Quantitative toxicity prediction using topology based multi-task deep neural networks

The understanding of toxicity is of paramount importance to human health and environmental protection. Quantitative toxicity analysis has become a new standard in the field. This work introduces element specific persistent homology (ESPH), an algebraic topology approach, for quantitative toxicity prediction. ESPH retains crucial chemical information during the topological abstraction of geometric complexity and provides a representation of small molecules that cannot be obtained by any other method. To investigate the representability and predictive power of ESPH for small molecules, ancillary descriptors have also been developed based on physical models. Topological and physical descriptors are paired with advanced machine learning algorithms, such as deep neural network (DNN), random forest (RF) and gradient boosting decision tree (GBDT), to facilitate their applications to quantitative toxicity predictions. A topology based multi-task strategy is proposed to take the advantage of the availability of large data sets while dealing with small data sets. Four benchmark toxicity data sets that involve quantitative measurements are used to validate the proposed approaches. Extensive numerical studies indicate that the proposed topological learning methods are able to outperform the state-of-the-art methods in the literature for quantitative toxicity analysis. Our online server for computing element-specific topological descriptors (ESTDs) is available at http://weilab.math.msu.edu/TopTox/Comment: arXiv admin note: substantial text overlap with arXiv:1703.1095

Determining Effects of Management Practices on Potato Early Dying and Soil Microbiome and Assessing Risk of Fungicide Resistance in Verticillium dahliae

Potato early dying (PED) is a yield-constraining soilborne disease of potato, caused by Verticillium spp. with V. dahliae being the predominant causal agent. Since the pathogen inhabits soil for long periods, PED management aims to reduce the population of V. dahliae in soil. Benzovindiflupyr and azoxystrobin are effective chemicals and frequently used in the control of V. dahliae. In this study, field trials were conducted at Aroostook Farm, Presque Isle, ME in 2019 and 2020. Chemical and biological products have been studied for PED control, and fungicide resistance was also examined. To evaluate fungicide resistance, benzovindiflupyr was characterized on sensitivity baseline and resistance risk development in V. dahliae. Benzovindiflupyr-resistant mutants of V. dahliae were generated, and evaluated for resistance stability, fitness, and pathogenicity. Results showed that most mutants maintained a high level of resistance and the same fitness and pathogenicity compared to their parents, indicating a high risk of resistance in fields. Therefore, the resistance of V. dahliae to benzovindiflupyr should be monitored in disease management. In field trials, Elatus (a.i. azoxystrobin and benzovindiflupyr), Aprovia (benzovindiflupyr), Stargus (Bacillus amyloliquefaciens) and Regalia (Reynoutria sachalinensis extract) were examined. In a second field trial, Vapam (a.i. metam sodium) was studied at three rates for soil fumigation. Disease was evaluated during the growing season and postharvest. Bulked soil was sampled at different time points of the season. Soil DNA was extracted from the soil and root samples. Quantity of V. dahliae in soil was measured using quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Soil microbial communities of soil from plots applied with Elatus at 280.9 ml/A and Vapam at 35 gal/A and 50 gal/A were examined using Illumina sequencing targeting the V4 region of the 16S rRNA gene for bacteria and ITS1 region for fungi. Results showed that all the fungicides and the fumigant significantly reduced PED disease incidences and V. dahliae population. Soil microbial community richness, abundance, and diversity were affected after Elatus and Vapam applications, and most bacterial and fungal families that recovered rapidly were non-pathogenic. All products can be used for PED control, but the impact on soil microbiome needs to be addressed

