Determinación de la frecuencia de mutaciones en los genes katG Y

Tesis (Maestria en Ciencias con Especialidad en Biología Molecular e Ingeniería Genética) UANLUANLhttp://www.uanl.mx

Determinación de genes regulados por microRNAs, involucrados en la leucemia linfocítica aguda tipo B (LLA-B)

Objetivo y Método del estudio. La LLA presenta una alta incidencia y mortalidad en México. Los esfuerzos para el estudio de las leucemias se enfocan en la búsqueda de biomarcadores pronósticos de respuesta al tratamiento. En nuestro laboratorio se encontró mediante expresión génica, 13 genes asociados con la sobrevida de pacientes con LLA. Las secuencias de algunos de estos genes no mostró alteraciones que pudieran justificar los cambios en su expresión por lo que se decidió abordar otros mecanismos de regulación como los microRNAs (miRNAs), que se han visto involucrados en la regulación de procesos celulares, así como en la oncogénesis, incluyendo la LLA, sin embargo los perfiles de expresión de miRNAs varían entre los diferentes estudios y no se han analizado miRNAs circulantes en LLA, siendo que éstos pueden tener potencial como biomarcadores de diagnóstico y pronóstico, así como blancos terapéuticos, por lo que nuestro objetivo fue determinar el perfil de expresión de miRNAs en el plasma de pacientes con LLA y su interacción con genes asociados a sobrevida. Se realizó la extracción del RNA total y el perfil de expresión de 667 miRNAs mediante RT-qPCR (Plataforma Megaplex) a partir de 13 muestras y 5 controles. Se determinaron 2 miRNAs como genes de referencia y posteriormente se seleccionaron y validaron 6 miRNAs en 39 muestras y 7 controles por RTqPCR. Se determinó la sensibilidad y especificidad de éstos miRNAs mediante curvas ROC. Se transfectaron 3 miRNAs (miR-511, miR-34a y miR-223) en células SUP-B15 y se determinaron los genes afectados utilizando microarreglos de expresión, con los cuales se obtuvieron in sílico los procesos biológicos y vías de señalización comunes, relacionados con leucemogénesis. Contribuciones y Conclusiones. Este es el primer estudio que analiza miRNAs circulantes en pacientes con LLA en el cual se determinaron2 miRNAs estables (miR-106a y miR-26b) como genes de referencia, los cuales se utilizaron para obtener el perfil de expresión de miRNAs circulantes utilizando las placas TLDA. De los miRNAs diferencialmente expresados, 20 ya se han encontrado desregulados en células MN leucémicas, de estos, 18 en LLA, que pueden utilizarse como biomarcadores de ERM, previa validación, después del tratamiento y disminución de células leucémicas. De los 18 miRNAs desregulados, ya reportados, se seleccionaron 5 (miR-34a, miR-222, miR-26a, miR-221, y miR-223) y uno, miR-511, que no ha sido reportado, los cuales se unen (In sílico) a genes asociados a sobrevida, para su validación y se obtuvo una diferencia de expresión significativa de las muestras con respecto a los controles (p=6x10-6–0.04). MiR-511 y miR-34a presentaron una sensibilidad y especificidad del 100%, lo que los hace buenos candidatos como biomarcadores asociados a LLA. La transfección de miR-511, miR-34a y miR-223 da por resultado un grupo de genes co-regulados directa o indirectamente por estos miRNAs, la función de algunos de estos genes, así como los procesos biológicos y vías de señalización comunes en las que están implicados in sílico, corresponden a procesos celulares normales que al alterarse desencadenan procesos neoplásicos, o bien, están directamente relacionados con algún tipo de cáncer incluyendo LLC-B, LMA, LMC y LLA

Circulating microRNA expression profile in B-cell acute lymphoblastic leukemia

BACKGROUND: Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is a highly diverse disease characterized by cytogenetic and molecularabnormalities, including altered microRNA (miRNA) expression signatures. AIM: We perform and validate a plasma miRNA expression profiling to identify potential miRNA involved in leukemogenesis METHODS: MiRNA expression profiling assay was realized in 39 B-ALL and 7 normal control plasma samples using TaqMan Low Density Array (TLDA) plates on Applied Biosystems 7900 HT Fast Real-Time PCR System. MiRNA validation was done for six miRNA differentially expressed by quantitative real-time PCR. RESULTS: Seventy-seven circulating miRNA differentially expressed: hsa-miR-511, -222, and -34a were overexpressed, whereas hsa-miR-199a-3p, -223, -221, and -26a were underexpressed (p values < 0.005 for both sets). According to operating characteristic curve analysis, hsa-miR-511 was the most valuable biomarker for distinguishing B-ALL from normal controls,with an area under curve value of 1 and 100% for sensitivity, and specificity respectively. CONCLUSIONS: Measuring circulating levels of specific miRNA implicated in regulation of cell differentiation and/or cell proliferation such as hsa-miRNA-511, offers high sensitivity and specificity in B-ALL detection and may be potentially useful for detection of disease progression, as indicator of therapeutic response, and in the assessment of biological and/or therapeutic targets for patients with B-ALL