Näytteiden esikäsittelyn optimointi uuden polven sekvensointiin Illuminan Genome Analyzer II:lla

The growing interest for sequencing with higher throughput in the last decade has led to the development of new sequencing applications. This thesis concentrates on optimizing DNA library preparation for Illumina Genome Analyzer II sequencer. The library preparation steps that were optimized include fragmentation, PCR purification and quantification. DNA fragmentation was performed with focused sonication in different concentrations and durations. Two column based PCR purification method, gel matrix method and magnetic bead based method were compared. Quantitative PCR and gel electrophoresis in a chip were compared for DNA quantification. The magnetic bead purification was found to be the most efficient and flexible purification method. The fragmentation protocol was changed to produce longer fragments to be compatible with longer sequencing reads. Quantitative PCR correlates better with the cluster number and should thus be considered to be the default quantification method for sequencing. As a result of this study more data have been acquired from sequencing with lower costs and troubleshooting has become easier as qualification steps have been added to the protocol. New sequencing instruments and applications will create a demand for further optimizations in future.Viimeisen vuosikymmenen aikana sekvensointisovellukset ovat kehittyneet tehokkaammiksi ja vastaamaan paremmin alati kasvavaa kysyntää. Tämä tutkielma keskittyy DNA näytteiden esikäsittelyn optimointiin Illuminan Genome analyzer II –sekvensointiin. Näytteiden esikäsittelyvaiheista optimoitiin fragmentaatio, PCR-reaktion jälkeinen puhdistus sekä kvantitointi. Ihmis- ja bakteeri-DNA:ta fragmentoitiin käyttämällä kohdistettua ääniaaltoa. Fragmentointi testattiin eri aikapisteiden ja näytemäärien suhteen. Puhdistusmenetelmistä verrattiin kahta eri pylväspuhdistusmenetelmää, geelipylväästä resiinillä ja ilman sekä magneettihelmiin perustuvaa puhdistusta. Kvantitatiivista PCR:ää ja geelielektroforeesia sirulla verrattiin DNA-määrän mittaamiseen. Puhdistusmenetelmistä magneettihelmipuhdistus toimi tehokkaimmin ja on parhaiten muokattavissa. Fragmentointi optimoitiin isommille fragmenteille ja se on joustavammin muokattavissa. Kvantitointimenetelmistä kvantitatiivinen PCR korreloi parhaiten syntyneiden klustereiden kanssa. Tämän tutkielman tuloksena sekvensointiajot tuottavat enemmän dataa edullisemmin. Lisäksi laadunvarmistuspisteet helpottavat vianmääritystä. Uudet sekvensointilaitteet ja –sovellukset tulevat vaatimaan optimointia myös jatkossa

Työhyvinvointi osana yritysvastuuta - Näkemyksiä suomalaiselta elintarvikealalta

TUTKIMUKSEN TAVOITE: Kuluttajat ja sitä myötä myös yritykset ovat yhä kiinnostuneempia yritysten vastuullisuudesta. Samaan aikaan väestön ikääntyessä ja työn luonteen muuttuessa myös työhyvinvoinnin merkitys eläkeiän pidentämiseksi ja yritysten menestyksen turvaamiseksi kasvaa. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää, miten elintarvikealan edustajat kokevat työhyvinvoinnin aseman osana yritysvastuuta. Lisäksi tutkimuksessa selvitetään elintarvikealan edustajien näkemyksiä työhyvinvoinnin vastuiden jakautumisesta yrityksen sisällä. LÄHDEAINEISTO: Lähdeaineistona käytetään elintarvikealalla työskentelevien työhyvinvointiasiantuntijoiden teemahaastatteluja. TULOKSET: Työhyvinvointi on selkeä osa yrityksen vastuullisuutta, mutta sitä ei voi erottaa erilliseksi osa-alueeksi muista sosiaalisen vastuun ulottuvuuksista. Vastuullisuuden toiminnan määrittelyssä tulisi kiinnittää erityisesti huomiota yrityksen tahtotilaan ja toiminnan kokonaisuuteen. Olennaisimmassa osassa vastuullisuuden ja työhyvinvoinnin johtamisessa ovat yrityksen linjaukset, jotka mahdollistavat muun muassa laadukkaan esimiestyön, toimivan arjen ja turvalliset työskentelyolosuhteet. Myös esimies ja yksilö itse vaikuttavat merkittävästi työhyvinvointiin, joten yrityksen tärkeäksi tehtäväksi jää työhyvinvoinnin edellytyksien turvaaminen ja kehittäminen

Beneficial Effects of GLP-1 Agonist in a Male With Compulsive Food-Related Behavior Associated With Autism

