Türkiye Çamaltı Tuzla'sından İzole Edilmiş Ilımlı Halofil Penıcıllıum Sp. İle Kurşun Biyosorpsiyonu

Ağır metallerin farklı organizmalarla biyosorbsiyonunun önemi sebebiyle Çamaltı tuzlasından izole edilen tuza toleranslı (halotolerant) fungusun biyosorbsiyon potansiyeli bu çalışma ile ilk kez araştırılmıştır. Penicillium sp. izolatının kurşun [(Pb(NO3)2], nikel (NiCl2), krom (K2CrO4), çinko (ZnCl2), kadmiyum (CdCl2.H2O), bakır (CuSO4) ve kobalt (CoCl2.6H2O) ağır metallerine dirençlilikleri araştırılmış ve Penicillium sp. nin en yüksek tolerans gösterdiği ağır metal biyosorpsiyon çalışmaları için seçilmiştir. Penicillium sp. izolatının ağır metal toleransı kurşun > kadmiyum > krom > bakır > nikel > çinko > kobalt şeklinde gözlenmiştir. Biyosorpsiyon çalışmalarında 3 farklı kurşun derişimi (145 mg/lt, 644 mg/lt ve 1388 mg/lt) kullanılmış ve metal iyon derişimi yükseldikçe kurşun tutma kapasitesi düşmüştür. Penicillium sp. izolatının kurşun biyosorpsiyonunda Freundlich izotermi Langmuir izotermine göre daha uygundur. Kurşun bağlayıcı bölgelerin biyokütle yüzeyindeki amin grupları olduğu FTIR analizi ile doğrulanmıştır. Kurşuna yüksek direnç gösteren halotolerant Penicillium sp. yüksek oranda veya değişken oranlarda tuz içeren ortamlardaki kurşun kirliliğinin azaltılmasında kullanım için olduğu kadar optimizasyon çalışmalarından sonra tuz içermeyen ortamlarda da kullanım için önerilebilir.Owing the importance of biosorption of heavy metals by different organisms, a moderately halophilic fungus isolated from Çamalti saltern was first time investigated for its potential for biosorption. Different heavy metals namely, lead [(Pb(NO3)2], nickel (NiCl2), chromium (K2CrO4), zinc (ZnCl2), cadmium (CdCl2.H2O), copper (CuSO4) and cobalt (CoCl2.6H2O) were screened for resistance and the most tolerated heavy metal by Penicillium sp. was chosen in biosorption assay. The heavy metal tolerance of Penicillium sp. was observed in order of lead>cadmium >chromium>copper>nickel>zinc>cobalt. Different concentrations (145 mg/l, 644 mg/l and 1388 mg/l) of lead biosorption was investigated and increasing the metal ion concentration resulted in decreased uptake for lead. Freundlich isotherm was more effective than Langmuir isotherm for lead biosorption by Penicillium sp. The binding sites for lead attributed to the amine groups on the biomass surface were verified by Fourier Transform Infra Red (FTIR) analysis. A halotolerant Penicillium sp. having high resistance to lead, could be suggested for use as an agent for abatement of lead pollution in hypersaline conditions or in waters of fluctuating salinity, as well as in non-saline environments after further studies of optimization

Micafungin Effectiveness in Treating Pediatric Patients with Proven Candidemia

Aim:Micafungin is one of three currently available echinocandin for the treatment of candidiasis and candidemia. We aimed to discuss the effectiveness of micafungin and any possible side effects in the treatment of proven candidemia in children.Materials and Methods:In this study, children who were treated with micafungin for proven candidemia between May, 2017 and October, 2019 were included. The time to achieve negative culture, liver and renal functions as well as blood counts were recorded using the hospital data system.Results:Forty-five patients (52.3%) who received micafungin for proven candidemia were included in this study. The median age of the children who received micafungin due to invasive candidiasis (IC) was 4 months (range: 12 days to 216 months). Of these 45 IC patients, 10 (22.2%) were neonates, 19 (42.2%) were infants, 11 (24.4%) were between 1 and 5 years old, and 5 (11.1%) were between 10-18 years old. The median duration of micafungin treatment to culture negativity for C. albicans related candidemia episodes was shorter (6 days, 1-26 days) than non-albicans Candida spp. related candidemia episodes (7 days, 1-35 days) (p=0.10). Culture negativity could not be achieved at the end of the 14th day of micafungin treatment in 15 of the 45 (33.3%) candidemia episodes. The most commonly isolated Candida spp. in patients with treatment failure was C. parapsilosis (n=6), followed by C. albicans (n=5), C. guilliermondii (n=1), C. tropicalis (n=2) and C. tropicalis and C. guilliermondii co-infection (n=1) respectively. None of the patients developed side effects due to micafungin treatment.Conclusion:Micafungin was found to be safe and effective for the treatment of culture proven candidemia in pediatric patients, including neonates

