Investigation of novel PKC targets in the regulation of autophagy

Protein Kinase C (PKC) isozymes are serine/threonine kinases that are important for activation and/or inactivation of intracellular signaling pathways and therefore regulate cellular metabolism. Autophagy is a degradation mechanism functioning under basal conditions and activating under cellular stress including nutrient limitation, oxidative stress or abnormal protein accumulation. It is initiated by formation of double or multi-membrane vesicles in the cytoplasm. These vesicles engulf the cargo and carry it to the lysosome. After the fusion of autophagic vesicle with lysosomes, the cargo is degraded, and its constituents are recycled. The signaling pathways regulated by PKC isozymes are also involved in autophagy mechanism. However, the interaction between autophagy and PKC isozymes is still unclear. The aim of the study is to find novel proteins targeted by PKC isozymes during autophagy mechanism. For this aim, lentiviral shRNA library system was used for silencing of the genes in GFP-LC3 stably expressing mouse embryonic fibroblast (MEF) transgenic cells (MEF GFP-LC3). Upon activation of PKC isozymes, autophagic machinery was examined by GFP-LC3 puncta count, LC3 shift assay and p62 accumulation. Then the positive clones were selected, and their genomic DNA was isolated for target gene sequencing. The genes were identified with Sanger sequence analysis and their relationship with PKC isozymes were analyzed by using RT-q-PCR. Consequently, the role of target gene in the regulation of autophagy was determined by commonly used autophagy techniques

Bibliography of Articles in the Journal of Waqf and Culture

Vakıf ve Kültür Dergisi, Vakıfl ar Genel Müdürlüğü’nün 1998-2002 yılları arasında, biri özel sayı olmak üzere, 7 sayı olarak yayınladığı, yarı akademik, vakıfl ar konusunda toplumun geniş bir kesimine hitap etmeyi amaçlayan bir kültür dergisidir. Kısa süreli bir dönem yayınlanan bu dergide, ağırlıklı olarak vakıfl arın sosyal ve kültürel yönleri ele alınmış; ayrıca Vakıfl ar Genel Müdürlüğü’nün o dönemdeki faaliyetlerine yer verilmiştir. Yayınlandığı dönemde, farklı konularda, dergide 136 yazı yayınlanmıştır. Bu çalışmada, Vakıf ve Kültür Dergisi’nde yayınlanan tüm yazılar, yazarlarının soyadı sırasına göre alfabetik olarak verilmiştir. Böylece araştırmacılara çalışmalarında bir nebze olsun katkı amaçlanırken, Vakıf ve Kültür Dergisi de bir kez daha “makaleler bibliyografyası” ile gündeme gelmiştir

Türkiye’deki Teknolojik Pedagojik Alan Bilgisi Çalışmalarının Analizi: Bir Meta-Sentez Çalışması

