Adaptation of Brucella melitensis Antimicrobial Susceptibility Testing to the ISO 20776 Standard and Validation of the Method

This article belongs to the Special Issue Emerging Themes in Brucella and Brucellosis.Brucellosis, mainly caused by Brucella (B.) melitensis, is associated with a risk of chronification and relapses. Antimicrobial susceptibility testing (AST) standards for B. melitensis are not available, and the agent is not yet listed in the EUCAST breakpoint tables. CLSI recommendations for B. melitensis exist, but they do not fulfill the requirements of the ISO 20776 standard regarding the culture medium and the incubation conditions. Under the third EU Health Programme, laboratories specializing in the diagnostics of highly pathogenic bacteria in their respective countries formed a working group within a Joint Action aiming to develop a suitable method for the AST of B. melitensis. Under the supervision of EUCAST representatives, this working group adapted the CLSI M45 document to the ISO 20776 standard after testing and validation. These adaptations included the comparison of various culture media, culture conditions and AST methods. A Standard Operation Procedure was derived and an interlaboratory validation was performed in order to evaluate the method. The results showed pros and cons for both of the two methods but also indicate that it is not necessary to abandon Mueller–Hinton without additives for the AST of B. melitensis.This research was funded by the EU Health Programme 2014–2020, through the Consumers, Health, Agriculture and Food Executive Agency (CHAFEA, European Commission), the Joint Action EMERGE (CHAFEA n° 677 066) and the Joint Action SHARP (848096-SHARP JA).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Large-scale mapping of bioactive peptides in structural and sequence space

Health-enhancing potential bioactive peptide (BP) has driven an interest in food proteins as well as in the development of predictive methods. Research in this area has been especially active to use them as components in functional foods. Apparently, BPs do not have a given biological function in the containing proteins and they do not evolve under independent evolutionary constraints. In this work we performed a large-scale mapping of BPs in sequence and structural space. Using well curated BP deposited in BIOPEP database, we searched for exact matches in non-redundant sequences databases. Proteins containing BPs, were used in fold-recognition methods to predict the corresponding folds and BPs occurrences were mapped. We found that fold distribution of BP occurrences possibly reflects sequence relative abundance in databases. However, we also found that proteins with 5 or more than 5 BP in their sequences correspond to well populated protein folds, called superfolds. Also, we found that in well populated superfamilies, BPs tend to adopt similar locations in the protein fold, suggesting the existence of hotspots. We think that our results could contribute to the development of new bioinformatics pipeline to improve BP detection.Fil: Nardo, Agustina Estefania. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos; ArgentinaFil: Añon, Maria Cristina. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos; ArgentinaFil: Parisi, Gustavo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Methodology of managing GIS project

Wybór i poprawne zastosowanie odpowiedniej metodyki zarządzania i wdrażania projektu GIS jest kluczowym czynnikiem decydującym o końcowym sukcesie tworzonego systemu. Zarządzanie projektem obejmuje szereg etapów, pozwalających między innymi na dokładne zrozumienie i przeanalizowanie potrzeb przyszłych użytkowników i uporządkowane przejście od funkcji biznesowych do aplikacji. W pracy przedstawiono metodykę zarządzania projektem GIS, określono role realizowane prze zleceniodawcę i wykonawcę projektu oraz podkreślono znaczenie języków formalnych wykorzystywanych w opracowaniu dokumentacji technicznej.The selection and proper application of a suitable methodology for implementing and managing a GIS project are key factors to the success of the created system. Managing a project covers several phases which facilitate, among others, careful analyzing and understanding the needs of future users, and an orderly transition from business functions to applications. This work presents the methodology of managing a GIS project, sets out the roles of the investor and the implementor, and stresses the importance of formal languages used in preparing the technical documentation