Çocukluk çağı santral sinir sistemi tümörlerinin bir alt grubu olan emriyonel tümörlü olgularda HSNF5/INI1 gen mutasyonlarının araştırılması

Amaç: Bu çalışmada, çocukluk çağı santral sinir sistemi tümörlerinin bir alt grubu olan embriyonel tümörlerden, atipik teratoid rabdoid tümör (AT/RT), tanısı almış olan hastalarda, bu tümör ile ilişkili olan bir tümör supresör gen (hSNF5/INI1) mutasyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: 2010-2015 yılları arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde AT/RT tanısı almış olguların dosya verileri incelendi. Klinik bulguları ve tümör dokusunda INI1 ekspresyonu açısından yapılmış olan immunohistokimyasal analiz sonuçları değerlendirildi. Olguların hepsinin tümör dokusuna ait patoloji preparatlarından ve ulaşılabilen olguların periferik kanlarından elde edilen DNA ile hSNF5/INI1 geni için tüm eksonik bölgeler PCR ile çoğaltılıp, jel elektroforezi ile kontrol edildikten sonra, DNA dizi analizi gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçlar referans genom ile karşılaştırıldı. Tespit edilen varyasyonların patojenitesi ACMG 2015 kriterlerine göre değerlendirildi. Tümör dokusunda mutasyon tespitedilen hastalardan ulaşılabilenlerde periferik kan DNA'sında analiz tekrarlandı, ulaşılamayanlarda anne ve babada periferik kan DNA analizi yapıldı. Bulgular:Çalışmamıza toplam 10 hasta aldık, bunların 7'si SSS'nin AT/RT'ü, 2'si yumuşak dokuda rabdoid tümör, biri renal rabdoid tümör tanılıydı. Santral sinir sisteminin(SSS) AT/RT'ü tanısı alan 7 hastanın 4'ü (%57) kız, 3'ü (%43) erkekti. Bu olguların ortanca tanı yaşı 18 ay (3 ay-12,9 yaş) bulundu. Hastalarımızın %85'i 36 aydan önce tanı almıştı. Hastalarımızın ortalama sağ kalım süresi 5,8 (±28,7)aydı. SSS'nin AT/RT'ü tanısı ile izlenen olguların 4'ünde (%57) tümör infratentorial yerleşimli iken 3'ünde (%43) supratentorial yerleşimlidir. Supratentorial bölgeye yerleşen tümör nedeni ile izlenen hastalarda ortanca tanı yaşı 19 ay (16 ay-12,9 yaş), ortalama sağ kalım süresi 7,3 (±5,7) aydır. İnfratentorial bölgeye yerleşen tümör nedeni ile izlenen hastalarda ise ortanca tanı yaşı 17,5 ay (3-19ay), ortalama sağ kalım süresi 23,2 (±38,5) aydır. SSS'nin AT/RT'ü tanısı alan 7 hastadan 2'sine (%28,5) total eksizyon, 5'ine (%71,4) kısmi eksizyon yapılabilmişti. Total eksizyon yapılan hastaların ortalama sağ kalım süresi 43,5 (±53,7) ay bulunurken rezidü tümör dokusu kalan hastaların ortalama sağ kalım süresi 5,8 (±4,7) ay bulundu. SSS, yumuşak doku ve renal rabdoid tümör tanılı hastaların tümör dokusunda immunohistokimyasal yöntemler ile hSNF5/INI1 protein ekspresyonu bakıldı ve %77 hastada protein ekspresyon kaybı bulundu. Yumuşak doku ve renal rabdoid tümör tanılı hastaların hepsinde tümör dokusunda hSNF5/INI1 protein ekspresyon kaybı gösterildi. SSS'nin AT/RT'ü tanılı 7 hastadan 4'ünde protein ekspresyon kaybı mevcuttu, bir hastada protein ekspresyonu tamamen korunmuştu, bir hastada ise protein ekspresyonu fokal olarak korunmuştu. Bir hastada protein ekspresyonu değerlendirilmemişti. hSNF5/INI1 protein ekspresyon kaybı gösterilen hastaların ortanca tanı yaşı 18 ay (3-19 ay), ortalama sağ kalım süresi 3,2 (±2,6)aydı. hSNF/INI1gen dizisinde 4 hastada, tümör dokusunda mutasyon saptandı. Bu hastaların 3'ünün SSS'nin AT/RT'ü tanısı, 1'inin yumuşak dokuda rabdoid tümör tanısı mevcuttu. SSS'nin AT/RT'ü tanısı ile izlenen ve hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanan hastaların ortanca tanı yaşı 19 ay (17-19 ay), ortalama sağ kalım süresi 4 (±2,6) ay bulundu. hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanmayan hastaların ortanca tanı yaşı 17 ay (3 ay-12,9 yaş), ortalama sağ kalım süresi 25,7 (±37,1) ay bulundu. Yumuşak dokuda rabdoid tümör tanısı ile izlenen ve tümör dokusunda hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanan bir hasta vardı. Bu hastanın tanı anında yaşı 3,5 ay, sağ kalım süresi 15 aydı. Bu çalışma yapıldığı sırada hastalığı remisyondaydı. Tümör dokusunda mutasyon saptanan hastaların kanlarında elde edilen DNA'da mutasyon saptamadık. Mutasyon taşıyan hastaların anne babaları aynı mutasyon açısından Sanger dizi analizi kullanılarak değerlendirildi. Hastaların anne ve babalarının bu mutasyonu taşımadıkları gösterildi. Sonuç:AT/RT tanılı hastaların tümör dokusunda hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanması durumunda hastaların yaşam sürelerinin kısa olduğu gözlenmiştir. Bu nedenle prognozu belirlemede mutasyon analizi önerilebilir. Bu konuda daha geniş hasta gruplarında araştırma yapılmasına gereksinim vardır. Önceki yayınlardan farklı olarak AT/RT tanılı hasta grubumuzda kanda yapılan DNA analizlerinde hiçbir hastada hSNF5/INI1 geninde mutasyon saptanmamıştır. Bu