Acorn: A grid computing system for constraint based modeling and visualization of the genome scale metabolic reaction networks via a web interface

Constraint-based approaches facilitate the prediction of cellular metabolic capabilities, based, in turn on predictions of the repertoire of enzymes encoded in the genome. Recently, genome annotations have been used to reconstruct genome scale metabolic reaction networks for numerous species, including Homo sapiens, which allow simulations that provide valuable insights into topics, including predictions of gene essentiality of pathogens, interpretation of genetic polymorphism in metabolic disease syndromes and suggestions for novel approaches to microbial metabolic engineering. These constraint-based simulations are being integrated with the functional genomics portals, an activity that requires efficient implementation of the constraint-based simulations in the web-based environment

The guidebook to effective prevention of youth problems : guidelines for local authorities and practitioners based on the results of scientific research

Podjęta w publikacji problematyka profilaktyki zachowań ryzykownych stanowi ważny element toczącego się współcześnie dyskursu nad jakością i efektywnością działań profilaktycznych. Ważność tego opracowania ma dwojaki wymiar. Z jednej strony stanowi istotny merytoryczny wkład w powyżej wspomnianą dyskusję, z drugiej dostarcza cennego materiału do analiz trendów występujących w zachowaniach dysfunkcjonalnych młodzieży. Dotychczas tak sprofilowanego opracowania na temat profilaktyki w Polsce nie było. Jego niewątpliwym atutem są propozycje działań profilaktycznych opartych na diagnozie i myśleniu systemowym. Publikacja wpisuje się w nurt profilaktyki opartej na akcentowaniu wczesnej interwencji i czynnikach chroniących jako predyktorach skuteczności działań profilaktycznych ( z recenzji publikacji). Fundamentem leżącym u podstaw Vademecum są wieloletnie doświadczenia badawcze i praktyczne zespołu autorów, na co dzień pracujących z młodzieżą, rodzicami, nauczycielami i samorządowcami, szukających sposobów na zwiększenie skuteczności działań profilaktycznych w pracy z młodzieżą. Prowadzących szeroko zakrojone badania nad młodzieżą, tworzących programy profilaktyczne, a następnie wdrażających je w bezpośredniej współpracy ze szkołami i samorządem terytorialnym we wszystkich regionach Polski

Vademecum skutecznej profilaktyki problemów młodzieży : przewodnik dla samorządowców i praktyków oparty na wynikach badań naukowych

The book presents the findings from the extensive survey of youth behavior, emphasizing the role of protective factors and risk factors in youth's problem behaviors. In interpreting the results and providing condrete guidelines for effective prevention, the authors draw on their substantial first-hand knowledge and experience in running prevention programs for schools

Ocena funkcji barku u pacjentek po 50 r.ż. z objawem łopatki skrzydlatej, oraz bez tej dysfunkcji, leczonych z powodu raka piersi. Badanie przekrojowe = Assessment of shoulder function in patients 50 years of age treated for breast cancer. Cross-sectional study

