Identification of novel regulators for tumor progression in breast cancer

Breast cancer is the most frequent solid tumor among women and the leading cause of cancer related death in women worldwide. The prognosis of breast cancer patients is tightly correlated with the degree of spread beyond the primary tumor. In this thesis, the aim was to identify novel regulators of tumor progression in breast cancer as well as to get insights into the molecular mechanisms of breast cancer progression and metastasis. First, the role of phospholipid remodeling genes and enzymes important for breast cancer progression was studied in breast cancer samples as well as in cultured breast cancer cells. Tumor samples displayed increased de novo synthesized fatty acids especially in aggressive breast cancer. Furthermore, RNAi mediated cell based assays implicated several target genes critical for breast cancer cell proliferation and survival. Second, the role of arachidonic acid pathway members 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (HPGD) and phospholipase A2 group VII (PLA2G7) in tumorigenesis associated processes was explored in metastatic breast cancer cells. Both targets were found to contribute to epithelial-mesenchymal transition related processes. Third, a high-throughput RNAi lysate microarray screen was utilized to identify novel vimentin expression regulating genes. Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase 2 (MTHFD2) was found to promote cellular features connected with metastatic disease, thus implicating MTHFD2 as a potential drug target to block breast cancer cell migration and invasion. Taken together, this study identified several putative targets for breast cancer therapy. In addition, these results provide novel information about the mechanisms and factors underlying breast cancer progression.Uusien rintasyövän etenemistä säätelevien geenien identifiointi Rintasyöpä on naisten yleisin syöpä, joka aiheuttaa naisilla eniten syöpään liittyviä kuolemia maailmanlaajuisesti. Rintasyövässä potilaan ennuste riippuu syövän leviämisasteesta sekä mahdollisten etäpesäkkeiden määrästä. Tässä väitöskirjatutkimuksessa pyrittiin tunnistamaan uusia rintasyövän etenemistä sääteleviä geenejä. Ensimmäisessä osatyössä tutkittiin fosfolipidejä muokkaavia geenejä ja entsyymejä lipidomisten ja immunohistokemiallisten analyysien sekä RNA interferenssin (RNAi) avulla rintasyöpäkudosnäytteissä ja rintasyöpäsoluviljelmissä. Rasvahappojen de novo –synteesin havaittiin olevan huomattavasti vilkkaampaa syöpäkudoksissa ja siihen osallistuvien geenien ilmentyvän voimakkaammin syöpä- kuin normaalikudoksissa. Lisäksi näiden geenien havaittiin olevan tärkeitä syöpäsolujen kasvulle ja selviytymiselle. Toisessa osatyössä tutkittiin arakinoidihappo-aineenvaihduntaan osallistuvien geenien HPGD:n ja PLA2G7:n toimintaa rintasyövän etenemiseen ja etäpesäkkeiden muodostumiseen liittyvissä prosesseissa. Molempien geenien havaittiin osallistuvan epiteeli-mesenkymaalimuuntumista (EMT) sääteleviin prosesseihin. Kolmannessa osatyössä identifioitiin uusia vimentiinin ilmentymistä sääteleviä geenejä lysaattimikrosiru –tehoseulontamenetelmää käyttäen. Tulokset osoittivat MTHFD2 –geenin edistävän etäpesäkkeiden muodostukseen liitettyjä prosesseja ja täten olevan mahdollinen kohdegeeni rintasyöpäsolujen liikkumiseen ja invaasiokykyyn vaikuttavien lääkehoitojen kehittämiselle. Tässä väitöskirjatutkimuksessa tunnistettiin useita potentiaalisia rintasyövän etenemiseen vaikuttavia kohdegeeneja sekä saatiin uutta tärkeää tietoa rintasyövän leviämiseen liittyvistä tekijöistä.Siirretty Doriast

”Jollaki lailla se niinku pysäytti” : tutkimus läheisneuvonpito − työmenetelmän vaikuttavuudesta lastensuojelussa

