified with affinity chromatography, biochemically characterized and two X-ray structures were solved – in complex with D-biotin (BTN) and in complex with D-biotin D-sulfoxide (BSO). The BBP-A protein binds free biotin with high, "streptavidin-like" affinity (K(d )~ 10(-13 )M), which is about 50 times lower than that of chicken avidin. Surprisingly, the affinity of BBP-A for BSO is even higher than the affinity for BTN. Furthermore, the solved structures of the BBP-A – BTN and BBP-A – BSO complexes, which share the fold with the members of the avidin and lipocalin protein families, are extremely similar to each other. CONCLUSION: BBP-A is an avidin-like protein having a β-barrel fold and high affinity towards BTN. However, BBP-A differs from the other known members of the avidin protein family in thermal stability and immunological properties. BBP-A also has a unique ligand-binding property, the ability to bind BTN and BSO at comparable affinities. BBP-A may have use as a novel material in, e.g. modern bio(nano)technological applications

Kustannusvaikuttavat keinot metsäluonnon monimuotoisuuden köyhtymisen pysäyttämiseksi

Metsäluonnon monimuotoisuuden köyhtymisen pysäyttämiseksi tarvitaan metsien suojelun ja talousmetsien luonnonhoidon lisäämistä. Raportissa tarkastellaan monimuotoisuuden turvaamisen toimenpiteiden ja ohjauskeinojen kustannusvaikutuksia tilanteessa, jossa puusta valmistettujen tuotteiden kysynnän kasvu lisää metsien hakkuita. Suomessa metsien suojelun ja talousmetsien luonnonhoidon ja hakkuiden voimakas lisääminen voi aiheuttaa pitkällä aikavälillä sen, että metsäteollisuuden käyttöön ei riitä kotimaista puuta. Luontokadon kustannustehokas pysäyttäminen edellyttää, että pinta-alatavoitteiden lisäksi pystytään tunnistamaan monimuotoisuuden turvaamisen kannalta tällä hetkellä parhaat kohteet ja puuntuotannon kannalta vähämerkityksiset alueet, joita voidaan kehittää monimuotoisuutta edistävästi. METSO- ja Helmi-ohjelmien tunnettuuden lisääminen ja tilakohtaisten luonnonhoitosuunnitelmien laatiminen olisivat kustannustehokkaita keinoja saada metsänomistajat tarjoamaan lisää kohteita suojeluun ja kiinnostumaan luonnonhoidosta. Ohjelmien rahoituksen lisääminen ja kohteiden kriteerien väljentäminen toisi suojeluun luontoarvoiltaan kehittyviä kohteita. Luonnonhoitoon voitaisiin kehittää pinta-alaan perustuva tuki metsien rakennepiirteiden säilyttämiseksi. Monimuotoisuuden turvaamiseen voitaisiin kehittää vastaavia kompensaatiomekanismeja kuin kasvihuonekaasupäästöjen kompensoimiseen.Tämä julkaisu on toteutettu osana valtioneuvoston selvitys- ja tutkimussuunnitelman toimeenpanoa. (tietokayttoon.fi) Julkaisun sisällöstä vastaavat tiedon tuottajat, eikä tekstisisältö välttämättä edusta valtioneuvoston näkemystä

Matrix metalloproteinases and their tissue inhibitors after selective laser trabeculoplasty in pseudoexfoliative secondary glaucoma

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The aim of this study was to assess changes in metalloproteinases (MMP-2) and tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP-2) following selective laser trabeculoplasty (SLT) in patients with pseudoexfoliative glaucoma (PEXG).</p> <p>Methods</p> <p>We enrolled 15 patients with PEXG and cataracts (PEXG-C group) and good intraocular pressure (IOP) controlled with β-blockers and dorzolamide eye drops who were treated by cataract phacoemulsification and 15 patients with pseudoexfoliative glaucoma (PEXG-SLT group). The PEXG-SLT patients underwent a trabeculectomy for uncontrolled IOP in the eye that showed increased IOP despite the maximum drug treatment with β-blockers and dorzolamide eye drops and after ineffective selective laser trabeculoplasty (SLT). The control group consisted of 15 subjects with cataracts. Aqueous humor was aspirated during surgery from patients with PEXG-C, PEXG-SLT and from matched control patients with cataracts during cataract surgery or trabeculectomy. The concentrations of MMP-2 and TIMP-2 in the aqueous humor were assessed with commercially available ELISA kits.</p> <p>Results</p> <p>In PEXG-SLT group in the first 10 days after SLT treatment a significant reduction in IOP was observed: 25.8 ± 1.9 vs 18.1.0 ± 1.4 mm/Hg (p < 0.001), but after a mean time of 31.5 ± 7.6 days IOP increased and returned to pretreatment levels: 25.4 ± 1.6 mm/Hg (p < 0.591). Therefore a trabeculectomy was considered necessary.</p> <p>The MMP-2 in PEXG-C was 57.77 ± 9.25 μg/ml and in PEXG-SLT was 58.52 ± 9.66 μg/ml (p < 0.066). TIMP-2 was 105.19 ± 28.53 μg/ml in PEXG-C and 105.96 ± 27.65 μg/ml in PEXG-SLT (p < 0.202). The MMP-2/TIMP-2 ratio in the normal subjects was 1.11 ± 0.44. This ratio increase to 1.88 ± 0.65 in PEXG-C (p < 0.001) and to 1.87 ± 0.64 in PEXG-SLT (p < 0.001). There was no statistically significant difference between the PEXG-C and PEXG-SLT ratios (p < 0.671).</p> <p>Conclusion</p> <p>This case series suggest that IOP elevation after SLT can be a serious adverse event in some PEXG patients. The IOP increase in these cases would be correlated to the failure to decrease the TIMP-2/MMP-2 ratio.</p> <p>Trial registration</p> <p>Current Controlled Trials <b>ISRCTN79745214</b></p