Génomique fonctionnelle des gènes uniques chez Pseudomonas aeruginosa LESB58 et essentiels à l'infection pulmonaire chronique

Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable des infections pulmonaires chroniques chez les patients atteints de fibrose kystique (FK). L’émergence de nouvelles souches épidémiques hypervirulentes, multi-résistantes aux antibiotiques et possédant une grande capacité de transmission, telles que LESB58, entraîne de grandes difficultés de traitement et une augmentation de la mortalité chez ces patients. Le séquençage complet de LESB58 a révélé un génome à 90% hautement conservé additionné de 455 gènes regroupés sous six prophages (PPs) et cinq îlots génomiques (GIs). Cette étude a pour objectif de déterminer l’implication de ces régions supplémentaires dans la pathogénie de LESB58. Une mutagenèse à étiquette signature (STM) suivie de plusieurs criblages ont permis de sélectionner 162 mutants dont 11 portant une insertion dans un GI ou PP. Des analyses subséquentes ont été réalisées sur ces mutants afin d’évaluer leur niveau de virulence in vivo dans un modèle d’infection pulmonaire chronique chez le rat. Des analyses de génomique ont été effectuées sur deux de ces mutants afin de mieux comprendre leur incapacité à établir l’infection dans le modèle d’infection in vivo.Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen and causes chronic pulmonary infection to cystic fibrosis (CF) patients. The hypervirulent epidemic strain LESB58 is associated with high transmissibility and is highly resistant to antibiotics causing increased morbidity and mortality. Whole genome sequencing of LESB58 revealed a 90% highly conserved core genome and 455 additional genes grouped in five genomics islands (GIs) and six prophages (PPs). The aim of this study was to determine the implication of the accessory genome in LESB58 virulence. We performed a signature tagged mutagenesis (STM) followed by an in vivo screening of the mutants. From 162 STM mutants defective for in vivo maintenance, we selected 11 harbouring an insertion in GI or PP for further virulence analysis. Two of these mutants were used for genomics analysis in order to better understand their incapacity for in vivo maintenance in the rat model of chronic lung infection

Genes required for free phage production are essential for pseudomonas aeruginosa chronic lung infections

The opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa causes chronic lung infection in patients with cystic fibrosis. The Liverpool Epidemic Strain LESB58 is highly resistant to antibiotics, transmissible, and associated with increased morbidity and mortality. Its genome contains 6 prophages and 5 genomic islands. We constructed a polymerase chain reaction (PCR)-based signature-tagged mutagenesis library of 9216 LESB58 mutants and screened the mutants in a rat model of chronic lung infection. A total of 162 mutants were identified as defective for in vivo maintenance, with 11 signature-tagged mutagenesis mutants having insertions in prophage and genomic island genes. Many of these mutants showed both diminished virulence and reduced phage production. Transcription profiling by quantitative PCR and RNA-Seq suggested that disruption of these prophages had a widespread trans-acting effect on the transcriptome. This study demonstrates that temperate phages play a pivotal role in the establishment of infection through modulation of bacterial host gene expression

Milieux de vie des petits citadins : perspectives de personnes influentes sur les facteurs environnementaux en lien avec le développement des jeunes enfants et le bien-être des familles

Les quartiers dans lesquels les enfants grandissent peuvent les exposer à des facteurs de risque et de protection pouvant influencer leur développement et leur bien-être, quoique les mécanismes et processus sous-jacents doivent être mieux compris. Cette étude documente les perspectives de personnes influentes de quatre quartiers de la Ville de Québec (Québec, Canada) sur les facteurs environnementaux pouvant influencer le développement des jeunes enfants et le bien-être des familles dans leurs quartiers. Cinq catégories de facteurs susceptibles d’être reliés au développement des jeunes enfants et au bien-être des familles à l’échelle des communautés ont été explorées : 1) l’environnement physique; 2) l’environnement social; 3) les facteurs socio-économiques; 4) l’accès et la qualité des services; et 5) la gouvernance. Dans une approche d’ethnographie multi-site, des entretiens semi-dirigés ont été réalisés auprès de 11 personnes influentes impliquées auprès d’enfants 0-5 ans. Leurs perspectives sur ces facteurs ont fait l’objet d’une analyse de contenu. Pour chaque quartier, des forces et des défis ont été identifiés reliés au bien-être des enfants et des familles. Les propos des personnes influentes évoquent des relations entre les facteurs et des similarités entre les quartiers, mais aussi des particularités, notamment un sentiment d’appartenance et une mobilisation citoyenne dans le quartier où les indicateurs de développement des enfants à la maternelle sont les meilleurs parmi les quartiers à l’étude. Enfin, des pistes d’action préliminaires pouvant favoriser le bien-être des enfants et des familles sont proposées à la lumière des propos des personnes influentes.The neighbourhoods in which children grow up may expose them to risk and protective factors that can influence their development and well-being, although the underlying mechanisms and processes need to be better understood. This study documented the perspectives of local stakeholders in four Quebec City neighbourhoods (Quebec, Canada) on community-level environmental factors that may influence the development of young children and the well-being of their families. Five categories of community-level factors that may be related to early childhood development and family well-being were explored: 1) physical environment; 2) social environment; 3) socio-economic factors; 4) access and quality of services; and 5) governance. Using a multi-site ethnographic approach, semi-structured interviews were conducted with 11 local stakeholders involved with children 0-5 years old and their families. Their perspectives on the above mentioned factors were qualitatively analyzed. For each neighborhood, strengths and challenges were identified in relation to child and family well-being. Stakeholders’ perspectives suggest that factors were interrelated, and that, although there were similarities among the neighbourhoods, they also had particularities, including a sense of belonging and civic engagement in the neighbourhood where the developmental indicators of children at school entry was the highest among the studied neighbourhoods. Finally, preliminary avenues for action that can promote child and family well-being are proposed based on the perspectives of the stakeholders