Tutkimuksemme käsittelee läheisneuvonpito – työmenetelmän vaikuttavuutta lastensuojelussa asiakasnäkökulmasta. Sosiaalityön työmenetelmiä kohtaan asetetaan koko ajan enemmän kehittymis- ja vaikuttavuusvaatimuksia ja tämän vuoksi menetelmien vaikuttavuuden tutkiminen on hyvin ajankohtaista. Olennainen osa sosiaalityön vaikuttavuutta on työn laatu. Laatutyön tavoitteena on parempi vaikuttavuus ja tehokkuus. Läheisneuvonpidon vaikuttavuuteen liittyy vahvasti sen eri käytännönvaiheet. Niiden tutkiminen on erityisen tärkeää, kun tietoa työmenetelmän vaikuttavuudesta tuotetaan. Tutkimuksemme on kvalitatiivinen ja se pohjautuu realistisen arvioinnin viitekehykseen. Realistinen arviointi kiinnittää huomiota siihen, mikä toimii, kenelle ja missä tilanteessa. Se etsii vastausta siihen, miksi jokin interventio on vaikuttanut asiakkaan elämään. Näin ollen realistisen arvioinnin avulla voidaan pyrkiä kehittämään sosiaalityötä ja sen työmenetelmiä. Laadullinen arviointitutkimus etsii niitä mekanismeja, joista vaikuttavuus muodostuu. Realistiselle arvioinnille on ominaista kokonaisuuden hahmottaminen mekanismien ja kontekstin avulla. Tutkimuksemme empiirinen aineisto on kerätty haastattelemalla kahdeksaa vanhempaa, joiden lapsen asioissa on käyty läheisneuvonpito. Tutkimuksen tavoitteena on nostaa esille niitä tekijöitä, joista läheisneuvonpidon vaikuttavuus muodostuu asiakkaiden kokemusten perusteella. Läheisneuvonpidon vaikuttavuus jakautuu tutkimustuloksissamme kolmeen osa-alueeseen: suunnitelmallisuuteen, osallisuuteen ja vuorovaikutuksellisuuteen. Osa-alueet tuovat esiin asiakkaiden kokemukset vaikuttavuutta muodostavista tekijöistä ja yhdistämällä nämä tekijät saadaan kokonaiskäsitys läheisneuvonpidon vaikuttavuudesta asiakasnäkökulmasta. Tutkimuksessa vaikuttaviksi mekanismeiksi nousevat neuvonpidon suunnittelu, läheisten tekemä suunnitelma ja sen toteutus, koollekutsujan työskentely, tiedonantovaihe, dialogisuus, tunteet, valta sekä luottamus. Tutkimus osoittaa asiakkaan kokevan neuvonpidon omalaatuisella tavallaan ja se ohjaa kääntämään katseet vaikuttavuuden kannalta olennaisiin mekanismeihin

Julkisivun uudistus puulla vai teräksellä: Logistiikkahallin toimistosta tasokkaaksi pääkonttoriksi

Kandidaatintyössäni tutkin puujulkisivua vaihtoehtona sandwich-paneelille ja metallijulkisivulle teollisuushallissa. Korjauskohteena on logistiikkahallissa sijaitsevat toimistotilat. Halli sijaitsee Kotkan Hovinsaarella. Tässä työssä on tutkittu ulkoverhouksen materiaalin vaikutusta arkkitehtuurin, ekologisuuden ja kestävyyden kannalta. Kantava rakenne on olemassa oleva betoninen pilari-palkkirunko. Rakennusteollisuus on yksi suurimpia päästöjen aiheuttajia. Rakennusteollisuudessa tehdään jatkuvaa tutkimus- ja kehitystyötä kohti vähäpäästöisempää tulevaisuutta. Jo suunnittelupöydällä tulisi tehdä ratkaisuja, jotka ohjaavat kohti ekologisempaa rakentamista. Korjaaminen vai purkaminen, materiaalivalinnat ja muuntojoustavuus ovat isoimpia asioita, joilla päästöihin voi arkkitehtuurin keinoin vaikuttaa. Teollisuusrakennusten suunnittelussa ei välttämättä ole edes arkkitehtia mukana. Niiden suunnittelussa keskitytään toiminnallisuuteen ja kustannustehokkuuteen. Pienilläkin arkkitehtonisilla eleillä saa tylsänkin oloisesta julkisivusta kutsuvamman ja esteettisesti miellyttävämmän. Rakennetun ympäristön laadukkuus ja tyylikkyys ovat myös osa kestävää rakentamista. Työssäni on kolme osaa. Ensimmäinen osa käsittelee puurakentamista ja -julkisivuja. Puuverhouksen arkkitehtuuriin vaikuttaa moni asia. Puujulkisivun suunnittelussa on myös tärkeää huomioida rakennuspaikan sijainti ja sääolosuhteet. Toisessa osassa käsittelen teräsrakentamista ja sandwich-paneelijulkisivuja. Markkinoille on kehitelty paljon ratkaisuja, joissa kustannustehokkaasti voidaan sandwich-paneeleilla luoda arkkitehtonisempia ratkaisuja. Kolmannessa osassa esittelen suunnittelukohteena olevan hallin. Toimistotilaan on suunniteltu tilaohjelma ja luonnosmaiset pohjaratkaisut. Julkisivu uusitaan toimistotilan kohdalta. Kohteeseen on suunniteltu kaksi vaihtoehtoista julkisivua; puu- ja metallipintainen

