The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Efectividad y seguridad de la viscosuplementación con dosis única de ácido hialurónico estabilizado de origen no animal (NASHA) para el tratamiento del dolor secundario a gonartrosis

Objective: to evaluate the effectiveness and safety of single-dose injection of stabilized hyaluronic acid of non-animal origin (NASHA) for the treatment of pain related to knee osteoarthritis. Material and methods: we included a total of 37 patients with previously diagnosed gonarthritis by the Orthopedist/Rheumatologist in which conservative treatment has failed and/or who are not candidates for surgery. They carried out a single-dose injection of non-animal stabilized hyaluronic acid (Durolane®). We collected demographic data, adverse effects and pain intensity (assessed by verbal numeric scale) and scores on the questionnaires Western Ontario and McMaster Universities Osteoarthritis Index (WOMAC) and Barthel -baseline, at 2 weeks, at 3 months and 6 months of infiltration-. It has been considered effective a decrease ≥ 30% for more than 3 months at baseline scores. Results: patients are predominantly female (83.8%) with a mean age of 72.8 years (standard deviation = -S-8.4) and mean body mass index (BMI) 31.9 (S = 6.9). The left knee is infiltrated in 51.7%, 41.4% right and bilateral in 6.9% of patients. Adverse effects have occurred as well tolerated arthralgia 11.1% of patients. Based on the results, the infiltration with single dose of stabilized hyaluronic acid of non-animal origin for osteoarthritic source gonalgia caused a statistically significant reduction in pain intensity (numerical verbal scale and WOMAC) and functional capacity (WOMAC) at all measured intervals. There has been a ≥ 30% reduction in pain intensity in 54% (value that matches the reduction in WOMAC pain score) in 62.1% stiffness and functional capacity in 48.6% of patients. Conclusion: in our patients, intra-articular viscosupplementation single dose of stabilized hyaluronic acid of non-animal origin (NASHA, Durolane®) for the treatment of pain related to gonarthritis has been effective and safe and is a weapon for the management of pain and disability gonarthritis generated.Objetivos: valorar la efectividad y seguridad de la inyección de dosis única de ácido hialurónico estabilizado de origen no animal (NASHA) para el tratamiento del dolor secundario a gonartrosis. Material y métodos: se han incluido un total de 37 pacientes afectos de gonartrosis diagnosticada previamente por el Traumatólogo/Reumatólogo en los que ha fracasado el tratamiento conservador y/o que no son tributarios de tratamiento quirúrgico. Se les ha efectuado una infiltración en dosis única de ácido hialurónico estabilizado no animal (NASHA), Durolane®. Se han recogido datos demográficos, efectos adversos e intensidad del dolor (valorada mediante escala verbal numérica) y puntuación en los cuestionarios Western Ontario and McMaster Universities Osteoartritis Index (WOMAC) y Barthel -basal, a las 2 semanas, a los 3 meses y a los 6 meses de la infiltración-. Se ha considerado efectiva una disminución ≥ 30% durante más de 3 meses en las puntuaciones basales. Resultados: los pacientes son mayoritariamente mujeres (83,8%), con una edad media de 72,8 años (desviación típica -S- = 8,4) e índice de masa corporal medio (IMC) 31,9 (S = 6,9). La rodilla infiltrada es izquierda en el 51,7%, derecha en el 41,4% y bilateral en el 6,9% de los pacientes. Han presentado efectos adversos en forma de artralgias bien toleradas el 11,1% de los pacientes. En base a los resultados, la infiltración con dosis única de ácido hialurónico estabilizado de origen no animal (NASHA) por gonalgia de origen artrósico provoca una reducción estadísticamente significativa en la intensidad del dolor (escala verbal numérica y WOMAC) y de la capacidad funcional (WOMAC) en todos los intervalos valorados. Se ha producido una reducción ≥ 30% en la intensidad del dolor en el 54% (valor que coincide con la reducción en la puntuación WOMAC de dolor), en la rigidez en el 62,1% y en la capacidad funcional en el 48,6% de los pacientes. Conclusiones: en nuestros pacientes, la viscosuplementación intrarticular con dosis única de ácido hialurónico estabilizado de origen no animal (NASHA, Durolane®) para el tratamiento del dolor secundario a gonartrosis ha resultado efectiva y segura y supone un arma más para el manejo del dolor y la invalidez que genera la gonartrosis

