Sequence variation and linkage disequilibrium in the GABA transporter-1 gene (SLC6A1) in five populations: implications for pharmacogenetic research

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>GABA transporter-1 (GAT-1; genetic locus <it>SLC6A1</it>) is emerging as a novel target for treatment of neuropsychiatric disorders. To understand how population differences might influence strategies for pharmacogenetic studies, we identified patterns of genetic variation and linkage disequilibrium (LD) in <it>SLC6A1 </it>in five populations representing three continental groups.</p> <p>Results</p> <p>We resequenced 12.4 kb of <it>SLC6A1</it>, including the promoters, exons and flanking intronic regions in African-American, Thai, Hmong, Finnish, and European-American subjects (total n = 40). LD in <it>SLC6A1 </it>was examined by genotyping 16 SNPs in larger samples. Sixty-three variants were identified through resequencing. Common population-specific variants were found in African-Americans, including a novel 21-bp promoter region variable number tandem repeat (VNTR), but no such variants were found in any of the other populations studied. Low levels of LD and the absence of major LD blocks were characteristic of all five populations. African-Americans had the highest genetic diversity. European-Americans and Finns did not differ in genetic diversity or LD patterns. Although the Hmong had the highest level of LD, our results suggest that a strategy based on the use of tag SNPs would not translate to a major improvement in genotyping efficiency.</p> <p>Conclusion</p> <p>Owing to the low level of LD and presence of recombination hotspots, <it>SLC6A1 </it>may be an example of a problematic gene for association and haplotype tagging-based genetic studies. The 21-bp promoter region VNTR polymorphism is a putatively functional candidate allele for studies focusing on variation in GAT-1 function in the African-American population.</p

Implementing virtual collaborative inquiry practises in a middle-school context

The aim of the present study was to investigate the challenges that relate to the implementation of virtual inquiry practises in middle school. The case was a school course in which a group of Finnish students (N = 14) and teachers (N = 7) completed group inquiries through virtual collaboration, using a web-based learning environment. The task was to accomplish a cross-disciplinary inquiry into cultural issues. The students worked mainly at home and took much responsibility for their course achievements. The investigators analysed the pedagogical design of the course and the content of the participants' interaction patterns in the web-based environment, using qualitative content analysis and social network analysis. The findings suggest that the students succeeded in producing distinctive cultural products, and both the students and the teachers adopted novel roles during the inquiry. The web-based learning environment was used more as a coordination tool for organizing the collaborative work than as a forum for epistemic inquiry. The tension between the school curriculum and the inquiry practises was manifest in the participants' discussions of the assessment criteria of the course.The aim of the present study was to investigate the challenges that relate to the implementation of virtual inquiry practises in middle school. The case was a school course in which a group of Finnish students (N = 14) and teachers (N = 7) completed group inquiries through virtual collaboration, using a web-based learning environment. The task was to accomplish a cross-disciplinary inquiry into cultural issues. The students worked mainly at home and took much responsibility for their course achievements. The investigators analysed the pedagogical design of the course and the content of the participants' interaction patterns in the web-based environment, using qualitative content analysis and social network analysis. The findings suggest that the students succeeded in producing distinctive cultural products, and both the students and the teachers adopted novel roles during the inquiry. The web-based learning environment was used more as a coordination tool for organizing the collaborative work than as a forum for epistemic inquiry. The tension between the school curriculum and the inquiry practises was manifest in the participants' discussions of the assessment criteria of the course.The aim of the present study was to investigate the challenges that relate to the implementation of virtual inquiry practises in middle school. The case was a school course in which a group of Finnish students (N = 14) and teachers (N = 7) completed group inquiries through virtual collaboration, using a web-based learning environment. The task was to accomplish a cross-disciplinary inquiry into cultural issues. The students worked mainly at home and took much responsibility for their course achievements. The investigators analysed the pedagogical design of the course and the content of the participants' interaction patterns in the web-based environment, using qualitative content analysis and social network analysis. The findings suggest that the students succeeded in producing distinctive cultural products, and both the students and the teachers adopted novel roles during the inquiry. The web-based learning environment was used more as a coordination tool for organizing the collaborative work than as a forum for epistemic inquiry. The tension between the school curriculum and the inquiry practises was manifest in the participants' discussions of the assessment criteria of the course.Peer reviewe

Application of Healthcare 'Big Data' in CNS Drug Research: The Example of the Neurological and mental health Global Epidemiology Network (NeuroGEN)

Neurological and psychiatric (mental health) disorders have a large impact on health burden globally. Cognitive disorders (including dementia) and stroke are leading causes of disability. Mental health disorders, including depression, contribute up to one-third of total years lived with disability. The Neurological and mental health Global Epidemiology Network (NeuroGEN) is an international multi-database network that harnesses administrative and electronic medical records from Australia, Asia, Europe and North America. Using these databases NeuroGEN will investigate medication use and health outcomes in neurological and mental health disorders. A key objective of NeuroGEN is to facilitate high-quality observational studies to address evidence-practice gaps where randomized controlled trials do not provide sufficient information on medication benefits and risks that is specific to vulnerable population groups. International multi-database research facilitates comparisons across geographical areas and jurisdictions, increases statistical power to investigate small subpopulations or rare outcomes, permits early post-approval assessment of safety and effectiveness, and increases generalisability of results. Through bringing together international researchers in pharmacoepidemiology, NeuroGEN has the potential to be paradigm-changing for observational research to inform evidence-based prescribing. The first focus of NeuroGEN will be to address evidence-gaps in the treatment of chronic comorbidities in people with dementia

