Peripheral blood derived gene panels predict response to infliximab in rheumatoid arthritis and Crohn’s disease

Background: Biological therapies have been introduced for the treatment of chronic inflammatory diseases including rheumatoid arthritis (RA) and Crohn's disease (CD). The efficacy of biologics differs from patient to patient. Moreover these therapies are rather expensive, therefore treatment of primary non-responders should be avoided. Method: We addressed this issue by combining gene expression profiling and biostatistical approaches. We performed peripheral blood global gene expression profiling in order to filter the genome for target genes in cohorts of 20 CD and 19 RA patients. Then RT-quantitative PCR validation was performed, followed by multivariate analyses of genes in independent cohorts of 20 CD and 15 RA patients, in order to identify sets ofinterrelated genes that can separate responders from non-responders to the humanized chimeric anti-TNFalpha antibody infliximab at baseline. Results: Gene panels separating responders from non-responders were identified using leave-one-out cross-validation test, and a pool of genes that should be tested on larger cohorts was created in both conditions. Conclusions: Our data show that peripheral blood gene expression profiles are suitable for determining gene panels with high discriminatory power to differentiate responders from non-responders in infliximab therapy at baseline in CD and RA, which could be cross-validated successfully. Biostatistical analysis of peripheral blood gene expression data leads to the identification of gene panels that can help predict responsiveness of therapy and support the clinical decision-making process

Film & Culture

Készült az ELTE Felsőoktatási Struktúraátalakítási Alapból támogatott programja keretében

A CSAPADÉK MENNYISÉGÉNEK ÉS ELOSZLÁSÁNAK HATÁSA A KUKORICA TERMÉSMENNYISÉGÉRE MŰTRÁGYÁZÁSI TARTAMKÍSÉRLETBEN

A mezőgazdasági termelést megnehezítő extrém időjárási körülmények jellemzik az elmúlt évtizedeket, ezért nélkülözhetetlen a tartamkísérletek eredménye a növénytermelés sikeressége szempontjából. A klímaváltozás hatása érzékelhető a változó hozamok és a hozambiztonság csökkenésén keresztül. A tápanyagellátás színvonala kulcskérdés a sikeres termelés szempontjából, a tápanyagok hasznosulását a csapadék mennyisége és eloszlása jelentős mértékben befolyásolja. A Kompolton 1963-1999 között folytatott műtrágyázási tartamkísérlet egyik célja az volt, hogy adott ökológiai adottságok mellett meghatározható legyen az optimális összetételű és hatóanyag-tartalmú műtrágya mennyiség, amellyel a különböző évjáratok mellett a legkedvezőbb hozam érhető el. Vizsgálataink az 1981 (aszályos), 1985 (csapadékos), 1988 (optimális), 1991 (optimális), 1994 (aszályos) évekre vonatkoznak. A kísérletben a kukorica 10 különféle tápanyag-összetételű és adagú műtrágya kezelésben részesült. A kísérleti eredményeink igazolják, hogy a kísérleti év csapadékviszonyaival összefüggésben akár kétszeres terméskülönbség is mutatkozhat a kukoricának kedvező (optimális) időjárási évek javára. A száraz évekhez viszonyítva az optimális években akár kétszeres, de a kísérleti eredmények alapján, legalább 42%-os termésnövekedés adódott a tápanyagkezelések átlagában. Kompolt agroökológiai adottságai mellett a kukorica esetében a N termésnövelő hatása négy kísérleti évben önmagában, valamint P-ral és K-mal kombinált kezelésekben is szignifikánsan igazolható. Az 1994-es rendkívül aszályos évben a N termésnövelő hatása nem jutott érvényre, a kevés csapadék és annak kedvezőtlen eloszlása miatt. Eredményeink alapján megállapítottuk, hogy a nagyobb adagú N és P (N2PK, NP2K) műtrágyák alkalmazása a kedvező csapadékeloszlású évben sem eredményezett hozamnövekedést, így gazdaságossági és környezetvédelmi szempontból sem indokolt a nagyobb adagok alkalmazása. A P, NP, K műtrágyázási kezelések hatása a termés mennyiségében nem igazolódott a kontrollhoz viszonyítva. -------------- The last decades are characterizing by extreme weather conditions making agricultural growth more difficult, so the results of long-term experiments are essential to the successfulness of crop production. The effect of climate change is also perceivable through the varying yields and decrease of the yield-safety. One of the key issues of successful growth is the level of nutrient supply, its utilisation is influenced measurably by the amount and distribution of precipitation. One of the goals of the long term fertilization experiment set in village Kompolt between 1963-1999, was to determine the amount of fertilizer with optimal content and active substance, which can give the most beneficial yield in different crop years among the given ecological conditions. In our study we analysed data obtained in 1981 (droughty), 1985 (rainy), 1988 (optimal), 1991 (optimal), 1994 (droughty) years. Regarding the maize 10 types of nutrient treatments with various contents and rates were carried out. Our results confirm that in optimal crop years of the maize double yield-difference can be seen in connection with the precipitation- circumstances of the experimental year. Comparing to dry years, double growth of the yield could be achieved in optimal years, but based on the results of experiment the increase could be at least a surplus of 42% in the average of the nutrient treatments. In the agro-ecological conditions of Kompolt the increasing effects of N in itself as well as with the P and K combined treatments on yield of maize were significant in 4 experimental years. The increasing effect of N was not verified only in the extremely droughty 1994 year, because of the small amount and unfavourable distribution of the precipitation. Based on our results we determined that the larger amounts of N (N2PK treatment) and P (NP2K treatment) fertilizers were not productive of higher yield in favourable rainy years yet, so their applying are unnecessary by the thrift and environmental aspects. The effect of P, NP and the K fertilization treatments were not verified in the yield comparing to the control treatment