Platelet function and filamin A expression in two families with novel FLNA gene mutations associated with periventricular nodular heterotopia and panlobular emphysema

Pathogenic variants of the X-linked FLNA gene encoding filamin A protein have been associated with a wide spectrum of symptoms, including the recently described pulmonary phenotype with childhood-onset panlobular emphysema. We describe three female patients from two families with novel heterozygous FLNA variants c.5837_2del and c.508C > T. Analysis of immunofluorescence of peripheral blood smears and platelet function was performed for all patients. FLNA-negative platelets were observed, suggesting that these variants result in the loss of a functional protein product. All three patients also had periventricular nodular heterotopia and panlobular emphysema. However, they had considerably milder symptoms and later age of onset than in the previously reported cases. Therefore, patients with pathogenic FLNA variants should be studied actively for lung involvement even in the absence of pronounced respiratory symptoms. Conversely, any patient with unexplained panlobular emphysema should be analyzed for pathogenic FLNA variants. We also suggest that immunofluorescence analysis is a useful tool for investigating the pathogenicity of novel FLNA variants.Peer reviewe

Prognostic and diagnostic value of REG4 serum and tissue expression in pancreatic ductal adenocarcinoma

Expression of regenerating islet-derived protein 4 (REG4), a secretory protein involved in cell differentiation and proliferation, is upregulated in inflammatory bowel diseases and in many gastrointestinal malignancies. The prognostic significance of its expression in pancreatic ductal adenocarcinoma is unknown. Our aim was to investigate tumor tissue and serum REG4 expression in pancreatic ductal adenocarcinoma patients. We also evaluated as a control the diagnostic value of serum REG4 level in patients with chronic pancreatitis. Immunohistochemical expression of REG4 was evaluated in 154 surgical specimens and serum REG4 level in 130 samples from pancreatic ductal adenocarcinoma patients treated at Helsinki University Hospital, Finland, in 2000–2011. REG4 tissue and serum expression was assessed in relation to clinicopathological parameters and patient survival. A chronic pancreatitis control group comprised 34 patients who underwent pancreatic resection because of suspicion of malignancy. Significant survival differences were detectable in subgroups: in tumor stages IA–IIA, high serum REG4 level predicted worse survival (p=0.046). In patients with grade I tumor, positive tissue REG4 expression predicted better survival (p=0.006). In multivariate analysis, neither tissue nor serum REG4 expression was independent prognostic factors. Serum REG4 levels were higher in pancreatic ductal adenocarcinoma than in chronic pancreatitis (p=0.002), with diagnostic sensitivity of 45% and specificity of 91%. In logistic regression analysis, a multivariate model with REG4, CA19-9, and age provided sensitivity of 82% and specificity of 79%. REG4 tissue expression is a prognostic marker in subgroups of pancreatic ductal adenocarcinoma patients. Serum REG4 level might be useful in differential diagnosis between pancreatic ductal adenocarcinoma and chronic pancreatitis. © 2018, © The Author(s) 2018.Peer reviewe

FHOD1 and FMNL1 formin proteins in intestinal gastric cancer: correlation with tumor-infiltrating T lymphocytes and molecular subtypes

Background Gastric cancer (GC) is the third most common cause of cancer death. Intestinal type GC is a molecularly diverse disease. Formins control cytoskeletal processes and have been implicated in the progression of many cancers. Their clinical significance in GC remains unclear. Here, we characterize the expression of formin proteins FHOD1 and FMNL1 in intestinal GC tissue samples and investigate their association with clinical parameters, GC molecular subtypes and intratumoral T lymphocytes. Methods The prognostic significance of FHOD1 and FMNL1 mRNA expression was studied with Kaplan-Meier analyses in an online database. The expression of FHOD1 and FMNL1 proteins was characterized in GC cells, and in non-neoplastic and malignant tissues utilizing tumor microarrays of intestinal GC representing different molecular subtypes. FHOD1 and FMNL1 expression was correlated with clinical parameters, molecular features and T lymphocyte infiltration. Immunohistochemical expression of neither formin correlated with survival. Results Kaplan-Meier analysis associated high FHOD1 and FMNL1 mRNA expression with reduced overall survival (OS). Characterization of FHOD1 and FMNL1 in GC cells showed cytoplasmic expression along the actin filaments. Similar pattern was recapitulated in GC tissue samples. Elevated FMNL1 was associated with larger tumor size and higher disease stage. Downregulation of FHOD1 associated with TP53-mutated GC tumors. Tumor cell FHOD1 expression strongly correlated with high numbers of tumor-infiltrating CD8 + lymphocytes. Conclusions FHOD1 and FMNL1 proteins are expressed in the tumor cells of intestinal GC and significantly associate with clinical parameters without direct prognostic significance. FHOD1 correlates with high intratumoral CD8 + T lymphocyte infiltration in this cohort.Peer reviewe

