The development of alkaline phosphatase based paper bioreporter for evaluation of milk pasteurization

Alkaline phosphatase (ALP) is a natural milk enzyme. It has been used as reporter for process controls in food industry. Since ALP denatures at pasteurization temperature (at 63°C or 72°) its detection in milk confirms the unproper pasteurization. There are different detection procedures such as colorimetric, fluorometric methods and immunoassays for ALP in milk. However, they are time consuming processes and require specific instruments and qualified staff. In this study, new, semiquantitative, disposable, cheap and practical paper bioreporter have been developed for ALP detection. In optimization studies, 1mg/mL p-NPP in 0.1 M glycine buffer at pH 9.5 and 0.5 mg/mL bromocresol green in 1.0 M Tris-HCl buffer at pH 9.5 were determined as optimum for ALP bioreporter as a result of visual inspection and green color intensity analyses.The effects of samples temperature and pH of on the response of bioreporter were tested. Milk samples at pH 5.0, 5.5, 6.0 and 6.5 and milks stored at 37°C, room temperature and 4°C did not affect the response of bioreporter. Also the response of bioreporter against milk samples from different animals (cattle, sheep and goat) and cow’s milk from different location in Turkey were evaluated. The appropriate responses were observed by bioreporter. Whatman filter papers, cotton and bandage were used as support materials to construct bioreporter and Whatman filter papers were selected as the most applicaple support material. Finally, stability tests were carried out at 4°C and room temperature and 40 days at 4°C was determined as shelf life of bioreporter.M.S. - Master of Scienc

Heavy Workload of Nurses and Effects of It on Sleep/Rested Levels

DergiPark: 378985tmsjAims: In this definitive cross-sectional survey study, it has been aimed to research the effect of nurse workload increase on degradation of the sleep quality and daytime sleepiness.Methods: 204 volunteer nurses who work in Trakya University Faculty of Medicine Hospital clinics have attended to this study. In the survey , TISS-28 (Therapeutic Intervention Scoring System-28) for workload, Epworth Sleepiness Scale for evaluating the sleepiness and Pittsburg Sleep Quality Index have been used. TISS28 scale data has been divided into 4 sub-groups and compared to the rates it has got from the Epworth Sleepiness Scale and Pittsburgh Sleep Quality Index and a meaningful relationship between them has been looked for.Results: In relation to workload nearly half of the cluster (n:82) can be seen in the 2nd sub-group (p lt;0.05). We can accept that general nurse population spends a standart shift. In addition, there is a distinct statistical relationship between the degredation of sleepiness( Pittsburgh and Epworth) with the increase in the nurse workload(TISS-28). Conclusion: The increase of the nurse workload causes the degradation of the sleep status ad worsens the rested status. The degradation of the rested status and the sleep routines of the nurses, threats their health in the physical and mental way and on the other hand reduces the work effectiveness in the hospitals and causes a lot of stress and the other stress related problems in the work areas. In order to prevent this, the work condition of the nurses should be improved, their shift hours and workloads should be adjusted so as to not to disrupt their sleep statu

Experimental investigation of the performance of mini cyclons in high efficient different geometry

