Algoritmos genéticos para filogenia viva com matriz de características

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2018.O conceito de filogenia viva generaliza o de árvore filogenética, admitindo organismos vivos como ancestrais. Os problemas da filogenia pequena e da filogenia grande são naturalmente estendidos para filogenia viva. Neste trabalho, inicialmente, introduzimos modificações nos algoritmos de Fitch e de Sankoff para resolver o problema da filogenia viva pequena. Em seguida, propusemos um algoritmo genético que usa os algoritmos de Fitch (ou Sankoff) para resolver o problema da filogenia viva grande, com matriz de características como entrada. A partir do método proposto, desenvolvemos experimentos com dados de alinhamentos múltiplos de vírus H1N1 e H2N3, de diferentes países (Estados Unidos, Rússia, Coréia do Sul, Taiwan, Itália e China). As filogenias obtidas mostraram um agrupamento de vírus de regiões próximas. Quando essas filogenias vivas foram comparadas com uma filogenia gerada pelo Phylip, observamos agrupamentos muito semelhantes. Por fim, executamos o método usando um alinhamento múltiplo de diversas leituras da região env do vírus HIV de um mesmo paciente, por um certo período de tempo, variando o número de nós vivos. Comparamos essas filogenias vivas com uma filogenia gerada pelo PAUP, observando que os agrupamentos foram coerentes com períodos próximos de coleta.Live phylogeny trees relate taxonomic units using their similarities over a set of characteristics and generalize phylogeny trees, since they allow the existence of living ancestors. Consequently, small phylogeny problem and large phylogeny problem are naturally extended to live phylogeny. We introduced modifications in Fitch’s and Sankoff’s algorithms to solve the small live phylogeny problem. Thus, we proposed a genetic algorithm witch uses Fitch (or Sankoff) to solve the large live phylogeny problem, taking a character matrix as an input. Using the proposed method, we developed experiments using multiple alignments of H1N1 and H2N3 viruses, from different countries (United States, Russia, South Korea, Taiwan, Italy and China). The output phylogenies showed clusters representing neighbour regions. These phylogenies showed similar clusters, when compared to a phylogeny generated with Philyp. Finally, we applied the algorithm to a multiple alignment obtained by reads of the env region of the HIV virus, of a same patient, during a period of time, with variations in the number of live nodes. We presented three different phylogenies with different numbers of live ancestors, having compared them to a tree generated by PAUP. We observed that the clusters generated by our phylogeny were compatible with close periods of data capture

Implementação computacional de algoritmos para agrupamento de dados HDLSS e HDLLSS

Trabalho de Conclusão de Curso (graduação)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Estatística, 2018.Este trabalho implementa em um pacote R um conjunto de algoritmos destinados a agrupar variáveis em uma estrutura de dados superdimensionada com amostras pequenas (HDLSS, High Dimensional Low Sample Size) e dados com estrutura superdimensionada, longitudinal com amostras pequenas (HDLLSS, High Dimensional Longitudinal Low Sample Size). Esses algoritmos utilizam como medida de similaridade o p-valor obtido a partir de dois testes estatísticos distintos: um não-paramétrico, que testa a ausência de efeito simples de grupo e outro, que avalia a ausência de efeito simples de grupo em um delineamento fatorial com medidas repetidas no tempo. Aplicações em dados de microarranjo apresentam resultados promissores. Os estudos de simulação sugerem que os algoritmos de agrupamento implementados tiveram um desempenho interessante ao detectar grupos em dados HDLSS e HDLLSS.This study implements a R package with a set of algorithms to cluster variables in high dimensional low sample size (HDLSS) data and high dimensional longitudinal low sample size (HDLLSS) data. These algorithms are based on the use of a p-value from two diferents statistical tests as a similarity measure for the clustering procedure: a nonparametric rank test of homogeneous distribution between groups of variables and a test of no simple effect on factorial design with measures observed over time. Applications on microarray data show promising results. The simulation studies reveal that the implemented clustering algorithms show an interesting performance to detecting groups in HDLSS and HDLLSS data structures

Entre o Cristo e o trágico – gênese cristã e Tέλος trágico no pensamento de Albert Camus

