One Fish, Two Fish and other stories

Honors (Bachelor's)Creative Writing and LiteratureUniversity of Michiganhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/98903/1/paguro.pd

Cysteine-Rich Secretory Protein-3 (CRISP3) Is Strongly Up-Regulated in Prostate Carcinomas with the TMPRSS2-ERG Fusion Gene

A large percentage of prostate cancers harbor TMPRSS2-ERG gene fusions, leading to aberrant overexpression of the transcription factor ERG. The target genes deregulated by this rearrangement, however, remain mostly unknown. To address this subject we performed genome-wide mRNA expression analysis on 6 non-malignant prostate samples and 24 prostate carcinomas with (n = 16) and without (n = 8) TMPRSS2-ERG fusion as determined by FISH. The top-most differentially expressed genes and their associations with ERG over-expression were technically validated by quantitative real-time PCR and biologically validated in an independent series of 200 prostate carcinomas. Several genes encoding metabolic enzymes or extracellular/transmembrane proteins involved in cell adhesion, matrix remodeling and signal transduction pathways were found to be co-expressed with ERG. Within those significantly over-expressed in fusion-positive carcinomas, CRISP3 showed more than a 50-fold increase when compared to fusion-negative carcinomas, whose expression levels were in turn similar to that of non-malignant samples. In the independent validation series, ERG and CRISP3 mRNA levels were strongly correlated (rs = 0.65, p<0.001) and both were associated with pT3 disease staging. Furthermore, immunohistochemistry results showed CRISP3 protein overexpression in 63% of the carcinomas and chromatin immunoprecipitation with an anti-ERG antibody showed that CRISP3 is a direct target of the transcription factor ERG. We conclude that ERG rearrangement is associated with significant expression alterations in genes involved in critical cellular pathways that define a subset of locally advanced PCa. In particular, we show that CRISP3 is a direct target of ERG that is strongly overexpressed in PCa with the TMPRSS2-ERG fusion gene

Colorectal carcinomas with microsatellite instability display a different pattern of target gene mutations according to large bowel site of origin

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Only a few studies have addressed the molecular pathways specifically involved in carcinogenesis of the distal colon and rectum. We aimed to identify potential differences among genetic alterations in distal colon and rectal carcinomas as compared to cancers arising elsewhere in the large bowel.</p> <p>Methods</p> <p>Constitutional and tumor DNA from a test series of 37 patients with rectal and 25 patients with sigmoid carcinomas, previously analyzed for microsatellite instability (MSI), was studied for <it>BAX</it>, <it>IGF2R</it>, <it>TGFBR2</it>, <it>MSH3</it>, and <it>MSH6 </it>microsatellite sequence alterations, <it>BRAF </it>and <it>KRAS </it>mutations, and <it>MLH1 </it>promoter methylation. The findings were then compared with those of an independent validation series consisting of 36 MSI-H carcinomas with origin from each of the large bowel regions. Immunohistochemical and germline mutation analyses of the mismatch repair system were performed when appropriate.</p> <p>Results</p> <p>In the test series, <it>IGFR2 </it>and <it>BAX </it>mutations were present in one and two out of the six distal MSI-H carcinomas, respectively, and no mutations were detected in <it>TGFBR2</it>, <it>MSH3</it>, and <it>MSH6</it>. We confirmed these findings in the validation series, with <it>TGFBR2 </it>and <it>MSH3 </it>microsatellite mutations occurring less frequently in MSI-H rectal and sigmoid carcinomas than in MSI-H colon carcinomas elsewhere (<it>P </it>= 0.00005 and <it>P </it>= 0.0000005, respectively, when considering all MSI-carcinomas of both series). No <it>MLH1 </it>promoter methylation was observed in the MSI-H rectal and sigmoid carcinomas of both series, as compared to 53% found in MSI-H carcinomas from other locations (<it>P </it>= 0.004). <it>KRAS </it>and <it>BRAF </it>mutational frequencies were 19% and 43% in proximal carcinomas and 25% and 17% in rectal/sigmoid carcinomas, respectively.</p> <p>Conclusion</p> <p>The mechanism and the pattern of genetic changes driving MSI-H carcinogenesis in distal colon and rectum appears to differ from that occurring elsewhere in the colon and further investigation is warranted both in patients with sporadic or hereditary disease.</p

