Serious Overestimation in Quantitative PCR by Circular (Supercoiled) Plasmid Standard: Microalgal pcna as the Model Gene

Quantitative real-time PCR (qPCR) has become a gold standard for the quantification of nucleic acids and microorganism abundances, in which plasmid DNA carrying the target genes are most commonly used as the standard. A recent study showed that supercoiled circular confirmation of DNA appeared to suppress PCR amplification. However, to what extent to which different structural types of DNA (circular versus linear) used as the standard may affect the quantification accuracy has not been evaluated. In this study, we quantitatively compared qPCR accuracies based on circular plasmid (mostly in supercoiled form) and linear DNA standards (linearized plasmid DNA or PCR amplicons), using proliferating cell nuclear gene (pcna), the ubiquitous eukaryotic gene, in five marine microalgae as a model gene. We observed that PCR using circular plasmids as template gave 2.65-4.38 more of the threshold cycle number than did equimolar linear standards. While the documented genome sequence of the diatom Thalassiosira pseudonana shows a single copy of pcna, qPCR using the circular plasmid as standard yielded an estimate of 7.77 copies of pcna per genome whereas that using the linear standard gave 1.02 copies per genome. We conclude that circular plasmid DNA is unsuitable as a standard, and linear DNA should be used instead, in absolute qPCR. The serious overestimation by the circular plasmid standard is likely due to the undetected lower efficiency of its amplification in the early stage of PCR when the supercoiled plasmid is the dominant template

Emprendimiento e innovación en personas con discapacidad en Colombia: estudio de casos

Objetivo: Identificar las principales barreras y/o obstáculosque personas con discapacidad vencieron para lograr el emprendimiento.Metodología: Se desarrolló un estudio de caso medianteexperiencias de vida de tres sujetos que han logrado ser emprendedoresluego de sufrir una discapacidad. Se utilizó unenfoque cualitativo, mediante entrevista abierta, abordandocategorías de emprendimiento y discapacidad; desarrollandolos siguientes tópicos: factores sociales, individuales y motivacionales,barreras y limitaciones.Resultados y Conclusiones: Se encontró que los principalesfactores y/o motivaciones que llevan a una personacon discapacidad a ser emprendedor están: las creenciasreligiosas, la perseverancia, las redes sociales y familiares.Así mismo se encontró como característica en común la percepcióny análisis de la realidad desde una óptica emprendedora.En cuanto a las barreras y limitaciones se puedenresaltar la inequidad, la falta de oportunidad, escepticismoa la diversidad, barreras físicas, culturales y económicas, yfalta de políticas inclusivas

Gene expression in the toxic dinoflagellate, Alexandrium fundyense: Emphasis on cell cycle- and growth-regulatory genes

Molecular markers have become an important tool for obtaining in situ growth rates of phytoplankton, which is a key parameter in understanding phytoplankton population dynamics. No molecular markers for in situ growth rate of Alexandrium fundyense are available. In this dissertation, characterization of transcriptional profiles in the cell cycle and identification of potential cell cycle markers for growth studies were done by using a cDNA microarray. A custom cDNA microarray was developed containing 1,512 features to study gene expression at different growth stages and during cell cycle progression. About 2% of the array was differentially expressed between cultures in exponential and stationary phases. By time serial analysis of samples over a 25-h period, 7% of the array was differentially expressed during the cell cycle progression. Three genes (actin, putative toxin-related gene and clone 8) exhibited positive correlation in expression levels with the percentage of the cell population in the G2+M stage. This suggests involvement in cell cycle progression and that these genes are potentially useful as cell cycle markers for in situ growth rate studies.^ Diel transcriptional profiles during a natural bloom of A. fundyense were analyzed by microarray and spliced leader-based cDNA library technique. The diel pattern of the cell cycle progression observed resembled that in the laboratory culture. Microarray analyses showed that 10% of the array was differentially expressed during the light-dark and dark-light transitions, coinciding with the S and G2+M phases of the cell cycle, indicating that the expression of these genes is entrained by these transitions. Some of these genes (DNA damage protein, histone-like protein, and major basic nuclear protein) showed up-regulation only in the G2+M phase, indicative of potentials as cell cycle markers.^ Consistent with previous studies, results showed that a small fraction of the genome is regulated at the transcriptional level in A. fundyense. The identified genes either previously characterized or novel, are promising candidates for cell cycle markers and need to be further characterized for their applicability to in situ growth rate studies. The putative cell cycle inhibitors also need to be investigated further to gain insights into their roles in cell cycle regulation in this important species.