The purpose of this research is to analyze the Technological Pedagogical Content Knowledge (TPACK) studies in Turkey by using meta-synthesis method and to present the type of tendency in this field. In the research, a total of 59 studies made up of 37 papers, 15 dissertations, and 7 assertions which were published between the years of 2008-2014 and chosen through purposeful sampling method were analyzed. Google Academics search engine, TÜBİTAK ULAKBİM DergiPark, YÖK National Dissertation Center, EBSCOhost-ERIC ve SPRINGER databases took advantages of selecting the studies. Each study were examined within the context of the study’s purpose, subject area, method, sample, data collection tools, teaching applications and results by being subjected to content analysis. Obtained data were interpreted depending on the frequency and partly illustrated through tables and graphs. In the research, the results showed that a significant portion of the studies were conducted with the aims of scale validation/adaptation, examination of TPACK competences and developments; that a few number of studies focused on a special subject area; that survey study and data collection tolls such as scale/survey were used mostly; that studies conducted with prospective teachers were majority; that although it had been revealed that the participants usually have high levels of TPACK competence/perception in quantitative studies, the situation was contrary in qualitative weighted studies; that different teaching applications such as TPACK workshops, mixed vocational development program, blended learning increases TPACK. In light of the obtained results, it was seen that studies targeting TPACK development in which implementations are carried in a long process through using a quite number of data collection tools are needed in Turkey. Besides, it was recognized that the courses in education faculties should be re-updated according to TPACK and teachers or prospective teachers should be trained with the help of courses or in/pre-service training programs. Lastly, recommendations were made for researchers, program makers and appliers who will do studies in this field.Bu araştırmanın amacı Türkiye’deki teknolojik pedagojik alan bilgisi (TPAB) çalışmalarının meta sentez yöntemi kullanılarak analiz edilmesi ve bu alanda nasıl bir eğilim olduğunun ortaya konulmasıdır. Araştırmada 2008-2014 yılları arasında yayınlanmış olan ve amaçlı örnekleme yöntemi ile seçilen 37 makale, 15 tez, 7 bildiri olmak üzere toplam 59 çalışma analiz edilmiştir. Çalışmaların seçiminde Google Akademik arama motoru, TÜBİTAK ULAKBİM DergiPark, YÖK Ulusal Tez Merkezi, EBSCOhost-ERIC ve SPRINGER veri tabanlarından faydalanılmıştır. Çalışmaların her biri içerik analizine tabii tutularak çalışmanın amacı, konu alanı, yöntemi, örneklemi, veri toplama araçları, kullanılan öğretim uygulamaları ve elde edilen sonuçlar bağlamında incelenmiştir. Elde edilen veriler frekansa dayalı yorumlanmış, yer yer tablo ve grafikler kullanılarak gösterilmiştir. Araştırmada, çalışmaların önemli bir bölümünün ölçek geliştirme/uyarlama, TPAB yeterlilik ve gelişimlerinin incelenmesi amacıyla yapıldığı, az sayıda çalışmada özel bir konu alanına odaklanıldığı, en çok tarama yönteminin ve ölçek/ anket gibi veri toplama araçlarının kullanıldığı, öğretmen adaylarıyla yapılan çalışmaların çoğunlukta olduğu, genellikle nicel çalışmalarda katılımcıların yüksek TPAB yeterlik/algı/düzeyine sahip olduğu ortaya konulmasına rağmen nitel ağırlıklı çalışmalarda durumun tam aksine olduğu, TPAB çalıştayları, karma mesleki gelişim programı, harmanlanmış öğrenme gibi farklı öğretim uygulamalarının TPAB’ı artırdığı sonuçları elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda Türkiye’de, TPAB gelişimini hedefleyen, çok sayıda veri toplama aracı kullanılarak uzun bir süreçte uygulamaların yürütüldüğü çalışmalara ihtiyaç olduğu görülmüştür. Bunun yanında eğitim fakültelerindeki derslerin TPAB’ a göre yeniden güncellenmesi ve öğretmen ya da öğretmen adaylarının kurs ya da hizmet-içi/öncesi eğitim programları yardımıyla eğitilmeleri gerektiği fark edilmiştir. Son olarak bu alanda çalışma yapacak olan araştırmacılara, program yapıcılara ve uygulayıcılara önerilerde bulunulmuştur

НОВЫЕ НАХОДКИ МОРСКИХ ДИАТОМОВЫХ БЕНТОСА ДЛЯ ДИАТОМОВОЙ ФЛОРЫ ТУРЦИИ (ЧЁРНОЕ МОРЕ)

Первые данные по морским диатомовым Турции, основанные на материале, собранном в Мраморном море, были опубликованы С. Эренбергом в 1843 г. Бентосные морские диатомовые изучены намного слабее, по сравнению с пресноводными. Материалы для настоящего исследования собраны на одной станции в бухте Аклиман, Синоп, в декабре 2012 г. В результате работ, виды Achnanthes longiceps C. Agardh, Bacillaria socialis (Gregory) Ralfs, Berkeleya micans (Lyngbye) Grunow, Berkeleya obtusa (Greville) Grunow, Berkeleya sparsa Mizuna, Chamaepinnularia clamans (Hustedt) Witkowski, Lange-Bertalot & Metzeltin, Cocconeis costata Gregory, Fallacia clepsidroides Witkowski, Fallacia florinae (M. Møller) Witkowski, Gomphonemopsis obscurum (Krasske) Lange-Bertalot, Grammatophora undulata Ehrenberg, Mastogloia pusilla var. subcapitata Hustedt, Mastogloia urveae Witkowski, Navicula germanopolonica Witkowski & Lange-Bertalot, Navicula parapontica Witkowski, Kulikovskiy, Nevrova & Lange-Bertalot, Navicula pavillardii Hustedt, Navicula subagnita Proshkina-Lavrenko, Neosynedra provincialis (Grunow) D.M. Williams & Round, Nitzschia prolongata Hustedt, Opephora guenter-grassii (Witkowski & Lange-Bertalot) Sabbe & Vyverman, Parlibellus berkeleyi (Kützing) E.J. Cox, Parlibellus calvus A. Witkowski, Metzeltin & Lange-Bertalot и Planothidium depertidum (Giffen) Witkowski, Lange-Bertalot & Metzeltin зарегистрированы как новые находки для диатомовой флоры Турции.The first study on marine diatoms in Turkey based on material collected from Marmara Sea was published by C. Ehrenberg in 1843. Regarding to benthic diatom studies, marine diatoms are understudy comparing to freshwater diatoms. In this study, the samples were collected from one station in Akliman Bay, Sinop in December 2012. As a result, Achnanthes longiceps C. Agardh, Bacillaria socialis (Gregory) Ralfs, Berkeleya micans (Lyngbye) Grunow, Berkeleya obtusa (Greville) Grunow, Berkeleya sparsa Mizuna, Chamaepinnularia clamans (Hustedt) Witkowski, Lange-Bertalot & Metzeltin, Cocconeis costata Gregory, Fallacia clepsidroides Witkowski, Fallacia florinae (M. Møller) Witkowski, Gomphonemopsis obscurum (Krasske) Lange-Bertalot, Grammatophora undulata Ehrenberg, Mastogloia pusilla var. subcapitata Hustedt, Mastogloia urveae Witkowski, Navicula germanopolonica Witkowski & Lange-Bertalot, Navicula parapontica Witkowski, Kulikovskiy, Nevrova & Lange-Bertalot, Navicula pavillardii Hustedt, Navicula subagnita Proshkina-Lavrenko, Neosynedra provincialis (Grunow) D.M. Williams & Round, Nitzschia prolongata Hustedt, Opephora guenter-grassii (Witkowski & Lange-Bertalot) Sabbe & Vyverman, Parlibellus berkeleyi (Kützing) E.J. Cox, Parlibellus calvus A.Witkowski, Metzeltin & Lange-Bertalot and Planothidium depertidum (Giffen) Witkowski, Lange-Bertalot & Metzeltin were “new record” status for Turkish Diatom Flora

