A high-density linkage map and sex-linked markers for the Amazon Tambaqui Colossoma macropomum

Tambaqui (\textit{Colossoma macropomum}, Cuvier, 1818) is the most economically important native freshwater fish species in Brazil. It can reach a total length of over 1~m and a weight of over 40~kg. The species displays a clear sex dimorphism in growth performance with females reaching larger sizes at harvest. In aquaculture, the production of monosex populations in selective breeding programmes has been therefore identified as a key priority. In the present study, a genetic linkage map was generated by double digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing from 248 individuals sampled from two F1 families. The map was constructed using 14,805 informative SNPs and spanned 27 linkage groups. From this, the tambaqui draft genome was improved, by ordering the scaffolds into chromosomes, and sex-linked markers were identified. A total of 235 markers on linkage group 26 showed a significant association with the phenotypic sex supporting an XX/XY sex determination system in the species. The four most informative sex-linked markers were validated on another 206 sexed individuals demonstrating an accuracy in predicting sex ranging from 90.0\% to 96.7\%. The genetic mapping and novel sex-linked DNA markers identified and validated offer new tools for rapid progeny sexing, thus supporting the development of monosex female production in the industry while also supporting breeding programs of the species

Avaliação de modelos estatísticos considerando a incerteza da paternidade

O sistema de acasalamento mais empregado na pecuária de corte extensiva é a monta a campo com o uso de reprodutores múltiplos. Este sistema traz diversas facilidades ao produtor, entretanto não permite a identificação da paternidade das crias, impossibilitando a comparação do desempenho reprodutivo e produtivo dos diferentes touros, o que afeta negativamente as avaliações genéticas e o progresso genético pela seleção. Objetivou-se com este trabalho comparar metodologias estatísticas que permitam considerar rotineiramente o uso da informação de acasalamentos com touros múltiplos na avaliação genética. Para tanto, foram analisados registros de ganhos de pesos pós-desmama e peso ao sobreano, mensurados em machos e fêmeas de animais da raça Nelore, nascidos no período de 1984 a 2006. Foram aplicados diferentes procedimentos estatísticos que consideram dados de animais com incerteza de paternidade na estimação de parâmetros e valores genéticos. As estimativas dos componentes de (co)variâncias genéticas e dos valores genéticos para os animais presentes no pedigree foram comparadas entre os diferentes procedimentos estatísticos. No capítulo 2, foram utilizados o modelo de paternidade desconhecida e o modelo de grupos genéticos para comparação. Verificou-se que o modelo de grupo genético, definido pelo intervalo de gerações dos machos deve ser usado para classificar e predizer o mérito genético dos filhos de reprodutores múltiplos. No capítulo 3, comparou-se o modelo com base na matriz de parentesco médio e o modelo hierárquico bayesiano (HIER) para incerteza de paternidade. Concluiu-se que o HIER é o modelo que melhor ajustou os dados para estimar os parâmetros genéticos de animais que possuem paternidade incerta. No capítulo 4, propôs-se uma aproximação do modelo hierárquico Bayesiano, usando procedimentos Bayesianos empíricos e máxima...Multiple-sire (MS) mating is the most used mating system in extensive beef cattle systems. This system provides several conveniences to the farmers, but does not allow for paternity identification of the offspring, making impossible to compare the reproductive and productive performance of different bulls, negatively affecting the genetic evaluations and therefore the genetic progress. The aim of this work was to compare statistical approaches that allow for considering information from mating with multiple sires in genetic evaluation. Records from postweaning gain and long yearling weight, measured in males and females of Nellore animals, born from 1984 to 2006 were used. We applied different statistical approaches, which consider data from animals with uncertain paternity in the estimation of genetic parameters and values. The estimated values of the (co) variance components and breeding values for the animals in the pedigree were compared from the different statistical procedures. In chapter 2, we compared unknown parentage and genetic groups models. It was found that the genetic group model defined by the generation interval of males was more appropriate to predict the genetic merit of animals with unknown paternity. In chapter 3, we compared the model based on the use of an average numerator relationship matrix and a hierarchical Bayes model (HIER) accounting for uncertain paternity. We concluded that HIER was the best data fitting model to estimate genetic parameters of animals with uncertain paternity. In chapter 4, we proposed a Bayesian hierarchical model approximation, using empirical Bayesian procedures and maximum likelihood. The proposed model represented a computationally feasible alternative to calculate the probabilities of candidate sires and animal genetic effects on genetic evaluations of large datasets, when there are uncertainty paternity assignments for some animalsCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP

Associação genética da prenhez aos 16 meses com o peso à desmama e o ganho de peso em animais da raça Nelore

Objetivou-se verificar a possibilidade de utilização da prenhez de novilhas aos 16 meses (Pr16) como critério de seleção e as possíveis associações genéticas entre prenhez em novilhas aos 16 meses e o peso à desmama (PD) e o ganho de peso médio da desmama ao sobreano (GP). Foram realizadas análises uni e bicaracterísticas para estimação dos componentes de co-variância, empregando-se um modelo animal linear para peso à desmama e ganho de peso da desmama ao sobreano e não-linear para Pr16. A estimação dos componentes de variância e da predição dos valores genéticos dos animais foi realizada por Inferência Bayesiana. Distribuições flat foram utilizadas para todos os componentes de co-variância. As estimativas de herdabilidade direta para Pr16, PD e GP foram 0,50; 0,24 e 0,15, respectivamente, e a estimativa de herdabilidade materna para o PD, de 0,07. As correlações genéticas foram -0,25 e 0,09 entre Pr16, PD e GP, respectivamente, e a correlação genética entre Pr16 e o efeito genético materno do PD, de 0,29. A herdabilidade da prenhez aos 16 meses indica que essa característica pode ser utilizada como critério de seleção. As correlações genéticas estimadas indicam que a seleção por animais mais pesados à desmama, a longo prazo, pode diminuir a ocorrência de prenhez aos 16 meses de idade. Além disso, a seleção para maior habilidade materna favorece a seleção de animais mais precoces. No entanto, a seleção para ganho de peso da desmama ao sobreano não leva a mudanças genéticas na precocidade sexual em fêmeas.The objective of the present study was to determine the possible use of heifer pregnancy at 16 months (HP16) as a selection criterion and its possible genetic associations with weaning weight (WW) and average daily gain from weaning to yearling (ADGWY). Covariance components were estimated by uni and bivariate animal models assuming a linear model for weaning weight and average daily gain from weaning to yearling and a nonlinear for HP16. Variance components and breeding values were estimated using Bayesian inference. Flat distributions were used for all (co)variance components and genetic correlations. The estimates of heritability direct for HP16, WW and ADGWY were 0.50; 0.24 and 0.15; respectively. and the maternal heritability estimate for the WW was 0.07; The genetic correlations were -0.25 and 0.09; between HP16, WW and ADGWY, respectively; and the genetic correlation between HP16 and maternal effects of WW was 0.29. The heritability estimate of heifer pregnancy at 16 months indicated that the trait can be used as a selection criterion. The genetic correlation estimates indicated that the selection for heavier animals at weaning, in the long-term, could decrease the occurrence of heifer pregnancy at 16 months. Moreover, the selection for animals with greater maternal ability can favor the selection for precocious animals. However, the selection for average daily gain from weaning to yearling will not cause genetic change in female sexual precocity