Włoch Anna, Ridan Tomasz, Opuchlik Anna, Widłak Patrycja, Kamińska‑Gwóźdź Ewelina, Krupnik Szymon. Ocena funkcji barku u pacjentek po 50 r.ż. z objawem łopatki skrzydlatej, oraz bez tej dysfunkcji, leczonych z powodu raka piersi. Badanie przekrojowe = Assessment of shoulder function in patients 50 years of age treated for breast cancer. Cross-sectional study. Journal of Education, Health and Sport. 2016;6(2):190-199. eISSN 2391-8306. DOI http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.46409 http://ojs.ukw.edu.pl/index.php/johs/article/view/3388 https://pbn.nauka.gov.pl/works/716361 The journal has had 7 points in Ministry of Science and Higher Education parametric evaluation. Part B item 755 (23.12.2015). 755 Journal of Education, Health and Sport eISSN 2391-8306 7 © The Author (s) 2016; This article is published with open access at Licensee Open Journal Systems of Kazimierz Wielki University in Bydgoszcz, Poland Open Access. This article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Noncommercial License which permits any noncommercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author(s) and source are credited. This is an open access article licensed under the terms of the Creative Commons Attribution Non Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/) which permits unrestricted, non commercial use, distribution and reproduction in any medium, provided the work is properly cited. This is an open access article licensed under the terms of the Creative Commons Attribution Non Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/) which permits unrestricted, non commercial use, distribution and reproduction in any medium, provided the work is properly cited. The authors declare that there is no conflict of interests regarding the publication of this paper. Received: 05.01.2016. Revised 12.02.2016. Accepted: 21.02.2016. Praca oryginalna The original work Ocena funkcji barku u pacjentek po 50 r.ż. z objawem łopatki skrzydlatej, oraz bez tej dysfunkcji, leczonych z powodu raka piersi. Badanie przekrojowe Assessment of shoulder function in patients 50 years of age treated for breast cancer. Cross-sectional study Włoch Anna1,2, Ridan Tomasz3, Opuchlik Anna1,4, Widłak Patrycja5, Kamińska‑Gwóźdź Ewelina2, Krupnik Szymon6 1Świętokrzyskie Centrum Onkologii, Zakład Rehabilitacji, Kielce 2Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach, Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu, Instytut Fizjoterapii 3Akademia Wychowania Fizycznego w Krakowie, Wydział Rehabilitacji Ruchowej, Katedra Fizjoterapii, Zakład Kinezyterapii 4Wszechnica Świętokrzyska w Kielcach Zdrowiu, Wydział Wychowania Fizycznego i Turystyki, Katedra Fizjoterapii 5Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Klinika Rehabilitacji i Medycyny Fizykalnej 6Akademia Wychowania Fizycznego w Krakowie, Wydział Rehabilitacji Ruchowej, Studia Doktoranckie Wloch Anna1,2, Ridan Tomasz3, Opuchlik Anna1,4, Widlak Patrycja5, Kaminska‑Gwozdz Ewelina2, Krupnik Szymon6 ¹ Holy Cross Cancer Center, Rehabilitation Department, Kielce, Poland 2 Jan Kochanowski University in Kielce, Medicine and Health Science Department, Poland 3 University School of Physical Education, Department of Physical Rehabilitation, Al. Jana Pawła II 78, PL-31-571 Krakow, Poland 4 Holy Cross University in Kielce, Department of Physical Education and Tourism, Poland 5 Medical University of Lodz, Clinic of Rehabilitation and Physical Medicine, Poland 6 University School of Physical Education, Department of Sport, Al. Jana Pawła II 78, PL-31-571 Krakow, Poland Adres do korespondencji: dr n med. Włoch Anna Świętokrzyskie Centrum Onkologii, Zakład Rehabilitacji. Artwińskiego 3, 25-734 Kielce Tel/Fax. 41 367 4168 Email: [email protected] Słowa kluczowe: rak piersi, zakres ruchomości, bark, siła mięśniowa, łopatka skrzydlata, starsi dorośli. Key