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 46 Número 7-12

l. Suelos.-Biología La lombriz de tierra (E. Foetida sav. y L. Rubellus Hoff). Biología y usos más importantes. Por M. T. Flores y P. Alvira.-- Composición qufmico-bromatológica y proporción de aminoácidos de la harina de la lombriz de tierra (E. Foetida sav. y L. Rubellus Hoff.). Por M. T. Flores y P. Alvira.-- Génesis, Clasificación y Cartografía Estudio edáfico de la Sierra de Cazorla. (Jaén). (III). Características de suelos con epipedón mollico. Por J. González Parra, C. González Huecas y A . López Lafuente.-- Suelos de la Rioja Alavesa: l. Entisoles y Aridisoles. Por A. J. Ocio, A. Guerra, R. Jiménez Ballesta y J. Batllé.-- Suelos de la rioja Alavesa: II. Inceptisoles. Por A. J. Ocio, R. Jiménez Ballesta, J. Batllé y A. Guerra.-- Caracterización de una toposecuencia en las naves (Dunas estabilizadas) del Parque Nacional de Doñana. Por P. Siljestrom Ribed y L. Clemente Salas.-- Evolución edafo-geomorfológica de las lagunas temporales del Parque Nacional de Doñana. Por P. Siljeström Ribed y L. Clemente Salas.-- Ordenación agronómica de un área de montaña de Galicia. l. Datos del medio fÍsico Por R. Blázquez, R. Calvo y F. Macías.-- Ordenación agronómica de un área de montaña en Galicia. II. Una alternativa de planificación. Por R. Calvo, R. Blázquez y F. Macías.-- Suelos de la Sierra del Maigmo (Alicante). II. Descripción de perfiles. Datos analíticos, clasificación y distribución. Por L. J. Alfas y A. de la Torre.--II. Biología Vegetal-Nutrición Estudio del poder fertilizante de un complejo de turba. l. Ensayo de fertilidad sobre suelo arcilloso. Por F. l. Pugnaire y C. García Izquierdo.-- Efecto de la relación N03 /NJtt en la composición mineral de plantas de tomate y pimiento cultivadas en ambiente controlado. Por J. Caselles, P. Zornoza y O. Carpena.-- Influencia de la fertilización nitrogenada en la evolución foliar de algunos nutrientes, ácidos y azúcares de la V. Vinifera "Pedro Ximénez". Por C. Aceituno, J. Mérida, J. L. González y M. Medina.-- Fisiología Effect of Sesbania mosaic virus on photosynthetic production of Dhaincha leaves. Por G.P. Rao, D. N. Shukla and K. Shukla.-- Influencia de almacenamiento en frío y tratamiento hormonal sobre el reposo de estaquillas de castaño. Por E. González, l. Iglesias, T. Díaz y J. L. G. Mantilla.-- Agrobiología. Viñedos Canarios. Zona de Acentejo. l. Climatologra. Por Ma E. Figueruelo O jeda, F. Gutiérrez Jérez y Mª I. Trujillo Jacinto del Castillo.-- Viñedos Canarios. Zona de Acentejo. II. Caracteristicas fÍsicas del suelo. Por F. Gutiérrez Jérez, l. Trujillo Jacinto del Castillo, E. Figueruelo Ojeda y C. Curbelo Mújica.-- III. Trabajos recapitulativos. El cobre como nutriente de la planta. Por O. Lastra, A. Chueca. C. González, M. Lachica y J. López Gorge. l. Suelos-Química. Problemas de caracterización del complejo de cambio en suelos de Galicia. Por R. M. Calvo de Anta y E. Alvarez Rodríguez.—Biología. Uso del violeta de Genciana en un medio de cultivo sintético que permite el desarrollo de bacterias aerobias Gram negativas del suelo. Por M. T. Pérez, M. A . Gómez y M. A. Sagardoy.-- Efecto de la temperatura sobre el comportamiento cinético de la actividad fj-D-Giucosidasa en una turba del Valle del Ebro (Burgos, España). Por S. González Carcedo, M. A . Arconada Varas y M. D. Luera.-- Génesis, Clasificación y Cartografía Suelos de la Rioja Alavesa: III. Mollisoles, Alfisoles y síntesis final. Por A. J. Ocio, R. Jiménez Ballesta, J. L. Martín de Vidales y A. Guerra.-- Morfología y evolución de Jos suelos de las lagunas permanentes del Parque Nacional de Doñana. Por P. Siljeström Ribed y L. Clemente Salas.-- Evolución edáfica en la vera arcillosa del Parque Nacional de Doñana. Por P. Siljeström Ribed y L. Clemente Salas.-- Suelos con horizontes arg!licos en el macizo de Ayllón y Sierra del Alto Rey (Sistema Central): Pautas de distribución en el paisaje. Por J. J. lbáñez, J. Gallardo y R. Jiménez Ballesta.—Fertilidad. Quelación por EDDHA de micronutrientes en suelos calizos: Ecuación modificada de Freundlich. Por J. Sánchez-Andréu, M. Juárez, L. Play J. Mataix .-- Estudio de la fertilidad de los suelos y nutrición mineral de la fresa en la Isla de Tenerife. Por A. Arévalo Morales, C. Martínez Barroso y C. E. Alvarez González.-- II. Biología Vegetal.