Association of tumor-infiltrating T lymphocytes with intestinal-type gastric cancer molecular subtypes and outcome

While host immune response is likely to be important for the prognosis of gastric cancer patients, detailed information on the T lymphocyte infiltration in different gastric cancer subtypes is lacking. Here, we studied the presence of CD3, CD8, and FOXP3 (Forkhead box p3) expressing T lymphocytes in a retrospective cohort of 190 intestinal gastric and gastroesophageal adenocarcinomas. The cancers represented four distinct molecular subtypes: Epstein-Barr virus–positive (EBV+), mismatch-repair-deficient (MMR-D), aberrant TP53, and the “other” subtype. The absolute numbers of CD3+, CD8+, and FOXP3+ T lymphocytes were analyzed in relation with these molecular subtypes and selected clinicopathological parameters. Overall, there was a large variation in the amount of infiltrating T lymphocyte in all molecular subtypes. Among the subtypes, EBV+ cancers differed from the other subtypes in increased lymphocyte infiltration and high CD8+/FOXP3+ ratio. While the TP53 aberrant subtype did not differ in the absolute amount of T lymphocyte, the ratio of CD8+/FOXP3+ and CD3+/FOXP3+ cells was highest in this subtype, possibly reflecting immunosuppression associated with genomic instability. Increased CD3+ and CD8+ T lymphocyte infiltrates were associated with better survival, and remained as independent prognostic factors in a multivariate analysis. This study is the first to investigate lymphocytic infiltration within four molecular subtypes of intestinal-type gastric cancer in a European cohort. The results provide an important addition to the current knowledge of T lymphocyte–dependent immune response in gastric cancer and its prognostic significance.Peer reviewe

Learning to see like an expert: On the practices of professional vision and visual expertise

Goodwin's notion of professional vision suggests that learning to see in professionally relevant ways includes appropriating the visual practices within a domain. This observational study aimed to analyze how experts communicate these visual practices to novices to help them make meaning of domain-specific representations. Informed by a sociocultural perspective and founded on conversation analysis and ethnomethodology, video-recorded discourse and interaction between one expert in radiology and four laypeople were analyzed. The findings indicate three visual practices the medical expert uses to teach the novices how to see: highlighting, rotating, and zooming. The qualitative analyses suggest that learning to see professionally can be described as the mastering of expert practices in a focal domain. Implications for visual expertise research are discussed

Multiple formin proteins participate in glioblastoma migration

BackgroundThe prognosis of glioblastoma remains poor, related to its diffuse spread within the brain. There is an ongoing search for molecular regulators of this particularly invasive behavior. One approach is to look for actin regulating proteins that might be targeted by future anti-cancer therapy. The formin family of proteins orchestrates rearrangement of the actin cytoskeleton in multiple cellular processes. Recently, the formin proteins mDia1 and mDia2 were shown to be expressed in glioblastoma in vitro, and their function could be modified by small molecule agonists. This finding implies that the formins could be future therapeutic targets in glioblastoma.MethodsIn cell studies, we investigated the changes in expression of the 15 human formins in primary glioblastoma cells and commercially available glioblastoma cell lines during differentiation from spheroids to migrating cells using transcriptomic analysis and qRT-PCR. siRNA mediated knockdown of selected formins was performed to investigate whether their expression affects glioblastoma migration.Using immunohistochemistry, we studied the expression of two formins, FHOD1 and INF2, in tissue samples from 93 IDH-wildtype glioblastomas. Associated clinicopathological parameters and follow-up data were utilized to test whether formin expression correlates with survival or has prognostic value.ResultsWe found that multiple formins were upregulated during migration. Knockdown of individual formins mDia1, mDia2, FHOD1 and INF2 significantly reduced migration in most studied cell lines. Among the studied formins, knockdown of INF2 generated the greatest reduction in motility in vitro. Using immunohistochemistry, we demonstrated expression of formin proteins FHOD1 and INF2 in glioblastoma tissues. Importantly, we found that moderate/high expression of INF2 was associated with significantly impaired prognosis.ConclusionsFormins FHOD1 and INF2 participate in glioblastoma cell migration. Moderate/high expression of INF2 in glioblastoma tissue is associated with worse outcome. Taken together, our in vitro and tissue studies suggest a pivotal role for INF2 in glioblastoma. When specific inhibiting compounds become available, INF2 could be a target in the search for novel glioblastoma therapies.Peer reviewe