THE HCMV INTERACTOME: A QUANTITATIVE ANALYSIS OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS-HOST PROTEIN INTERACTIONS

Human cytomegalovirus (HCMV) is a ubiquitous pathogen that infects the majority of the adult population. Similarly to other herpesvirus, it is able to enter a state of latency, persisting within the host for life. Infection of healthy individuals is normally asymptomatic, however it is among the most common causes of allograft rejection, and can lead to several life-threatening diseases in the immunocompromised. Moreover, it is the leading viral infectious cause for congenital disease. HCMV encodes 171 canonical genes, and a substantial number of non-canonical ORFs have been identified by ribosome profiling and proteomics. The functions of many canonical HCMV proteins remain poorly understood, and it is not yet clear how many non-canonical ORFs encode functional polypeptides. Recent studies have provided an extensive overview on the modulation of gene expression as well as the spatio-temporal dynamics of viral and host proteins during HCMV infection. However, characterisation of specific protein-protein interactions and the exact molecular mechanisms underpinning the biological changes observed during viral infection are beyond the scope of these approaches. Affinity-purification mass spectrometry was performed to identify binding partners for 169 canonical, and 2 non-canonical HCMV proteins in infected cells. CompPass filtering determined an extensive network of high-confidence interacting proteins, with >3,400 virus-host and >150 virus-virus protein interactions. Domain association analysis identified protein domains co-occurring with unusual frequency, while functional enrichment analysis provided an insight into novel functions of multiple viral genes as well as how HCMV systematically modulates host environment, for example interacting with transcriptional repressive complexes or families of ubiquitin E3 ligases. Furthermore, combining interaction data with a recently published systematic analysis of HCMV-induced protein degradation identified viral interactors for 31/133 degraded host targets. Finally, the uncharacterised, non-canonical ORFL147C protein was found to interact with elements of the mRNA splicing machinery, and a mutational study suggested its importance in viral replication. The interactome data will be important for future studies of herpesvirus infection

Estimação jackknife ponderada do erro quadrático médio de predição do EBLUP temporal

A metodologia baseada na melhor predição linear empírica não enviesada (Empirical Best Linear Unbiased Prediction), consagrada com o acrónimo EBLUP, é muito utilizada na estimação de parâmetros para pequenos domínios. Apesar da relativa facilidade de dedução dos EBLUPs, mesmo num contexto de um modelo longitudinal, a medição da sua qualidade é um problema complexo devido à di culdade de estimação do erro quadrático médio de predição (EQMP) de tais preditores. Neste trabalho utiliza-se um estimador de parâmetros de interesse em pequenos domínios assistido pelo modelo temporal de Rao-Yu (Rao e Yu, 1994). O EBLUP temporal é apresentado e é revisitada a aproximação analítica assimptótica do EQMP do EBLUP temporal proposta por Rao e Yu (1994). Sob o modelo de Rao-Yu, é proposta uma metodologia jackknife ponderada para estimar o EQMP do EBLUP, desenvolvida a partir dos trabalhos de Chen e Lahiri (2008). Foi realizado um estudo por simulação com o objectivo de comparar o desempenho do estimador proposto com o obtido por via da aproximação analítica do EQMP

Estimação de modelos lineares gerais mistos utilizando o SAS®

O Modelo Linear Geral Misto (MLGM) enquadra-se numa classe de modelos que tem sido tradicionalmente analisada através de procedimentos de análise de variância

Estimação em Pequenos Domínios com modelos que combinam Informação Seccional e Cronológica

O objectivo principal deste artigo consiste na proposta de um novo estimador para parâmetros de interesse em pequenos domínios com dados de nível área

Identificação das características dos clientes associadas ao risco de crédito

O processo da tomada de decisão sobre a avaliação de uma solicitação de crédito comercial é por vezes difícil para o julgamento humano, devido à imensidão de variáveis que estão em jogo e das suas inter- relações. Neste artigo propomo-nos identificar as características dos clientes associadas a alto e a baixo risco, com recurso a um modelo aplicacional. A partir de uma base de dados de um cartão de crédito, formada por variáveis de natureza qualitativa e quantitativa, ajustámos um modelo logit binário, com o objectivo de tornar o processo de decisão mais objectivo e quantificável. Em seguida, identificámos oito classes de risco através da aplicação de um método de classificação não hierárquica (K-means) sobre o vector da pontuação do modelo logit. Aferimos temporalmente o comportamento de cada classe de risco ao longo de 70 meses, verificando-se que probabilidades baixas de default estão associadas a classes de risco baixo. As características dos clientes tipicamente associadas ao risco de crédito foram identificadas através de uma Análise Factorial das Correspondências

