Navigating the Murine Brain: Toward Best Practices for Determining and Documenting Neuroanatomical Locations in Experimental Studies

In experimental neuroscientific research, anatomical location is a key attribute of experimental observations and critical for interpretation of results, replication of findings, and comparison of data across studies. With steadily rising numbers of publications reporting basic experimental results, there is an increasing need for integration and synthesis of data. Since comparison of data relies on consistently defined anatomical locations, it is a major concern that practices and precision in the reporting of location of observations from different types of experimental studies seem to vary considerably. To elucidate and possibly meet this challenge, we have evaluated and compared current practices for interpreting and documenting the anatomical location of measurements acquired from murine brains with different experimental methods. Our observations show substantial differences in approach, interpretation and reproducibility of anatomical locations among reports of different categories of experimental research, and strongly indicate that ambiguous reports of anatomical location can be attributed to missing descriptions. Based on these findings, we suggest a set of minimum requirements for documentation of anatomical location in experimental murine brain research. We furthermore demonstrate how these requirements have been applied in the EU Human Brain Project to optimize workflows for integration of heterogeneous data in common reference atlases. We propose broad adoption of some straightforward steps for improving the precision of location metadata and thereby facilitating interpretation, reuse and integration of data

Bestiller-Utførermodell for byggeprosjekter i middelsstore kommuner

Norske kommuner eier og forvalter store verdier i fast eiendom, og det bygges og renoveres mye. Det oppstår ofte feil og kostnadsoverskridelser i byggeprosjekter, og kostnad blir kanskje ikke optimalt i forhold til nytte. Man ligger i dag foran en kommunereform, hvor det blant annet legges føringer for nye middelsstore kommuner. Karakteristisk for middelsstore kommuner er at færre aktører må påta seg samme ansvar for planlegging og gjennomføring som flere spesialiserte aktører i store kommuner. Mange benytter en Bestiller-Utfører modell i organiseringen av byggeprosjekter. Det var derfor interessant å undersøke hvordan de to rollene Bestiller og Utfører best kan fordele ansvaret for de forskjellige aktivitetene og prosessene i byggeprosjekter i middelsstore kommuner. Overordna problemstilling for denne masteroppgaven er å finne ideell Bestiller- Utførermodell for byggeprosjekter i middelsstore kommuner, med fokus på ansvarsfordeling i forskjellige faser. Følgende forskningsspørsmål har lagt til grunn for arbeidet: 1. Hva slags ansvar blir overført fra Bestiller til Utfører? 2. Når/i hvilken fase overføres ansvaret? 3. Hva slags ansvar bør overføres fra Bestiller til Utfører? 4. Når/i hvilken fase bør ansvaret overføres? I tillegg ble det undersøkt hva slags påvirkning/assistanse Bestiller og Utfører bør ha overfor hverandre underveis i prosjektet. Litteraturstudie er brukt som basis for å finne svar på problemstillingen. Videre ble det gjennomført 9 intervjuer i Vestvågøy kommune og i Vågan kommune, der resultatene blir sammenstilt med grunnlaget fra litteraturstudiet. Temaet byggeprosjekter ble her tidsmessig delt inn i 4 generiske faser: Ide/forstudiefase, forprosjektfase, gjennomføringsfase og driftsfase. Ansvaret som det ble undersøkt om overføres eller bør overføres, ble delt i 17 sentrale prosesser fordelt på 5 administrative prosesser, 9 kjerneprosesser og 3 offentlige prosesser. Fasemodellen er grunnlag for å vise når/i hvilken fase disse prosessene blir utført i dag, og når/i hvilken fase de anbefales utført. IV Undersøkelsene viser at ansvarsfordeling praktiseres ulikt. I Vestvågøy kommune beholder Bestiller hovedsakelig ansvaret for de administrative prosessene, de tidlige kjerneprosessene, samt reguleringsprosessen. I Vågan kommune overføres nesten alt ansvaret for de 17 prosessene til Utfører. I Vågan kommune starter og gjennomføres noen prosesser tidligere enn i Vestvågøy. På bakgrunn av undersøkelsene anbefales en modell for ansvarsfordeling av de 17 prosessene, der som Bestiller bør beholde ansvaret for å utarbeide et overordna styringsdokument, i samarbeid med Utfører. Ansvaret for de øvrige prosessene unntatt reguleringsprosessen anbefales overført til Utfører. Videre anbefales at Bestiller bør delta i arbeidet med de administrative prosessene og de tidlige kjerneprosessene. Driftsavdelingen bør ha ansvar for oppfølging av garanti etter overtakelse, i samarbeid med Utfører. Undersøkelsene viser videre at forutsetninger for en god modell for ansvarfordeling er: • Både generell og tilpasset prosjektstrategi. Det bør utarbeides en generell prosjektstrategi som skal ligge til grunn for alle byggeprosjekter i kommunen, samt en strategi tilpasset det enkelte prosjektet. • Indre og ytre effektivitet i byggeprosjekter bør være i balanse. Det bør settes mål både i samfunnsperspektiv, for kost-nytte, og mer konkret for tid-kost-kvalitet i prosjektperspektiv. • Kompetansebygging og bygging av fagmiljø. Samling av kompetanse og bygging av teknisk fagmiljø er en styrke for kommunene og for prosjektene. • Bestillingen mellom Bestiller og Utfører må være en presis og konkret avtale om fordeling av ansvar. • Kontinuitet i rollene i prosjektet gir aktørene kjennskap og eierskap til prosjektet, og grunnlag for færre misforståelser. Anbefalingene er et forslag til ansvarsfordeling i en overordna generell prosjektstrategi, og kan brukes som et grunnlag og hjelpemiddel for nye og eksisterende kommuner som skal lage en modell for Bestiller-Utførerorganisering av byggeprosjekter