Perspectives on personalised food

publishedVersio

Investigating the potential for a commercial fishery in the Northeast Atlantic utilizing mesopelagic species

During three cruises in the Mid Atlantic Ridge area in 2016 and 2017, we studied the biomass of mesopelagic fish and its potential as a source of protein and oil for animal feed and human consumption. We collected samples of mesopelagic species down to a depth of 600 m, studied fish behaviour, identified and quantified the species composition of the catches, analysed the chemical composition of the catch samples, and evaluated the presence of unwanted substances. Results showed that Maurolicus muelleri (Mueller’s pearlside) and Benthosema glaciale (Glacier lantern fish) were the most abundant fish species in our samples and catches containing 80% fish can be a good source of protein and marine lipids including eicosapentaenoic acid (C20:5n3) and docosahexaenoic acid (C22:6n3). Unwanted substances, except for Cd and As, were present at levels far lower than the limits set by European Union regulations. However, our experiments identified challenges that may limit the efficiency of commercial operations in the Northeast Atlantic. Combined real-time optical and/or multifrequency acoustic systems will be needed to improve species identification and ensure cost-effective fishing operations. Also, selective trawls that target only fish and release unwanted species are needed to secure high-quality oils and proteins.publishedVersio

Sluttrapport VårMat.- VårMat - strategisk satsing på persontilpasset mat 2018-2020

Dette er sluttrapporten for VårMat-satsingen i Nofima - en intern strategisk satsing på persontilpassing av mat, som har gått i perioden 2018 til 2020. Målet for satsingen var å samordne, videreutvikle og øke Nofimas samlede kunnskap om persontilpassing av mat, og gjøre Nofima til en foretrukket kompetanseleverandør og samarbeidspartner for beslutningstagere, organisasjoner og matindustri i Norge og internasjonalt innen feltet. Persontilpassing av mat har etablert seg som et viktig forskningsfelt internasjonalt, og også som en stor mattrend de senere årene, noe som gjør kompetansefeltet høyaktuelt. Deler av norsk matbransje har historisk hatt et tradisjonelt fokus, men internasjonalt ser man nå raske og store endringer i forbrukerpreferanser og matproduksjon, noe som øker viktigheten av og etterspørselen etter tidsrelevant kunnskap. Satsingen har hatt god måloppnåelse for perioden. VårMat har ført til tettere samarbeid på tvers av prosjekter, divisjoner og lokaliteter i Nofima. Aktiviteter innen persontilpassing av mat har i tillegg hatt ringvirkninger og ført til økt samarbeid i andre prosjekter. På kort tid har satsingen vært involvert i mange prosjekter og søknader (se avsnitt 3.2.5). Nofimas samlede kunnskap innen persontilpassing av mat i Nofima er dessuten synliggjort eksternt gjennom økt kommunikasjonsvirksomhet i perioden 2018–2020. En oppsummering gir 29 vitenskapelige artikler (under utarbeiding eller publisert), 29 vitenskapelige postere og foredrag, 39 andre presentasjoner og minst 74 populærvitenskapelige artikler og medieoppslag, samt mye direkte næringslivskontakt. I tillegg kan 1 BSc-, 13 MSc- og 3 doktorgradsstudenter knyttes til VårMat-satsingen. Satsingen har allerede etter kort tid vist seg økonomisk og faglig vellykket da det i 2020 ble innvilget to JPI-prosjekter til Nofima med de ypperste europeiske fagmiljøene. Disse prosjektene har en økonomisk ramme til Nofima på 5,5 mill over tre år, og Nofima er koordinator på det ene prosjektet. Nofimas satsing på persontilpasset mat har vært grunnleggende for at prosjektene har fått den faglige tyngden som kreves for å få innvilget slike prosjekter. Arbeidsgruppen anbefaler at Nofima opprettholder sin tverrfaglige satsing på området persontilpasset mat. Dette vil sikre kontinuitet, videreføring og utvikling innen aktivitetene rundt persontilpassing av mat, med mål om å befeste Nofimas sterke rolle innen persontilpasset mat i Norge og i Europa

Final Report VårMat. VårMat – strategic research program on personalised food 2018-2020

