The IeDEA Harmonist Data Toolkit: A Data Quality and Data Sharing Solution for a Global HIV Research Consortium.

We describe the design, implementation, and impact of a data harmonization, data quality checking, and dynamic report generation application in an international observational HIV research network. The IeDEA Harmonist Data Toolkit is a web-based application written in the open source programming language R, employs the R/Shiny and RMarkdown packages, and leverages the REDCap data collection platform for data model definition and user authentication. The Toolkit performs data quality checks on uploaded datasets, checks for conformance with the network's common data model, displays the results both interactively and in downloadable reports, and stores approved datasets in secure cloud storage for retrieval by the requesting investigator. Including stakeholders and users in the design process was key to the successful adoption of the application. A survey of regional data managers as well as initial usage metrics indicate that the Toolkit saves time and results in improved data quality, with a 61% mean reduction in number of error records in a dataset. The generalized application design allows the Toolkit to be easily adapted to other research networks

Multi-residu methode voor anabolica in urinemonsters met kolomschakeling HPLC en GC-MS

This report describes a multi-residue method for the detection and identification of residues of anabolic compounds. The method is based on automated sample preparation (Solid Phase Extraction (SPE)) and coupled-column High Performance Liquid Chromatography (HPLC) and Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). The method is suitable for the screening of samples of urine for the presence of 17 anabolic compounds or their metabolites. For purposes of quantification and quality control (QC) a number of deuterated internal standards is used. Following screening the identity of any of these compounds can be confirmed using a modified HPLC procedure with gradient elution and selective fractionation. The extraction of samples of urine is performed automatically with a Gilson Aspec System equipped with disposable SPE columns in combination with coupled column reversed phase HPLC. The coupled-column system consists of two analytical columns coupled via a switching valve. After extraction and HPLC clean-up a single fraction containing all the analytes is collected. This fraction is divided into two parts for derivatization using two different procedures; final determination is done with GC-MS. The limit of detection for all compounds, except diethylstilbestrol (DES), is 1 microg/l (ppb). For DES this limit is 0.1 ppb. For the majority of compounds the accuracy is between 90% and 110%. For only three compounds (CLAD, MT and 17beta-NT) were slightly larger deviations observed. In all cases the accuracy is considered acceptable. The procedure for screening was tested for false negative results by spiking samples of bovine- (n=20), ovine- (n=20) and porcine urine (n=10) both at the level of the detection limit and two times this level. The results were considered "acceptable" if the number of false negative results was equal to or below 5%. The results for samples of bovine and porcine urine were in most cases acceptable at the level of 1 microg/l. For samples of ovine urine the results were acceptable at the level of 2 microg/l. The fraction obtained when analysing the target analyte selectively using HPLC with gradient elution is suitable for confirmation of the analyte based on the detection of at least four ions. The procedure is described in detail in SOP ARO/401.Dit rapport beschrijft een multiresidu methode voor de analyse, detectie en identificatie van residuen van anabolica. De analytische methode is gebaseerd op een geautomatiseerde vaste faseextractie en een High Performance Liquid Chromatography (HPLC) kolomschakelingssysteem. Detectie vindt plaats met Gas Chromatografie met Massa Spectroscopische Detectie (GC-MS). De methode is geschikt voor de screening van urine monsters op 17 anabolica en de metabolieten daarvan. Gedeutereerde analoga worden gebruikt als interne standaarden voor kwantificering en kwaliteitscontrole. Na screening kan de identiteit van de anabolica bevestigd worden door het gebruik van een gemodificeerde HPLC-procedure met gradintelutie en selectieve fractionering. De geautomatiseerde extractie wordt uitgevoerd door een Gilson ASPEC systeem met wegwerp vaste fase extractie kolommen gekoppeld aan een HPLC met kolomschakeling. Het kolom schakelsysteem bestaat uit twee analytische kolommen gekoppeld via een schakelklep. Na extractie en HPLC zuivering wordt voor de screening een enkele fractie uitgevangen die alle analieten bevat. Deze fractie wordt in tweeen gedeeld en gederivatiseerd met twee verschillende derivatiseringsreagentia voor analyse met GC-MS. De detectielimiet voor alle componenten, behalve diethylstilbestrol (DES), is 1 microg/l. Voor DES bedraagt deze limiet 0.1 microg/l. De meerderheid van de componenten heeft een nauwkeurigheid tussen de 90 en 110 %. Voor drie componenten (4-chloro-4-androst-3,17-dione, methyltestosterone en 17-beta-nortestosterone) werd een grotere spreiding waargenomen. Voor alle componenten is de nauwkeurigheid acceptabel. Deze screeningsmethode is getest op vals negatieve resultaten door het analyseren van runder- (n=20), schapen- (n=20) en varkens- (n=10) urines op het concentratie niveau van n en twee maal de detectielimiet. De resultaten werden acceptabel geacht als het aantal vals negatieve resultaten kleiner of gelijk was aan 5%. Voor runder- en varkensurines op het niveau van 1 microg/l werd aan deze eis voldaan. Voor monsters schapenurines werden de resultaten op het concentratie van 2 microg/l geaccepteerd. De methode kan ook gebruikt worden als bevestigingsmethode. Voor dit doel wordt de te bevestigen analiet selectief gesoleerd door HPLC met gradientelutie en fractionering. De uitgevangen fractie wordt gederivatiseerd en bevestigd met GC-MS door het meten van ten minste 4 specifieke massafragmenten. De analysemethode is in detail beschreven in ARO SOP 40