Persepsi Perempuan Tentang Tayangan Drama Romantis Korea di Indosiar

Drama telah menjadi bagian dari kehidupan masyarakat di dunia sebagai salah satu bentuk media hiburan yang dapat memenuhi imajinasi penonton serta berkaitan erat dengan berbagai aspek kehidupan. Pembuatannya pun mengandung berbagai maksud yang ingin disampaikan. Informasi yang tersaji dalam sebuah drama dapat memberikan pengetahuan baru bagi masyarakat. Banyak aspek yang disajikan dalam sebuah drama, misalnya alur cerita, karakter tokoh atau pemain, kostum, ilustrasi musik, dan setting. Gambar hidup yang ditampilkan di drama memberi dampak yang berbeda dari untaian kata-kata dalam sebuah buku, yang berasal dari kisah nyata atau fiktif/imajinatif. Pernahkah anda berpikir, mengapa hampir seluruh Mahasiswa di kampus Anda menggunakan celana Jeans pada saat yang bersamaan, memiliki gaya rambut yang berbeda, dan gaya pacaran yang berbeda dari biasanya, atau mengapa teman-teman Anda lebih senang menghabiskan waktu di Starbucks atau J'Co Donnut yang harganya lebih mahal enam sampai delapan kali lipat dari harga di warung pinggiran. Atau tidak timbulkah rasa heran di benak Anda mengapa sebagian besar penduduk dunia sangat menyukai ritual menonton sepak bola yang membutuhkan waktu ekstra dini hari yang akan mengurangi jatah tidur penikmat sepak bola. Tentunya aneh jika Anda berpikir bahwa hal itu dipicu atas kesepakatan bersama. Hal inilah yang dinamakan budaya populer atau lebih dikenal sebagai budaya pop saja yaitu budaya yang banyak diminati oleh masyarakat tanpa ada batasan geografis. Menurut Chatman, (1999:16) “ moves-also called motion pictures, film, or cinema-are of the most popular types of entertainment “.( Film atau gambar yang disebut juga gambar bergerak. Gambar, film atau bioskop, adalah salah satu jenis hiburan yang paling populer). Selama sepuluh tahun terakhir ini, demam budaya pop Korea melanda Indonesia. Fenomena ini dilatarbelakangi Piala Dunia Korea-Jepang 2002 yang berakhir dengan masuknya Korea sebagai kekuatan empat besar dunia dalam hal persepakbolaan. Kesuksesan Korea di Piala Dunia 2002 semakin mempersohor nama Korea di mata dunia. Beberapa waktu menjelang, selama dan setelah hiruk-pikuk Piala Dunia, beberapa stasiun televisi swasta di tanah air gencar bersaing menayangkan musik, film-film maupun sinetron-sinetron Korea. Dari beberapa jenis drama, terdapat salah satu jenis drama yang paling banyak diminati dan juga dapat ditonton yaitu drama romantis Korea. Pada saat ini, tren drama Korea semakin mewarnai program televisi di Indonesia. Hal ini tentu saja tak lepas dari membludaknya penggemar drama Korea di Indonesia itu sendiri drama-drama Korea yang pernah tayang di televise swasta dan nasional Indosiar dan ANTV , dimana drama Korea Naughty Kiss, City Hunter ataupun Dream High, sempat memiliki rating yang tinggi. Sejak Indosiar menayangkan drama Asia, stasiun TV lain juga mulai berlomba-lomba menayangkan drama Korea. Salah satunya adalah ANTV. Mulanya TV swasta itu tidak pernah menayangkan drama Korea, namun semenjak drama Korea mulai digemari, ANTV mencoba menayangkannya mekipun awalnya hanya berupa drama Korea Rerun . Penulis akan membedah fenomena ini dengan menggunakan teori ketergantungan sistem media. DeFleur dan Ball-Rokeach menjelaskan “bahwa semakin seseorang menggantungkan kebutuhannya untuk dipuaskan oleh penggunaan media, semakin penting peran media dalam hidup orang tersebut, sehingga semakin besar pengaruh yang dimiliki media” (Baran dan Davis, 2010:340). Dampak terbesar dari serial drama romantis Korea terlihat nyata pada kaum perempuan, karena kaum perempuan lebih menggunakan perasaan dari pada logika. Perasaan yang dimiliki oleh perempuan lebih peka apabila dibandingkan dengan kaum pria. Selain cantik, perempuan memiliki karakter yang sangat rumit dan kompleks. Bukan hanya masalah pribadinya saja yang mempengaruhi, tetapi juga latar belakang, nilai moral dan budaya, pandangan hidup, tingkat intelektualitas, dan lain-lain

Perspektif Keterlibatan Wanita Di Sektor Pertanian

Beberapa peneliti sektor pertanian mengungkapkan bahwa keterlibatan kaum wanita pada hakikatnya disesuaikan dengan kebutuhan (necessity) kegiatan tersebut dan bukan semata-mata dengan pertimbangan kesetaraan (equity). Namun terhadap pula antithesis yang mengungkapkan bahwa yang terpenting adalah perasaan keadilan (fairness), dan bukan persamaan (equity). Dalam Kenyataannya penelitian kesinambungan peran wanita dalam pertnian lebih sering terperangkap dalam pengertian kegiatan fisik materi pengamatan. Sedangkan masalah yang di hadapi kaum wanita di sektor pertanian antara lain adalah keseimbangan peran sebagai tenaga kerja,otritas dalam keluarga, proses sosialisasi, dan akses terhadap informasi serta bias teknologi. Faktor pembatas produktivitas yang terkaitan dengan gender wanita antara lain adalah status sosial, hambatan memperoleh pekerjaan, status pekerjaan dan beban simultan wanita dibandingkan dengan peran sekuential pada kaum pria. Kesimpulan yang dapat ditarik dari review ini adalah : (a) Posisi dan peran gender wanita dalam kegiatan sektor pertanian merupakan hasil konstruksi sosial, (b) terdapat kecenderungan ekskulsifitas gender untuk membahas gender yang sama, (c) para penulis cenderung bertolak dari kekuran informasi gender tertentu dalam pertanian dan cenderung mengeksposenya setinggi mungkin, dan (d) terdapat keracunan pemahaman gender dengan peran wanita dan sikap feminis seta metode pendekatannya sehingga upaya penyadaran gender patut dipikirkan

Empowerment Of Position And Roles Of Traditional Leaders In The Development Of Livestock Hamlet In The Banten Province

Developing livestock village is a suitable effort to enhance meat production for fulfilling increasing of the product demand. Developing livestock village in form of Sheep Hamlet in the Regency of Pandeglang, Province of Banten, is also function as forest and environmental buffer zone. Another target of such a livestock development center is to improve farmer’s income by at least 50% of Banten’s Minimum Regional Wage. The success of Sheep Hamlet so far depends upon the following socio-cultural factors: (a) the basic culture of the Bantams, (b) local leadership, and (c) decision making pattern and process. The development of livestock hamlet depends on the roles of local informal figure in the respective area. Such a local leader can help accelerating the success of a livestock development in a sustainable fashion. The existence of a respected local figure is a crucial entry point in the process of livestock hamlet development in the such area. Key words: Livestock hamlet, local institutio

Animal Biotechnology and Cultural Ecology

Animal biotechnology development is strongly related to historical contexts of animal production in a country and the receiving environment, particularly the existing cultural ecology. Cultural ecology influences both progress and process of adoption of such technology. A simulation on the technology’s discriminating power indicates that only those with sufficient techno-economic and social capability have greater possibility to adopt such a technology.   Key words: Biotechnology, cultural ecology, adoptio