A MEGÚJULÓ ENERGIAFORRÁSOK HASZNÁLATÁNAK MEGÍTÉLÉSE KIVÁLASZTOTT JELLEMZŐK SZERINT ÉSZAK-MAGYARORSZÁGI BORVIDÉKEKEN

A fosszilis energiaforrások kimerülésével előtérbe kerül a megújuló- és megújítható energiaforrások használata, mely tevékenység csökkenti energiafüggőség-ünket. Ennek megoldási módjait vizsgáltuk a mátrai és az egri borvidékeken – szőlész-borász szakemberek körében, kérdőíves felméréssel. Részletesen elemeztük a szőlővenyige felhasználás lehetőségeit, a fűtési módok elfogadottságát, valamint a megújuló energiafelhasználás megítélését. Az adatokat SPSS 18:0 program segítségével dolgoztuk fel. A vizsgálat alapján megállapítható, hogy a megkérdezettek fontosnak tartják a megújuló energiaforrások használatát, valamint a szőlővenyige felhasználását energiatermelésre. A fejlesztés terén mindent megelőző prioritásként jelentkezett a közbiztonság garantálása. -------------------------------------------------------- In parallel with the depletion of fossil energy resources the use of renewable energy sources is being promoted, which reduces our energy dependence. The possible solutions for this were examined in the Gyöngyös and Eger wine regions by means of a questionnaire survey among professional viticulturists. The possible uses of grape vines, the accepted modes of heating as well as the level of approval of renewable energy were scrutinised. The obtained data was processed with SPSS 18:0. On the basis of this study it can be stated that the respondents consider the use of renewable energy and the utilisation of grape vines for energy production important. Concerning further development the greatest priority, however, is public safety

Az algériai nyersfoszfát közvetlen alkalmazásának agronómiai és környezeti szempontú értékelése savanyú talajokon hazai szabadföldi kísérletekben

