AvBD1 nucleotide polymorphisms, peptide antimicrobial activities and microbial colonisation of the broiler chicken gut

Abstract Background The importance of poultry as a global source of protein underpins the chicken genome and associated SNP data as key tools in selecting and breeding healthy robust birds with improved disease resistance. SNPs affecting host peptides involved in the innate defences tend to be rare, but three non-synonymous SNPs in the avian β-defensin (AvBD1) gene encoding the variant peptides NYH, SSY and NYY were identified that segregated specifically to three lines of commercial broiler chickens Line X (LX), Line Y(LY) and Line Z. The impacts of such amino acid changes on peptide antimicrobial properties were analysed in vitro and described in relation to the caecal microbiota and gut health of LX and LY birds. Results Time-kill and radial immune diffusion assays indicated all three peptides to have antimicrobial properties against gram negative and positive bacteria with a hierarchy of NYH > SSY > NYY. Calcein leakage assays supported AvBD1 NYH as the most potent membrane permeabilising agent although no significant differences in secondary structure were identified to explain this. However, distinct claw regions, identified by 3D modelling and proposed to play a key role in microbial membrane attachment, and permeation, were more distinct in the NYH model. In vivo AvBD1 synthesis was detected in the bird gut epithelia. Analyses of the caecal gut microbiota of young day 4 birds suggested trends in Lactobacilli sp. colonisation at days 4 (9% LX vs × 30% LY) and 28 (20% LX vs 12% LY) respectively, but these were not statistically significant (P > 0.05). Conclusion Amino acid changes altering the killing capacity of the AvBD1 peptide were associated with two different bird lines, but such changes did not impact significantly on caecal gut microbiota

Dissecting the Shared Genetic Architecture of Suicide Attempt, Psychiatric Disorders, and Known Risk Factors

Background Suicide is a leading cause of death worldwide, and nonfatal suicide attempts, which occur far more frequently, are a major source of disability and social and economic burden. Both have substantial genetic etiology, which is partially shared and partially distinct from that of related psychiatric disorders. Methods We conducted a genome-wide association study (GWAS) of 29,782 suicide attempt (SA) cases and 519,961 controls in the International Suicide Genetics Consortium (ISGC). The GWAS of SA was conditioned on psychiatric disorders using GWAS summary statistics via multitrait-based conditional and joint analysis, to remove genetic effects on SA mediated by psychiatric disorders. We investigated the shared and divergent genetic architectures of SA, psychiatric disorders, and other known risk factors. Results Two loci reached genome-wide significance for SA: the major histocompatibility complex and an intergenic locus on chromosome 7, the latter of which remained associated with SA after conditioning on psychiatric disorders and replicated in an independent cohort from the Million Veteran Program. This locus has been implicated in risk-taking behavior, smoking, and insomnia. SA showed strong genetic correlation with psychiatric disorders, particularly major depression, and also with smoking, pain, risk-taking behavior, sleep disturbances, lower educational attainment, reproductive traits, lower socioeconomic status, and poorer general health. After conditioning on psychiatric disorders, the genetic correlations between SA and psychiatric disorders decreased, whereas those with nonpsychiatric traits remained largely unchanged. Conclusions Our results identify a risk locus that contributes more strongly to SA than other phenotypes and suggest a shared underlying biology between SA and known risk factors that is not mediated by psychiatric disorders.Peer reviewe

Denna teori uppfattar Ulla som alltför enkel. Akademiska ord för gymnasieelever med svenska som andraspråk

Gymnasieelever med svenska som andraspråk möter i sin skolvardag ett alltmer abstraherande och akademiskt språk. Det syns till exempel i hur ett mer komplext innehåll i det centrala innehållet i SVA-kurserna ställs mot ett språkkriterium som framhåller att elevernas språk inte skall begränsa dem. I min uppsats har jag därför velat undersöka vilka receptiva kunskaper gymnasieelever i år 2 på gymnasiet, med svenska som andraspråk, har när det gäller akademiska ord. Min utgångspunkt för detta har varit att göra en undersökning utifrån ett ordtest där eleverna via flervalsfrågor har fått svara på betydelsens hos ett akademiskt ord i en kontextskapande mening. För att kunna säkerställa resultatet har samma test gjorts av en grupp L1-inlärare, som har fungerat som referensgrupp. De akademiska orden har valts från En svensk akademisk ordlista. Resultatet visar att L2-eleverna generellt har goda receptiva kunskaper om de akademiska orden, men resultatet påvisar också en mycket stor spridning inom gruppen. Detta speglar också gruppens sammansättning som helhet, bland annat genom olikheter när det gäller ålder, år med svenskundervisning och att det i gruppen finns åtta olika modersmål. I min uppsats har jag också velat undersöka om ordklasstillhörigheten har betydelse för elevernas receptiva kunskap om ordet. Till skillnad från L1-gruppen finns det en mycket stor spridning över samtliga testade ord utom två, tolkas och tolkning. Det förefaller som att de ordklasserna substantiv och verb, är något svårare för L2-eleverna än adjektiv, adverb, prepositioner och konjunktioner. När det gäller nominaliseringar kontra verb i samma ordfamilj, verkar svårigheten i högre grad bero på abstraktionens svårighet än ordklassen. En slutsats i uppsatsen är att variationsbredden i undersökningen pekar på behovet en undervisning som tar hänsyn till den enskilda elevens receptiva ordförråd när det gäller akademiska ord.Beteckning på arbete: SSA136 15 hp Ämne: Svenska som andraspråk Termin: vt 2017 Handledare: Sofie Johansso