Gene expression in the toxic dinoflagellate, Alexandrium fundyense: Emphasis on cell cycle- and growth-regulatory genes

Molecular markers have become an important tool for obtaining in situ growth rates of phytoplankton, which is a key parameter in understanding phytoplankton population dynamics. No molecular markers for in situ growth rate of Alexandrium fundyense are available. In this dissertation, characterization of transcriptional profiles in the cell cycle and identification of potential cell cycle markers for growth studies were done by using a cDNA microarray. A custom cDNA microarray was developed containing 1,512 features to study gene expression at different growth stages and during cell cycle progression. About 2% of the array was differentially expressed between cultures in exponential and stationary phases. By time serial analysis of samples over a 25-h period, 7% of the array was differentially expressed during the cell cycle progression. Three genes (actin, putative toxin-related gene and clone 8) exhibited positive correlation in expression levels with the percentage of the cell population in the G2+M stage. This suggests involvement in cell cycle progression and that these genes are potentially useful as cell cycle markers for in situ growth rate studies.^ Diel transcriptional profiles during a natural bloom of A. fundyense were analyzed by microarray and spliced leader-based cDNA library technique. The diel pattern of the cell cycle progression observed resembled that in the laboratory culture. Microarray analyses showed that 10% of the array was differentially expressed during the light-dark and dark-light transitions, coinciding with the S and G2+M phases of the cell cycle, indicating that the expression of these genes is entrained by these transitions. Some of these genes (DNA damage protein, histone-like protein, and major basic nuclear protein) showed up-regulation only in the G2+M phase, indicative of potentials as cell cycle markers.^ Consistent with previous studies, results showed that a small fraction of the genome is regulated at the transcriptional level in A. fundyense. The identified genes either previously characterized or novel, are promising candidates for cell cycle markers and need to be further characterized for their applicability to in situ growth rate studies. The putative cell cycle inhibitors also need to be investigated further to gain insights into their roles in cell cycle regulation in this important species.

La educación como herramienta para recatolizar la moral civil en Cartagena (1876-1895)

