The effect of primer choice and short read sequences on the outcome of 16S rRNA gene based diversity studies

Different regions of the bacterial 16S rRNA gene evolve at different evolutionary rates. The scientific outcome of short read sequencing studies therefore alters with the gene region sequenced. We wanted to gain insight in the impact of primer choice on the outcome of short read sequencing efforts. All the unknowns associated with sequencing data, i.e. primer coverage rate, phylogeny, OTU-richness and taxonomic assignment, were therefore implemented in one study for ten well established universal primers (338f/r, 518f/r, 799f/r, 926f/r and 1062f/r) targeting dispersed regions of the bacterial 16S rRNA gene. All analyses were performed on nearly full length and in silico generated short read sequence libraries containing 1175 sequences that were carefully chosen as to present a representative substitute of the SILVA SSU database. The 518f and 799r primers, targeting the V4 region of the 16S rRNA gene, were found to be particularly suited for short read sequencing studies, while the primer 1062r, targeting V6, seemed to be least reliable. Our results will assist scientists in considering whether the best option for their study is to select the most informative primer, or the primer that excludes interferences by host-organelle DNA. The methodology followed can be extrapolated to other primers, allowing their evaluation prior to the experiment

Bird Strikes at USU

According to the American Bird Conservancy, up to one billion birds are killed in the United States every year by window collisions

Competitive Collaboration: Joint Unsupervised Learning of Depth, Camera Motion, Optical Flow and Motion Segmentation

We address the unsupervised learning of several interconnected problems in low-level vision: single view depth prediction, camera motion estimation, optical flow, and segmentation of a video into the static scene and moving regions. Our key insight is that these four fundamental vision problems are coupled through geometric constraints. Consequently, learning to solve them together simplifies the problem because the solutions can reinforce each other. We go beyond previous work by exploiting geometry more explicitly and segmenting the scene into static and moving regions. To that end, we introduce Competitive Collaboration, a framework that facilitates the coordinated training of multiple specialized neural networks to solve complex problems. Competitive Collaboration works much like expectation-maximization, but with neural networks that act as both competitors to explain pixels that correspond to static or moving regions, and as collaborators through a moderator that assigns pixels to be either static or independently moving. Our novel method integrates all these problems in a common framework and simultaneously reasons about the segmentation of the scene into moving objects and the static background, the camera motion, depth of the static scene structure, and the optical flow of moving objects. Our model is trained without any supervision and achieves state-of-the-art performance among joint unsupervised methods on all sub-problems.Comment: CVPR 201

Effects of ground movements on realistic guide models for the European Spallation Source

We model the effect of ground movement, based on empirical experience, on the transport properties of long neutron guides by ray-tracing simulations. Our results reproduce the large losses found by an earlier study for a simple model, while for a more realistic engineering model of guide mounting, we find the losses to be significantly smaller than earlier predicted. A detailed study of the guide for the cold neutron spectrometer BIFROST at the European Spallation Source shows that the loss is 7.0(5) % for wavelengths of 2.3-4.0 {\AA}; the typical operational wavelength range of the instrument. This amount of loss does not call for mitigation by overillumination as suggested in the previous work. Our work serves to quantify the robustness of the transport properties of long neutron guides, in construction or planning at neutron facilities worldwide.Comment: 8 pages, 12 figure

Genusintegrering och jämställdhetsarbete vid fakulteten för skogsvetenskap, Sveriges lantbruksuniversitet

