MORFOMETRIAI KUTATÁSOK AZ EMBERI ARC TÖRTÉNETI EMBERTANI, IGAZSÁGÜGYI, ÉS GYÓGYÁSZATI CÉLÚ 3D REKONSTRUKCIÓJÁNAK FEJLESZTÉSÉHEZ = MORPHOMETRIC RESEARCH FOR DEVELOPING THE 3D FACIAL RECONSTRUCTION METHOD FROM THE PURPOSE OF HISTORIC- AND FORENSIC ANTHROPOLOGY, AND MEDICINE

Létrehoztuk a FACE-R 3D koponya és- arc kutatói adatbázist, amely 425 élő vizsgálati személy és 5 kadáver fej adatait tartalmazza. Mysql adatbázisban tároljuk az adatállományokat, valamint a feldolgozás során nyert plusz információkat. Az adatbázis nemzetközi viszonylatban is egyedülálló, mert az illesztett 3D koponya CT-és arc modellek létrehozásával kiküszöböltük a fekvő helyzetben készülő gravitációs elmozdulást a CT-felvételeken. Előzetes elemzést végeztünk 60 egyén adatain 3D virtuális antropológiai és geometrikus morfometriai módszerekkel. Szignifikáns alaki összefüggéseket találtunk a koponya és az arc között. 20 egyén koponyáján feltáró EFA (Elliptic Fourier Analysis) elemzést végeztünk. Statisztikai módszerrel hiányzó adatpótlást végeztünk Szt. László király állkapocs rekonstrukciójához. A fekvő és- ülő helyzetű arcmodellek közti eltérés statisztikai vizsgálatára 3D biometriai elemzést végeztünk. Az arc matematikai modellezéséhez szükséges módszertani fejlesztések során standardizáltuk a 3D modelleket és programot írtunk a 3D felületi változékonyság jellemzésére, a min-max görbületi görbesereg meghatározására. Kidolgoztuk a koponya és az arc 3D „karakterisztikus geometriai modelljének” koncepcióját. Kísérleteket végeztünk a 3D külső orr rekonstrukció matematikai modelljének létrehozása. Elasztikus regisztrációs eljárást alkalmaztunk az arc modellezéséhez szükséges kiindulási adatok (3D template-ek) létrehozására. | We created the „FACE-R” 3D skull- and face research database, that is contain 425 living individuals’ and 5 cadavers’ head data. We stored the data files and the additional information in Mysql database. Thanks to the aligned 3D skull- and face models, we were able to eliminate the gravitational shift on CT-scans — recorded in supine position —, the database is unique in international relations as well. In the framework of the pilot study the virtual anthropological data collection and geometric morphometric analysis was performed on 60 persons’ data. We uncovered significant shape correlations between the skulls- and the faces. We performed exploratory EFA (Elliptic Fourier Analysis) on 20 persons’ skulls. Missing data complementation was accomplished applying statistical method for virtual mandible reconstruction of St. Laszlo, the Hungarian king. We carried on biometric analysis to uncover differences between the supine- and upright positioned 3D face models. In the framework of methodological development necessary for mathematical modelling the face, we standardized the 3D models than programmed an application for determine the min-max. curvature on the 3D skull- and face model surfaces. We worked out the concept of the „3D Characteristic Geometric Model” of the skulls and faces. We made some attempts to create a mathematical model for the 3D external nose reconstruction. We produced the 3D input templates for modelling the face applying „elastic registration” method

DispersinB enzim aktív hely mutánsok vizsgálata HPLC módszerrel

A kórokozó baktériumok természetes élőhelye a biofilm, melyet az abiotikus, illetve biotikus (pl. élő szövetek, sejtek) felszínen rögzült mikrobiális közösségek hoznak létre.A biofilmek megtalálhatók az emberi testet érintő fertőzések nagy részénél, mint pl. húgyúti fertőzések, katéter fertőzések, középfülgyulladás, és fogínygyulladás. A baktériumokat a biofilmben egy főleg poliszacharidból álló extracelluláris mátrix veszi körül. Az EPS biztosítja a biofilm vázát, és védett mikrokörnyezetet biztosít a baktériumnak. A nemrégiben felfedezett DisperzinB, ami az Actinobacillus actinomicetemcomitans által termelt enzim, fontos szerepet játszik a szájban található patogén baktérium diszperziójában és korábbi vizsgálatok szerint hatékonyan távolít el más baktériumok által termelt biofilmeket is. Szakdolgozatom fő célja az volt, hogy megvizsgáljam a DspB enzim aktív helyének közelében található aminosavak szerepét. Munkám során a DspB enzim néhány mutánsát vizsgáltam, amelyeket az enzim szubsztrát kötésben szerepet játszó aminosavainak módosításával hoztak létre és Ramasubbu és munkatársai bocsátottak rendelkezésünkre. Dolgozatomban az Y187A, Y278A és W237A mutánsok vizsgálatával kapott eredményeket foglaltam össze. A vizsgálatokat a Szénhidrátkémia Kutatócsoportban Fekete Anikó által szintetizált tiofenil-b-N-acetil-glükózamin oligomer szubsztrát sorozat segítségével végeztem. Vizsgáltam a mutáns enzimek által katalizált reakciókban az eltérő tagszámú szubsztrátokon történő hidrolízis bontási képét, a reakciókat szobahőmérsékleten végeztem el, pH=5.8 acetátpufferben. A reakcióelegyek összetételét HPLC termékanalízissel határoztam meg. Az így kapott kromatogramok kiértékelésével megvizsgáltam az enzimek hidrolitikus aktivitását, és kinetikai jellemzőit. A reakcióelegyek analíziséből arra a következtetésre jutottam, hogy a dimer szubsztrát hidrolízise történik meg a leglassabban, és minél magasabb tagszámú a szubsztrát, annál gyorsabban megy végbe a termékképződés. Így tehát a DP4, és DP5 tagszámú szubsztrátok bontása zajlik le a leggyorsabban, ami közel azonos sebességű. Ez arra utal, hogy az enzim szubsztrát kötő helye több kötőhelyet tartalmaz. Megállapítottam, hogy valamennyi vizsgált mutáció csökkentette az enzim hidrolitikus aktivitását, vagyis a Tyr187, Tyr278 és Trp237 aminosavaknak szerepe van a szubsztrát kötésben. A W237A mutáns gyakorlatilag elvesztette aktivitását, tehát ez az aminosav tölt be a három közül legfontosabb szerepet a szubsztrát kötésben. A másik két mutáció vad > Y187A > Y278A sorrendben csökkenő aktivitást mutatott. Az Y278A mutánson végzett kinetikai elemzéseket a Lineaweaver-Burk-féle linearizációval végeztem el. Az analízis során az egyenes egyenletének segítségével meghatároztam a KM, és Vmax értékeket.Bag