-Nutrición Producción y contenido protéico de tallo y hoja de Cynodon dactylon en clima mediterráneo. Por M. C. Bergareche, M. J. López y E. Simón.-- Factores externos y nutrición mineral del trigo. Por L. Sánchez de la Puente y R. M.3 Belda Navarro.-- Balance de N. P, K y S en trigo de la región semiárida de la provincia de Buenos Aires, Argentina. Por R. A. Rosell, M. R. Landriscini, K. Ch. Sommer y A . Glave.-- Agrobiología Cinética del proceso de adsorción de TMTD sobre carbón activo y sepiolita. Por M. Socias Viciana, A. Valverde García, M. Villafranca Sánchez y E. González Pradas.-- Viñedos Canarios. Zona de Acentejo. III. Características químicas de los suelos. Por I. Trujillo Jacinto del Castillo, E. Figueruelo Ojeda, F. Gutiérrez Jérez y D. del Castillo Rodríguez.-- Relaciones suelo-pasto en superficies de tipo raña. Por A. García, J. J. lbáñez y J. Pastor.-- Estructura y distribución de bosques caducifolios sobre distintos sustratos en el Valle del V aldeón. Cordillera Cantábrica. Por A. García.-- III. Trabajos reacapitulativos. Interacción entre micorrizas VA y organismos patógenos de plantas. Por J. M. García-Garrido y J. A. Ocampo.-- Interaction of humic substances with microbes and enzymes in soil and possible implications for soil fertility. By Richard G. Burns.-- l. Suelos.Física. Osmo-Regulación en cultivares contrastantes de trigo y su relación con la etapa del desarrollo. Por N. L. García Girou y N. R. Curvetto.-- Estudio comparativo sobre diferentes métodos de valoración de la erosión hídrica en unas áreas piloto representativas de la provincia de Valencia. España. Por V. Bordas Valls y J. Sánchez Díaz.—Química. Adsorción de Malathion sobre sepiolita natural. Por E. González Paradas, M. Villafranca Sánchez, R. J. Plaza Capel, A. Valverde García, F. del Rey Bueno y A. García Rodríguez.-- Fertilidad- Nivel de fertilidad de los vertisoles de la provincia de Badajoz (España). l. Características generales de la capa arable. Por A García Navarro y A. López Piñeiro.-- Wheat soil Management and N fertilization in semiarid Argentina. Por R. A. Rosell, R. M. Martínez and K. Chr. Sommer.-- Modelos de comportamiento de la fertilidad de suelos calizos. Por l. Gómez, F. Burlo. B. Gómez y J. Mataix.-- Dinámica del fósforo en un suelo calizo. 11. Comparación de dos ritmos de abonado fosfórico y su incidencia en un cultivo de tomate. Por R. M. Cuesta, A. M. Ramón, J. J. Lucena y A. Gárate.-- Cantidades y formas de fósforo en suelos naturales de Galicia (Nw Spain). Por M.3 C. Trasar Cepeda, F. Gil Sotres y F. Guitián Ojea..-- II. Biología Vegetal. Nutrición Efectos del riego por goteo en la nutrición nitrogenada de la berenjena (Solanum melongena L.) cultivada en invernadero. Por S. Jaime, M. Casado y A. Aguilar.-- Nutrición mineral del níspero del Japón (Eriobotrya japonica L.) evolución anual de los macroelementos N, P, K, Ca y Mg. 8 años de observaciones. Por S. Jaime, J. M. Farré, J. M. Hermoso y A. Aguilar.-- Influencia de la fertilización nitrogenada en condiciones salinas en el cultivo de plantas de tomate y pepino. l. Rendimientos y calidad de fruto. Por V. Martínez y A. Cerdá.-- Influencia de la fertilización nitrogenada en condiciones salinas en el cultivo de plantas de tomate y pepino. ll. Composición mineral. Por V. Martínez y A. Cerdá.-- Distribución e interrelaciones de componentes metálicos en segmentos ecológicos. Por F. Romero, C. Elejalde y G. Gómez.-- Fisiología Germinación de semillas de Phaseolus vulgaris, L. var. Eagle. l. Papel del ácido gilberélico sobre la producción de etileno. Por l . M. Sánchez-Calle y A. J. Matilla.-- Influencia del pH del suelo sobre el desarrollo y producción de la piña tropical. II. Desarrollo vegetativo y medidas; acidez y producción del fruto. Por C. E. Alvarez González, A E. Carracedo Torres, C. García Corujo y M. Fernández Falcón.—Agro biología. Viñedos canarios. Zona de Acentejo. IV. Estudio estadístico de regresión y contraste de hipótesis de las propiedades físicas y Qufmicas de los suelos. Por l. Trujillo Jacinto del Castillo, E. Figueruelo Ojeda, F. Gutiérrez Jérez y J. Trujillo Jacinto del Castillo.-- Trabajos recapitulativos. El cloroplasto: composición, función y estructura. Por J. Val, L. Heras y E. Monge.-- IV. Bibliografía. Estudio de la producción científica española en el área de Geología. Por A. de Irazazabal Nerpell, S. Alvarez Borge, C. Ortiz González y J. Zarco Weidner.Peer reviewe