Bu çalışmada Stairmand tipi yüksek verimli siklon esas alınarak siklon gövde çapının azaltılmasının ayırma verimine etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla beş farklı büyüklükte mini siklon ayırıcı imal edilmiştir. İmal edilen siklonların basınç kayıp katsayıları ve ayırma verimleri deneysel olarak incelenmiştir. Bu çalışma sonuçlarına göre siklon gövde çapının azalması ile belli çapa kadar verim artarken daha küçük çaplarda azalma elde edilmiştir. Buna karşılık basınç kayıpları ise sürekli azalmıştır. Siklonların ayırma verimi için kritik parçacık çapı esas alınarak teorik olarak kritik çaplar hesaplanmıştır. Hesap sonucu ile elde edilen sonuçların deneysel sonuçlarla uyumlu olduğu görülmüştür. Giriş kesitine göre Reynolds sayısı dikkate alındığında geçiş bölgesi ve laminer bölgede sürtünme katsayısının değişmesinin sonuca etkili olduğu değerlendirilmiştir.In this study, the effect of reduction of cyclone body diameter on separation efficiency based on Stairmand type high efficiency cyclone was investigated. For this purpose, five different size mini cyclone separators have been manufactured. Pressure loss coefficients and separation efficiencies of the manufactured cyclones were investigated experimentally. According to the results of this study, with the reduction of the cyclone body diameter, the efficiency up to a certain diameter has increased while the smaller diameters have been reduced. On the other hand, pressure losses have decreased continuously. Theoretically critical diameters were calculated based on the critical particle diameter for the separation efficiency of the cyclones. It is seen that the results obtained with the calculation result are compatible with the experimental results. Considering the Reynolds number according to the entrance section, the change of friction coefficient in the transition region and the laminar region was evaluated to be effective on the result

Preparation and characterization of metal nano particles modified polymer and multiwalled carbon nanotube film electrodes and their applications

Son yıllarda nanoteknoloji ve nanobilimdeki gelişmeler ile fizik, kimya ve biyoloji konusunda bilgi sağlayan sensör çalışmaları da artmıştır. Geleneksel elektrotların kimi uygulamalardaki yetersizliği, analitlere karşı katalitik etkinliği ve seçimliliği yüksek, farklı yüzeylere ihtiyaç duyurmuştur. Bu amaca yönelik yüksek iletkenlik, geniş ve etkin yüzey alanlarına sahip karbon nanotüp ve iletken polimer filmlerin metal nanoparçacıklar ile birleştirilmesi önemli yeni nesil elektrot malzemeleri olarak kullanılmaktadır. Üç bölümden oluşan bu tez çalışmasının ilk kısmında metal nanoparçacıklar ile modifiye, poli-aminofenol polimer film elektrotlar hazırlanarak, glikozun elektrokatalitik yükseltgenmesine olan etkileri incelenmiştir. 1M NaOH çözeltisi içinde glikozun yükseltgenmesine karşı en yüksek katalitik etkinlik, altın nano parçacıkların polimer film yüzeyinde biriktirildiği koşullarda gözlenmiştir (Au-PAP/GCE). Yalın camımsı karbon elektrot glikoza yanıt vermezken metalik nano parçacık modifiye polimer elektrot ile hem akım 6 kat artmış hem de yükseltenme pik potansiyelini 38 mV daha negatife kaydırmıştır. İkinci kısımda ise metal nanoparçacıklar ile modifiye, PEDOT polimer film elektrotlar hazırlanarak, oksijenin elektrokatalitik indirgenmesine olan etkileri incelenmiştir. Oksijen ile doyurulmuş 0.5M NaOH çözeltisi içinde oksijen indirgenmesine karşı en yüksek katalitik etkinlik, nikel ve bakır nano parçacıkların PEDOT yüzeyinde birarada olduğu koşullarda saptanmıştır (Ni-Cu-PEDOT/GCE). Bimetalik nano parçacık modifiye karbon nanotüp kaplı elektrot camımsı karbon elektrot ile karşılaştırıldığında indirgenme pik potansiyelini 93 mV daha pozitife kaydırmıştır. Son kısımda ise metal nanoparçacıklar ile modifiye, koşullandırılmış çok duvarlı karbon nanotüp (MWCNT) kaplı elektrotlar hazırlanarak nitritin elektrokimyasal davranışı incelenmiştir. (MWCNT) kaplı elektrot üzerine Au nanoparçacıklar oluşturulmuştur. MWCNT elektrotta yalın camımsı karbon elektroda göre katalitik etkinin arttığı saptanmıştır. Au MWCNT elektrot ile pik akımlarında artış gözlenmiştir. Nitritin elektrokimyasal davranışı diferansiyel puls voltammetri ile çalışılmıştır. Belirtme sınırı yalın GCE için 1x10-5M, MWCNT/GCE için 4x10-6M ve Au-MWCNT/GCE için 10-8 M olarak bulunmuştur. Tüm polimer ve karbon nanotüp ile modifiye edilmiş elektrot yüzeyleri ve onların metal nano parçacık kaplı formları atomik kuvvet mikroskopu, taramalı elektron mikroskopu ve X-ışını kırınım spektroskopisi ile karakterize edilmiştir