Blåser norske vindkraftverk i fjerningsutgifter? En analyse av regnskapsmessig behandling av fjerningsutgifter i landbaserte vindkraftverk

Alle vindkraftverk er lovpålagt å fjerne anlegget etter endt konsesjonstid, samt tilbakeføre landskapet til naturlig tilstand så langt det er mulig. Fremtidige utgifter til fjerning og opprydding er pådratt ved å drive virksomhet, og skal etter sammenstillingsprinsippet kostnadsføres i samme periode som tilhørende inntekt. Da vindkraft er en relativt ung bransje i Norge er imidlertid regnskapspraksisen uklar på dette punktet. Formålet med denne studien er å kartlegge hvordan norske landbaserte vindkraftverk behandler fjerningsutgifter i årsregnskapet. Vi ønsker også å gi en anbefaling om hva beste praksis bør være. Målet er at den norske vindkraftbransjen skal utvikle en felles praksis vedrørende regnskapsmessig behandling av fjerningsutgifter. Studien er utarbeidet med bakgrunn i følgende problemstilling: Gis det tilstrekkelig informasjon om fjerningsforpliktelser i årsregnskapet i henhold til gjeldende lovgivning og god regnskapsskikk? Studien er utført som en tverrsnittsundersøkelse. Vi har analysert årsregnskapene til alle landbaserte vindkraftverk som var i normal drift i 2015. Dette utgjorde 19 selskap. Deretter gjennomførte vi en spørreundersøkelse på internett ved bruk av Questback. De samme 19 selskapene ble kontaktet via telefon eller e-post, og vi endte opp med svar fra 16 selskap. Resultatene fastslår at regnskapspraksisen er varierende når det kommer til behandling av fjerningsutgifter. Flertallet av selskapene har valgt å ikke gi noen informasjon om fjerningsforpliktelsen i årsregnskapet. Hovedårsaken synes å være en etablert forventning i bransjen om at fremtidig, potensiell skrapverdi/restverdi vil dekke fjerningsutgiften. Resultatene indikerer også at ulikt regnskapsspråk kan være en kilde til ulik praksis. Alle selskapene som oppga å legge IAS 16 til grunn ved behandling av fjerningsutgiftene, avsetter for forpliktelsen i balansen og gir god informasjon i noter. Studien konkluderer med at regnskapspraksisen ikke er tilfredsstillende i henhold til gjeldende lovgivning og god regnskapsskikk. Vår anbefaling er at informasjon om forpliktelsen må komme frem, selv om det ikke er foretatt en avsetning i balansen. Informasjon om fjerningsutgiftene er nødvendig for å gi et rettvisende bilde av selskapets finansielle stilling, eiendeler og gjeld. Uavhengig av selskapets størrelse eller valg av regnskapsspråk er informasjonen av betydning for brukerne av årsregnskapet

Comparative Contemplations on the Hippocampus

The hippocampus in mammals is a morphologically well-defined structure, and so are its main subdivisions. To define the homologous structure in other vertebrate clades, using these morphological criteria has been difficult, if not impossible, since the typical mammalian morphology is absent. Although there seems to be consensus that the most medial part of the pallium represents the hippocampus in all vertebrates, there is no consensus on whether all mammalian hippocampal subdivisions are present in the derivatives of the medial pallium in all vertebrate groups. The aim of this paper is to explore the potential relevance of connections to define the hippocampus across vertebrates, with a focus on mammals, reptiles, and birds