words: breast cancer, range of motion, shoulder, strength, winged scapula, older adults. Wprowadzenie i cel pracy: Około 70 tysięcy kobiet w Polsce, żyje z co najmniej pięcioletnią,zdiagnozowaną chorobą nowotworową piersi.Od 40 do 60 % badanych, 12 miesięcy po leczeniu operacyjnym oraz uzupełniającym,posiada przynajmniej jeden problem funkcjonalny barku, który może wynikać z współwystępowania łopatki skrzydlatej.Celem badania była ocena funkcji barku w ruchach wykonywanych w stawie ramienno-łopatkowym oraz barkowym (u pacjentek z grupy wiekowej 50-59 lat z objawem łopatki skrzydlatej po lewej stronie ciała,która została objęta zabiegiem chirurgicznym. Materiał i Metody: Materiał zebrano w Zakładzie Rehabilitacji Świętokrzyskiego Centrum Onkologii w Kielcach. Kryteria włączenia (wiek, płeć, leczenie w Świętokrzyskim Centrum Onkologii, >2 lata od zabiegu), spełniło 32 pacjentki po 50. roku życia.Goniometrem wykonano pomiar zakresu ruchomości w stawie ramienno-łopatkowym,antropomentrem zbadano zakres ruchomości barku.Dynamometrem zbadano siłę wybranych grup mm. barku podczas unoszenia, wysuwania do przodu oraz cofania. Wyniki: Ruchomość stawu ramienno-łopatkowego po mastektomii lewej piersi,była istotnie statystycznie ograniczona w ruchach zgięcia(9°),wyprostu pionowego(5°), odwodzenia(8,2°),rotacji wewnętrznej(3,4°) oraz rotacji zewnętrznej(10,9°) w porównaniu do strony zdrowej u tych samych pacjentek. Siła mięśniowa w wybranych grupach mięśni barku różniła się istotnie statystycznie pomiędzy kończyną górną objętą mastektomią z objawem skrzydlatej a kończyną zdrową tych samych pacjentek. Wnioski Ruchomość stawu ramienno-łopatkowego,u pacjentek w grupie 50-59 lat po mastektomii z objawem łopatki skrzydlatej różni się wartością zgięcia w porównaniu do pacjentek po mastektomii bez tego objawu. Siła mięśniowa w wybranych ruchach barku nie różni się pomiędzy pacjentkami po mastektomii z objawem łopatki skrzydlatej,a badanymi po mastektomii bez tego objawu. Introduction and purpose: Approximately 70,000 women in Poland, lives with at least five years, diagnosed with breast cancer. 40 to 60% of the respondents, 12 months after surgery and adjuvant therapy, has at least one functional problem of the shoulder, which may result from the co-existence winged scapula. Aim of the study was to evaluate the function and range of motion of the shoulder (in patients from the age group 50-59 years, symptom winged shoulder on the left side of the body, which has been acquired surgery). Material and Methods: The material collected in the Department of Rehabilitation Holy Cross Cancer Center in Kielce. Inclusion criteria (age, sex, treatment at Holy Cross Cancer Center > 2 years after surgery), met 32 patients over 50 years of age. Goniometric assessment made to measure range of motion in the joint, Anthropometric examined the range of motion of the shoulder. Dynamometer was used to assess the strength of selected muscle groups while lifting, protract and retract of the shoulder. Results: The mobility of glenohumeral and scapular joint on the left breast mastectomy was significantly restricted in the movements of flexion (9°), vertical extension (5°), abduction (8.2°), internal rotation (3.4°) and external rotation (10.9°) compared to the healthy side in the same patients. Muscle strength in selected groups of shoulder muscles differed significantly between the upper limb covered mastectomy with symptom winged scapula and healthy limb of the same patients. Conclusion 1. Mobility of the shoulder patients in the group of 50-59 years after mastectomy symptom winged blades vary the value of bending compared to patients after mastectomy without this symptom. 2. The strength of muscle movements in the selected shoulder does not differ between patients after mastectomy symptom winged blade, and tested after mastectomy without symptoms

