Hazard estimation for censored data contaminated with additive measurement error: application to length of pregnancy

International audienceWe consider random variables which can be subject to both censoring and measurement errors. We focus on the case where the measurement errors affect both the variable of interest and the censoring variable, which is the case of the timing of spontaneous delivery among pregnant women. We propose an estimation strategy to estimate the hazard rate of the underlying variable of interest. We explain the model and this strategy and provide L2-risk bound for the data driven resulting estimator. Simulations illustrate the performances of the estimator. Lastly, the method is applied to a real data set of length of pregnanc

Deconvolution estimation of onset of pregnancy with replicate observations

International audienceExcept in the specific case of in vitro fertilization, the precise date of onset of pregnancy is unknown. In clinical practice, the date of pregnancy may only be estimated, and most commonly from ultrasound biometric measurements of the embryo. Denoting $X$ the interval between last menstrual period and true onset of pregnancy and $Y$ the interval between last menstrual period and the date estimated by ultrasound, we wish to estimate the density \fx of $X$. Only noisy observations $Y_{j}=X_{j}+\varepsilon_{j}, j=1,\dots,n$ are observed and the density $f_\varepsilon$ of $\varepsilon$ is unknown. Because the noise itself cannot be sampled for the estimation of its density, we consider the specific setting of replicate noisy observations $Y_{-j1}=X_{-j}+\varepsilon_{-j1}$ and $Y_{-j2}=X_{-j}+\varepsilon_{-j2}$, $j=1,\dots,M$. We suggest an adaptive non-parametric estimator of \fx built following a deconvolution device. Convergence rates are studied and compared to other settings that do not involve replicates. Lastly, we estimate the density \fx in spontaneous pregnancies with an estimation of the noise obtained from replicate observations in twin pregnancies

Syphilis and Sex: Transatlantic Medicine and Public Health in Argentina and the United States, 1880-1940

This dissertation explores the international response to syphilis before the advent of penicillin in the 1940s. I focus on Argentina and the United States and within these two countries on New York and Buenos Aires. Since Paris, like New York and Buenos Aires, was an important node in a transatlantic system of scientific and policy exchange, I investigate first and foremost the connections between historical actors in France, Argentina, and the United States. My research pushes Atlantic history beyond the turn of the nineteenth century—the traditional ending point for most Atlantic historians—and explores the idea of a multi-centered Atlantic world, where knowledge circulated in all directions and between various nodes. By moving back and forth between different scales of analysis, this dissertation shows how subnational, national, and region-wide networks were imbricated into Atlantic and global circuits. Analyzing the relationship between Atlantic and national networks allows me to underscore the persistence of the national in the transnational. In a number of ways, rather than eliminate national boundaries, the transnational currents I examine reified national differences, as the people who shaped venereal disease control in France, Argentina, and the United States engaged in repeated cross-national comparisons. International scientific understandings and policy proposals were filtered through local and national concerns, resulting in different outcomes in different parts of the world. More than the demonstration effect, local political and cultural landscapes shaped the relationship between science and public policy. My discussion of sex education programs highlights the impact of transnational discourses on local conceptions of gender and sexuality. Furthermore, informed by shared eugenic concerns, all governments worried about the potential impact of syphilis on the collective welfare of the nation. However, in each case, the precise articulation between medical professionals, scientists, maternalist activists and other social reformers, on the one hand, and municipal, state, and national level politicians and bureaucrats, on the other, determined the ultimate evolution of public health laws and institutions. This dissertation blends transnational history and world history by using the transatlantic history of syphilis prevention as a window onto the formation of modern interventionist states

vHOG, a multispecies vertebrate ontology of homologous organs groups

Motivation: Most anatomical ontologies are species-specific, whereas a framework for comparative studies is needed. We describe the vertebrate Homologous Organs Groups ontology, vHOG, used to compare expression patterns between species. Results: vHOG is a multispecies anatomical ontology for the vertebrate lineage. It is based on the HOGs used in the Bgee database of gene expression evolution. vHOG version 1.4 includes 1184 terms, follows OBO principles and is based on the Common Anatomy Reference Ontology (CARO). vHOG only describes structures with historical homology relations between model vertebrate species. The mapping to species-specific anatomical ontologies is provided as a separate file, so that no homology hypothesis is stated within the ontology itself. Each mapping has been manually reviewed, and we provide support codes and references when available. Availability and implementation: vHOG is available from the Bgee download site (http://bgee.unil.ch/), as well as from the OBO Foundry and the NCBO Bioportal websites. Contact: [email protected]; [email protected]