Determination of Optimum Compression Ratio: A Tribological Aspect

Internal combustion engines are the primary energy conversion machines both in industry and transportation. Modern technologies are being implemented to engines to fulfill today's low fuel consumption demand. Friction energy consumed by the rubbing parts of the engines are becoming an important parameter for higher fuel efficiency. Rate of friction loss is primarily affected by sliding speed and the load acting upon rubbing surfaces. Compression ratio is the main parameter that increases the peak cylinder pressure and hence normal load on components. Aim of this study is to investigate the effect of compression ratio on total friction loss of a diesel engine. A variable compression ratio diesel engine was operated at four different compression ratios which were "12.96", "15:59", "18:03", "20:17". Brake power and speed was kept constant at predefined value while measuring the in- cylinder pressure. Friction mean effective pressure ( FMEP ) data were obtained from the in cylinder pressure curves for each compression ratio. Ratio of friction power to indicated power of the engine was increased from 22.83% to 37.06% with varying compression ratio from 12.96 to 20:17. Considering the thermal efficiency , FMEP and maximum in- cylinder pressure optimum compression ratio interval of the test engine was determined as 18.8 ÷ 19.6

Toplu taşıma sistemlerinin evrimsel algoritmalarla optimizasyonu

This study aims to examine, regulate, and update the land transportation of the Erzurum Metropolitan Municipality (EMM), Turkey using computerized calculation techniques. In line with these targets, some critical information has been obtained for study: the number of buses, the number of expeditions, the number of bus lines, and the number and maps of existing routes belonging to EMM. By using the information that has been obtained, this study aims at outlining specific outputs according to the input parameters, such as determining the optimal routes, the average travel, and the journey time. Once all of these situations were considered, various optimization algorithms were used to get the targeted outputs in response to the determined input parameters. In addition, the study found that the problem involved in modeling the land transport network of the EMM is in line with the so-called “traveling salesman problem,” which is a scenario about optimization often discussed in the literature. This study tried to solve this problem by using the genetic algorithm, the clonal selection algorithm, and the DNA computing algorithm. The location data for each bus stops on the bus lines selected for the study were obtained from the EMM, and the distances between these coordinates were obtained by using Google Maps via a Google API. These distances were stored in a distance matrix file and used as input parameters in the application and then were put through optimization algorithms developed initially on the MATLAB platform. The study’s results show that the algorithms developed for the proposed approaches work efficiently and that the distances for the selected bus lines can be shortened.Bu çalışma, Erzurum Büyükşehir Belediyesi'nin (EBB) Türkiye kara ulaşımını bilgisayarlı hesaplama teknikleri kullanarak incelemeyi, düzenlemeyi ve güncellemeyi amaçlamaktadır. Bu hedefler doğrultusunda, çalışma için bazı önemli bilgiler: otobüs sayısı, sefer sayısı, otobüs hattı sayısı ve EBB’ye ait mevcut güzergâh sayısı ve haritaları elde edilmiştir. Bu çalışma, elde edilen bilgileri kullanarak, optimal rotaların belirlenmesi, ortalama seyahat ve yolculuk süresi gibi girdi parametrelerine göre belirli çıktıların ana hatlarını çizmeyi amaçlamaktadır. Tüm bu durumlar göz önüne alındığında, belirlenen girdi parametrelerine karşılık hedeflenen çıktıları elde etmek için çeşitli optimizasyon algoritmaları kullanılmıştır. Çalışma, EBB’ nin ulaşım ağının modellenmesindeki problemin, literatürde sıklıkla tartışılan optimizasyonla ilgili bir senaryo olan “gezgin satıcı problemi” ile uyumlu olduğunu bulmuştur. Çalışmada genetik algoritma, klonal seçim algoritması ve DNA hesaplama algoritması kullanılarak bu problem çözülmeye çalışılmıştır. Çalışmada seçilen otobüs hatlarındaki her bir durak için konum bilgisi EBB'den alınmış ve bu koordinatlar arasındaki mesafeler bir Google API üzerinden Google Maps kullanılarak elde edilmiştir. Bu mesafeler bir mesafe matrisi dosyasında saklanmış ve uygulamada giriş parametreleri olarak kullanılmış daha sonra MATLAB platformunda geliştirilen optimizasyon algoritmalarına aktarılmıştır. Çalışmanın sonuçları, önerilen yaklaşımlar için geliştirilen algoritmaların verimli çalıştığını ve seçilen otobüs hatları için mesafelerin kısaltılabileceğini göstermektedir