Comparison of protein–DNA contacts observed for the and IR-1 ds oligonucleotides bound by the UspDBD/EcRDBD heterocomplex

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain"</p><p></p><p>Nucleic Acids Research 2007;35(8):2705-2718.</p><p>Published online 10 Apr 2007</p><p>PMCID:PMC1885670.</p><p>© 2007 The Author(s)</p> The crystallographic data obtained here for the UspDBD/EcRDBD- complex and published previously for the UspDBD/EcRDBD-IR-1 complex (PDB accession code 1R0O) () were analyzed in order to identify protein–DNA interactions. The DNA double helices are unwrapped to show schematically the base pairs and the respective contacts in the upstream (beige) and downstream (gold) half-sites of the and IR-1 elements. Gray circles represent phosphodiester groups, black circles are ordered water molecules that mediate protein-DNA contacts. Amino acid residues that contact the DNA using side chains are shown as red (EcRDBD) or blue (UspDBD) ovals. Asterisks denote residues which assume two well-defined conformations. Red solid lines indicate direct or water-mediated specific hydrogen bonding to base pairs. Blue dashed lines indicate hydrogen bonds to sugar-phosphate backbone

CTE of the EcRDBD folds into an α-helix which is part of the EcR-specific element supporting DNA-binding

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain"</p><p></p><p>Nucleic Acids Research 2007;35(8):2705-2718.</p><p>Published online 10 Apr 2007</p><p>PMCID:PMC1885670.</p><p>© 2007 The Author(s)</p> () Secondary structure predictions of and A-box segments. The predictions were performed using the GORIV, PROF and PSIPRED algorithms available at the ExPASy Proteomics Server (). The predicted α-helices are depicted as cylinders. The seven-residue segment forming the short α-helix in the CTE A-box of the EcRDBD, observed in the present crystal structure, is boxed with broken line. The average confidence score values of the GORIV algorithm for the residues forming a potential α-helix within the and A-box segments are 736 and 661, respectively. The PROF algorithm gives a prediction and a confidence value between 0 and 1 for each position in the amino acid sequence. The average confidence values for the and sequences are 0.68 and 0.53, respectively. The PSIPRED algorithm gives a confidence value between 0 and 9. The average confidence scores for the and are 5.1 and 4.8, respectively. () Superposition of the corresponding Cα atoms of the TR (PDB accession code 2NLL) (), VDR (PDB accession code 1KB4) (), LRH-1 (PDB accession code 2A66) (), Rev-ERBα (PDB accession code 1A6Y) (), NGFI-B (PDB accession code 1CIT) () and EcRDBD (from the present UspDBD/EcRDBD- complex) proteins complexed to DNA. () A detailed view of the CTEs and DNA shown in (). C and N denote C- and N-termini of respective DBDs

Evaluation of the crystallographic data indicates bending in and IR-1 elements

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain"</p><p></p><p>Nucleic Acids Research 2007;35(8):2705-2718.</p><p>Published online 10 Apr 2007</p><p>PMCID:PMC1885670.</p><p>© 2007 The Author(s)</p> () The ds oligonucleotides used in the crystallographic analysis of the UspDBD/EcRDBD heterodimer complexed with the IR-1 and response elements. The sequences of the response elements are shown in frames, and ovals represent localization of the respective DBDs. Models and parameters of the DNA molecules were generated using the 3DNA software (), data from this study and the atomic coordinate file of the UspDBD/EcRDBD-IR-1 structure (1R0O) (). DNA base pairs are shown as rectangular blocks, and the idealized helical axis based on the axis computed by the 3DNA software (dotted line) is shown in black. () The minor and major grove widths of the (solid line) and IR-1 (broken line) ds oligonucleotides. Only the heptameric half-sites are shown. The values were derived using the 3DNA software. The solid black line represent standard values for B-DNA

Four amino acids (R26, Q54, R51 and R67) of the EcRDBD assume two well-defined conformations in the UspDBD/EcRDBD complex bound to the element

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain"</p><p></p><p>Nucleic Acids Research 2007;35(8):2705-2718.</p><p>Published online 10 Apr 2007</p><p>PMCID:PMC1885670.</p><p>© 2007 The Author(s)</p> The R26 residue is from the DNA-recognition α-helix. One of the R26 conformers makes contact with the phosphate backbone, whereas the second conformer, related to that observed in the IR-1 DNA complex, is not involved in any interactions (). R51 is one of the residues forming the DBDs interface (). One R51 conformer interacts with residue N51 of the UspDBD () and simultaneously forms a direct contact with the A/T base-pair (). The second R51 conformer forms direct and water-mediated contacts with UspDBD (). Hydrogen bonds in the stereodiagrams (A-D) are indicated as black dotted lines. Water molecules are shown as red spheres. For more details concerning other residues see text. The 2Fo-Fc electron density maps shown for selected side chains of the present UspDBD/EcRDBD- complex have been contoured at the 1.0 σ level