Protection of steam turbine blades against erosion by using laser cladding

W pracy przedstawiono problem niszczenia erozyjnego łopatek turbin parowych. Omówiono aktualne sposoby ich zabezpieczenia z wykorzystaniem stellitowych nakładek ochronnych. Wskazano na wady tego sposobu przeciwdziałania erozji związane m.in. z możliwością ich odrywania się podczas pracy. Zaprezentowano metodę zabezpieczenia piór łopatek stosowanych w turbinach parowych poprzez wytwarzanie na ich powierzchni metodą napawania laserowego powłok ochronnych. Przeprowadzona rewizja turbiny po 11 miesiącach doświadczalnej eksploatacji wykazała, że łopatki z napawanymi warstwami, w porównaniu z łopatkami bez zabezpieczenia, wykazują mniejsze zużycie erozyjne, zwłaszcza z powłoką materiału stellit 6. Zastosowanie technologii napawania laserowego powłok zapewnia niezawodność procesu wytwarzania i wysoką jakość wytwarzanej warstwy.In this study, the problem of steam turbines' blades erosive destruction is analysed. The currently used methods of blade protection using stellite 6 protective plates is outlined in this study. The advantages of this method are also mentioned, i.e. the plates falling off during turbine operation. A method of steam turbine blade protection obtained in the process of protective coatings produced by laser cladding on the blades' surface are also presented. After 11 months of the turbine operation, an examination of its condition was conducted. The examination indicated that the blades with the coating were less eroded, especially those cladded with stellite 6, than the blades without the coating. It was proved that laser cladding of the coatings ensures the best process of their production and the high quality of the coating

Building of spatial data infrastructure – interoperability of catalog services

Główny Urząd Geodezji od 2004 aktywnie wypełnia misje tworzenia architektury danych przestrzennych opartej o taksonomie ustanowiona przez dyrektywę INSPIRE. Oprócz wdrażania serwerów katalogowych w urzędzie podejmowane są prace nad wdrożeniem polskiego edytora metadanych typu open source, pozwalającego na edycje plików w formacie umożliwiającym zasilanie nimi serwerów katalogowych w trybie „harvesting”. Przygotowywane są równie_ opracowania serwerów walidacyjnych, weryfikujących zgodność plików metadanych z profilem krajowym i geodezyjnym. Przyjeta architektura rozwiązania umożliwia osiągnięcie interoperacyjności z innymi systemami danych przestrzennych, opartymi o normy ISO serii 1900, jak i komponentami zaimplementowanymi wewnątrz tej architektury. W niniejszej pracy opisano doświadczenia zdobyte podczas prac nad wymienionymi tematami.One of the main tasks of the Spatial Data Infrastructure (SDI) is to provide the opportunities for discovering, accessing and utilizing geographic information in the environmental decision-making processes. The INSPIRE directive provides some legal basis for building a crosscountry European infrastructure for geographic information. Since 2004, the Head Office of Geodesy and Cartography is actively filling the mission of building SDI in Poland. The Office worked out a vision of a national infrastructure based on the interoperability of data and services across administrative country borders. The solution proposed is based on the network of distributed components linked by some common standards and protocols which coincide with the taxonomies established by the INSPIRE directive. In addition to the implementation of the catalogue services, the Office also considered the implementation of the "open-source" metadata editor, consistent with ISO19115 standard and Polish metadata profile. Some special concerns were given for a wide-spread metadata validator which is planned to be used as an important component of NSDI in Poland. This component was planned to assure consistency of metadata for the whole country. The structure of the system proposed should assure interoperability between other SDI systems based on ISO 1900 standard series. The paper presents some experience earned while implementing SDI in Poland

The application of RDF datasets for spatiotemporal modelling in geoinformatics

Istotnym wyzwaniem dla gospodarki przestrzennej jest poprawny opis zjawisk zachodzących w przestrzeni i prognozowanie przyszłego jej stanu. Potrzebne są systemy służące gromadzeniu i porządkowaniu danych opisujących stan przestrzeni w jej dynamicznej postaci. Takich rozwiązań mogą dostarczyć technologie sieci semantycznych (Semantic Web), w tym grafy RDF, służące udostępnianiu zasobów przestrzennych, jako danych powiązanych (Linked Data) oraz ontologie, zarówno w postaci taksonomicznej, jak i aksjomatycznej. Obrazowanie odniesienia przestrzennego i czasowego może być realizowane w bezpośrednim odniesieniu do obiektów odzwierciedlających przedmioty i zjawiska występujące w rzeczywistej przestrzeni albo w formie kontekstu czasoprzestrzennego, w jakim informacja o tych obiektach została pozyskana. Pierwsze podejście odnosi się do modelowania danych, a drugie do modelowania metadanych. Autorzy prezentują strukturę, która, dzięki wykorzystaniu grafów RDF w formie tzw. zbiorów danych RDF (RDF Datasets), łączy oba modele w jeden spójny system. Wspólny system, który daje możliwość wykorzystania tych samych narzędzi do wyszukiwania zasobów na podstawie metadanych, a następnie do eksploracji i przetwarzania samych zasobów, które są nimi opisane. Dodatkowo pozwala uzupełniać brakujące informacje o lokalizacji lub trwaniu obiektów rzeczywistych, dzięki informacji zawartej w metadanych.The crucial challenge for spatial development is proper description of phenomena occurring in real space and forecasting their future state. We need systems for gathering and organizing data describing the state of space in its dynamic form. Semantic Web technologies could be considered as promising tools to acquire such an aim. Among them, RDF graphs in the form of Linked Data and ontologies (in the form of taxonomic as well as axiomatic ontologies) seem to be very useful for such purpose. Presentation of spatial and temporal reference of reflected real objects can be performed by direct object description and by exposing spatiotemporal context of information about object from which this information was retrieved. First approach is related to data modeling, second to metadata modeling. The authors present the structure of RDF Datasets which makes it possible to combine both models in a coherent system. The joint system makes it possible to reuse common tools for searching of resources using metadata, and then for exploration and processing of the spatial data found. In addition, such approach gives us a chance to fill the gaps in retrieved data, referring to duration or location of objects, through the information contained in metadata