AtOM, an ontology model for standardizing use of brain atlases in tools, workflows, and data infrastructures

Brain atlases are important reference resources for accurate anatomical description of neuroscience data. Open access, three-dimensional atlases serve as spatial frameworks for integrating experimental data and defining regions-of-interest in analytic workflows. However, naming conventions, parcellation criteria, area definitions, and underlying mapping methodologies differ considerably between atlases and across atlas versions. This lack of standardization impedes use of atlases in analytic tools and registration of data to different atlases. To establish a machine-readable standard for representing brain atlases, we identified four fundamental atlas elements, defined their relations, and created an ontology model. Here we present our Atlas Ontology Model (AtOM) and exemplify its use by applying it to mouse, rat, and human brain atlases. We propose minimum requirements for FAIR atlases and discuss how AtOM may facilitate atlas interoperability and data integration. AtOM provides a standardized framework for communication and use of brain atlases to create, use, and refer to specific atlas elements and versions. We argue that AtOM will accelerate analysis, sharing, and reuse of neuroscience data

Brain-wide distribution of reporter expression in five transgenic tetracycline-transactivator mouse lines

The spatial pattern of transgene expression in tetracycline-controlled mouse models is governed primarily by the driver line used to introduce the tetracycline-controlled transactivator (tTA). Detailed maps showing where each tTA driver activates expression are therefore essential for designing and using tet-regulated models, particularly in brain research where cell type and regional specificity determine the circuits affected by conditional gene expression. We have compiled a comprehensive online repository of serial microscopic images showing brain-wide reporter expression for five commonly used tTA driver lines. We have spatially registered all images to a common three-dimensional mouse brain anatomical reference atlas for direct comparison of spatial distribution across lines. The high-resolution images and associated metadata are shared via the web page of the EU Human Brain Project. Images can be inspected using an interactive viewing tool that includes an optional overlay feature providing anatomical delineations and reference atlas coordinates. Interactive viewing is supplemented by semi-quantitative analyses of expression levels within anatomical subregions for each tTA driver line

The Locare workflow: representing neuroscience data locations as geometric objects in 3D brain atlases

Neuroscientists employ a range of methods and generate increasing amounts of data describing brain structure and function. The anatomical locations from which observations or measurements originate represent a common context for data interpretation, and a starting point for identifying data of interest. However, the multimodality and abundance of brain data pose a challenge for efforts to organize, integrate, and analyze data based on anatomical locations. While structured metadata allow faceted data queries, different types of data are not easily represented in a standardized and machine-readable way that allow comparison, analysis, and queries related to anatomical relevance. To this end, three-dimensional (3D) digital brain atlases provide frameworks in which disparate multimodal and multilevel neuroscience data can be spatially represented. We propose to represent the locations of different neuroscience data as geometric objects in 3D brain atlases. Such geometric objects can be specified in a standardized file format and stored as location metadata for use with different computational tools. We here present the Locare workflow developed for defining the anatomical location of data elements from rodent brains as geometric objects. We demonstrate how the workflow can be used to define geometric objects representing multimodal and multilevel experimental neuroscience in rat or mouse brain atlases. We further propose a collection of JSON schemas (LocareJSON) for specifying geometric objects by atlas coordinates, suitable as a starting point for co-visualization of different data in an anatomical context and for enabling spatial data queries

Table_1_The Locare workflow: representing neuroscience data locations as geometric objects in 3D brain atlases.xlsx

Neuroscientists employ a range of methods and generate increasing amounts of data describing brain structure and function. The anatomical locations from which observations or measurements originate represent a common context for data interpretation, and a starting point for identifying data of interest. However, the multimodality and abundance of brain data pose a challenge for efforts to organize, integrate, and analyze data based on anatomical locations. While structured metadata allow faceted data queries, different types of data are not easily represented in a standardized and machine-readable way that allow comparison, analysis, and queries related to anatomical relevance. To this end, three-dimensional (3D) digital brain atlases provide frameworks in which disparate multimodal and multilevel neuroscience data can be spatially represented. We propose to represent the locations of different neuroscience data as geometric objects in 3D brain atlases. Such geometric objects can be specified in a standardized file format and stored as location metadata for use with different computational tools. We here present the Locare workflow developed for defining the anatomical location of data elements from rodent brains as geometric objects. We demonstrate how the workflow can be used to define geometric objects representing multimodal and multilevel experimental neuroscience in rat or mouse brain atlases. We further propose a collection of JSON schemas (LocareJSON) for specifying geometric objects by atlas coordinates, suitable as a starting point for co-visualization of different data in an anatomical context and for enabling spatial data queries.</p