Substance use disorders in adolescence: comorbidity, temporality of onset and socio-demographic background:a study of adolescent psychiatric inpatients in Northern Finland

Abstract Over 90% of addicts start substance use during adolescence. There are few studies focusing on the comorbidity and temporality of substance dependence among adolescents. The aim of this study was to investigate the comorbidity and temporality of substance use disorders, to identify the factors leading to intravenous drug dependence and to evaluate the psychotropic medication history among adolescents. The study population comprised a sample of 508 (300 girls) 12- to 17-year-old hospitalized inpatients during a defined 5-year period. Substance use and other psychiatric disorders were identified according to DSM-IV criteria and adolescents’ socio-demographic and substance use background was examined. The main findings of the present study include the following: The most common comorbidities of alcohol and drug dependence are behavioral, depressive and phobic disorders; Phobic and behavioral disorders develop generally prior to the onset of alcohol and drug dependence; Drug dependent boys are more likely to have depression than girls (IV); In adolescence, phobic disorders may influence the development of secondary substance dependence within a few years from the onset of phobia (I); Behavioral disorders are associated with earlier initiation of daily smoking, and earlier age of onset of daily smoking is associated with an increased risk for alcohol and drug dependence (III); Adolescents with intravenous drug dependence start experiment with drugs at young age, often before the age of 10 years, and present more commonly with parental absence and troubled school background (II); Prescribed benzodiazepine medication is associated with an increased risk of sedative dependence (V). These findings imply that psychiatric comorbidity plays a pivotal role in the development of substance use disorders in adolescence. Those adolescents who experiment with substances at a young age are at greatest risk of substance dependence and intravenous drug use before the age of 18. Family dynamics seem to play an important role in this development. The psychotropic medication history of substance-using adolescents often differs greatly from current evidence-based guidelines and is dominated by those medications that are frequently abused.Tiivistelmä Yli 90 % päihdeongelmaisista aloittaa päihteidenkäytön nuoruusiällä. Silti päihdehäiriöiden ja niihin liittyvän psykiatrisen sairastavuuden – komorbiditeetin ja tämän ajallisen ilmenemisen – temporaliteetin - tutkimus nuorisoväestössä on suppeaa. Väitöskirjatutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa nuoruusiän päihdehäiriöiden komorbiditeetin ja temporaliteetin ominaispiirteitä, selventää taustalla olevia sosiodemografisia tekijöitä, sekä arvioida päihdehäiriöisten nuorten reseptilääkehistoriaa päihdehäiriöiden synnyn ymmärtämiseksi. Tutkimusaineisto koostui 508 (300 tyttöä) 12-17-vuotiaasta akuuttia psykiatrista sairaalahoitoa tarvitsevasta potilaista. Nuorten psykiatrinen- ja päihdesairastavuus selvitettiin DSM-IV diagnoosijärjestelmän mukaisesti, sekä sosiodemografinen tausta kartoitettiin kattavasti. Alkoholi- ja huumeriippuvaisilla nuorilla yleisimpiä komorbideja häiriöitä olivat käytös-, masennus- ja pelkohäiriöt. Pelko- ja käytöshäiriöt ilmenivät yleensä ajallisesti ennen alkoholi- ja huumeriippuvuutta. Huumeriippuvaisilla pojilla oli tyttöjä useammin masennusta (IV). Pelkohäiriöt vaikuttivat sekundaarisen päihderiippuvuuden kehittymiseen mahdollisesti jo muutamien vuosien kuluessa pelkohäiriöiden ilmenemisestä (I). Käytöshäiriöt liittyivät aikaisempaan päivittäisen tupakoinnin aloittamiseen joka liittyy edelleen sekä alkoholi- että huumeriippuvuuteen (III). Suonensisäisen huumeidenkäytön aloittaminen nuorella iällä liittyi selkeästi vanhemmattomaan kotiin, sekä jo ala-asteella alkaneisiin koulunkäyntiongelmiin. Vaikeimmin päihderiippuvaisten nuorten päihteidenkäyttökokeilut alkoivat merkittävän nuorena, jo onnen 10 ikävuotta ala-asteella (II). Bentsodiatsepiinien reseptilääkkekäyttö sairaalahoitoa aiemmin liittyi merkittävästi sedatiiviriippuvuuteen (V). Löydösten perusteella psykiatrisella sairastavuudella on merkittävää rooli päihdehäiriön kehittymisessä jo nuoruusiällä. Nuoret, joiden päihdekokeilut alkavat varhain, ovat suurimmassa riskissä riippuvuuteen ja ajautumiseen suonensisäiseen käyttöön. Päihderiippuvaisilla nuorilla on lisäksi taipumus sekä reseptilääkkeiden väärinkäyttöön, että kykyä näiden hankkimiseen - myös lääkärin määräämänä