Tesis (Historia) -- Universidad de Cartagena. Facultad de Ciencias Humanas, 2013.Desde la Colonia, se pensó la educación como el don y el mandato sagrado de la doctrina católica, la luz de la enseñanza moral, el legado de la misión eclesiástica, y en definitiva, el canon indeleble de virtudes y buenas costumbres. Llegado el decimonónico siglo, la educación se encarnó en el vientre de la república para concebir a los hijos de la patria, aquellos nacidos bajo el ideario independiente y de cuyo espíritu nacional, el ciudadano era la bandera que enarbolaba la libertad moderna. Una vez ocurrido el proceso de independencia, el transitar de la educación también sufrió revoluciones como producto de las confrontaciones partidistas republicanas, y a lo largo de dicha centuria fraccionó su imaginario y práctica al quedar sujeta a los intereses de cada gobierno en turno. La escuela fue un escenario susceptible a las diferentes convulsiones religiosas y políticas que definieron los poderes en curso. Hacia la segunda mitad del XIX a la par de la construcción del moderno Estado-nación, la educación se convirtió en uno de los temas trascendentales del periodo y constituyó el instrumento social-cultural que ganara las riendas de la dirigencia política a partir del enunciado de legislaciones homogeneizadoras de la sociedad diversa. Sin embargo, al relacionarse con la fe, ésta fue bifurcada entre dos esquemas distintos: un modelo secular fundamentado en las libertades y los esfuerzos anticlericales, y otro que convino con la Iglesia para instalar, herramientas conciliadoras e híbridas sobre hábitos y conductas fuera de la norma católica, con el fin de crear un estribo moral de protección al ciudadano. Entre las múltiples tentativas clericales por restablecer el conservadurismo y reivindicar el monopolio de la enseñanza, la Iglesia, principal agente del poder moral. La Educación como herramienta para re-catolizar la moral civil en Cartagena (1876- 1895) no dio tregua en ninguno de lo momentos en los que soportó amenazas y ataques de parte del laicismo y anticlericalismo de las políticas liberales. De ese modo, todos aquellos intentos prepararon el terreno, para que el más eficaz de ellos, la guerra de las escuelas, lograra el inicio de lo que sería el triunfo de los poderes político y moral extendidos a fines del XIX hasta las tres primeras décadas del XX. Efectivamente, la consolidación de esta alianza Estado- Iglesia en el poder se dio por la acción de dos guerras civiles (del 1876 y 1885) que cristalizaron las reglamentaciones civiles, educativas y religiosas desplegadas en el programa regenerador. Igualmente, uno de los espacios que incorporó esta coalición oligarca fue sin duda alguna, la escuela; dentro de ella se trazaron las directrices que guiarían el arquetipo del ciudadano requerido por el sistema. El ejemplo de buena moral estaba lejos de una cultura analfabeta, propensa a la delincuencia. Por el contrario, el trabajo escolar buscaba contrarrestar los ejemplos de desorden e inmoralidad que contaminaban tanto la sociedad cartagenera como el resto de las poblaciones colombianas. Esto hizo que los esfuerzos por neutralizar las conductas desafiantes al régimen teocrático y su eterna batalla dentro de ella, resultaran muchas veces inútiles a pesar del rigor de las leyes que custodiaban la enseñanza. La Iglesia sobrevivió a muchos cambios en la sociedad moderna y se mimetizó al interior de la política nacional, de un lado, para satisfacer las necesidades y retórica del Estado, y de otro, para disimular sus propias debilidades. La politización e instrumentalización del credo católico mediante los estatutos de la Constitución del 86 y del Concordato del 87 garantizó su protagonismo en la sociedad y su injerencia en cada una de las disposiciones escolares a fin de conseguir el control de la ciudadanía. Este pacto aseguró la permanencia de las estructuras hacendatarias y latifundistas y de la educación en manos de la clerecía. Con todo, hubo una guerra poco visible que la Iglesia no logró sobrevivir, pero en definitiva fue la más peligrosa de todas. Esta corresponde a aquella crisis que La Educación como herramienta para re-catolizar la moral civil en Cartagena (1876- 1895) trastornó sus cimientos, y le restó autoridad a la hora de convertirse en el ejemplo moral insigne. Como consecuencia de su problemática interna, devino una profunda decadencia en la fe y un desánimo que acaparó los valores de sus propios miembros y de gentes que se descristianizaban. Pronto la carestía de sacerdotes y deserción de los ya ordenados, reveló que la iglesia combatía consigo misma. Si bien las gentes podían demostrar su fe, la falta de interiorización de las convicciones religiosas en la cultura caribeña reflejaba el sinnúmero de normas transgredidas y demostradas también en el ambiente. Todavía, la Iglesia luchaba para que el resto de los sacerdotes resistiera las arraigadas costumbres o los modos de vida desenfrenados. Así las cosas, se dio por sentado que en razón de esta vulnerabilidad clerical, muchos fácilmente declinaban de su servicio, y otros cedían ante las tentaciones y connivencias de seminaristas disconformes con la renuncia al mundo. Dentro de este marco, la élite que controlaba el monopolio de la enseñanza proyectó la imagen de la escuela como un panóptico o confesionario donde se transformaba y depuraba el carácter del ciudadano (religioso y laico). A través de su mensaje de moralidad se proponía restituir el aspecto católico en ruinas y afianzar un orden de catolicidad cuyas bases retornaran a las tradiciones sagradas europeas. Este estudiante debía ser depurado de esa herencia apática adjudicada a nuestros ancestros aborígenes y negros, con el objetivo de europeizar y civilizar su idiosincrasia y pensamiento. La intención de penetrar la escuela y re- catolizar a las masas, no escatimó los saberes modernizadores del periodo, y aunque antes los condenó, negoció con ellos para lograr su estabilidad dentro del juego social y evitar que la sociedad acabara con matices protestantes o seculares. En todo caso, esta dura disciplina no sólo tocaba el armazón corporal sino que traspasaba la conciencia haciéndose sentir en el espíritu. Por eso, la educación de la regeneración no puede ser concebida sólo como medio para fabricar máquinas o sujetos reprimidos, más allá de aquellos parámetros, creyó posible entallar esa idealización llena de virtudes y ejemplos irreprochables en una La Educación como herramienta para re-catolizar la moral civil en artagena (1876- 1895) morada terrena. Es algo interesante porque sus líderes desmitificaron la humanidad del ciudadano y por nada, le concedieron atributos perfectos o sobrenaturales de semidiós, antes bien, siempre reconocieron que a pesar de todos los adiestramientos y reconvenciones (en nombre de Dios) ninguno de ellos era totalmente suficiente, si este no ponía de su parte para cambiar o dominar su naturaleza frágil. Por supuesto al hacer uso de ásperos mecanismos, propuso de un lado, liberar al prospecto de ciudadano de malos hábitos desde sus primeros de años de vida y de otro, concientizarle de la necesidad ferviente de convertirse en un delator y guardián, que no perdiera los estribos de su propia moral. Al contrario en el modelo civil radical, mientras se dijera que el educador asumía de forma adecuada su función, era fácil que fuera el centro de adulaciones sin levantar alguna especie de sospecha; de ahí no sintiera molestia o vergüenza de sus actos privados o públicos. Sin embargo, tenemos que reconocer que en la praxis, los regeneradores al igual que los liberales se equivocaron en el intento de parecerse al prototipo europeo. Con el pasar de los gobiernos, la distracción por este espejismo fue tal, que continuaron muchos de estos residuos o fragilidades todavía a comienzos del siglo XX. Verbigracia, la vocación de los maestros no siempre se enfrentó las dificultades climáticas y geográficas, sino también a problemas cotidianos como la falta de preparación del cuerpo docente, la inasistencia de los alumnos, la deficiente calidad de la educación, la impuntualidad de los pagos y por si fuera poco, el descrédito de la población por causa de los salarios exiguos. Sin duda, através de los dos casos de Leonte Amador y Luis Caparrozo ya mencionados, se quiso observar la sombra y luz del perfil docente dentro del modelo civil católico. ¿Cuáles eran las impresiones de la gente frente al caso de Amador y Caparrozo? Razonablemente las opiniones podían entre sí chocarse, por lo cual, cabe reconocer que no todos podían estar conformes con la ideología y maniobras del La Educación como herramienta para re-catolizar la moral civil en Cartagena (1876- 1895) régimen católico, máxime cuando las intenciones moralizantes de la élite iban en desacuerdo con el comportamiento y ademanes contrarios al catolicismo. De todos modos, gracias a este discurso filantrópico o bienhechor se propició un acercamiento entre los elevados y los bajos sectores sociales, a fin de lograr la transformación o sacralización de ambientes en los que pululaba la pobreza y el desorden. De hecho, la realidad evidenció que tanto la retórica del orden y como los valores del catolicismo contrastaban con la falta de lealtad a los mismos; es decir, la carencia de los hábitos y costumbres fervorosas muchas veces terminaba siendo confundida con el fuerte clericalismo reflejado en muchas parroquias y órdenes religiosas que debieron de resistir y negociar con el estigma de una cultura caribe impregnada de pigmentos licenciosos y anarquistas acentuados en los ejemplos cotidianos. Debido a que el Estado no dio claridad en la organización de nuevo código escolar, se infiere que su colaboración incidió para que la Iglesia recuperara y extendiera legítimamente su ministerio en virtud de algunos estatutos, ya destacados en este estudio: los decretos de 595 y 596 de 1886 sobre la educación primaria y secundaria, el reglamento de Instrucción pública de 1887, el decreto de 939 de 1889 atinente a los sueldos de los maestros, algunos otros informes sobre el situación de la enseñanza y el Plan Zerda de 1893, que hicieron de las escuelas costeñas epicentro y laboratorio de las reglamentaciones escolares piadosas