Bland ikoner och gadgetar En undersökning av hjälptexten i operativsystemet Windows 7 ur ett läsbarhets- och begriplighetsperspektiv

Sverige är ett land med hög datortäthet. Relationen mellan människa och dator är därför något som är essentiellt och påtagligt på arbetsplatser och utbildande institutioner. För att datoranvändaren skall kunna utnyttja datorn som arbetsredskap på ett optimalt sätt måste användaren också involvera sig själv i en språklig kommunikation med det operativsystem som finns i datorn. De vanligaste operativsystemen bygger på ett grafiskt användargränssnitt, där användaren interagerar med operativsystemet via en metaforisk skrivbordsmiljö. Undersökningen i uppsatsen utgår från de hjälptexter som finns integrerade i ett av de vanligaste operativsystemen, nämligen Windows 7. Syftet med undersökningen är att undersöka hur den hjälptext som är integrerad i Windows 7 kommunicerar sitt innehåll till datoranvändaren. Därför granskas hur denna hjälptext fungerar ur ett perspektiv som utgår från begreppen ’läsbarhet’ och ’begriplighet’. Texten återfinns i Start-menyn under rubriken Hjälp och support. Undersökningen utgår från tre frågeställningar som utgår från vilken betydelse läsarens genrekompetens, den interpersonella strukturen och den textuella strukturen kan ha för hur användaren förstår och uppfattar hjälptexten. I reultatdelen lyfts användarens genrekompetens fram som något betydelsefullt för hur läsaren kan uppfatta texten. Hjälptexten använder i den interpersonella strukturen ett direkt tilltal till användaren och avgränsar textens deltagare på olika sätt. I hjälptexten framställs operativsystemet som en deltagare, vilket kan bero på ett inflytande från amerikanska texter. De metatextuella påståendena är tillika något som kännetecknar texten. I den textuella strukturen präglas hjälptexten av att den verbalt måste återge det som skildras visuellt på skärmen, men också av att den måste konkretisera skeenden som har abstrakta nivåer. Något som karakteriserar manualen som genre är att texten måste vara komprimerad, vilket tar sig uttryck i att språkformen belastas med långa sammansatta substantiv, verbalsubstantiv, sammansatta adjektiv, verbaladjektiv och sammansatta participformer. En annan företeelse som försvårar begripligheten i texten är språkliga avvikelser som kan bottna i bristande korrekturläsning, som till exempel bildtexter på norska. Dessutom förekommer varierande former av engelska uttryck. När det gäller ’läsbarhet’ och ’begriplighet’ finns det utmaningar på flera nivåer i hjälptexten i Windows 7. Inte minst ställer hjälptexten krav på användarens förståelse av enskilda ord och förståelse av textens situationella tolkning. Slutligen måste användaren förstå vilka handlingar som texten försöker att instruera

Design and implementation in major investments -- A project network approach

Many investments in modern society take place in project networks. This article proposes a project network approach for describing the design and implementation processes in major investments. The design process of major projects is "fuzzy", takes a long time, and is hard to capture. The implementation process, on the other hand, takes place in "semi-hierarchical" networks, and is easier to plan and control. The actor that controls the transformation of the political design process into the implementation process has a unique strategic position in the dynamically changing network. This means linking processes that are characterized by separate logic and network structures. Data from processes of design and implementation of three shopping malls illustrate the theoretical framework.Projects networks major investments processes

Predictive energy management of hybrid long-haul trucks

This paper presents a novel predictive control scheme for energy management in hybrid trucks that drive autonomously on the highway. The proposed scheme uses information from GPS together with information about the speed limits along the planned route to schedule the charging and discharging of the battery, the vehicle speed, the gear, and when to turn off the engine and drive electrically. The proposed control scheme divides the predictive control problem into three layers that operate with different update frequencies and prediction horizons. The top layer plans the kinetic and electric energy in a convex optimization problem. In order to avoid a mixed-integer problem, the gear and the switching decision between hybrid and pure electric mode are optimized in a lower layer in a dynamic program whereas the lowest control layer only reacts on the current state and available references. The benefits of the proposed predictive control scheme are shown by simulations between Frankfurt and Koblenz. The simulations show that the predictive control scheme is able to significantly reduce the mechanical braking, resulting in fuel reductions of 4% when allowing an over and under speed of 5 km/h

Convex optimization of charging infrastructure design and component sizing of a plug-in series HEV powertrain

With the topic of plug-in HEV city buses, this paper studies the highly coupled optimization problem of finding the most cost efficient compromise between investing in onboard electric powertrain components and installing a charging infrastructure along the bus line. The paper describes how convex optimization can be used to find the optimal battery sizing for a series HEV with fixed engine and generator unit and a fixed charging infrastructure along the bus line. The novelty of the proposed optimization approach is that both the battery sizing and the energy management strategy are optimized simultaneously by solving a convex problem. In the optimization approach the power haracteristics of the engine-generator unit are approximated by a convex, second order polynomial, and the convex battery model assumes quadratic losses. The paper also presents an example for a specific bus line, showing the dependence between the optimal battery sizing and the number of charging stations on the bus line