Potential inhibition of Melaleuca leucadendron L. compounds against the NSP5 SARS CoV-2 protein

COVID-19 is an infectious disease caused by Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS-CoV-2), causing a global health emergency as a pandemic disease. The lack of certain drug molecules or treatment strategies to fight this disease makes it worse. Therefore, effective drug molecules are needed to fight COVID-19. Non Structural Protein (NSP5) or called Main Protease (Mpro) of SARS CoV 2, a key component of this viral replication, is considered a key target for anti-COVID-19 drug development. The purpose of this study is to determine whether the compounds in the Melaleuca leucadendron L. plant such as 1,8-cineole, terpene, guaiol, linalol, α-selinenol, β-eudesmol and γ-eudesmol are predicted to have antiviral activity for COVID-19. Interaction of compounds with NSP5 with PDB code 6WNP analyzed using molecular docking with Molegro Virtual Docker. Based on binding affinity, the highest potential as an anti-viral is Terpineol with binding energy (-119.743 kcal/mol). The results of the interaction showed that terpinol has similarities in all three amino acid residues namely Cys 145, Gly 143, and Glu 166 with remdesivir and native ligand. Melaleuca leucadendron L. may represent a potential herbal treatment to act as: COVID-19 NSP5, however these findings must be validated in vitro and in vivo

Pengaruh senam hamil terhadap nyeri punggung bawah ibu hamil pada usia kehamilan 13 sampai 30 minggu di wilayah kerja Puskesmas Batu dan Puskesmas Junrejo

ABSTRACT Low back pain is a complaint that often occurs in pregnant women trimester II and III. This occurs because of changes in the relaxin hormone, which affects the flexibility of ligament tissue which ultimately increases joint mobility in the pelvis and will have an impact on spinal and pelvic instability and cause discomfort. Pregnancy exercise is an exercise to maintain and improve the physical balance of pregnant women. Based on preliminary studies at the Puskesmas Batu and Junrejo, there are several pregnant women who experience back pain that is more experienced in the second trimester. This study aims to determine the effect of pregnancy exercise on low back pain in pregnant women at 13 to 30 weeks' gestation in the Work Area of the Puskesmas Batu and Junrejo Puskesmas. The Design of this research is a quantitative form of pre experimental design with one group pretest posttest design. The subjects of this study were 41 pregnant women with 13 to 30 weeks' gestation taken by purposive sampling technique. The research data were obtained using the Wong-Baker FACES Pain Rating Scale. Statistical test using willcoxon. Statistical test results showed a decrease in pain intensity before and after pregnancy exercise with a probability of p 0,000 <α (0.05), meaning that it can be concluded that pregnancy exercise has an influence in reducing the intensity of low back pain in pregnant women at 13 to 30 weeks gestational age in the Work Area Puskesmas Batu and Puskesmas Junrejo. ABSTRAK Nyeri punggung bawah merupakan keluhan yang sering terjadi pada ibu hamil trimester II dan III. Hal ini terjadi karena adanya perubahan pada hormon relaksin, yang mempengaruhi fleksibilitas jaringan ligamen yang akhirnya meningkatkan mobilitas sendi di pelvis dan akan berdampak pada ketidakstabilan spinal dan pelvis serta menyebabkan rasa tidak nyaman. Senam hamil merupakan suatu latihan untuk mempertahankan dan memperbaiki keseimbangan fisik ibu hamil. Berdasarkan studi pendahuluan di Puskesmas Batu dan Junrejo terdapat beberapa ibu hamil yang mengalami nyeri punggung yang lebih banyak dialami pada trimester II. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh senam hamil terhadap nyeri punggung bawah ibu hamil pada usia kehamilan 13 sampai 30 minggu di Wilayah Kerja Puskesmas Batu dan Puskesmas Junrejo. Desain Penelitian ini adalah penelitian kuantitatif bentuk pre experimental design dengan rancangan one group pretest posttest design. Subjek penelitian ini adalah ibu hamil dengan usia kehamilan 13 sampai 30 minggu berjumlah 41 orang yang diambil dengan teknik purposisive sampling. Data penelitian diperoleh menggunakan skala pengukuran nyeri Wong-Baker FACES Pain Rating Scale. Uji statistik menggunakan willcoxon. Hasil uji statistik didapatkan adanya penurunan intensitas nyeri sebelum dan sesudah melakukan senam hamil dengan probabilitas p 0.000 < α (0.05), berarti dapat disimpulkan bahwa senam hamil memiliki pengaruh dalam menurunkan intensitas nyeri punggung bawah ibu hamil pada usia kehamilan 13 sampai 30 minggu di Wilayah Kerja Puskesmas Batu dan Puskesmas Junrejo

Uji In Silico Senyawa Antiviral pada Herba Meniran (Phyllanthus niruri L.) Terhadap Non-Structural Protein 3 dan 5 pada SARS-Cov-2