Production of Tomato Stalk Biochar and its Usage in Hydrophonic Agriculture

Tomato stalk is a waste remained after harvesting in agricultural productions. These wastes can be utilized as biochar for various purposes such as fuel, absorbent and soil improver. In this study, in order to waste utilization, biochar production from tomato stalk under different experimental conditions was carried out and effect of temperature, nitrogen gas flow and heating rate on yield of biochar was investigated. Characterization of biochar was performed with FTIR, TGA and SEM analysis. The highest biochar yield was obtained at the temperature of 773 K, heating rate of 5 K/min and inert gas flowrate of 500 ml/min. The highest yielded tomato stalk biochar was used as a supporting material for the tomato seedling planted in the hydroponic system of greenhouse. The tomato stalks obtained as a waste after harvesting in greenhouse were used for biochar production and biochars were applied as supporting material in greenhouse again, so, zero waste idea for a greenhouse was carried out. It has been observed that the supporting material provided a little more growth in the tomato seedling because of water and nutrient holding capacity

FIGURE 2 in Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea

FIGURE 2. The chronogram of Tridactylidea, with the bootstrap support of ML (lower cell of the box) and posterior probability of BEAST (upper cell of the box) analyses (ages in mya are shown on the right of each node; the node calibrated by 202.67 ± 40 mya based on Song et al. (2015) is denoted by a black circle; X. japonica-Xj1 refers to MK903575 and X. japonica-Xj2 KC555032 GenBank sequences).Published as part of <i>Yahyaoğlu, Özgül, Doğan, Ceren Tutku, Uluar, Onur, Karakaş, Müşerref Y. & Çiplak, Battal, 2023, Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea, pp. 576-584 in Zootaxa 5369 (4)</i> on page 581, DOI: 10.11646/zootaxa.5369.4.6, <a href="http://zenodo.org/record/10147150">http://zenodo.org/record/10147150</a&gt

Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea

Yahyaoğlu, Özgül, Doğan, Ceren Tutku, Uluar, Onur, Karakaş, Müşerref Y., Çiplak, Battal (2023): Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea. Zootaxa 5369 (4): 576-584, DOI: 10.11646/zootaxa.5369.4.6, URL: https://www.mapress.com/zt/article/download/zootaxa.5369.4.6/5226

FIGURE 1 in Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea

FIGURE 1. The map of the mitochondrial genome of Xya pfaendleri (Photo credit: Dimitǎr Boevski, https://www.inaturalist. org/observations/127539974)Published as part of <i>Yahyaoğlu, Özgül, Doğan, Ceren Tutku, Uluar, Onur, Karakaş, Müşerref Y. & Çiplak, Battal, 2023, Mitogenome of Xya pfaendleri (Orthoptera: Caelifera): Its comparative description and phylogenetic position within Tridactylidea, pp. 576-584 in Zootaxa 5369 (4)</i> on page 579, DOI: 10.11646/zootaxa.5369.4.6, <a href="http://zenodo.org/record/10147150">http://zenodo.org/record/10147150</a&gt

Çip formatında oligonukleotid ve aptamer tabanlı biyosensör platformunun geliştirilmesi

