Bioinformatics of the sugarcane EST project

The Sugarcane EST project (SUCEST) produced 291,904 expressed sequence tags (ESTs) in a consortium that involved 74 sequencing and data mining laboratories. We created a web site for this project that served as a ?meeting point? for receiving, processing, analyzing, and providing services to help explore the sequence data. In this paper we describe the information pathway that we implemented to support this project and a brief explanation of the clustering procedure, which resulted in 43,141 clusters.O projeto SUCEST (Sugarcane EST Project) produziu 291.904 ESTs de cana-de-açúcar. Nesse projeto, o Laboratório de Bioinformática criou o web site que foi o ponto de encontro dos 74 laboratórios de sequenciamento e data mining que fizeram parte do consórcio para o projeto. O Laboratório de Bioinformática (LBI) recebeu, processou, analisou e disponibilizou ferramentas para a exploração dos dados. Neste artigo os dados, serviços e programas implementados pelo LBI para o projeto são descritos, incluindo o procedimento de clustering que gerou 43.141 clusters.915Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

An issue of concern: unique truncated ORF8 protein variants of SARS-CoV-2

Open reading frame 8 (ORF8) shows one of the highest levels of variability among accessory proteins in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). It was previously reported that the ORF8 protein inhibits the presentation of viral antigens by the major histocompatibility complex class I (MHC-I), which interacts with host factors involved in pulmonary inflammation. The ORF8 protein assists SARS-CoV-2 in evading immunity and plays a role in SARS-CoV-2 replication. Among many contributing mutations, Q27STOP, a mutation in the ORF8 protein, defines the B.1.1.7 lineage of SARS-CoV-2, engendering the second wave of COVID-19. In the present study, 47 unique truncated ORF8 proteins (T-ORF8) with the Q27STOP mutations were identified among 49,055 available B.1.1.7 SARS-CoV-2 sequences. The results show that only one of the 47 T-ORF8 variants spread to over 57 geo-locations in North America, and other continents, which include Africa, Asia, Europe and South America. Based on various quantitative features, such as amino acid homology, polar/non-polar sequence homology, Shannon entropy conservation, and other physicochemical properties of all specific 47 T-ORF8 protein variants, nine possible T-ORF8 unique variants were defined. The question as to whether T-ORF8 variants function similarly to the wild type ORF8 is yet to be investigated. A positive response to the question could exacerbate future COVID-19 waves, necessitating severe containment measures

Records of Mantodea (Insecta) collected with light trap at 45 meters height over an Amazon forest canopy, at ZF-2 nucleus, Manaus, Brazil