INVESTIGATION OF GRAPHIC READING AND INTERPRETATION SKILLS IN SOCIO-SCIENTIFIC-BASED PROBLEM SITUATIONS: THE EXAMPLE OF COVID-19 PARABOLIC GRAPH

The aim of this study is to examine the graphic reading and interpretation skills of teacher candidates with problem situations prepared in the context of the Covid-19 pandemic, which is a socioscientific situation. The study was carried out with a special case of qualitative research methods. The participants of the study consisted of 52 primary school mathematics teacher candidates studying in the third year. Participants were determined via the typical case sampling method, one of the purposive sampling methods. As a data collection tool, an open-ended question form consisting of five options based on a socio-scientific situation-based scenario with a vital aspect was used. In the analysis of the data, content analysis method was used together with descriptive statistics (frequency, percentage). When the data obtained from the research were examined, it was seen that a significant part of the pre-service teachers had the skills to read and interpret the parabola graphs given in the context of Covid-19. However, it was determined that most of the pre-service teachers who gave wrong answers to the questions about graphic reading and interpretation were at the level of visual or quantitative perception and had difficulties in transitioning between representations. For this reason, drawing activities that require more context-based qualitative understanding or technology-assisted teaching applications can be made in the teaching of graphics.Bu çalışmanın amacı sosyobilimsel bir durum olan Covid-19 pandemisi bağlamında hazırlanan problem durumlarıyla öğretmen adaylarının grafik okuma ve yorumlama becerilerinin incelenmesidir. Çalışma nitel araştırma yöntemlerinden özel durum ile yürütülmüştür. Araştırmanın katılımcıları üçüncü sınıfta öğrenim gören 52 ilköğretim matematik öğretmeni adayından oluşmaktadır. Katılımcılar amaçlı örnekleme yöntemlerinden tipik durum örneklemesi yöntemiyle belirlenmiştir. Veri toplama aracı olarak sosyobilimsel durum temelli yaşamsal yönü olan bir senaryoya dayalı beş seçenekten oluşan bir açık uçlu soru kullanılmıştır. Verilerin analizinde betimsel istatistiklerle birlikte (frekans, yüzde) içerik analizi yöntemi kullanılmıştır. Araştırmadan elde edilen veriler incelendiğinde öğretmen adaylarının önemli bir bölümünün Covid-19 bağlamında verilen parabol grafiklerini okuma ve yorumlama becerilerine sahip oldukları görülmüştür. Ancak grafik okuma ve yorumlamaya yönelik sorulara yanlış cevap veren öğretmen adaylarının çoğunun görsel ya da nicel algılama düzeyinde olduğu ve temsiller arası geçişte zorlandıkları belirlenmiştir. Bu nedenle grafikler konusunun öğretiminde daha çok bağlam temelli nitel anlama gerektiren çizim etkinlikleri ya da teknoloji destekli öğretim uygulamaları yaptırılabilir

Wear performance of duplex treated low alloyed steel against wood (beech) as static partner

The sliding tribological behaviour of Cr-(WC-Co) coating against wood (beech) as counterpart was investigated using a duplex treatment of low carbon steel(DIN 18CrMo4). The duplex treatment consists of LPC (low pressure carburising) + R.F magnetron co-sputtering of Cr and WC-Co. Pin-on-disk configurations in dry condition wear tests were performed. The wear scars of the coatings were evaluated using optical profilometry, scanning electron microscopy (SEM/EDS) and the wear mechanisms were consequently discussed. The aim of this work is to study wear mechanisms on the wood pin/disc couple. It was concluded that best behaviour was observed in the case of higher Cr content coating