Correction: Expansion of Capsicum annum fruit is linked to dynamic tissue-specific differential expression of miRNA and siRNA profiles.

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pone.0200207.]

Additional file 6: Figure S4. of Identification of Nicotiana benthamiana microRNAs and their targets using high throughput sequencing and degradome analysis

Nb_miRC8 precursor. A) Secondary structure for Nb_miRC8. The 5′ end of the RNA is marked by a circle. The candidant miRNAs labelled with different colours. B) Northen blot expressions for the two Nb_miRC8 candidants (Nb_miRC8_3p_a, Nb_miRC8_3p_b). An U6-specific probe was used to detect U6 RNA as a loading control for each membrane. (PDF 398 kb

Additional file 4: Table S2. of Identification of Nicotiana benthamiana microRNAs and their targets using high throughput sequencing and degradome analysis

Targets of conserved and other known miRNAs in samples. (XLSX 44 kb

Expansion of <i>Capsicum annum</i> fruit is linked to dynamic tissue-specific differential expression of miRNA and siRNA profiles

<div><p>Small regulatory RNAs, such as microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs) have emerged as important transcriptional and post-transcriptional regulators controlling a wide variety of physiological processes including fruit development. Data are, however, limited for their potential roles in developmental processes determining economically important traits of crops. The current study aimed to discover and characterize differentially expressed miRNAs and siRNAs in sweet pepper (<i>Capsicum annuum</i>) during fruit expansion. High-throughput sequencing was employed to determine the small regulatory RNA expression profiles in various fruit tissues, such as placenta, seed, and flesh at 28 and 40 days after anthesis. Comparative differential expression analyses of conserved, already described and our newly predicted pepper-specific miRNAs revealed that fruit expansion is accompanied by an increasing level of miRNA-mediated regulation of gene expression. Accordingly, ARGONAUTE1 protein, the primary executor of miRNA-mediated regulation, continuously accumulated to an extremely high level in the flesh. We also identified numerous pepper-specific, heterochromatin-associated 24-nt siRNAs (hetsiRNAs) which were extremely abundant in the seeds, as well as 21-nt and 24-nt phased siRNAs (phasiRNAs) that were expressed mainly in the placenta and the seeds. This work provides comprehensive tissue-specific miRNA and siRNA expression landscape for a developing pepper fruit. We identified several novel, abundantly expressing tissue- and pepper-specific small regulatory RNA species. Our data show that fruit expansion is associated with extensive changes in sRNA abundance, raising the possibility that manipulation of sRNA pathways may be employed to improve the quality and quantity of the pepper fruit.</p></div

Additional file 2: Figure S1. of Identification of Nicotiana benthamiana microRNAs and their targets using high throughput sequencing and degradome analysis

Quantification of miRNAs by RT-qPCR. Validation of (A) Nb-miRNA167 and (B) Nb-miR482 expression by RT-qPCR. Northern blot validation of conserved miRNAs (Fig. 4.) compared to RT-qPCR quantification. In both experiments the reference gene was U6. (PDF 134 kb

NGS of Virus-Derived Small RNAs as a Diagnostic Method Used to Determine Viromes of Hungarian Vineyards

As virus diseases cannot be controlled by traditional plant protection methods, the risk of their spread have to be minimized on vegetatively propagated plants, such as grapevine. Metagenomic approaches used for virus diagnostics offer a unique opportunity to reveal the presence of all viral pathogens in the investigated plant, which is why their application can reduce the risk of using infected material for a new plantation. Here we used a special branch, deep sequencing of virus-derived small RNAs, of this high-throughput method for virus diagnostics, and determined viromes of vineyards in Hungary. With NGS of virus-derived small RNAs we could detect not only the viruses tested routinely, but also new ones, which had never been described in Hungary before. Virus presence did not correlate with the age of the plantation, moreover phylogenetic analysis of the identified virus isolates suggests that infections are mostly caused by the use of infected propagating material. Our results, validated by other molecular methods, raised further questions to be answered before this method can be introduced as a routine, reliable test for grapevine virus diagnostics