Influence of heat treatment on the wear resistance of the ZnAl40Cu1.5Ti1.5 alloy

Zn-Al-Cu alloys are predominantly used due to their tribological properties. One of the crucial issues related to the use of Zn-Al alloys is their dimensional instability. Partial replacement of copper with titanium greatly contributes to the reduction of the dimensional instability issue. The study involved the ZnAl40Cu1.5Ti1.5 alloy. In this work, microstructure and wear properties of ZnAl40Cu1.5Ti1.5 alloy were studied in both as-cast and heat treated conditions. The heat treatment was performed by solution treatment at a temperature of 385°C for 24 hours, quenching in cold water and artificial aging at 125°C for 3 hours. The hardness tests enabled to specify the optimum ageing time span, which amounts to 3 hours. Wear tests indicated that the ZnAl40Cu1.5Ti1.5 alloy is characterized with high wear resistance. It was also observed that the applied heat treatment increases the wear resistance of the experimental alloy

Modification of oxide layer by calcium and phosphorus on Ti6Al7Nb alloy

Przeprowadzono badania mające na celu określenie możliwości wbudowania wapnia i fosforu w warstewkę tlenkową na stopie implantacyjnym Ti6Al7Nb w trakcie procesu pasywacji anodowej oraz określenie odporności na korozję tak zmodyfikowanego stopu w fizjologicznym roztworze Tyrode'a. Stwierdzono, że przy napięciu pasywacji wynoszącym U=100V, w warstewkę pasywną wbudowuje się jedynie fosfor. Zastosowanie wyższego napięcia (U=150V) powoduje utlenianie jarzeniowe powierzchni, prowadzące do otrzymania struktury porowatej o zwiększonej zawartości wapnia i fosforu. Proces pasywacji anodowej połączony z implantacją wapnia i fosforu w warstewkę tlenkową powoduje zwiększenie odporności na korozję stopu Ti6Al7Nb w roztworze fizjologicznym Tyrode'a.The research was undertaken in order to determine the possibility of calcium and phosphorous incorporation into the oxide layer on Ti6Al7Nb implant alloy during anodic passivation process and determine the corrosion resistance of such a modified alloy in the physiological Tyrode's solution. It was stated that at the passivation voltage of U=100V, only phosphorous builds itself into the passive layer. Application of higher voltage (U=150V) causes surface glowing oxidation leading to porous structure of increased calcium and phosphorous content. The anodic passivation process combined with calcium and phosphorous implantation into oxide layer leads to improvement of corrosion resistance of Ti6Al7Nb alloy in the physiological Tyrode's solution

The BIOPEP database - a tool for the in silico method of classification of food proteins as the source of peptides with antihypertensive activity

A database of potentially biologically active peptide sequences, named BIOPEP (http://www.uwm.edu.pl/biochemia), has been developed and applied for classification of numerous food proteins as potential sources of peptides with antihypertensive activity. More than one hundred proteins included in the BIOPEP database were analyzed and classified according to the frequency of the occurrence of antihypertensive fragments. As the example of detailed profile of potential biological activity, the bovine beta-globulin A is presented. It was found that apart from the dominant antihypertensive activity, other effects (opioid, dipeptidyl peptidase IV inhibitory, immunomodulative, antioxidative) may be present. It can be concluded that this method may be a useful tool in this field. The antihypertensive activity was the most dominant because fragments with such activity were present in all of the examined proteins. It encouraged us to classify proteins into families, which may be better or the worse source of antihypertensive fragments. We found statistically significant differences between the values of parameter A (P<0.001) among the all five families we obtained. We found that in silico analysis can be useful in the analysis of the large quantities of data in the field of proteins as the source of biologically active peptides