Az évi 80 kg P2O5·ha-1 trágyázás, ill. a 400 kg P2O5·ha-1 adagú tartalékoló P-trágyázás hatását – reaktív (lisztfinomságúra őrölve jó természetes P-oldhatóságú, „lágy”, üledékes) algériai nyersfoszfát, ill. Kola-foszfátból előállított szuperfoszfát formájában kijuttatva – két hazai, közepesen–erősen savanyú talajon 5 éves szabadföldi kísérletben vizsgáltuk. A kompolti csernozjom barna erdőtalaj gyenge– közepes, a szentgyörgyvölgyi pszeudoglejes barna erdőtalaj közepes–jó P-ellátottsággal volt jellemezhető a kísérletek beállításakor. A két P-forma P-szolgáltatását a vizsgált módszerek közül a H2O-P talaj P-teszt jellemezte a legpontosabban. Az AL-módszer felülbecsülte, az Olsen-módszer pedig alulértékelte a nyersfoszfát formájában kiadott foszfornak a növények által való felvehetőségét. A két P-forma, ill. a két P-trágyázási rendszer a kísérletek első 5 éves ciklusában azonos hatékonyságúnak bizonyult mind a főtermés, mind a kivont foszfor vonatkozásában. A P-hasznosulás a gyenge–közepes P-ellátottságú kompolti talajon több mint két-háromszorosa (7–10%) volt, mint a közepes–jó P-ellátottságú szentgyörgyvölgyi talajon (2–5%). A P-trágyázott kezelésekben az 5. évben kapott, továbbra is pozitív P-mérlegek azt valószínűsítik, hogy a P-trágyázás megszüntetése esetén, ezekben a kezelésekben a korábban adott, a talajban maradt műtrágya-P további hasznosulása várható. Algériai nyersfoszfát kijuttatásával nem növekedett a könnyen oldható (LE, Lakanen-Erviő) Cd-, ill. Cr-tartalom a talajban. A Kola-foszfát alapú szuperfoszfát hatására viszont nagyobb LE-Sr koncentrációkat kaptunk. Közepesen savanyú hazai talajainkon a kitűnő természetes oldékonyságú, olcsóbb algériai nyersfoszfát jól helyettesítheti a környezetet tovább savanyító, drágább szuperfoszfátot, ill. a nagy foszfortartalmú komplex, ill. kevert műtrágyákat. A külföldi gyakorlatnak megfelelően, közepesen, vagy erősen savanyú talajokon, nyersfoszfát alkalmazásakor a vízoldható formában indokolt adagok másfélszeresét-dupláját javasoljuk kijuttatni. A lisztfinomságúra őrölt üledékes, reaktív nyersfoszfátok közül csupán a 20 mg·kg-1 Cd-tartalom alattiak közvetlen kijuttatását tartjuk környezeti kockázat szempontjából elfogadhatónak. | The effect of the annual application of 80 kg P2O5·ha-1 or a single dose initial buildup rate of 400 kg P2O5·ha-1 phosphorus fertilization in the form of reactive Algerian rock phosphate (ground to a fine powder, with good natural P solubility) or superphosphate produced from Kola phosphate was investigated in two 5-year field experiments set up on moderately/strongly acidic soil. The P supplies at the beginning of the experiment were poor to moderate for the chernozem brown forest soil in Kompolt and moderate to good for the pseudogley brown forest soil in Szentgyörgyvölgy. Among the methods examined, the P-supplying ability of the two P forms was best characterized by the H2O-P soil P test. The plant availability of the phosphorus applied in the form of rock phosphate was overestimated by the AL method and underestimated by the Olsen method. During the first 5-year cycle of experiments, the two P forms and the two P fertilization systems proved to be equally effective in terms of both the main yield and the quantity of phosphorus taken up. The P utilization was 2–3 times as great on the Kompolt soil (7–10%) as on the better supplied Szentgyörgyvölgy soil (2–5%). The fact that positive P balances were found in the P treatments even in the 5th year suggests that the fertilizer P remaining in the soil would be further utilized in these treatments if P fertilization was discontinued. The application of Algerian rock phosphate did not result in an increase in the readily available (LE, Lakanen-Erviö) Cd or Cr contents of the soil. In response to the addition of superphosphate made from Kola phosphate, however, higher LE-Sr concentrations were detected. On moderately acidic Hungarian soils the excellent natural solubility of Algerian rock phosphate could make it an excellent substitute for the more expensive superphosphate, which further acidifies the environment, and for complex or mixed mineral fertilizers with a high phosphorus content. In keeping with the practice in other countries, the use of one and a half times or twice the rate normal for water-soluble P forms is justified when rock phosphate is applied on moderately or strongly acidic soils. Only the powder form of sedimentary, reactive rock phosphates containing less than 20 mg·kg-1 Cd can be considered environmentally safe for direct application