Multi-residu methode voor anabolica in urinemonsters met kolomschakeling HPLC en GC-MS

Dit rapport beschrijft een multiresidu methode voor de analyse, detectie en identificatie van residuen van anabolica. De analytische methode is gebaseerd op een geautomatiseerde vaste faseextractie en een High Performance Liquid Chromatography (HPLC) kolomschakelingssysteem. Detectie vindt plaats met Gas Chromatografie met Massa Spectroscopische Detectie (GC-MS). De methode is geschikt voor de screening van urine monsters op 17 anabolica en de metabolieten daarvan. Gedeutereerde analoga worden gebruikt als interne standaarden voor kwantificering en kwaliteitscontrole. Na screening kan de identiteit van de anabolica bevestigd worden door het gebruik van een gemodificeerde HPLC-procedure met gradintelutie en selectieve fractionering. De geautomatiseerde extractie wordt uitgevoerd door een Gilson ASPEC systeem met wegwerp vaste fase extractie kolommen gekoppeld aan een HPLC met kolomschakeling. Het kolom schakelsysteem bestaat uit twee analytische kolommen gekoppeld via een schakelklep. Na extractie en HPLC zuivering wordt voor de screening een enkele fractie uitgevangen die alle analieten bevat. Deze fractie wordt in tweeen gedeeld en gederivatiseerd met twee verschillende derivatiseringsreagentia voor analyse met GC-MS. De detectielimiet voor alle componenten, behalve diethylstilbestrol (DES), is 1 microg/l. Voor DES bedraagt deze limiet 0.1 microg/l. De meerderheid van de componenten heeft een nauwkeurigheid tussen de 90 en 110 %. Voor drie componenten (4-chloro-4-androst-3,17-dione, methyltestosterone en 17-beta-nortestosterone) werd een grotere spreiding waargenomen. Voor alle componenten is de nauwkeurigheid acceptabel. Deze screeningsmethode is getest op vals negatieve resultaten door het analyseren van runder- (n=20), schapen- (n=20) en varkens- (n=10) urines op het concentratie niveau van n en twee maal de detectielimiet. De resultaten werden acceptabel geacht als het aantal vals negatieve resultaten kleiner of gelijk was aan 5%. Voor runder- en varkensurines op het niveau van 1 microg/l werd aan deze eis voldaan. Voor monsters schapenurines werden de resultaten op het concentratie van 2 microg/l geaccepteerd. De methode kan ook gebruikt worden als bevestigingsmethode. Voor dit doel wordt de te bevestigen analiet selectief gesoleerd door HPLC met gradientelutie en fractionering. De uitgevangen fractie wordt gederivatiseerd en bevestigd met GC-MS door het meten van ten minste 4 specifieke massafragmenten. De analysemethode is in detail beschreven in ARO SOP 401This report describes a multi-residue method for the detection and identification of residues of anabolic compounds. The method is based on automated sample preparation (Solid Phase Extraction (SPE)) and coupled-column High Performance Liquid Chromatography (HPLC) and Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). The method is suitable for the screening of samples of urine for the presence of 17 anabolic compounds or their metabolites. For purposes of quantification and quality control (QC) a number of deuterated internal standards is used. Following screening the identity of any of these compounds can be confirmed using a modified HPLC procedure with gradient elution and selective fractionation. The extraction of samples of urine is performed automatically with a Gilson Aspec System equipped with disposable SPE columns in combination with coupled column reversed phase HPLC. The coupled-column system consists of two analytical columns coupled via a switching valve. After extraction and HPLC clean-up a single fraction containing all the analytes is collected. This fraction is divided into two parts for derivatization using two different procedures; final determination is done with GC-MS. The limit of detection for all compounds, except diethylstilbestrol (DES), is 1 microg/l (ppb). For DES this limit is 0.1 ppb. For the majority of compounds the accuracy is between 90% and 110%. For only three compounds (CLAD, MT and 17beta-NT) were slightly larger deviations observed. In all cases the accuracy is considered acceptable. The procedure for screening was tested for false negative results by spiking samples of bovine- (n=20), ovine- (n=20) and porcine urine (n=10) both at the level of the detection limit and two times this level. The results were considered "acceptable" if the number of false negative results was equal to or below 5%. The results for samples of bovine and porcine urine were in most cases acceptable at the level of 1 microg/l. For samples of ovine urine the results were acceptable at the level of 2 microg/l. The fraction obtained when analysing the target analyte selectively using HPLC with gradient elution is suitable for confirmation of the analyte based on the detection of at least four ions. The procedure is described in detail in SOP ARO/401.E