CLIMA ORGANIZACIONAL DEL PATRONATO MUNICIPAL DE MANTA Y SU INCIDENCIA EN EL RENDIMIENTO LABORAL DEL PERSONAL ADMINISTRATIVO Y OPERATIVO, MANTA 2012 - 2013.

EL CLIMA ORGANIZACIONAL ES UN FENÓMENO INTERMITENTE QUE MEDIA ENTRE LOS FACTORES DEL SISTEMA ORGANIZACIONAL Y LAS TENDENCIAS MOTIVACIONALES, SE TRADUCEN EN UN COMPORTAMIENTO, TRAYENDO CONSECUENCIAS SOBRE LA ORGANIZACIÓN. ACTUALMENTE EN LAS EMPRESAS SE HABLA DE ALTOS ESTÁNDARES DE CALIDAD, PERSONAL CAPACITADO, ENTRE OTROS...EL OBJETIVO DE LA PRESENTE INVESTIGACIÓN FUE: " IDENTIFICAR EL CLIMA ORGANIZACIONAL DEL PATRONATO MUNICIPAL DE MANTA Y SU INCIDENCIA EN EL RENDIMIENTO LABORAL DEL PERSONAL ADMINISTRATIVO Y OPERATIVO E IMPLEMENTAR UN PROGRAMA PARA SU MEJORAMIENTO". SE DEBE IMPULSAR AL CAMBIO DE MENTALIDAD Y DE ESTRATEGIA EMPRESARIAL, TOMANDO EN CUENTA LOS BENEFICIOS QUE ESTA OFRECE A SUS COLABORADORES..

