rNAV 2.0: a visualization tool for bacterial sRNA-mediated regulatory networks mining

Data description. Data description and availability, and parameter settings used in this study. (PDF 101 kb

Estimations asymptotiques du nombre de chemins Nord-Est de pente fixée et de largeur bornée

Nous étudions une quantité liée aux chemins constitués de pas Nord et Est restant sous la droite de pente d partant de l'origine. Nous donnons une estimation asymptotique de cette quantité en fonction de la largeur n de ces chemins et de la pente d, répondant ainsi à une question posée par Bernard Mourrain

Développement de méthodes bioinformatiques dédiées à la prédiction et l'analyse des réseaux métaboliques et des ARN non codants

L'identification des interactions survenant au niveau moléculaire joue un rôle crucial pour la compréhension du vivant. L'objectif de ce travail a consisté à développer des méthodes permettant de modéliser et de prédire ces interactions pour le métabolisme et la régulation de la transcription. Nous nous sommes basés pour cela sur la modélisation de ces systèmes sous la forme de graphes et d'automates. Nous avons dans un premier temps développé une méthode permettant de tester et de prédire la distribution du flux au sein d'un réseau métabolique en permettant la formulation d'une à plusieurs contraintes. Nous montrons que la prise en compte des données biologiques par cette méthode permet de mieux reproduire certains phénotypes observés in vivo pour notre modèle d'étude du métabolisme énergétique du parasite Trypanosoma brucei. Les résultats obtenus ont ainsi permis de fournir des éléments d'explication pour comprendre la flexibilité du flux de ce métabolisme, qui étaient cohérentes avec les données expérimentales. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés à une catégorie particulière d'ARN non codants appelés sRNAs, qui sont impliqués dans la régulation de la réponse cellulaire aux variations environnementales. Nous avons développé une approche permettant de mieux prédire les interactions qu'ils effectuent avec d'autres ARN en nous basant sur une prédiction des interactions, une analyse par enrichissement du contexte biologique de ces cibles, et en développant un système de visualisation spécialement adapté à la manipulation de ces données. Nous avons appliqué notre méthode pour l'étude des sRNAs de la bactérie Escherichia coli. Les prédictions réalisées sont apparues être en accord avec les données expérimentales disponibles, et ont permis de proposer plusieurs nouvelles cibles candidates.The identification of the interactions occurring at the molecular level is crucial to understand the life process. The aim of this work was to develop methods to model and to predict these interactions for the metabolism and the regulation of transcription. We modeled these systems by graphs and automata.Firstly, we developed a method to test and to predict the flux distribution in a metabolic network, which consider the formulation of several constraints. We showed that this method can better mimic the in vivo phenotype of the energy metabolism of the parasite Trypanosoma brucei. The results enabled to provide a good explanation of the metabolic flux flexibility, which were consistent with the experimental data. Secondly, we have considered a particular class of non-coding RNAs called sRNAs, which are involved in the regulation of the cellular response to environmental changes. We developed an approach to better predict their interactions with other RNAs based on the interaction prediction, an enrichment analysis, and by developing a visualization system adapted to the manipulation of these data. We applied our method to the study of the sRNAs interactions within the bacteria Escherichia coli. The predictions were in agreement with the available experimental data, and helped to propose several new target candidates.BORDEAUX1-Bib.electronique (335229901) / SudocSudocFranceF

A random graphs model for the study of chemical complexity in planetary atmospheres

We suggest that the study of the general behavior of a chemical system in planetary atmospheres might be equivalent to the study of the evolution of connected components in a random graphs model. The main result of our model is that interacting elements in a system self-organize in such a way that the distribution in size of the created compounds follows a power-law relation. We show that hydrocarbons in giant planets and Titan atmospheres might follow the same type of distribution, suggesting that atmospheric photochemical systems might self-organized as random graphs do. This property could give a new and predictive method for investigations of chemical complexity in planetary atmosphere

The distribution of hydrocarbons in Titan's atmosphere: An evolutionary algorithm-based model

We propose a new approach to study the chemical complexity of Titan's atmosphere. We have developed an evolutionary algorithm-based model that simulates the evolution of interacting elements with different valences. This abstract model mimics a C H O N system that might get an insight into the general properties of the chemistry of Titan's atmosphere. Comparison with detailed models like photochemical models is discussed to evaluate limitations and benefits of each approach. Comparison with observations suggests that Titan's atmosphere might self-organize to produce hydrocarbons with distributions that follow a power-law relation. If confirmed, this property makes possible some prediction about the abundance of heavy hydrocarbons in the atmosphere of Titan

Etude paléopathologique des vestiges humains aziliens de l'aven des Iboussières (Malataverne, Drôme)

L'étude paléoanthropologique des vestiges humains de l'aven des Iboussières, retrouvés dans un contexte azilien, distingue 4 adultes masculins et 5 enfants (dont un fœtus). L'étude paléopathologique de cette série révèle un panel de lésions recouvrant plusieurs cadres nosographiques : microtraumatismes, affections ostéo-articulaires, infections, exostoses, dysplasie. Associées aux réflexions issues de l'analyse morpho-métrique des pièces osseuses et aux conclusions de l'étude du matériel archéologique associé, ces données paléopathologiques et paléoanthropologiques permettent d'émettre quelques hypothèses rétrospectives quant au mode de vie de ces individus exhumés (pratiques culturelles, activité, état sanitaire, économie). L'appartenance de cette série à une période de la Préhistoire ayant jusqu'à présent fourni peu de restes humains confère à ces informations toute leur importance.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Evolution des marqueurs non conventionnels âge et sexe dépendants (apport de la paléopathologie)