Mapeamento dos gastos em consumo das famílias de países da União Europeia

A análise dos gastos das famílias constitui um indicador que poderá ser utilizado para estudar a performance da economia portuguesa num contexto europeu. Neste artigo apresenta-se um mapeamento da evolução dos gastos em consumo das famílias de alguns países da União Europeia, em percentagem dos gastos totais em consumo entre 1991 e 2001. Esse mapeamento é feito através de um estudo em Dupla Análise em Componentes Principais. Os resultados indicam uma evolução temporal decrescente do peso dos gastos em consumo das famílias em alimentação, bebidas, vestuário e calçado, relativamente aos gastos totais, e uma subida dos gastos em habitação, água, electricidade, gás, outros combustíveis, comunicações, entretenimento e cultura. Verificou-se a existência de uma oposição em termos de gastos em consumo entre os países do sul e os do norte da Europa. Em Portugal, observou-se uma diminuição dos gastos em consumo em alimentação, vestuário e calçado e um aumento dos gastos em entretenimento e cultura

Dropout: demographic profile of Brazilian university students

This study analyses dropout in higher education, a worldwide problem seen in the literature of developed and developing countries. The aim of the study is to explain dropout in Brazil's private higher education. Dropout is defined as the interruption of studies by students in higher education enrolled for any length of time, regardless of university change before its conclusion. This research uses data from students, which are the main population in higher education. Thus, the research is based on a survey questionnaire conducted to a higher education student population. These students can be divided in two categories to be compared: the regular private higher education students and the college students who have stopped their studies. The empirical study begins by a characterization of the respondents, followed by a logistical regression in order to identify the determinants of dropout. Age, change of marital status during the course, having scholarship and asking for funding were considered as determinants of dropout. Results of this research give contribution to young students, the society, the government, private higher education institutions and indirectly to the companies. (C) 2016 The Authors. Published by Elsevier Ltd

Vykreslení středové části obrazce Shri Yantra pomocí Metapostu

summary:ento článek popisuje, jak lze pomocí programu METAPOST jednoduše nakreslit komplikovaný obrazec – středovou část kultovního indického symbolu Shri Yantra. Obrazec se skládá z devíti trojúhelníků rozmístěných uvnitř kruhu. Vztahy mezi trojúhelníky jsou popsány několika pravidly a vytvoření kresby respektující tato pravidla je netriviální. Článek popisuje úspěšný pokus, jak se k správnému nakreslení obrazce přiblížit. Za pečlivé násobné pročtení rukopisu patří naše poděkování Vítu Zýkovi.summary:The Shree Yantra Core is a figure composed of nine interlocking isosceles triangles, all inside a circle. This figure is found in some of the oldest hindu temples and contains, in itself, a series of interesting mathematical problems. This article describes an attempt to solve the problem of drawing the Shree Yantra Core with METAPOST

Measuring Tourists Happiness: the case of the Algarve

Happiness and Quality of Life (QoL) have been receiving attention since many of the social ills have been reduced in the Western World. Happiness is considered one of the contributors to good QoL: if a community has happy citizens, their QoL is viewed as generally good (Veenhoven, 1997). In the same way, tourists’ happiness and QoL have become an important and interesting issue of research. However, measuring tourists’ happiness is a changeling problem. In this paper we present research on measuring tourists’ happiness. First, we have developed a model to explain the effect of different life domains on tourists’ happiness. Results indicated that both satisfaction with their family life and satisfaction with their jobs and activities play a significant role in determining overall happiness. After that, we have developed a model to identify which QoL factors influence tourists’ happiness. Results indicated that both present tourists’ QoL and QoL of their friends have a significant effect on tourists’ general happiness. A survey sample of tourists in the Algarve was used to test binary logistic regression models to detect factors affecting the probability of being at a specific level of happiness

Avaliação Económica e Social dos Concelhos do Algarve

Este estudo tem como objectivo principal realizar uma avaliação económica e social dos concelhos do Algarve através de Índices de Desenvolvimento Concelhio. A realização de análises exploratórias multivariadas suportou a construção desses Índices de Desenvolvimento. As assimetrias existentes entre os concelhos puderam ser identificadas através da formação de grupos homogéneos de concelhos