In Vitro and In Vivo Neurotoxicity of Prion Protein Oligomers

The mechanisms underlying prion-linked neurodegeneration remain to be elucidated, despite several recent advances in this field. Herein, we show that soluble, low molecular weight oligomers of the full-length prion protein (PrP), which possess characteristics of PrP to PrPsc conversion intermediates such as partial protease resistance, are neurotoxic in vitro on primary cultures of neurons and in vivo after subcortical stereotaxic injection. Monomeric PrP was not toxic. Insoluble, fibrillar forms of PrP exhibited no toxicity in vitro and were less toxic than their oligomeric counterparts in vivo. The toxicity was independent of PrP expression in the neurons both in vitro and in vivo for the PrP oligomers and in vivo for the PrP fibrils. Rescue experiments with antibodies showed that the exposure of the hydrophobic stretch of PrP at the oligomeric surface was necessary for toxicity. This study identifies toxic PrP species in vivo. It shows that PrP-induced neurodegeneration shares common mechanisms with other brain amyloidoses like Alzheimer disease and opens new avenues for neuroprotective intervention strategies of prion diseases targeting PrP oligomers

Mise au point d'une méthodologie d'échantillonnage utilisant la micro-extraction sur phase solide pour la quantification de goudrons sur des procédés de thermolyse de la biomasse

The gasification of biomass by thermochemical processes is presently a promising method of producting H2 and CO which are used for synthesis of biogasoil. However, the thermal treatment of biomass leads to the production of unwanted compounds referred to as "tar" (heavy hydrocarbons) of which the content in syngas must to be inferior to 0.1 mg.Nm-3. Knowledge of tar content is consequently needed. To this end, a sampling methodology using SPME (Solid Phase MicroExtraction) was developed for the quantification of "model compounds" which represents the total tar content mainly emitted by two gasification or pyrolysis processes. Introduction of the notion of model compounds is intended to simplify the sampling methodology on one hand to overcome the possible limitations related to the sampling system developed in this work to allow SPME extraction on the other. For the two thermochemical processes, 15 model compounds were selected. The quantification of these compounds required calibration of SPME fibres (polydimethylsiloxane coating) which allow us, over a range of temperatures, to establish the absorption profiles and to determine distribution coefficients. Influence of the sampling conditions on the absorption and performance of the coupled SPME-gas Chromatography were also evaluated. In order to avoid repetitive calibrations, a model based on thermodynamic considerations was developed to speed-up determination of the distribution coefficient.La gazéification de la biomasse par voie thermochimique apparaît aujourd'hui comme une voie prometteuse pour la production de H2 et CO utilisés dans la synthèse de biocarburants. Le traitement thermique subi par la biomasse entraîne toutefois la production de composés indésirables appelés goudrons (hydrocarbures lourds) dont la teneur dans les gaz de synthèse doit être inférieure à 0,1 mg.Nm-3. Le suivi de la quantité de goudrons produits est, par conséquent, indispensable. Dans ce contexte, une méthodologie d'échantillonnage utilisant la SPME (micro-extraction sur phase solide) a été mise au point pour la quantification de "composés types" représentatifs de la quantité globale de goudrons émis principalement par deux pilotes de gazéification et de pyrolyse. L'introduction de la notion de composés types est destinée d'une part, à simplifier la méthodologie d'échantillonnage et d'autre part, à s'affranchir des éventuelles limitations liées au système de prélèvement des effluents gazeux développé dans le cadre de ce travail pour autoriser l'extraction par SPME. Pour les deux pilotes, 15 composés types ont été retenus. Leur quantification a d'abord nécessité l'étalonnage préalable des fibres SPME (revêtue de polydimethylsiloxane) qui a permis, à plusieurs températures, d'établir les profils d'absorption et de déterminer les coefficients de partage. L'influence des conditions d'extraction sur l'absorption ainsi que les performances du couplage SPME-chromatographie gazeuse ont également été évaluées. De manière à éviter les étalonnages répétitifs, un modèle basé sur la théorie des équilibres thermodynamiques a été développé pour déterminer la valeur des coefficients de partage

Mise au point d'une méthodologie d'échantillonnage utilisant la micro-extraction sur phase solide pour la quantification de goudrons sur des procédés de thermolyse de la biomasse