De nombreuses méthodes ont été développées pour estimer l âge au décès de l adulte mature. De plus, l observation de certaines lésions dégénératives amène parfois l anthropologue à classer un sujet chez les individus âgés, plus spécifiquement lorsqu elles atteignent la colonne vertébrale. Or si l ostéoarthrose rachidienne a fait l objet de nombreux articles en paléopathologie, l exploitation de l ensemble des articulations vertébrales au sein d une méthodologie est quasi inexistante. Ainsi, afin de déterminer le rôle d une étude paléopathologique dans le vieillissement osseux, nous avons mis au point une méthode originale d enregistrement des données.Cette méthode, basée sur un découpage topographique du rachis et un système de cotation des lésions arthrosiques, permet d étudier l atteinte dégénérative grâce à l obtention d un score de sévérité pondéré à l état de conservation de la vertèbre. Le matériel d étude est constitué de 750 individus répartis équitablement sur 3 périodes historiques (médiévale, moderne et contemporaine) permettant ainsi d effectuer une comparaison diachronique des résultats. Les 250 individus constituant l échantillon contemporain proviennent de collections documentées (Schoten, Belgique ; Bologne, Italie ; Sassari, Sardaigne). L âge des sujets ostéoarchéologiques a été estimé grâce aux méthodes utilisant la surface auriculaire de l os coxal (Lovejoy, 1985 et Schmitt, 2005). La même estimation a été faite sur les collections âge/sexe connus afin de déterminer le pourcentage d erreur commis sur nos échantillons médiéval et moderne. Pour chaque articulation rachidienne nous avons testé statistiquement la relation entre l âge au décès et les scores de sévérité, ainsi que les dissemblances d atteinte en fonction du sexe et de la latéralité. Des études qualitatives ont également été entreprises, permettant ainsi d observer l expansion des modifications dégénératives en fonction des différentes classes d âge.Au terme de ce travail de recherche, nous avons constaté l existence d une relation entre l âge et la sévérité des atteintes dégénératives vertébrales. Cependant ce lien est modéré par divers facteurs variant en fonction des articulations et des segments vertébraux. Parmi ces facteurs, nous avons relevé le sexe et la latéralité. Des informations concernant le mode de développement des lésions dégénératives rachidiennes ont également été acquises. Ainsi, nous avons observé que l OA se développait dans un premier temps de manière progressive le long du rachis, puis, avec l âge et selon le type d articulation, les lésions se concentrent sur les mêmes vertèbres (celles étant le plus soumises aux forces biomécaniques). C est également sur ces mêmes vertèbres que se manifestent les lésions les plus sévères. Ainsi, il semble indispensable, lors d une étude paléoépidémiologique, d avoir un nombre minimum de vertèbres et parmi celles-ci les vertèbres les plus sollicitées en pré requis. De plus, nous préconisons lors d un examen paléopathologique, de considérer plus que la sévérité même de la lésion, le nombre de zone atteintes comme estimateur de l âge au décès.Various methods have been developed to estimate age at death of adults and anthropologists sometimes use degenerative vertebral lesions. In paleopathology contrary to vertebral degenerative disease (VDD) that has been extensively studied, the whole vertebral joints have almost never been investigated by standardized methodology that allows approximating the epidemiological performance of various vertebral joints in relation to articular degeneration. In order to better define the paleoepidemiological aspects of bone ageing we have developed a research program based on the recording of degenerative lesions in the vertebral joints.This approach is based on a topographic division of spine and a grading system of degenerative lesions, permits the study VDD using a severity score according to the state of vertebral preservation. We studied 750 spines provided equally from three samples (medieval, modern and contemporary) to compare periods. The 250 contemporary spines are from documented collections of Schoten (Belgium), Bologna (Italy) and Sassari (Sardinia). Age estimation was made for each archaeological sample using methods based on the observation of the sacro-iliac joint surface (Lovejoy, 1985 and Schmitt, 2005). The same estimation of age has been made with known sex and age collections in order to calculate error estimates. For each joint of the spine, statistical tests have been made to study relationship between the age at death and the severity score and to compare variability between sex and spine laterality. Quantitative studies have also been made to observe degenerative change resulting from advancing age.At the end of this work, we observed the relation between age and the severity of VDD. That link can vary according to joint type, spinal segment and various factors such as sex or laterality. Information concerning the evolution of degenerative lesions has been acquired. VDD appears initially to progressively affect the entire spine and then with aging, degenerative lesions focus on the same vertebrae (those that are the most used biomechanically). Those vertebrae always show the most severe lesions. Thus it is essential for paleoepidemiologic studies to include a minimal number of vertebrae and among them those that are the most used. We also suggest considering the number of affected zones to estimate age at death instead of the lesion severity.AIX-MARSEILLE2-Bib.electronique (130559901) / SudocSudocFranceF

CS: a MuPAD package for counting and randomly generating combinatorial structures

International audienceWe present a new computer algebra package which permits to count and to generate combinatorial structures of various types, provided that these structures can be described by a specification, as defined in [7