Minimal δ(2)\delta(2)-ideal Lagrangian submanifolds and the Quaternionic projective space

We construct an explicit map from a generic minimal $\delta(2)$-ideal Lagrangian submanifold of $\mathbb{C}^n$ to the quaternionic projective space $\mathbb{H}P^{n-1}$, whose image is either a point or a minimal totally complex surface. A stronger result is obtained for $n=3$, since the above mentioned map then provides a one-to-one correspondence between minimal $\delta(2)$-ideal Lagrangian submanifolds of $\mathbb{C}^3$ and minimal totally complex surfaces in $\mathbb{H}P^2$ which are moreover anti-symmetric. Finally, we also show that there is a one-to-one correspondence between such surfaces in $\mathbb{H}P^2$ and minimal Lagrangian surfaces in $\mathbb{C}P^2$.Comment: 21 page

the Portuguese case

BACKGROUND: Portugal has one of the most severe HIV-1 epidemics in Western Europe. Two subtypes circulate in parallel since the beginning of the epidemic. Comparing their transmission patterns and its association with transmitted drug resistance (TDR) is important to pinpoint transmission hotspots and to develop evidence-based treatment guidelines. METHODS: Demographic, clinical and genomic data were collected from 3599 HIV-1 naive patients between 2001 and 2014. Sequences obtained from drug resistance testing were used for subtyping, TDR determination and transmission clusters (TC) analyses. RESULTS: In Portugal, transmission of subtype B was significantly associated with young males, while transmission of subtype G was associated with older heterosexuals. In Portuguese originated people, there was a decreasing trend both for prevalence of subtype G and for number of TCs in this subtype. The active TCs that were identified (i.e. clusters originated after 2008) were associated with subtype B-infected males residing in Lisbon. TDR was significantly different when comparing subtypes B (10.8% [9.5-12.2]) and G (7.6% [6.4-9.0]) (p = 0.001). DISCUSSION: TC analyses shows that, in Portugal, the subtype B epidemic is active and fueled by young male patients residing in Lisbon, while transmission of subtype G is decreasing. Despite similar treatment rates for both subtypes in Portugal, TDR is significantly different between subtypes.publishersversionpublishe

Monitoring Protein Secretion in Streptomyces Using Fluorescent Proteins

Fluorescent proteins are a major cell biology tool to analyze protein sub-cellular topology. Here we have applied this technology to study protein secretion in the Gram-positive bacterium Streptomyces lividans TK24, a widely used host for heterologous protein secretion biotechnology. Green and monomeric red fluorescent proteins were fused behind Sec (SPSec) or Tat (SPTat) signal peptides to direct them through the respective export pathway. Significant secretion of fluorescent eGFP and mRFP was observed exclusively through the Tat and Sec pathways, respectively. Plasmid over-expression was compared to a chromosomally integrated spSec-mRFP gene to allow monitoring secretion under high and low level synthesis in various media. Fluorimetric detection of SPSec-mRFP recorded folded states, while immuno-staining detected even non-folded topological intermediates. Secretion of SPSec-mRFP is unexpectedly complex, is regulated independently of cell growth phase and is influenced by the growth regime. At low level synthesis, highly efficient secretion occurs until it is turned off and secretory preforms accumulate. At high level synthesis, the secretory pathway overflows and proteins are driven to folding and subsequent degradation. High-level synthesis of heterologous secretory proteins, whether secretion competent or not, has a drastic effect on the endogenous secretome, depending on their secretion efficiency. These findings lay the foundations of dissecting how protein targeting and secretion are regulated by the interplay between the metabolome, secretion factors and stress responses in the S. lividans model

Rational engineering of Streptomyces lividans for the improved secretion of recombinant proteins