Skogssektorn är en av Sveriges mest ojämställda branscher. Trots tydliga politiska direktiv, riktade åtgärder, öronmärkta medel och en uttalad politisk vilja att arbeta för en ökad jämställdhet och etnisk och kulturell mångfald inom skogssektorn, har få eller inga påtagliga förändringar skett. Kunskapen om genus och jämställdhet inom skogsbrukssektorn är ganska bristfällig idag. Detta är ett en anledning för fakulteten för skogsvetenskap, SLU, att aktivt verka för ökad jämställdhet. I detta projekt har SLU och fakulteten för skogsvetenskap, med stöd av delegationen för jämställdhet i högskolan mellan 2011-2013, utvecklat metoder och arbetssätt som minskar (upphäver) andelen könsbundna val till och inom jägmästarutbildningen och skogsmästarutbildningen. Det har skett genom att involvera studenter och lärare i en deltagandeinventering av ämnen/frågor och pedagogiska metoder i utbildningen som är behäftade med genusbias. Dessutom har avsikten varit att undersöka på vilka sätt som detta påverkar studenterna i valet av studieinriktning, samt föreslå och initiera förändringar. I proposition En skogspolitik i takt med tiden uppmärksammar regeringen att kvinnor och män i praktiken inte har samma rättigheter och möjligheter inom skogsnäringen och att det därför behövs åtgärder för ökad jämställdhet. Även forskning har visat att skogssektorn är en av Sveriges mest ojämställda branscher. Kunskapen om genus och jämställdhet inom skogsbrukssektorn är ganska bristfällig idag. Samtidigt finns en uttalad politisk vilja att arbeta för en ökad jämställdhet och etnisk och kulturell mångfald inom skogssektorn vilket också är ett incitament. Tidigare jämställdhetsarbete vid fakulteten för skogsvetenskap har främst handlat om direkta åtgärder riktade mot kvinnor. Fakulteten har arbetat målinriktat och strategiskt för att bredda rekryteringsbasen till att omfatta fler kvinnor vilket också har resulterat i en viss ökning, om än blygsam. Åtgärder som dessa riktar primärt in sig på individnivån – det är kvinnorna som, genom hjälp till självhjälp, ska ändra sitt beteende och därmed förändra utbildningarna på ett för jämställdheten positivt sätt. Detta vittnar om att det saknas en kritisk blick in i den egna organisationen, dess etablerade rutiner och processer, dess organisation och tradition som på olika sätt kan utgöra ett hinder för ett effektivt förändringsarbete. För att råda bot på detta har fakulteten nu infört utbildning i genusvetenskap och jämställdhet/mångfaldsfrågor som obligatoriskt kursmoment under grundutbildningen. SLU har två skogliga yrkesutbildningsprogram, jägmästarprogrammet (300 hp) i Umeå och skogsmästarprogrammet (180 hp) i Skinnskatteberg. Avsikten med att integrera ett genusperspektiv i utbildningarna har främst varit att ge studenterna grundläggande kunskap om hur kön/genus inverkar på individ- och samhällsnivå för att därmed förbereda dem för kommande yrkesliv. Det har också handlat om att ge studenterna verktyg att identifiera och synliggöra normativa föreställningar och stereotyper om manligt och kvinnligt som i praktiken möjliggör eller begränsar kvinnors och mäns tillträde, acceptans och utvecklingsmöjligheter inom skogsbranschen. Genom olika inslag i undervisningen ökar studenternas medvetenhet och deras handlingskraft att identifiera, bemöta och aktivt motverka ojämlika maktrelationer stärks. Ett övergripande normkritiskt perspektiv har tillämpats som ett arbetsredskap för att visa på hur olika normer samverkar och skapar maktobalanser inom olika pedagogiska praktiker, samt hur man kan utmana dessa normer. Parallellt med studentprojektet pågick andra viktiga insatser som sannolikt också har haft betydelse för en ökad medvetenhet och kunskap om genus och jämställdhet. För fakultetsledning, prefekter och enhetsföreståndare gavs seminarieserien Ledningsstyrt förändringsarbete för jämställdhet på S-fakulteten. Syftet var att skapa en gemensam plattform för fakultetsledning och prefekter för att ge dem möjlighet att själva formulera svar på frågan varför jämställdhet är viktigt för verksamheten, och hur de själva ville leda och styra ett förändringsarbete. Samtliga lärare och forskare vid fakulteten ska dessutom genomgå 7-dagarskursen Genus och jämställdhet – ett kunskapsområde med utmaningar för pedagogiskt ledarskap. Kursen erbjuds årligen. Inom akademien väger kunskap om något betydligt tyngre än intresse för något. Om det råder en kollektiv