Individuals with autism spectrum disorder (ASD) frequently display intensely repetitive, restricted thoughts, and behaviors. These behaviors have similarities to compulsions and/ or obsessions in obsessive compulsive disorder (OCD) and are primarily treated with behaviourally-based interventions and serotonin uptake inhibitors (SSRIs). Due to the lack of treatment responses in many cases, however, new treatments are being sought. Here we report beneficial effects of treatment with liraglutide, a glucagon-like peptide-1 (GLP-1) analog, on severe obsessive food craving, binge eating, weight gain, and behavioral problems in an adolescent male with infantile autism and moderate intellectual impairment. Liraglutide treatment reduced weight and unwanted behavior seemingly by preventing food-related repetitive thoughts and compulsions. Our report provides clinical evidence that GLP-1 signaling pathway may represent a novel target for treating food-related behavioral problems and aggressive behavior in ASD.Peer reviewe

Development of Climate Choice Lunch concept for restaurants based on carbon footprinting

201

Kasviplanktonanalyysin laadunvarmistus

Biologisten määritysten laadunvarmennuksen merkitys on korostunut EU:n vesipuitedirektiivin (VPD) voimaantulon myötä, sillä vesistöjen ekologisen tilan luokittelu edellyttää, että käytössä on laadukasta ja vertailukelpoista tietoa biologisista laatutekijöistä. Suomen ympäristökeskus SYKE on toiminut vuodesta 2001 kansallisena ympäristöalan vertailulaboratoriona pätevyysalueena vesien ja kiinteiden ympäristönäytteiden ympäristökemiallinen ja ekotoksikologinen mittaus-, testaus- ja näytteenottotoiminta. SYKEssä alkoi vuonna 2005 hanke vertailulaboratorion pätevyysalueen laajentamiseksi kolmella biologisella laatutekijällä, kasviplankton, vesikasvit ja pohjaeläimet. Tämä julkaisu sisältää kasviplanktonin laadunvarmistusta koskevan osahankkeen kuvauksen ja tulokset sekä suositukset laadunvarmistustoimenpiteiksi. Raportissa tarkastellaan kasviplanktonanalyysin toteutusta Suomessa ja muualla Euroopassa. Tarkastelun painopisteenä ovat tulosten vertailtavuus ja siihen vaikuttavat tekijät sekä SYKEn sisä- ja rannikkovesien kasviplanktonanalyysin nykytila, valmiudet ja kehittämislinjat. Raportissa linjataan SYKEn rooli sisä- ja rannikkovesien kasviplanktonmäärityksen kansallisessa ja kansainvälisessä laadunvarmennuksessa osana vertailulaboratoriotoimintaa. Kasviplanktonin analysointi edellyttää hyvää lajintuntemusta, yhtenäisten ja hyväksyttyjen analyysimenetelmien käyttöä sekä kykyä tulkita saatuja tuloksia. Kasviplanktonmäärityksiä tehdään Suomessa viranomaisten lisäksi konsulttityönä sekä tutkimushankkeissa. On myös todennäköistä, että biologinen analyysitoiminta laajenee jatkossa useamman toimijan piiriin. VPD:n toteutuksen kannalta on tärkeää, että kasviplanktonin määritystulokset ovat mahdollisimman laajasti hyödynnettävissä ekologisen tilan luokittelussa. Tämä asettaa vaatimuksia tulosten keskinäiselle vertailtavuudelle ja laadulle ja edellyttää säännöllistä määritystulosten testaamista ja vertailua toimijoiden kesken. Suomalaiset kasviplanktontutkijat ovat olleet edelläkävijöitä laadunvarmistuksessa verkostoitumalla ja kokoontumalla vuosittain työseminaareihin, joissa on käsitelty menetelmien harmonisointia ja vertailtavuutta. Vertailulaboratoriotoiminnan tarkoituksena on vahvistaa ja koordinoida toteutettua laadunvarmennusta ja saada mahdollisimman moni kasviplanktonmäärityksiä tekevä mukaan toiminnan piiriin

Infection prevention and control practices of ambulatory veterinarians : A questionnaire study in Finland

Background: Veterinarians face the risk of contracting zoonotic pathogens. Infection prevention and control (IPC) guidelines stress the importance of proper hand hygiene and personal protective equipment (PPE) to prevent transmission of these pathogens. Objectives: We aimed to assess how ambulatory livestock and equine veterinarians follow IPC guidelines, when working on farms and in stables. Methods: We studied hygiene practices of livestock and equine ambulatory veterinarians (n = 129) in Finland. A web-based questionnaire was used to obtain demographic information and information regarding hand-hygiene facilities and practices, use and cleaning of PPE and cleaning of medical equipment. Results: According to 66.9% of the respondents, hand-washing facilities were often adequate on livestock farms, but only 21.4% reported that this was the case in stables (p <.001). While 75.0% reported washing their hands or using hand sanitizer always before moving on to the next farm, only 42.5% reported doing this before moving on to the next stables (p <.001). Universal protective coat or coverall use was more common in livestock practice than in equine practice (91.6% vs. 27.7%, p <.001). Stethoscope cleaning was reported to happen less frequently than once a week by 30.0% of the respondents. Conclusions: Finnish veterinarians' self-reported IPC adherence was far from uniform. IPC was more commonly followed in ambulatory livestock practice perhaps facilitated by better hand-washing facilities on farms than in stables. The study suggests that education of veterinarians is still needed and that hand-washing facilities need to be improved even in a high-income country.Peer reviewe