Coronavirus Disease 2019 (Covid-19) merupakan penyakit jenis baru yang diakibatkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome-CoV-2 (SARS-CoV-2). Terdapat 4 protein utama yang didapatkan pada SARS-CoV-2 meliputi protein N (nukleokapsid), glikoprotein S (spike), glikoprotein M (membrane), dan protein E (envelope). Virus ini dibantu oleh protein S untuk berikatan dengan angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) sebagai reseptor untuk menginfeksi manusia. Selain itu, terdapat non-structural protein (Nsp) yang juga berperan dalam patogenesis virus, salah satunya yaitu Nsp3 yang merupakan protein non-struktural terbesar dan berperan dalam proses replikasi-transkripsi genom, serta Nsp5 yang berperan penting dalam regulasi dan siklus hidup virus. Diketahui virus penyebab Covid-19 berasal dari famili coronavirus yang sebelumnya sudah mengakibatkan penyakit saluran pernapasan seperti Middle East Respiratory Syndrome (MERS) dan Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). Saat ini belum banyak terapi yang dikembangkan dalam mengobati Covid-19, dimana hanya antivirus Remdesivir yang baru terbukti efektif dalam mengatasi infeksi ini. Meniran (Phyllanthus niruri L.) merupakan tanaman yang banyak terdapat di Indonesia dan sudah terdapat penelitian lain tentang meniran yang memiliki efek antivirus pada virus lainnya sehingga meniran diduga mengandung berbagai senyawa potensial untuk dijadikan terapi Covid-19. Oleh akrena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa pada meniran sebagai agen terapi Covid-19. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan menganalisis fisikokimia, toksisitas, serta interaksi ikatan dari senyawa potensial. Hasil analisis fisikokimia menunjukkan bahwa semua senyawa potensial memenuhi kriteria Lipinski Rule of 5, sedangkan Remdesivir sebagai obat pembanding tidak memenuhi kriteria Lipinski. Selain itu, senyawa myricetin dan remdesivir memiliki nilai p-gp inhibitor dan dosis rekomendasi harian yang kurang optimal. Adapun analisis toksisitas menunjukkan bahwa hanya senyawa myricetin dan quercetin yang termasuk ke dalam kelas toksisitas 3 serta berpotensi mengakibatkan mutagenisitas. Analisis selanjutnya yaitu molecular docking yang menunjukkan bahwa senyawa potensial dengan binding affinity terbaik pada Nsp3 yaitu quercetin, sedangkan pada Nsp5 yaitu phyltetralin. Walaupun demikian, Remdesivir masih memiliki nilai binding affinity terbaik pada Nsp3 maupun Nsp5. Apabila dilihat dari interaksi dengan residu asam amino, senyawa potensial memiliki banyak persamaan tempat interaksi baik pada ikatatan hidrogen maupun interaksi sterik. Pada interaksi dengan NSP3, semua senyawa mempertahankan 1 ikatan hidrogen yang sama, namun terdapat variasi pada interaksi sterik yaitu mulai dari 4-7 interaksi sterik. Adapun interaksi dengan NSP5 menunjukkan senyawa mempertahankan 0-3 ikatan hidrogen serta 2-6 interaksi sterik. Semakin banyak interaksi residu asam amino native ligand yang dipertahankan, maka hasilnya semakin baik. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa quercetin berpotensi tinggi menjadi inhibitor Nsp3 karena nilai binding affinity yang kuat, sedangkan senyawa yang berpotensi baik menjadi inhibitor Nsp5 adalah phyltetralin. Apabila dilihat dari interaksi asam amino, senyawa quercetin mempertahankan residu kontrol terbanyak dan membentuk lebih banyak ikatan hidrogen sehingga berpotensi x menjadi inhibitor Nsp3 maupun Nsp5. Walaupun demikian, senyawa paling baik secara keseluruhan untuk dijadikan kandidat inhibitor Nsp3 dan Nsp5 adalah phyltetralin karena diprediksi tidak memiliki toksisitas

Potential Inhibition of Melaleuca leucadendron L. Compounds Against the NSP5 SARS CoV-2 Protein

COVID-19 is an infectious disease caused by Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS-CoV-2), causing a global health emergency as a pandemic disease. The lack of certain drug molecules or treatment strategies to fight this disease makes it worse. Therefore, effective drug molecules are needed to fight COVID-19. Non Structural Protein (NSP5) or called Main Protease (Mpro) of SARS CoV 2, a key component of this viral replication, is considered a key target for anti-COVID-19 drug development. The purpose of this study is to determine whether the compounds in the Melaleuca leucadendron L. plant such as 1,8-cineole, terpene, guaiol, linalol, α-selinenol, β-eudesmol and γ-eudesmol are predicted to have antiviral activity for COVID-19. Interaction of compounds with NSP5 with PDB code 6WNP analyzed using molecular docking with Molegro Virtual Docker. Based on binding affinity, the highest potential as an anti-viral is Terpineol with binding energy (-119.743 kcal/mol). The results of the interaction showed that terpinol has similarities in all three amino acid residues namely Cys 145, Gly 143, and Glu 166 with remdesivir and native ligand. Melaleuca leucadendron L. may represent a potential herbal treatment to act as: COVID-19 NSP5, however these findings must be validated in vitro and in vivo.Keywords: COVID-19, In Silico, NSP5/ 6WNP, Melaleuca leucadendron L