Selvitys toimenpiteistä yhdistettyjen kuljetusten käynnistymisen mahdollistamiseksi

Tiivistelmä Valtakunnallisessa liikennejärjestelmäsuunnitelmassa (Liikenne12) ja fossiilittoman liikenteen tiekartassa on tunnistettu tarve selvittää mahdollisuudet, tarpeet ja edellytykset yhdistettyjen kuljetusten uudelleen käynnistämiselle Suomessa. Tämän selvityksen tarkoituksena oli määrittää konkreettisia toimenpiteitä yhdistettyjen kuljetusten käynnistämisen mahdollistamiseksi Suomessa. Työssä painotettiin erityisesti toimintakonseptin laatimista yhteistyössä potentiaalisten kuljetusoperaattoreiden (maantie ja rautatie), niiden asiakkaiden sekä valikoitujen viranomaisten kanssa. Oleellista yhdistettyjen kuljetusten toteutumiselle on kuljetusten antajien (kauppa, teollisuus) tarpeiden ja logistiikkapalveluiden tarjoajien mahdollisuuksien yhteensovittaminen liiketoiminnallisesti kestävällä tavalla. Toimintakonseptiin pohjautuen esitettiin jatkokehitettävä yhdistettyjen kuljetusten pilotti ja tarvittavat toimet pilotin toteuttamiseksi. Yhdistettyihin kuljetuksiin soveltuvaa junavaunukalustoa on nykyisin rajallisesti Suomessa, mutta optimaalista vaunukalustoa ei, eikä se ole vapaasti käyttöön otettavissa muiden asiakastarpeiden johdosta. Uudet junavaunutyypit mahdollistaisivat kansallisten suurimpien mittojen mukaisten kuormatilojen käytön yhdistetyissä kuljetuksissa, mutta tämä edellyttää merkittäviä investointeja junavaunukalustoon. Yhdistettyjen kuljetusten pilotoitavat yhteysvälit rajautuivat nykyisten rautatieliikenteen yhdistelyihin kuljetuksiin soveltuvien junakuormauspaikkojen perusteella Oulu-Vuosaaren satama yhteydeksi, jota liikennöitäisiin säännöllisesti kaikkina päivinä yhtenäisenä junarunkona, eikä järjestelytyötä lähtö- ja määräpään välillä tehdä. Vaunuryhmässä olisi 20−30 junavaunua, jolloin kuljetuskapasiteetti olisi vähintään 80 TEU:ta yhdessä lähdössä. Yhdistetyissä kuljetuksissa kuljetetaan standardimittaisia vaihtokuormatiloja, kontteja ja puoliperävaunuja. Junavaunut kuormataan nostoina. Konseptissa hyödynnetään muiden logistiikkapalveluita tuottavien tai kaupan ja teollisuuden omia tiloja tai terminaaleja. Raideliikenneliikennöitsijän rooli on tuottaa vetopalvelut lähtö- ja määräpään liikennepaikan välillä, jolloin sillä on selkeä rooli kuljetusketjun junarunkokuljetuksessa. Yhdistetyt kuljetukset kilpailevat muiden kuljetusmuotojen kanssa yhteysvälin kuljetuksista joko kokonaan tai on kombinaatioina nykyisten kuljetusvaihtoehtojen kanssa. Yhdistetyt kuljetukset luovat myös mahdollisuuden kasvattaa kuljetuskapasiteettia yhteysvälillä. Yhdistettyjen kuljetusten laajentaminen yhdestä yhteysvälistä laajemmaksi verkostoksi luo mahdollisuuden luonnolliselle tuotannon ja kuljetusten määrän kasvulle. Yhdistettyjen kuljetusten tulee muiden kuljetustapojen tavoin olla liiketaloudellisesti kannattavaa. Kuljetusten käynnistämisen tukemiseksi voidaan kuitenkin tukea yksityisiä investointeja vääristämättä liikennemuotojen välistä kilpailutilannetta sekä luoda edellytyksiä yhdistetyille kuljetuksille mm. varmistamalle tarvittava ratakapasiteetti asiakastarpeisiin sovitetulle yhdistettyjen kuljetusten junaliikenteelle. Jatkotoimenpiteenä olisi suositeltavaa laatia yksityiskohtainen aikataulusuunnitelma yhdistettyjen kuljetusten junille välille Vuosaari–Oulu sisältäen tarkastelun aikataulurakenteesta ja ratakapasiteetin riittävyydestä. Yhdistetyissä kuljetuksissa raskaiden kuljetusten sähköistäminen on luonnollista, sähköistetyn rataverkon kattaessa Suomen merkittävimmät teollisuuspaikkakunnat. Maantieliikenteessä pitkän matkan raskaiden kuljetusten sähköistäminen tulee viemään vielä useita vuosia. Kuljetusten aikaisilla ympäristövaikutuksilla on vaikutusta valmistavan teollisuuden ja kaupan päätöksiin ja ympäristöraportointiin sekä asiakkaiden mielikuvaan teollisuuden ympäristötietoisuudesta