Het gebruik van bacteriële waardcel systemen voor de productie van eiwitten voor biofarmaceutische, diagnostische of andere industriële toepassingen is wijdverspreid. De Gram-positieve bacterie Streptomyces lividans is een interessante waardcel voor de secretorische productie van recombinante proteïnen vanwege zijn van nature uit hoge secretiecapaciteit. Bovendien is er een grondige kennis over de fermentatie van dit organisme doordat streptomyceten de bron vormen voor verschillende natuurlijke antibiotica. De meest gehanteerde strategie om recombinante eiwitsecretie in bacteriële waardcellen te bewerkstellingen, de coderende sequentie van het gewenste proteïne te fusioneren aan een Sec/SRP-afhankelijk signaalpeptide. Recent werd in S. lividans de twin-arginine translocatie -secretieweg beschreven. In tegenstelling tot de Sec/SRP-weg kan deze secretieweg proteïnen in een gevouwen conformatie secreteren over de cytoplasmatische membraan. Er werd reeds aangetoond dat deze secretieweg ook gebruikt kan worden voor de secretie van recombinante proteinen. De opbrengst via Tat-afhankelijke secretie was echter lager dan via Sec-afhankelijke secretie. Het doel van dit werk was dan ook om de secretie van recombinante proteïnen in S. lividans te verbeteren, met de klemtoon op verbetering van de secretie via de Tat-secretieweg.Om het onderzoek te vergemakkelijken werd in de aanvangsfase van het project een nieuwe E. coli  S. lividans conjugatieve vector geconstrueerd en werd een specifiek reporterproteïne voor beide secretiewegen gezocht. Gebruik makend van deze reporter-proteïnen werd het effect van de overproductie van twee factoren bestudeerd. In eerste instantie werden de componenten van het Tat-translocon, TatA, B en C, tot overproductie gebracht. Deze TatABC-overproductie leidde tot een toename van de Tat-afhankelijke secretie van bepaalde proteïnen terwijl andere geen hogere secretie vertoonden. Dit differentiële effect van TatABC-overproductie was vermoedelijk te wijten aan de verschillen in het mature proteïne, en niet aan het signaalpeptide. In tweede instantie werd het S. lividans pspA homoloog tot overexpressie gebracht. In E. coli speelt dit gen een rol in het onderhoud van de proton-motive force (PMF). Deze PMF is een belangrijke energetische factor in het Tat-translocatieproces. De secretie van heterologe proteïnen via de Tat-secretieweg bleek tot driemaal hoger te zijn in een S. lividans stam die pspA tot overexpressie bracht. Ook de Sec-translocatie werd positief beïnvloed, zij het in veel mindere mate. Karakterisatie van het S. lividans PspA toonde aan dat dit proteïne een belangrijke rol speelt in de extracellulaire stress respons. PspA-expressie werd geïnduceerd door verschillende van de geteste stress condities (ethanol shock, hoge pH, SDS behandeling,...) en een S. lividans pspA-mutant vertoonde een vertraagde groei en viabiliteit wanneer hij werd opgegroeid onder deze condities. Een andere waarneming was dat PspA zowel voorkomt als oplosbaar proteïne in het cytoplasma als geassocieerd met het cytoplasmatische membraan. Dit membraan-geassocieerde PspA zou de sensor kunnen zijn van de extracytoplasmatische stress of kunnen interageren met een tweede proteïne dat de sensor is. Tenslotte werden de transcriptieprofielen van wildtype S. lividans en de pspA-mutant vergeleken. In dit experiment werd ook een gen ontdekt dat een compenserende functie voor het gebrek aan PspA in de mutant zou kunnen hebben. Overexpressie van dit gen, dat een sigma factor codeert, leidde tot een significante toename in Tat-afhankelijke secretie van de geteste proteïnen. Hoewel deze toename minder uitgesproken was dan deze waargenomen bij PspA-overproductie is ze zeker relevant voor biotechnologische applicaties.Als conclusie kunnen we stellen dat alle in dit werk rationeel geconstrueerde S. lividans stammen in meer of mindere mate een verbeterde proteïnesecretie vertoonden. Deze gemodificeerde stammen vormen dan ook aantrekkelijke, verbeterde, waardcellen voor de productie van recombinante proteïnen in S. lividans.status: publishe

mijnKOOL, organic photography as a participatory design method

mijnKOOL is an artistic participatory research project in which photographer Kristof Vrancken and design studio SOCIAL MATTER actively and naturally examined the Genk soil quality and composition using red cabbage and an organic photographic process. For this, we invited 12 Genk residents to plant a red cabbage in their garden and bring them together to let them experience the unique properties and forces containing plants. Plants can play an important role in detecting soil structures and properties. Red cabbage works well as a bio-indicator. During several meetings we discussed the growth of the cabbages examined soil samples. The participants created a photographic emulsion of their crop with the anthotype process, which resulted in an image. Depending on the acidity and composition of the soil in which the cabbage did grown changed the colour quality of the print. The use of red cabbage as a measuring instrument for soil composition gives an understanding of the impact that soil may have on ecology and food-production. For the participatory design conference I want to display the results of the project in an open atelier - lab, and to launch a similar project in the public space of Hasselt. The participants of the conference are invited to join the experiments and to think about future scenarios of this methodologystatus: Published onlin

The Sustainist Gaze

status: Published onlin