TÜBİTAK MAG30.10.2010Projemiz kapsamında nükleik asit (DNA), protein ve hücre olmak üzere farklı moleküllerin tayininde kullanılabilecek dizi (array) platformlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Geliştirilmesi hedeflenen platformların sandiviç hibridizasyon esasına dayalı olması ve farklı görüntüleme yöntemleri ile çalıştırılması hedeflenmiştir. Sandiviç hibridizasyon esasına dayalı DNA dizi platformunun geliştirilmesi esnasında cam yüzeylerin kaplanması, probların yüzeye tutturulması, adaptör DNA‟nın bağlanma koşullarının optimizasyonu, görüntüleme probunun hibridizasyon ve yıkama koşularının optimizasyonu ve florasan, quantum noktacık ve altın nanoparçaçık olmak üzere üç farklı görüntüleme yönteminin geliştirilmesi konusunda araştırmalar yürütülmüştür. Gerçekleştirilen deneyler sonucunda florasan prob ve kuantum noktacıkları ile görüntülenebilen, düşük arka plan sinyal seviyesine sahip ve oldukça verilmi çalışan bir dizi platformuna ulaşılmıştır. Projemizin diğer bölümlerinde aptamer tabanlı dizi platformlarında protein ve hücrelerin algılanabilmesi ile ilgili araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalarda da aptamerlerin yüzeye bağlanması, protein ve hücrelerin bağlanma koşullarının optimizasyonu ve florasan ve/veya kuantum noktacıkları kullanılarak görüntü alma konusunda araştırmalar yürütülmüştür. Bu çalışmalar sonucunda yüzeyde oluşturulan aptamer dizilere trombin proteinin özgün olarak bağlandığı ve bağlanan proteinlerin kuantum noktacıkları ile görüntülenebildiği gösterilmiştir. Hücre çalışmalarında da oluşturulan aptamer dizilerine lösemi kanser hücre hatlarının seçici olarak bağlandığı ve florasan işaretli ikincil aptamerler ile işaretlenebildiği gösterilmiştir. Ulaşılan bu sonuçlar protein ve hücre tanısında kullanılabilecek aptamer dizilerinin geliştirilebilmesi açısından konsept doğrulama niteliği taşımaktadır. Projemiz kapsamında iki yüksek lisans tez çalışması tamamlanmış, iki doktora tezinin de bazı bölümleri gerekleştirilmiştir. Proje faaliyetleri sonucunda grubumuz bünyesinde birçok yeni Ar-Ge projesi tetiklenmiş ve bunlara bağlı muhtelif tez çalışmaları başlatılmıştır.Within the scope of our project the development of array platforms is proposed for the detection of nucleic acid (DNA), proteins and cells. Platforms thought to be developed by the project are aimed to be based on sandwich hybridization and different screening techniques. During the development of DNA array platform which is based on sandwich hybridization, researches are conducted for the coating of glass surface, attachment of probes to surface, optimization of binding conditions for adapter DNA, optimization of hybridization and washing conditions for imaging probe and the development of three different imaging methods (fluorescence, quantum dot and gold nanoparticle). As a result of the experiments, array platform which is imaged with fluorescent probes and quantum dots, has a low level of background signal and works efficiently has been reached. In other parts of the project, aptamer based array platforms are used for the detection of proteins and cells. These studies are composed of optimization of binding of aptamers to surface, optimization of binding conditions of proteins and cells to immobilized aptamers, and detection of signals by quantum dots or fluorescent dyes. As a result of these studies, specific binding of trombin protein to its aptamer immobilized on the surface and imaging of this specific biding with quatum dots are indicated. Also, in cell studies it is shown that aptamer sequences specifically binds to leukemia cancer cell line and this binding is imaged with fluorescence labeled secondary aptamer. Obtained results can be used as concept validation tool for newly developed aptamer sequences for different proteins and cells. Within the scope of our project two master's thesis are completed and certain parts of two doctoral thesis are performed. As a result of project activities many new R & D project are triggered within group and many different thesisi studies are initiated