Predicting spontaneous stone passage in prepubertal children: A single institution cohort

Introduction: No method currently exists for predicting which young child with a renal or ureteral stone will require surgery as opposed to pass the stone. Our goals were to analyze practice patterns at a major pediatric center and to identify factors that predicted spontaneous stone passage. Method: A retrospective review of all prepubertal patients (≤ 11 years) presenting to our institution from January 2005 to July 2014 with symptomatic nephrolithiasis was performed. Demographic data and stone details were reviewed, including anatomic location, size, and outcomes. Spontaneous stone passage was determined by parental report and/or stone absence on imaging obtained within 6 months after initial diagnosis. Results: A total of 119 eligible patients were identified, with an average age of 88.7 months (4-143). Forty eight (40.3%) patients spontaneously passed their stone and the remaining 59.7% required endoscopic intervention. Overall, 79.0% had symptomatic presentation (flank pain, hematuria) and 39.5% of patients were obstructing stones. Symptomatic presentation was more common with ureteral (86.5%) than with renal (66.7%) stones, but was not associated with increased passage of stones in general (p-value 0.1765). Of the 48 patients who spontaneously passed stones, 11 (24.4%) were renal stones compared with 37 (50.0%) ureteral stones. The average size of spontaneously passed stones was 3.5 mm (2-8) for renal and 3.4 mm (1-7) for ureteral stones. Based on logistic regression, the single most important predictor of stone passage was stone size (p-value <0.001). The odds of passage were 3.1 times higher for ureteral stones compared with renal stones (p = 0.0070) when not controlling for size. Conclusion: In prepubertal patients, ureteral stones with an average size of 3.5 mm or less are more likely to pass spontaneously. Based on this information, watchful waiting is a reasonable option in clinically stable nonseptic patients with renal/ureteral stones of this size

Surveillance 1997 into the occurrence of residues of anabolic steroids, beta-agonists, gestagens and thyreostatics in slaughter animals