föreställning om att genus är oviktigt vid en fakultet, institution eller i ett lärarlag finns risken att genusperspektivet inte blir integrerat utan förblir något som i bästa fall upprätthålls av enskilda individer som formellt eller informellt ger frågorna ett existensberättigande. Vår avsikt har därmed varit att synliggöra och stärka genus som ett kunskapsområde. Genom att arbeta operativt för förändring i lärarnas och studenternas praktik har vi kommit en god bit på väg och fler är engagerade och delaktiga i utvecklingsarbetet än tidigare. För att säkerställa en kontinuitet och progression i jämställdhetsarbetet vid fakulteten har ytterligare en rad åtgärder vidtagits parallellt med, och som en konsekvens av projektet. Här följer några sådana exempel: Genomlysning av studentkåren. En kvalitativ studie av studentkåren vid fakulteten har genomförts. Syftet är att få kunskap om hur kåransvariga uppfattar och förstår genusintegrering och jämställdhetsarbete i relation till sina uppdrag. Vetenskaplig artikel. Preliminär titel: Gender and forestry in higher education- a critical discussion of hierarchies of acceptance and social change. Datainsamling har påbörjats och en vetenskaplig artikel med kvalitativ ansats kommer att publiceras under året i en refereebedömd tidskrift. Artikeln kommer att stärka forskningsområdet och ska användas i undervisningssammanhang. Föräldrapolicy. Ett arbete har initierats för att ta fram en föräldrapolicy för studenter, forskarstuderande och anställda vid fakulteten. Jämställdhetsindikatorer. För att främja jämställdhetsarbetet vid SLU har arbete med att implementera jämställdhetsindikatorer påbörjats på central nivå inom SLU. Jämställdhetsindikatorerna är ett självvärderingsinstrument som ska underlätta jämställdhetsarbetet, men också ge lättillgänglig information om könsfördelningen vid universitetet. Uppdragsutbildning. Avsikten är att i samverkan med skogssektorn skapa uppdragsutbildningar i genus och jämställdhet, i första hand för att på sikt även omfatta mångfaldsfrågor. Det är av största vikt att de kugghjul vi nu fått i rörelse inom fakulteten kuggar i skogssektorns stora maskineri. Uppdragsutbildningar skapar också möjligheten att upprätthålla och utveckla adekvat kunskap och kompetens om genus och jämställdhet vid fakulteten. Skogen som integrationsarena. Detta projekt har ett tydligt genus och mångfaldsperspektiv. Syftet är övergripande att skapa hållbara lotsar för nyanlända, exempelvis flyktingar och invandrare till högre skoglig utbildning och på så sätt bredda rekryteringsbasen. Ett pilotprojekt finns för närvarande i Dorotea kommun med avsikt att ge deltagarna grundläggande kunskaper om skog, jakt och viltvård som på sikt kan leda till arbetsmöjligheter eller vidare studier inom skogssektorn. Projektet är ett samarbete mellan Länsstyrelsen i Västerbotten, Dorotea kommun, Svenska Jägareförbundet Västerbotten och SLU. Det pågår också arbete med att utveckla projektet. Det långsiktiga målet är att bredda rekryteringen av arbetskraft till skogsnäringen. För att lyckas med breddad rekrytering krävs kunskap om hur själva integrationsprocessen går till. Därefter behövs en strategi och handlingsplan för hur den breddade rekryteringen ska genomföras i praktiken, från utbildning i svenska fram till en anställning i skogssektorn. Avsikten är att ta fram ett program som omfattar utbildning på flera nivåer; gymnasienivå, universitetsnivå, entreprenörskap och uppdragsutbildning. Förändringarbete tar tid och det arbete som nu genomförts är bara början på resan mot en jämställd fakultet för skogsvetenskap. Nu handlar det om att förvalta de initiativ som tagits och att utveckla de förändringar som genomförts. Genom att ha implementerat återkommande genus- och jämställdhetsinslag i utbildningsprogrammen och seminarier för lärare/forskare har vi säkerställt en ”lägsta nivå” på fakulteten. Ledningen är den springande punkten i alla satsningar som gäller genusintegrering och jämställdhetsarbete. En fakultetsledning som med tydlighet visat att man menar allvar med förändringsarbetet har också bidragit till att ge de nuvarande implementeringarna legitimitet. För att lyckas i det fortsatta arbetet behövs inte bara en fakultetsledning som menar allvar med förändringsarbetet. Det behövs också en universitetsledning och en skogssektor som stöttar en långsiktig utveckling och inte minst politisk vilja att säkerställa ett jämställt samhälle