Insect collections were carried out monthly from January to December of 2004, during three nights of lunar transition third quarter moon/new moon from 18 p.m. to 6 a.m. They were collected over a vertical white sheet illuminated by a 250 watts mixed light and a 20 watts black light (BL) and black light bulb (BLB) lamps. The light trap was mounted at 45 meters height in a metallic tower of 50 meters height, in a "platô de terra firme", in the Cueiras River basin, in Manaus, Amazonas, Brazil. It was collected 23 species of Mantodea: Chaeteessidae (1 species); Mantoididae (2); Mantidae (15); Thespidae (2) and Acanthopidae (3). Six new species were registered and they will be described opportunely in the following genera: Cardioptera Burmeister, 1838; Phyllovates Kirby, 1904; Pseudovates Saussure, 1869; Stagmomantis Saussure, 1869; Stagmatoptera Burmeister, 1838 and Metilia Stal, 1877. Three species previously recorded to an indetermined Brazilian region are being recorded to Brazilian Amazon: Heterovates pardalina Saussure, 1872; Macromantis ovalifolia (Stoll, 1813) and Photina reticulata (Burmeister, 1838). Four records are new for the Amazonas state: Angela guianensis Rehn, 1906; Photina gracillis Giglio-Tos, 1915; Raptrix perspicua (Fabricius, 1787) and Vates festae Gigio-Tos, 1914. The specimens number collected monthly are presented for each species.Foram realizadas coletas mensais de insetos de janeiro a dezembro de 2004, durante três noites de transição lunar minguante/nova, das 18:00 às 06:00 horas. Os espécimes foram capturados em um lençol iluminado com lâmpada de 250 watts, luz mista de vapor de mercúrio e lâmpada de 20 watts black light (BL) e black light bulb (BLB). A armadilha foi montada a 45 metros de altura numa torre metálica de 50 metros, que ultrapassa a maioria das copas das árvores, num platô de terra firme, na bacia do rio Cuieiras, Manaus, Amazonas, Brasil. Foram coletados 23 espécies de Mantodea, sendo Chaeteessidae (1 espécie); Mantoididae (2); Mantidae (15); Thespidae (2) e Acanthopidae (3). Seis espécies são novas e serão descritas oportunamente nos seguintes gênerosCardioptera Burmeister, 1838, Phyllovates Kirby, 1904, Pseudovates Saussure, 1869, Stagmomantis Saussure, 1869, Stagmatoptera Burmeister, 1838 e Metilia Stal, 1877. Três espécies registradas para o Brasil sem uma região determinada estão sendo registradas para a Amazônia brasileiraHeterovates pardalina Saussure, 1872, Macromantis ovalifolia (Stoll, 1813) e Photina reticulata (Burmeister, 1838). Quatro registros são novos para o estado do AmazonasAngela guianensis Rehn, 1906, Photina gracillis Giglio-Tos, 1915, Raptrix perspicua (Fabricius, 1787) e Vates festae Gigio-Tos, 1914. Os números de indivíduos, em cada coleta mensal, são apresentados para cada espécie

Avaliação da incidência de antracnose, do desempenho e estado nutricional de variedades de mangueira, para cultivo orgânico, na região centro-norte do Estado de São Paulo.

A mudança do perfil do consumidor, aliada aos riscos da contaminação por agrotóxicos, tem levado à busca de alternativas ecologicamente apropriadas para produção de frutas. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a incidência de antracnose, o desempenho e estado nutricional de variedades de mangueira conduzidas organicamente na região de Pindorama-SP. Foram utilizadas 17 variedades de mangueira. O experimento foi instalado em delineamento experimental em blocos completos ao acaso, com 17 tratamentos (variedades) e seis repetições. Foi avaliada a severidade de antracnose nas folhas, através de uma escala diagramática, atribuindo-se notas aos sintomas. Foram avaliados o crescimento e o desenvolvimento (altura da planta, perímetro do tronco e da copa) e o estado nutricional, mediante análise foliar, das diferentes variedades utilizadas. Através dos resultados obtidos, podem-se considerar como muito suscetíveis à antracnose as variedades Bourbon, Rocha e Rosa; e resistentes, as variedades IAC 111, Alfa, Beta e Parvin; as variedades de manga apresentaram o mesmo padrão de crescimento; as maiores alturas da planta corresponderam aos maiores diâmetros do tronco e da copa; a variedade Parvin apresentou o melhor desempenho dentre as variedades estudadas, com relação à resistência à antracnose, altura e diâmetro do caule e da copa, podendo ser recomendada ao cultivo orgânico. As variedades Omega e Alfa também apresentaram bom crescimento, podendo ser indicadas para esse cultivo, pelo menos nessa fase inicial; as variedades Surpresa e Rosa não apresentaram bom desempenho, no campo, em relação às demais, não devendo ser recomendadas para o cultivo orgânico, principalmente a variedade Rosa, bastante suscetível à antracnose. As concentrações de N, P e K foram elevadas na fase vegetativa das plantas, comparadas à baixa concentração de Ca; houve carência de Boro em todas as variedades estudadas. A manga Rosa, provavelmente, sofreu toxicidade ao excesso de manganês, ocasionando diminuição em seu desenvolvimento