sonucun kanda analiz yapılabilen hasta sayısının kısıtlılığı ile ilgili olduğu düşünülmüştür.Objective: In this study, it was aimed to investigate the mutation of a tumor suppressor gene (hSNF5 / INI1) associated with atypical teratoid rabdoid tumor (AT / RT) from embryonal tumors, which is a subgroup of childhood central nervous system tumors. Material and Method: The data of patients with AT / RT diagnosed between 2010 and 2015 in Ege University Medical Faculty were reviewed. Clinical findings and INI1 expression in tumor tissue using immunohistochemical analysis results of were evaluated. In all tumor tissues, all exonic regions of the hSNF5 / INI1 gene were amplified by PCR and after cheching by gel electrophoresis, DNA sequence analysis was performed. The results obtained were compared with the reference genome. The pathogenicity of the detected variants was assessed according to ACMG 2015 criteria. DNA sequencing in peripheral blood was performed in the patients with mutation in tumor tissue. Results: Ten patients were enrolled in the study. 7 of them had AT/RT in central nervous system, 2 in soft tissue and 1 in renal. Of 7 patients who had AT / RT of the central nervous system (CNS), 4 (57%) were girls and 3 (43%) were boys. The median age at diagnosis was 18 months (3 months-12.9 years). 85% of our patients were diagnosed before 36 months. The mean survival time of the patients was 5.8 ( ± 28.7) months. In 4 (57%) of the cases with AT/RT in CNS, the tumor was infratentorial, whereas in 3 (43%) the tumor was supratentorial. The median age at diagnosis was 19 months (16 months- 12,9 years) and the mean survival time was 7.3 (± 5.7) months in patients with tumors located in the supratentorial region. The median age at diagnosis was 17.5 months (3-19 months) and the mean survival time was 23.2 (± 38.5) months in the patients who were followed up for infratentorial tumor. Gross total excision of 2 patients (28.5%) and partial excision of 5 patients (71.4%) were performed in 7 patients who were diagnosed with AT/RT of the CNS. The mean survival time of patients with gross total excision was 43.5 (± 53.7) months and the mean survival time of patients with residual tumor tissue was 5.8 (± 4.7) months. The expression of hSNF5 / INI1 protein that has been examined by immunohistochemical methods in the patients with AT/RT of the CNS, soft tissue and renal rhabdoid tumors was evaluated and loss of protein expression was found in 77% of the patients. All patients with soft tissue and renal rhabdoid tumors showed loss of hSNF5 / INI1 protein expression in tumor tissue. Protein expression was lost in 4 of the 7 patients diagnosed with AT/RT of the CNS, protein expression was completely preserved in one patient, and focally conserved in one patient. In one patient, there was no data about protein expression. The median age at diagnosis was 18 months (3-19 months) and the mean survival time was 3.2 (± 2.6) months in patients with loss of hSNF5 / INI1 protein expression. In the hSNF / INI1 sequence analysis, mutations in tumor tissue were detected in 4 patients. Three of these patients had AT/RT of CNS and one of them had a soft-tissue rabboid tumor. The median age at diagnosis was 19 months (17-19 months) and the mean survival time was 4 (± 2.6) months for patients with AT/RT of CNS with mutations in the hSNF5 / INI1 gene. The median age at diagnosis was 17 months (3 months-12,9 years) and the mean survival time was 25.7 (± 37.1) months in patients with no mutation in hSNF5 / INI1 gene. There was a patient who was diagnosed with soft tissue rhabdoid tumor diagnosis and detected a mutation in the hSNF5 / INI1 gene in the tumor. At the time of diagnosis, the age of the patient is 3.5 months and the survival time is 15 months. The disease was remedied when this work was done. We have not detected mutation in the DNA obtained from the blood of patients who have mutation in the tumor. Parents of mutation-bearing patients were evaluated using the Sanger sequence analysis for the same mutation. It was shown that the parents of the patients did not carry this mutation. Conclusıons: Patients with AT / RT were found to have shorter survival times when mutations in the hSNF5 / INI1 gene were detected in the tumor. For this reason, mutation analysis could be recommended to predict prognosis. The future researchs conducted with larger patient groups is needed to determine the role of molecular analysis in the patients with AT/RT. Unlike previous reports, no germline mutation in the hSNF5 / INI1 gene was detected in any of the patients with AT / RT. This result is thought to be related to the limited number of patients that could be analyzed