The income-generating projects of a government academic institution in The Philippines: The case of the University of Eastern Philippines

Purpose - This study aims to determine the extent of implementation of income-generating projects (IGPs) of the University of Eastern Philippines (UEP). Design/methodology/approach - It uses a descriptive-correlational research design, involving 126 respondents, composed of 5 members of IGP Board of management, 11 managers and 110 clients. Frequency counts, percentages, ratios, weighted means and multiple regression analysis are used to treat and analyze the data gathered. The assessment of the extent of implementation of IGPs results in a high extent of implementation, indicating that the emergence and development of IGPs significantly improved the income-generating capacity of UEP. Findings - The test of the relationship between the extent of implementation and the profile of the IGPs in terms of length of operations prove that they are not significantly related, indicating that the length of operations has no direct influence on the implementation of the IGPs, and the extent of how IGPs are implemented does not largely depend on the number of staff the IGPs have. However, the average number of clients served is significantly related to the extent of implementation of IGPs. Originality/value - In determining whether a relationship existed between the extent of implementation of IGP and the profile of the staff, the results prove that except for the age of the staff, the educational attainment and the number of trainings and seminars attended are found to have a significant relationship

Development of a Dinoflagellate-Oriented PCR Primer Set Leads to Detection of Picoplanktonic Dinoflagellates from Long Island Sound

We developed dinoflagellate-specific 18S rRNA gene primers. PCR amplification using these oligonucleotides for a picoplanktonic DNA sample from Long Island Sound yielded 24 clones, and all but one of these clones were dinoflagellates primarily belonging to undescribed and Amoebophrya-like lineages. These results highlight the need for a systematic investigation of picodinoflagellate diversity in both coastal and oceanic ecosystems

Characterising planktonic dinoflagellate diversity in Singapore using DNA metabarcoding

Dinoflagellates are traditionally identified morphologically using microscopy, which is a time-consuming and labour-intensive process. Hence, we explored DNA metabarcoding using high-throughput sequencing as a more efficient way to study planktonic dinoflagellate diversity in Singapore’s waters. From 29 minimally pre-sorted water samples collected at four locations in western Singapore, DNA was extracted, amplified and sequenced for a 313-bp fragment of the V4–V5 region in the 18S ribosomal RNA gene. Two sequencing runs generated 2,847,170 assembled paired-end reads, corresponding to 573,176 unique sequences. Sequences were clustered at 97% similarity and analysed with stringent thresholds (≥150 bp, ≥20 reads, ≥95% match to dinoflagellates), recovering 28 dinoflagellate taxa. Dinoflagellate diversity captured includes parasitic and symbiotic groups which are difficult to identify morphologically. Richness is similar between the inner and outer West Johor Strait, but variations in community structure are apparent, likely driven by environmental differences. None of the taxa detected in a recent phytoplankton bloom along the West Johor Strait have been recovered in our samples, suggesting that background communities are distinct from bloom communities. The voluminous data obtained in this study contribute baseline information for Singapore’s phytoplankton communities and prompt future research and monitoring to adopt the approach established here

High-Level Diversity of Dinoflagellates in the Natural Environment, Revealed by Assessment of Mitochondrial cox1 and cob Genes for Dinoflagellate DNA Barcoding ▿ †

DNA barcoding is a diagnostic technique for species identification using a short, standardized DNA. An effective DNA barcoding marker would be very helpful for unraveling the poorly understood species diversity of dinoflagellates in the natural environment. In this study, the potential utility for DNA barcoding of mitochondrial cytochrome c oxidase 1 (cox1) and cytochrome b (cob) was assessed. Among several primer sets examined, the one amplifying a 385-bp cob fragment was most effective for dinoflagellates. This short cob fragment is easy to sequence and yet possess reasonable taxon resolution. While the lack of a uniform gap between interspecific and intraspecific distances poses difficulties in establishing a phylum-wide species-discriminating distance threshold, the variability of cob allows recognition of species within particular lineages. The potential of this cob fragment as a dinoflagellate species marker was further tested by applying it to an analysis of the dinoflagellate assemblages in Long Island Sound (LIS) and Mirror Lake in Connecticut. In LIS, a highly diverse assemblage of dinoflagellates was detected. Some taxa can be identified to the species and some to the genus level, including a taxon distinctly related to the bipolar species Polarella glacialis, and the large number of others cannot be clearly identified, due to the inadequate database. In Mirror Lake, a Ceratium species and an unresolved taxon were detected, exhibiting a temporal transition from one to the other. We demonstrate that this 385-bp cob fragment is promising for lineage-wise dinoflagellate species identification, given an adequate database