Une évaluation conjointe des performances de quatre méthodes d’estimation de liens de parenté génétique dédiées à l’ADN ancien

La reconstruction des liens de parenté génétique au sein de contextes funéraires est aujourd’hui une analyse de plus en plus répandue, capable dans certains cas de dévoiler un instantané des coutumes, pratiques funéraires et règles de résidence de sociétés du passé. En parallèle, de nombreuses méthodes statistiques permettent désormais d’inférer automatiquement des liens de parenté génétique entre plusieurs échantillons d’ADN ancien. Néanmoins, si ces méthodes revendiquent leur capacité à tr..

GRUPS-rs, a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software relying on pedigree simulations

International audienceBackground: The study of fine-grain genetic kinship ties (parents, siblings, cousins, etc.) from ancient remains is now gaining significant interest within the field of paleogenetics, as a means of deciphering the social organization of past societies. However, kinship analyses are in practice often quite difficult to apply within paleogenetic studies, and may carry a high degree of uncertainty in the results they provide, especially when applied on low coverage and/or highly degraded samples, or when studying poorly characterized populations. To overcome these challenges, most of the available kinship estimation methods either refrain from inferring ties beyond the second degree (e.g., half-siblings), and/or rely on the use of a cohort of individuals to obtain a satisfactory statistical significance. Thus, the current state of the art remains intrinsically limited when attempting to estimate kinship on a small number of individuals, or when trying to detect more distant relationships (e.g., cousins).Methods: Here, we present GRUPS-rs: an update and complete reimplementation of GRUPS (Get Relatedness Using Pedigree Simulations), an ancient DNA kinship estimation software based on the methods originally developed in (Martin et al. 2017). GRUPS-rs both computes an estimate of relatedness from randomly sampled pseudo-haploidized variant calls, and leverages high-definition pedigree simulations to bypass the use of a cohort of individuals.Results: We highlight that GRUPS and GRUPS-rs are especially suitable to perform kinship analysis on a restricted number of ancient samples, and can provide a sufficient statistical significance to estimate genetic relatedness past the second degree, while taking into account user-defined contamination and sequencing error estimates. Importantly, GRUPS-rs offers an estimated 14000-fold speed-up in runtime performance compared to its predecessor — allowing the joint estimation of kinship between dozens of individuals in a matter of minutes — and is now bundled with a user-friendly Shiny interface, in which users can interactively visualize their results.Conclusions: The GRUPS kinship estimation method is now fully operational in its “GRUPS-rs” implementation, whose use is particularly recommended when analyzing a restricted number of low coverage DNA samples

Genome-wide analysis of a collective grave from Mentesh Tepe provides insight into the population structure of early neolithic population in the South Caucasus

Abstract Despite the localisation of the southern Caucasus at the outskirt of the Fertile Crescent, the Neolithisation process started there only at the beginning of the sixth millennium with the Shomutepe-Shulaveri culture of yet unclear origins. We present here genomic data for three new individuals from Mentesh Tepe in Azerbaijan, dating back to the beginnings of the Shomutepe-Shulaveri culture. We evidence that two juveniles, buried embracing each other, were brothers. We show that the Mentesh Tepe Neolithic population is the product of a recent gene flow between the Anatolian farmer-related population and the Caucasus/Iranian population, demonstrating that population admixture was at the core of the development of agriculture in the South Caucasus. By comparing Bronze Age individuals from the South Caucasus with Neolithic individuals from the same region, including Mentesh Tepe, we evidence that gene flows between Pontic Steppe populations and Mentesh Tepe-related groups contributed to the makeup of the Late Bronze Age and modern Caucasian populations. Our results show that the high cultural diversity during the Neolithic period of the South Caucasus deserves close genetic analysis

Enseigner ça s'apprend

International audienceEn France, ainsi que dans la plupart des pays francophones, toute réflexion sur la formation des enseignants semble quasi impossible. L'idée est en effet largement répandue qu'enseigner ne s'apprend pas. Ce serait une habilité naturelle, un don qui ne demanderait qu'à s'épanouir devant les élèves. Rien ne servirait donc de former à enseigner. Il suffirait de faire apprendre un contenu disciplinaire pour compléter le profil parfait.De cette vision magistrale découle un certain nombre d'idées qui gravitent autour du terme " enseigner ".- " Enseigner, c'est faire le programme ",- " Les élèves ne peuvent pas apprendre s'ils n'ont pas les ˝bases˝ ",- " Il faut différencier pour faire réussir les élèves "...Si certaines de ces idées ont une part de réalité, d'autres relèvent davantage du mythe. Et c'est tout l'intérêt de la recherche réunie dans ce petit ouvrage, que de nous aider à la décortiquer

Didactique pour enseigner

International audienceDidactique pour enseigner (DpE) est le fruit du travail de trois années d'un collectif de recherche qui a cherché à concrétiser pour les pratiques d'enseignement et d'apprentissage des notions théoriques élaborées en didactique, en particulier au sein de la théorie de l'action conjointe en didactique.Il a été conçu en utilisant certains concepts de la didactique pour l'analyse et la transformation des pratiques effectives d'enseignement et d'apprentissage, dans des domaines et disciplines variés. L'usage concret de ces concepts, loin de se limiter à l'étude de leurs utilisations possibles, a également permis de les renouveler, et de proposer une nouvelle vision de la science didactique.Ce livre est donc doublement nouveau : il espère contribuer à la concrétisation des concepts dans la logique pratique, par une ascension de l'abstrait au concret ; il rend accessible des concepts et des méthodes de la didactique à toutes celles et tous ceux qui souhaitent les comprendre avec finesse et les utiliser en pratique.Le Collectif Didactique pour enseigner (CDpE) réunit une trentaine de professeurs, de formateurs, d'enseignants- chercheurs, docteurs et doctorants, qui travaillent depuis de nombreuses années à l'élaboration d'une théorie de l'action conjointe en didactique. Il porte le projet de mettre en synergie certains apports des sciences de l'homme et de la société et les avancées de la didactique, aussi bien pour la production de connaissances que dans la compréhension et la transformation de la pratique