The research focus, initially, in a thesis presentation regarding christianism by the young Albert Camus, entitled Christian Metaphysics and Neoplatonism. The research interprets the work as one of the first sources of the christian tradition assimilated by Camus, in addition, the research also pushes towards to demonstrate how themes of this thesis of the youth will punctually reappear in the mature work of the french-algerian writer, especially in the novel The Foreigner. Aiming to follow the thematic echoes of Christian Metaphysics and Neoplatonism in Albert Camus' mature work, specially highlighting The Foreigner, two themes discussed by the young Camus were underlined: evangelical pessimism and the concept of the modern tragic. We propose that both themes were punctually determined in the academic reading of the canonical gospel, which Camus accomplished in his youth. As out of the articulation between evangelical pessimism and the concept of the modern tragic, the research presented a theoretical reading of the evolution of tragic thought in Modernity and, in the end, highlighted the receptive presence of the tragic tradition in the camusian literature, which is frequently emphasized on the novel The Foreigner. Thus, the tragic thought, that marked the composition of camusian work, was presented under the revealing perspective of the indissoluble tragic contradiction between the man and the world. This reading of tragic thought, in terms of camusian reception, revealed itself in the form of an essential estrangement, literarily portrayed by the image of man's irreversible condition of foreigner in the world. Therefore, the research can add solidity to the premise that Albert Camus' literary creation reveals him to be heir to the tragic tradition. In this way, the theme of otherness, pointed out as a founding part of tragic thought, became elementary to understand the literary persona of the foreigner. Participating in the two traditions delimited by the research, the theme of otherness still followed, unfolding through the reasoning, shedding light on the camusian reception of the christian tradition, as well as the tradition of tragic thought. The research finishes along with the discovery of an existential project envisioned by Albert Camus and it is recognizable in the meantime of the analysis of The Foreigner. This project is summed up in the camusian glimpse of a proposition that focuses on the need for man to adapt to this irremediably tragic world. Finally, in addition to recognizing and unraveling one of the christian geneses of camusian literature, the research also revealed part of this strictly tragic teleological horizon that composes the thought of Albert Camus.A pesquisa direciona-se, inicialmente, à apresentação de uma dissertação sobre o cristianismo, ensaiada pelo jovem Albert Camus, intitulada Metafísica Cristã e Neoplatonismo. A tese interpreta a obra como uma das primeiras fontes da tradição cristã assimilada por Camus, ademais, a pesquisa procura demonstrar como temas dessa dissertação de juventude hão de ressurgir pontualmente na obra madura do escritor franco-argelino, especialmente no romance O Estrangeiro. Com o fito de acompanhar os ecos temáticos da Metafisica Cristã e Neoplatonismo na obra de maturidade de Albert Camus, tendo como destaque sobretudo O Estrangeiro, sublinhou-se dois temas dissertados pelo jovem Camus: o pessimismo evangélico e o conceito de trágico moderno. Propomos que os dois temas foram determinantes na leitura acadêmica dos evangelhos canônicos, realizada outrora pelo ainda jovem Camus. A partir da articulação entre o pessimismo evangélico e o conceito de trágico moderno, a pesquisa apresentou uma leitura teórica da evolução do pensamento trágico na Modernidade e, ao cabo, destacou a presença receptiva da tradição trágica na literatura camusiana, com ênfase frequente no romance O Estrangeiro. Dessa forma, o pensamento trágico, que marcou a composição da obra camusiana, fora apresentado sob a perspectiva reveladora da indissolúvel contradição trágica entre homem e mundo. Essa leitura do pensamento trágico, em termos de recepção camusiana, revelou-se sob a forma de um estranhamento essencial, literariamente retratado pela imagem da irreversível condição de estrangeiro do homem no mundo. Assim, a pesquisa pode acrescentar solidez à premissa de que a criação literária de Albert Camus o revela herdeiro da tradição trágica. Nesse sentido, o tema da outridade, apontado como parte fundante do pensamento trágico, tornou-se elementar para compreender a persona literária do estrangeiro. Partícipe das duas tradições delimitadas pela pesquisa, o tema da outridade ainda seguiu desdobrando-se pelo arrazoado, lançando luz sobre a recepção camusiana da tradição cristã, tal como da tradição do pensamento trágico. A pesquisa se encerra com a descoberta de um projeto existencial vislumbrado por Albert Camus e reconhecível no entrementes da análise de O Estrangeiro. Suma-se tal projeto no vislumbre camusiano de uma proposição que se centra na necessidade do homem habituar-se a este mundo irremediavelmente trágico. Por fim, além de reconhecer e deslindar uma das gêneses cristãs da literatura camusiana, esta pesquisa também revelou parte deste horizonte teleológico cerradamente trágico que compõe o pensamento de Albert Camus.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superio

No princípio era o sofrimento: o templo fantasma

O artigo se vale de elementos da sociologia da religião a fim de aplicá-los à metade final do século I, período no qual a região da Judeia encontra-se sob jugo e intensa opressão do Império Romano, o que, por conseguinte, desencadeou a revolta judaica cujos efeitos foram a destruição de Jerusalém e de seu templo sagrado. Este marco de sofrimento pôs fim a uma realidade social plausível à cosmovisão judaica – residente em torno do templo – e intensificou a expansão de grupos sectários. Pôde-se dizer, enfim, à luz deste percurso bibliográfico, que a crença em Jesus Cristo, nesse período pós-70, tornou-se uma resposta plausível à crise social eminente. Com esse artigo, quer-se mostrar como o Movimento de Jesus tornou-se uma proposta messiânica cada vez mais reverberante após o sofrimento funesto que Roma infligiu aos judeus

O rosto divino do Absurdo – do suicídio de Kierkegaard

De começo, o artigo ressalta parâmetros essenciais do pensamento filosófico do escritor franco-argelino Albert Camus, mais acertadamente toca nos temas do Absurdo e do Suicídio Filosófico como descritos em O Mito de Sísifo. O fito dessa passagem primeira é divisar a perspectiva camusiana acerca do filósofo dinamarquês Søren Kierkegaard, a fim de apontar elementos textuais e conceituais que revelem como Camus se inspirou em Kierkegaard para compor a persona religiosa de seu romance mais popular, o Capelão Prisional de O Estrangeiro. Um pouco além desta vereda central em que o texto segue, os autores foram postos em paralelo por via dos temas suscitados por Camus e a partir do sintomático postulado camusiano do qual Kierkegaard é o alvo principal, o Suicídio Filosófico

AS INTERSECCIONALIDADES DE VIOLAÇÕES DE DIREITOS DE DIVERSIDADES NA EXPLORAÇÃO SEXUAL COMERCIAL DE CRIANÇAS E ADOLESCENTES

Palavras-chave: Criança e adolescente. Interseccionalidades Proteção integral. Trabalho infantil. Violência Sexual.Palabras clave: Niño y adolescente. Interseccionalidades. Protección integral. Trabajo infantil. Violencia Sexual