Afet Riskleri ile İlgili Kentsel Dayanıklılık Çalışmalarının Yöntemsel Olarak İncelenmesi

Resilience kavramı, ilk kez 1618 yılında yayımlanmış bir sözlükte tanımlanmıştır. Kentsel planlama alanındaki kullanımı, ekoloji bilimiyle ilgilenen Crawford Stanley Holling’in 1973 yılında yaptığı yayınındaki tanımıyla ilişkilendirilerek literatüre girmiştir. 2000’li yıllarda afet ve risk kavramları ile kullanılmıştır. Kavramın afet ve risk çalışmalarında kullanılmaya başlamasının temel sebeplerinden biri afetlerin, yerel ve küresel düzeyde ekonomik zararlar vermesi ve çok fazla can kaybına yol açmasıdır. Bu çalışmada afet riskleri ve dayanıklılık ilişkisi ele alınmış ve tarihsel gelişiminden bahsedilmiştir. İkincil veri ve içerik analizi yapılarak, ulusal ve uluslararası düzeyde yapılan çalışmalar irdelenmiştir. Afet ve afet riskleriyle mücadele ederken toplumsal ve mekânsal olarak yapılan 25 farklı dayanıklılık çalışması ve yöntemlerinden, kentsel dayanıklılık çalışmalarında yaygın olarak kullanılan üç model seçilmiştir. Bu üç model; Topluluklar İçin Temel Dayanıklılık Göstergeleri (Baseline Resilience İndicators For Communities), Dayanıklı Kent Göstergeleri (Arup & Rockefeller Foundation) ve Kentler İçin Afete Dayanıklılık Puan Kartları (UNISDR The Disaster Resilience Scorecard For Cities)’dır. Seçilen bu modeller, kullanılan araçlar ve yöntem açısından farklılıklar gösterdiği için birbiriyle karşılaştırılmıştır. Yapılan çalışmanın, kentsel dayanıklılık modellerinin geliştirilmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir

Metal biosorbtion by a halophile sagenomella sp. isolated from Iğdır/Tuzluca rock salt bed in Turkey