Gedurende het in 1997 uitgevoerde bewakingsonderzoek "bijzondere slachtplaatsen" werden 61 monsters urine,16 monsters huid, 16 monsters vlees en 13 monsters mest onderzocht op de aanwezigheid van anabole steroiden en 16 monsters vet werden onderzocht op de aanwezigheid van gestagenen. Tevens werden er 83 monsters varkens- en runderoog (retina) en 61 monsters urine op residuen van beta-agonisten onderzocht. Tenslotte werden 20 monsters schildklier op residuen van thyreostatica onderzocht. De monsters waren afkomstig van 119 dieren, van sommige dieren werden meerdere weefsels bemonsterd. In een dier werden residuen van de beta-agonisten clenbuterol en broombuterol aangetroffen. In twee dieren werden residuen van alleen clenbuterol aangetroffen. In een dier werden residuen van het thyreostaticum tapazol aangetroffen en in een dier werden residuen van het anabolicum ethinylestradiol aangetroffen. Van de 119 gecontroleerde dieren in dit bewakingsonderzoek werden in 5 dieren (4%) residuen van een of meerdere groeibevorderende stoffen gevonden.During the surveillance conducted in 1997, focusing on special slaughter locations, 61 samples of urine, 16 samples of skin, 16 samples of meat and 13 samples of faeces were analysed for the presence of residues of anabolic steroids. A set of 16 samples of fat was analysed for the presence of residues of gestagens. A set of 61 samples of urine and 83 samples of bovine/pig eye was analysed for the presence of beta-agonist residues. Finally, 20 samples of thyroid gland were analysed for the residues of thyreostatics. The samples were taken from 119 different animals; more than one tissue was sampled for some of the animals. One animal was found positive for the beta-agonists clenbuterol and bromobuterol. Two animals were found positive for clenbuterol only. One animal was found positive for the thyreostatic, tapazole and one animal was for the anabolic steroid ethynylestradiol. From the 119 animals checked during this surveillance programme, 5 animals (4%) were found positive for one or more of the illegal growth-promoting agentsVWS-V

Surveillance 1997 into the occurrence of residues of anabolic steroids, beta-agonists, gestagens and thyreostatics in slaughter animals

During the surveillance conducted in 1997, focusing on special slaughter locations, 61 samples of urine, 16 samples of skin, 16 samples of meat and 13 samples of faeces were analysed for the presence of residues of anabolic steroids. A set of 16 samples of fat was analysed for the presence of residues of gestagens. A set of 61 samples of urine and 83 samples of bovine/pig eye was analysed for the presence of beta-agonist residues. Finally, 20 samples of thyroid gland were analysed for the residues of thyreostatics. The samples were taken from 119 different animals; more than one tissue was sampled for some of the animals. One animal was found positive for the beta-agonists clenbuterol and bromobuterol. Two animals were found positive for clenbuterol only. One animal was found positive for the thyreostatic, tapazole and one animal was for the anabolic steroid ethynylestradiol. From the 119 animals checked during this surveillance programme, 5 animals (4%) were found positive for one or more of the illegal growth-promoting agentsGedurende het in 1997 uitgevoerde bewakingsonderzoek "bijzondere slachtplaatsen" werden 61 monsters urine,16 monsters huid, 16 monsters vlees en 13 monsters mest onderzocht op de aanwezigheid van anabole steroiden en 16 monsters vet werden onderzocht op de aanwezigheid van gestagenen. Tevens werden er 83 monsters varkens- en runderoog (retina) en 61 monsters urine op residuen van beta-agonisten onderzocht. Tenslotte werden 20 monsters schildklier op residuen van thyreostatica onderzocht. De monsters waren afkomstig van 119 dieren, van sommige dieren werden meerdere weefsels bemonsterd. In een dier werden residuen van de beta-agonisten clenbuterol en broombuterol aangetroffen. In twee dieren werden residuen van alleen clenbuterol aangetroffen. In een dier werden residuen van het thyreostaticum tapazol aangetroffen en in een dier werden residuen van het anabolicum ethinylestradiol aangetroffen. Van de 119 gecontroleerde dieren in dit bewakingsonderzoek werden in 5 dieren (4%) residuen van een of meerdere groeibevorderende stoffen gevonden

Hormones in imported meat. An evaluation of recent data on levels of natural hormones