The tumor and plasma cytokine profiles of renal cell carcinoma patients

Renal cell carcinoma (RCC) accounts for 90% of all renal cancers and is considered highly immunogenic. Although many studies have reported the circulating peripheral cytokine profiles, the signatures between the tumor tissue and matching healthy adjacent renal tissue counterparts have not been explored. We aimed to comprehensively investigate the cytokine landscape of RCC tumors and its correlation between the amount and phenotype of the tumor infiltrating lymphocytes (TILs). We analyzed the secretion of 42 cytokines from the tumor (n = 46), adjacent healthy kidney tissues (n = 23) and matching plasma samples (n = 33) with a Luminex-based assay. We further explored the differences between the tissue types, as well as correlated the findings with clinical data and detailed immunophenotyping of the TILs. Using an unsupervised clustering approach, we observed distinct differences in the cytokine profiles between the tumor and adjacent renal tissue samples. The tumor samples clustered into three distinct profiles based on the cytokine expressions: high (52.2% of the tumors), intermediate (26.1%), and low (21.7%). Most of the tumor cytokines positively correlated with each other, except for IL-8 that showed no correlation with any of the measured cytokine expressions. Furthermore, the quantity of lymphocytes in the tumor samples analyzed with flow cytometry positively correlated with the chemokine-family of cytokines, CXCL10 (IP-10) and CXCL9 (MIG). No significant correlations were found between the tumor and matching plasma cytokines, suggesting that circulating cytokines poorly mirror the tumor cytokine environment. Our study highlights distinct cytokine profiles in the RCC tumor microenvironment and provides insights to potential biomarkers for the treatment of RCC.Peer reviewe

Aorttaläppäahtauman leikkaushoito ompeleettomalla bioläpällä

Aorttaläpän ahtauma on yleisin läppävika länsimaissa. Väestön vanhetessa sitä sairastavien määrä kasvaa. Tässä HALO-katsauksessa arvioitiin, onko aorttaläppäahtauman leikkaushoito ompeleettomalla bioläpällä turvallinen ja vaikuttava hoitomenetelmä. Vähemmän kajoavilla toimenpidemenetelmillä pyritään pienentämään komplikaatioriskiä ja parantamaan hoidon tuloksia. Tutkimusnäyttö perustui pieniin potilassarjoihin ja kaltaistettuihin vertailuaineistoihin eikä satunnaistettuja tutkimuksia ole tehty. Ompeleettoman läpän asennus näyttää toimenpiteenä olevan vähintään yhtä turvallinen kuin perinteinen läppäleikkaus tai katetriteitse tehtävä läppäimplantaatio (TAVI). Raportoidut aortan sulkuajat ja sydän-keuhkokoneen käyttöajat ovat lyhyemmät kuin ommeltavaa läppää käytettäessä. Ompeleetonta aorttaläppää käytettäessä leikkauksiin liittyy lievää tai vaikeampaa paravalvulaarista vuotoa vähemmän kuin ensimmäisen sukupolven TAVI-läppiä käytettäessä. Kuolleisuuseroista ei voi toistaiseksi tehdä päätelmiä, koska tutkimusaineistot ovat olleet pieniä. Ompeleeton läppä on kalliimpi kuin ommeltavat, mutta halvempi kuin TAVI-läppä. Ompeleettomasta läpästä ei ole tehty kustannus-hyötyanalyysejä muiden menetelmien tapaan. Niukan tutkimustiedon valossa ompeleeton läppä on vaihtoehto perinteiselle ommeltavalle läpälle erityisesti suuren riskin potilaiden hoidossa ja miniavausten yhteydessä, mutta satunnaistetut tutkimukset ja pitkäaikaistulokset puuttuvat. English summary: Sutureless valve replacement for aortic valve stenosis Background Aortic valve stenosis is the most common valvular heart disease in the Western world. The number of patients will increase in the future due to the ageing of the population. The elderly also have more concomitant diseases. New minimally invasive techniques have been developed in order to decrease the complication risk and improve clinical outcomes. Methods In this MUMM (Managed Uptake of Medical Methods) review, the safety and effectiveness of sutureless valve replacement in high-risk patients was evaluated. Thirteen studies were included in the analysis. The included studies were mainly case series and some small matched comparative studies. There were no randomised controlled trials comparing different surgical approaches in aortic valve replacement. Results No conclusions could be drawn on survival due to lack of randomised trials. Sutureless aortic valve replacement did not increase early adverse events or complications when compared with traditional open-heart surgery aortic valve replacement or transcatheter aortic valve implantation (TAVI). Cardiopulmonary bypass and aortic cross-clamping times were shorter than when using open-heart surgery. According to one study, paravalvular leak/regurgitation was significantly less common with sutureless aortic valve replacement than in transcatheter aortic valve implantation. The procedure is also clearly less expensive than TAVI. Conclusions Based on scant research evidence sutureless aortic replacement can be an alternative to traditional valve implantation in the treatment of patients with high-risk aortic valve stenosis using a minimally invasive surgical approach. Randomised trials and long-term results are, however, lacking