Makale yayından kaldırılmış. Hiç bir alandan erişim sağlanamadı

Risk of tuberculosis in children with rheumatologic diseases treated with biological agents: A cross-sectional cohort study

Objectives: This study aimed to evaluate the risk of tuberculosis (TB) disease in children receiving biological agents for rheumatologic diseases, focusing on appropriate screening tests in a high-priority country for TB control. Patients and methods: One hundred nine children (56 females, 53 males; range, 3.4 to 16.2 years) who received any biological agent for rheumatologic diseases for more than two years between May 2012 and October 2021 were included in this retrospective study. Patients were screened for TB infection using tuberculin skin test (TST) or interferon-gamma release assay (IGRA). Following the initial evaluation, patients were clinically examined for TB every three months by a comprehensive medical history and physical examination, and every 12 months using TST or IGRA. Results: At the initiation of the biological agent, the patients’ mean age was 12.4±4.5 years. The average follow-up duration was 3.6±1.3 years (range, 2.6 to 10.2 years) for patients treated with biological agents. Each patient had a documented Bacillus Calmette-Guérin vaccination. Before the initiating of therapy, TST was performed alone in 45 (41.3%) patients and in combination with IGRA in 64 (58.7%) patients. In the 64 patients who underwent both TST and IGRA, IGRA revealed nine (14.1%) positive results. Six (66.7%) of these nine patients, however, had negative baseline TST. Four (7.3%) of the 55 individuals whose initial IGRA results were negative also had positive TST results. Overall, no TB disease was observed after a follow-up period. Conclusion: This study reveals that biological agents were not associated with an increased risk of TB disease in closely monitored children. Additionally, the concomitant use of TST and IGRA for screening of TB is reasonable in patients receiving biological agents

Pediatri Asistanlarının Çocuklarda İnfluenza Tanı, Tedavi ve Bağışıklaması Hakkındaki Bilgi Düzeyleri, Algı, Tutum ve Davranışları

Giriş: İnfluenza virüsü özellikle kış aylarında çocuklarda sık görülen, bazen hastane ve yoğun bakım yatışlarına hatta ölüme sebebiyet verebilen bir virüstür. Pediatristlerin influenza tanısı, tedavisi ve bağışıklaması ile ilgili bilgi düzeylerini ve yaklaşımlarını araştıran son derece kısıtlı yayın bulunmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada pediatri asistanlarının influenza virüsünü tanıma, tedavi kararını verme, profilaksi yaklaşımı ve bağışıklaması hakkındaki tutum ve davranışlarının saptanması planlandı. Gereç ve Yöntemler: Bu tanımlayıcı kesitsel araştırma; 31 Temmuz- 1 Aralık 2019 tarihleri arasında; Ege Bölgesi’nde altı merkezde çalışan pediatri asistanlarına internet üzerinden (Google formları) anket yapılarak gerçekleştirildi. Katılımcılara demografik özellikleri, influenza semptomlarını tanıması, tedavisi, profilaksi ve bağışıklaması ile ilgili 27 soru soruldu.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 6 merkezde çalışan 349 pediatri asistanının 204’ü (%58.5) anket sorularına yanıt verdi. Katılımcıların %72.5’i kadındı, yaş ortalamaları 27.9 ± 2.1’di; %59.3’ü iki yıldan daha kısa süredir asistanlık yapıyordu. İnfluenza tanısını düşündüren semptomlar sorgulandığında katılımcıların %94.1’i ateş, %81.9’u kas ağrısı, %77’si yorgunluk, %70.1’i baş ağrısı ve %68.6’sı öksürük olarak doğru yanıtladı. Oseltamivir tedavi endikasyonları sorgulandığında 166 (%82.2) katılımcı doğru olarak yanıt verdi. Asistan hekimlerin %21.1’inin mevcut sezonda grip aşısı yaptırdığı görüldü. Kronik hastalığı olan ve olmayan asistanlar arasında grip aşısı yapılma sıklıkları açısından istatistiksel anlamlı bir fark saptanmadı (p= 0.136). Sonuç: Araştırmada; pediatri asistanlarının influenza farkındalığı, tedavisi ve bağışıklaması hakkında bilgi düzeylerinin ve bağışıklama oranlarının düşük olduğu saptanmıştır. Her influenza sezonu öncesinde pediatri asistanlarına influenza virüsü ve aşısı hakkında hatırlatıcı eğitimler verilmesinin faydalı olabileceği düşünülmüştür