Consumption of meat imported from South America, mainly Argentina and Brazil, does not result in the intake of exogenous hormones. In addition, there are no indications for the intake of elevated amounts of endogenous (natural) hormones. Testing for the illegal use of growth promoting compounds within the European Union is conducted within the framework of national residue control programmes, based on European legislation. Such testing takes place "on farm" and after slaughter. Most of the tests are conducted on excreta like urine and manure and on organ tissues. However, in case of import only the muscle tissue intended for consumption is available. Systematic testing of this material, however, has been very limited. Consequently limited information on the actual intake by consumers is available. This report describes the results of the analyses of approximately 300 samples of bovine and porcine meat for the presence of xenobiotic and endogenous hormones. None of the xenobiotic hormones analyzed for was detected in these analyses. In six samples of pork meat nortestosterone and boldenone were detected. The presence of these hormones indicates that boar meat was exported too. In one sample the level of 17beta-oestradiol exceeded the provisional reference value of 0.1 microg/kg.Consumptie van vlees, geimporteerd uit Zuid-Amerika, met name Argentinie en Brazilie, leidt niet tot inname van lichaamsvreemde hormonen. Bovendien zijn er geen aanwijzingen voor inname van verhoogde hoeveelheden lichaamseigen hormonen. Onderzoek naar het illegaal gebruik van groeibevorderende stoffen vindt binnen de Europese Unie plaats in het kader van Nationale residu controleprogramma's, uitgevoerd in het kader van Europese regelgeving. Zulk onderzoek vindt plaats zowel gedurende de boerderijfase als ten tijde van de slacht. Veelal richt dit onderzoek zich op excreta zoals urine of mest, of op orgaanvlees. Bij import van buiten de Europese Unie is als regel uitsluitend het voor consumptie bedoelde spiervlees beschikbaar. Het systematisch onderzoek van dit materiaal heeft tot op heden slechts zeer beperkt plaatsgevonden waardoor gegevens over de blootstelling van de consument nauwelijks beschikbaar zijn. Dit rapport beschrijft de resultaten van onderzoek van ca. 300 monsters rund- en varkensvlees op lichaamseigen en lichaamsvreemde hormonen. Geen van de lichaamsvreemde hormonen waarop onderzoek is verricht werd aangetroffen. In zes monsters varkensvlees werden nortestosteron en boldenon aangetroffen. De aanwezigheid van deze hormonen betekent dat ook vlees van beren (niet gecastreerde mannelijke varkens) wordt geexporteerd. In een monster rundvlees overschreed het gehalte aan 17beta-oestradiol de voorlopige grenswaarde van 0,1 microg/kg

Hormones in imported meat. An evaluation of recent data on levels of natural hormones

Consumptie van vlees, geimporteerd uit Zuid-Amerika, met name Argentinie en Brazilie, leidt niet tot inname van lichaamsvreemde hormonen. Bovendien zijn er geen aanwijzingen voor inname van verhoogde hoeveelheden lichaamseigen hormonen. Onderzoek naar het illegaal gebruik van groeibevorderende stoffen vindt binnen de Europese Unie plaats in het kader van Nationale residu controleprogramma's, uitgevoerd in het kader van Europese regelgeving. Zulk onderzoek vindt plaats zowel gedurende de boerderijfase als ten tijde van de slacht. Veelal richt dit onderzoek zich op excreta zoals urine of mest, of op orgaanvlees. Bij import van buiten de Europese Unie is als regel uitsluitend het voor consumptie bedoelde spiervlees beschikbaar. Het systematisch onderzoek van dit materiaal heeft tot op heden slechts zeer beperkt plaatsgevonden waardoor gegevens over de blootstelling van de consument nauwelijks beschikbaar zijn. Dit rapport beschrijft de resultaten van onderzoek van ca. 300 monsters rund- en varkensvlees op lichaamseigen en lichaamsvreemde hormonen. Geen van de lichaamsvreemde hormonen waarop onderzoek is verricht werd aangetroffen. In zes monsters varkensvlees werden nortestosteron en boldenon aangetroffen. De aanwezigheid van deze hormonen betekent dat ook vlees van beren (niet gecastreerde mannelijke varkens) wordt geexporteerd. In een monster rundvlees overschreed het gehalte aan 17beta-oestradiol de voorlopige grenswaarde van 0,1 microg/kg.Consumption of meat imported from South America, mainly Argentina and Brazil, does not result in the intake of exogenous hormones. In addition, there are no indications for the intake of elevated amounts of endogenous (natural) hormones. Testing for the illegal use of growth promoting compounds within the European Union is conducted within the framework of national residue control programmes, based on European legislation. Such testing takes place "on farm" and after slaughter. Most of the tests are conducted on excreta like urine and manure and on organ tissues. However, in case of import only the muscle tissue intended for consumption is available. Systematic testing of this material, however, has been very limited. Consequently limited information on the actual intake by consumers is available. This report describes the results of the analyses of approximately 300 samples of bovine and porcine meat for the presence of xenobiotic and endogenous hormones. None of the xenobiotic hormones analyzed for was detected in these analyses. In six samples of pork meat nortestosterone and boldenone were detected. The presence of these hormones indicates that boar meat was exported too. In one sample the level of 17beta-oestradiol exceeded the provisional reference value of 0.1 microg/kg.VW