Emergence of New Norovirus Variants on Spring Cruise Ships and Prediction of Winter Epidemics

A reporting system could provide early warning

Metagenomics-Based Proficiency Test of Smoked Salmon Spiked with a Mock Community

peer reviewedAn inter-laboratory proficiency test was organized to assess the ability of participants to perform shotgun metagenomic sequencing of cold smoked salmon, experimentally spiked with a mock community composed of six bacteria, one parasite, one yeast, one DNA, and two RNA viruses. Each participant applied its in-house wet-lab workflow(s) to obtain the metagenomic dataset(s), which were then collected and analyzed using MG-RAST. A total of 27 datasets were analyzed. Sample pre-processing, DNA extraction protocol, library preparation kit, and sequencing platform, influenced the abundance of specific microorganisms of the mock community. Our results highlight that despite differences in wet-lab protocols, the reads corresponding to the mock community members spiked in the cold smoked salmon, were both detected and quantified in terms of relative abundance, in the metagenomic datasets, proving the suitability of shotgun metagenomic sequencing as a genomic tool to detect microorganisms belonging to different domains in the same food matrix. The implementation of standardized wet-lab protocols would highly facilitate the comparability of shotgun metagenomic sequencing dataset across laboratories and sectors. Moreover, there is a need for clearly defining a sequencing reads threshold, to consider pathogens as detected or undetected in a food sample

Rapport d’activités 2017. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages

Ce rapport présente une synthèse des actions, travaux menés par l’équipe, accompagnée par des stagiaires, doctorants, post doctorants qu’il est important de remercier pour leur contribution. Cette année 2017 a de nouveau été une année riche en résultats innovants qui permet à notre équipe d’être reconnue au niveau national et international. En effet la Microbiologie sanitaire, thème de recherche fédérant notre laboratoire, thématique à l’interface de la santé publique, de la qualité des eaux côtières et des coquillages, nous permet de développer nos activités sur le terrain ou sur une approche plus fondamentale. Les résultats obtenus nous permettent d’exercer notre activité de Laboratoire National de Référence, en apportant connaissance scientifique et expertise technique

Rapport d'activités 2021. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. Laboratoire National de Référence Microbiologie des coquillages

Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie(LSEM) pendant l’année 2021. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées

Rapport d'activités 2020. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages

Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2020. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées

Rapport d’activités 2019. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages

Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2019. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées

Rapport d'activités 2020. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages

Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2020. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées

Viruses

some diseases now known to be viral were recorded as foodborne before the nature of viruses was understood. In particular, outbreaks of poliomyelitis associated with drinking raw milk were recorded before the poliomyelitis viruses (polioviruses) had been isolated. Polioviruses only infect humans and other primates and are shed in feces. The problem of milk transmission of polioviruses, therefore, was a clear example of food handler–associated transmission, which was solved by improved sanitation and almost universal pasteurization of milk before vaccines became available and eradicated poliomyelitis in the developed world

Synthèse de la journée Santé Environnement et Microbiologie 2021. Le 14 décembre 2021, La Cité des Congrès Nantes

La journée santé environnement microbiologie est organisée chaque année par le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM). Cette journée permet de présenter un bilan des activités liées aux missions de Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des coquillages ainsi que de la surveillance (REMI). Cette journée est également l’occasion de présenter les derniers résultats de la recherche menée au LSEM et dans d’autres structures ayant des activités en lien avec la sécurité sanitaire des coquillages. En 2020 en raison du contexte sanitaire, cette réunion n’a pas pu se dérouler. En 2021, 82 personnes ont participé à cette journée qui s’est déroulée le 14 décembre à la cité des congrès de Nantes. Y participaient des représentants de l’administration centrale (DGAl), des administrations locales (ARS, DDTM, DDPP, CIRE), des agences de l’eau, des professionnels (CRC) et des laboratoires agréés