Dette er sluttrapporten for VårMat-satsingen i Nofima - en intern strategisk satsing på persontilpassing av mat, som har gått i perioden 2018 til 2020. Målet for satsingen var å samordne, videreutvikle og øke Nofimas samlede kunnskap om persontilpassing av mat, og gjøre Nofima til en foretrukket kompetanseleverandør og samarbeidspartner for beslutningstagere, organisasjoner og matindustri i Norge og internasjonalt innen feltet. Persontilpassing av mat har etablert seg som et viktig forskningsfelt internasjonalt, og også som en stor mattrend de senere årene, noe som gjør kompetansefeltet høyaktuelt. Deler av norsk matbransje har historisk hatt et tradisjonelt fokus, men internasjonalt ser man nå raske og store endringer i forbrukerpreferanser og matproduksjon, noe som øker viktigheten av og etterspørselen etter tidsrelevant kunnskap. Satsingen har hatt god måloppnåelse for perioden. VårMat har ført til tettere samarbeid på tvers av prosjekter, divisjoner og lokaliteter i Nofima. Aktiviteter innen persontilpassing av mat har i tillegg hatt ringvirkninger og ført til økt samarbeid i andre prosjekter. På kort tid har satsingen vært involvert i mange prosjekter og søknader (se avsnitt 3.2.5). Nofimas samlede kunnskap innen persontilpassing av mat i Nofima er dessuten synliggjort eksternt gjennom økt kommunikasjonsvirksomhet i perioden 2018–2020. En oppsummering gir 29 vitenskapelige artikler (under utarbeiding eller publisert), 29 vitenskapelige postere og foredrag, 39 andre presentasjoner og minst 74 populærvitenskapelige artikler og medieoppslag, samt mye direkte næringslivskontakt. I tillegg kan 1 BSc-, 13 MSc- og 3 doktorgradsstudenter knyttes til VårMat-satsingen. Satsingen har allerede etter kort tid vist seg økonomisk og faglig vellykket da det i 2020 ble innvilget to JPI-prosjekter til Nofima med de ypperste europeiske fagmiljøene. Disse prosjektene har en økonomisk ramme til Nofima på 5,5 mill over tre år, og Nofima er koordinator på det ene prosjektet. Nofimas satsing på persontilpasset mat har vært grunnleggende for at prosjektene har fått den faglige tyngden som kreves for å få innvilget slike prosjekter. Arbeidsgruppen anbefaler at Nofima opprettholder sin tverrfaglige satsing på området persontilpasset mat. Dette vil sikre kontinuitet, videreføring og utvikling innen aktivitetene rundt persontilpassing av mat, med mål om å befeste Nofimas sterke rolle innen persontilpasset mat i Norge og i Europa.This is the final report for the VårMat-program in Nofima, an internal strategic program on personalized food, 2018-2020. The aim of VårMat was to coordinate, develop and increase Nofima’s interdisciplinary knowledge in the field of personalized food, and to make Nofima a provider of knowledge and preferred collaboration partner in this field for authorities, organizations and food industry in Norway and internationally. Personalized food is now established both as a broad international research area and as a large global food trend, which makes knowledge in this field very relevant for Nofima in the years to come. Segments of the Norwegian food industry still operate with a traditional approach, but with the rapid ongoing changes in international food production and consumer preferences, the importance and demand for up-to-date knowledge is increasing. The program has delivered successfully in all areas. VårMat has led to closer collaboration across projects, divisions and locations in Nofima. The activities related to personalized food have also had larger impacts and led to further collaboration in other projects and settings (not related to personalized food). In a short period of time, VårMat has been involved in numerous new projects and applications (see paragraph 3.2.5). Nofimas collective knowledge in the field of personalized food has been demonstrated externally through increased communication efforts from 2018 to 2020. A survey counts 27 scientific papers (in writing or published), 29 scientific posters and conference presentations, 39 other presentations and at least 74 popular scientific papers and media reports, in addition to extensive direct contact with the industry. One BSc, 13 MSc and 3 PhD students have been supervised by Nofima employees in relation to the program. The program has in a very short time demonstrated its economic and scientific value through two recent JPI grants that were a direct result of VårMat. These projects’ economic contribution to Nofima are 5,5 mill NOK over three years, Nofima is coordinator of one and Wp-leader of the other project, both involving the top European scientific groups. The project group’s clear recommendation is to continue the coordinated work related to personalized food. This will further consolidate Nofima’s strong position in personalized food in Norway and in Europe.publishedVersio