The gasification of biomass by thermochemical processes is presently a promising method of producting H2 and CO which are used for synthesis of biogasoil. However, the thermal treatment of biomass leads to the production of unwanted compounds referred to as "tar" (heavy hydrocarbons) of which the content in syngas must to be inferior to 0.1 mg.Nm-3. Knowledge of tar content is consequently needed. To this end, a sampling methodology using SPME (Solid Phase MicroExtraction) was developed for the quantification of "model compounds" which represents the total tar content mainly emitted by two gasification or pyrolysis processes. Introduction of the notion of model compounds is intended to simplify the sampling methodology on one hand to overcome the possible limitations related to the sampling system developed in this work to allow SPME extraction on the other. For the two thermochemical processes, 15 model compounds were selected. The quantification of these compounds required calibration of SPME fibres (polydimethylsiloxane coating) which allow us, over a range of temperatures, to establish the absorption profiles and to determine distribution coefficients. Influence of the sampling conditions on the absorption and performance of the coupled SPME-gas Chromatography were also evaluated. In order to avoid repetitive calibrations, a model based on thermodynamic considerations was developed to speed-up determination of the distribution coefficient.La gazéification de la biomasse par voie thermochimique apparaît aujourd'hui comme une voie prometteuse pour la production de H2 et CO utilisés dans la synthèse de biocarburants. Le traitement thermique subi par la biomasse entraîne toutefois la production de composés indésirables appelés goudrons (hydrocarbures lourds) dont la teneur dans les gaz de synthèse doit être inférieure à 0,1 mg.Nm-3. Le suivi de la quantité de goudrons produits est, par conséquent, indispensable. Dans ce contexte, une méthodologie d'échantillonnage utilisant la SPME (micro-extraction sur phase solide) a été mise au point pour la quantification de "composés types" représentatifs de la quantité globale de goudrons émis principalement par deux pilotes de gazéification et de pyrolyse. L'introduction de la notion de composés types est destinée d'une part, à simplifier la méthodologie d'échantillonnage et d'autre part, à s'affranchir des éventuelles limitations liées au système de prélèvement des effluents gazeux développé dans le cadre de ce travail pour autoriser l'extraction par SPME. Pour les deux pilotes, 15 composés types ont été retenus. Leur quantification a d'abord nécessité l'étalonnage préalable des fibres SPME (revêtue de polydimethylsiloxane) qui a permis, à plusieurs températures, d'établir les profils d'absorption et de déterminer les coefficients de partage. L'influence des conditions d'extraction sur l'absorption ainsi que les performances du couplage SPME-chromatographie gazeuse ont également été évaluées. De manière à éviter les étalonnages répétitifs, un modèle basé sur la théorie des équilibres thermodynamiques a été développé pour déterminer la valeur des coefficients de partage

Efficacité à 24 mois d'une filière de soins originale : Centre de Traitement de la Douleur - Centre de Rééducation Fonctionnelle, sur la qualité de vie et le retour au travail de 33 lombalgiques chroniques rebelles en arrêt de travail depuis plus de 6 mois

Objectifs : La prise en charge des lombalgiques chroniques rebelles en arrêt de travail prolongé est un enjeu de santé publique. Notre étude a évalué l'efficacité d une filière de soins originale, hospitalière et séquentielle: Centre d'Évaluation et de Traitement de la Douleur (CETD) du Centre Hospitalo-universitaire de Nantes (France)- Centre de Rééducation Fonctionnel (CRF), sur le devenir à 24 mois de 33 lombalgiques chroniques rebelles en âge de travailler et en arrêt de travail de plus de 6 mois. Patients et Méthodes : Etude rétrospective, descriptive, portant sur 33 lombalgiques chroniques rebelles aux thérapeutiques antérieures, dont 16 femmes, d'âge moyen 41,52 ans (DS= 9,69). La durée moyenne d'arrêt de travail est de 12,36 mois (DS= 6,40). Ces patients ont bénéficié dans un premier temps d'une prise en charge pluridisciplinaire de 2 fois 5 jours dans l'Unité d'hospitalisation du CETD, associant notamment éducation thérapeutique et rationalisation du traitement médicamenteux, infiltrations rachidiennes sous scopie si nécessaire; lutte contre la kinésiophobie, techniques complémentaires non médicamenteuses (électrostimulations trans-cutanées, thérapie manuelle, acupuncture), démarrage du réentraînement à l'effort, évaluation et prise en charge psychologique et réflexion socioprofessionnelle par un médecin du travail du CHU. Ils ont ensuite bénéficié d'un programme de réentraînement à l'effort de 3 semaines en CRF. Le critère de jugement principal de cette prise en charge est la reprise et le maintien de l'activité professionnelle ; les critères de jugement secondaires sont des critères de qualité de vie (amélioration de la douleur, de la fonction, du retentissement psychologique, des répercussions dans la vie quotidienne et diminution de la consommation de médicaments dépendogènes). Résultats : Cette filière de soins hospitalière obtient des résultats très favorables sur le critère de jugement principal : 70% des patients ont repris le travail à 12 mois: dans le groupe 6-12 mois d arrêt de travail et 61,5% dans le groupe 12-24 mois d arrêt. Ces résultats sont pérennes puisque 90% des patients ayant repris, sont toujours en activité à 24 mois. Il s'y associe une amélioration des paramètres secondaires (douleur, fonction, qualité de vie) à 12 et 24 mois. Conclusion : Cette étude montre l'efficacité à 12 et 24 mois, de cette filière de soins hospitalière séquentielle CETD - CRF, sur la reprise et le maintien au travail, ainsi que la qualité de vie de 33 lombalgiques chroniques rebelles en arrêt de travail prolongé de plus de 6 mois. Ces résultats encourageants, nettement plus favorables que ceux retrouvés dans la littérature, méritent d'être confirmés par une étude contrôlée randomisée. C'est l'objet d'un Programme Hospitalier de Recherche Clinique, conduit par notre équipe, évaluant l'efficacité comparée de cette filière de soins hospitalière séquentielle CETD - CRF, et d'une prise en charge ambulatoire optimisée selon les Recommandations de la Haute Autorité de Santé, ainsi que d'une prise en charge en CRF seul.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF