Characteristics of epstein barr virus variants associated with gastric carcinoma in Southern Tunisia

<p>Abstract</p> <p>Backgroud</p> <p>EBV-associated Gastric Carcinoma (EBVaGC) has a distinct clinical features and its prevalence is variable worldwide.</p> <p>Results</p> <p>To determine the prevalence of EBVaGC in Tunisia, EBV-encoded small RNA (EBER) expression was assessed in 81 gastric carcinoma (GC) specimens. The nuclear EBER expression was detected in 12 out of 81 GC cases (14.81%) and concordance between the score range of EBER staining and the number of EBV DNA copies as estimate by QPCR is observed. On the other hand, we found that EBVaGC strongly correlated with age at diagnosis, and weakly with tumor differentiation and venous invasion.</p> <p>Furthermore, the EBVaGC specimens were subjected to determine the EBV DNA polymorphisms. Our results show a unique genetic profile of the EBV strains regarding the A and D types, the F prototype, the retention of <it>Xho</it>I restriction site and the 30 bp del-LMP1 variant. <b><it>According to our previous studies on nasopharyngeal carcinoma (NPC), we suggested that EBV strains associated to GC and NPC shared some similarities in Tunisian patients</it>.</b></p> <p>Conclusion</p> <p>The prevalence of EBVaGC is of 14.81% in the southern Tunisia and that common EBV strain are associated with both NPC and GC which are likely to differ from Asian strains. Our findings support therefore a certain geographical distribution of EBV strains which is not restricted to EBV-associated malignancies.</p

Synthesis of multifunctional reagents and mycotoxin analogues. Application to the detection of mycotoxins in food solutions

Les mycotoxines sont des métabolites secondaires développées par différentes espèces de champignons. Elles sont présentes dans l’environnement et peuvent entrer dans la chaîne alimentaire, et provoquer des intoxications graves. De ce fait, des doses tolérables pour chaque mycotoxine ont été fixées par l’Organisation Mondiale de Santé. Une quantité infime de ces toxines peut contaminer l’ensemble de la chaîne alimentaire, il est donc nécessaire de mettre au point des méthodes de détection fines et sensibles des toxines résiduelles. Il existe des techniques de laboratoire longues et coûteuses pour détecter la présence de ces composés mais ces techniques ne sont pas à la portée des petits producteurs et difficilement exportable hors des laboratoires de recherche. Afin de mieux satisfaire les besoins du marché agroalimentaire, ce projet de thèse a eu pour but de développer un immunocapteur microfluidique pour la détection des mycotoxines (Aflatoxine B1 et Patuline) basé sur le phénomène de transfert d’énergie par résonance de fluorescence (FRET). Ce dispositif « OFF-ON » repose sur la Méthode SPIT-FRI. L’outil se compose d’un réactif hétérotrifonctionnel « tripode » portant trois fonctions orthogonales entre elles (oxyamine, azoture et thiol). Cette molécule est localisée sur une surface d’or par sa fonction thiol par la méthode SAM. Les deux autres fonctions oxyamine et azoture ont servi respectivement pour le greffage d’un fluorophore jouant le rôle d’un donneur d’énergie et un analogue de mycotoxine. Ce dernier permet d’accrocher un anticorps spécifique anti-analyte marqué par un quencher (Accepteur d’énergie) adéquat au fluorophore. De ce fait, le phénomène de FRET entre ces deux partenaires s’opère. En présence de l’analyte introduit en flux, la forte affinité entre l’analyte par l’anticorps marqué permet une bioreconnaissance entre eux, ce qui a pour conséquence le déplacement de celui-ci. L’éloignement de l’anticorps et de son quencher permet le rétablissement du signal de fluorescence. D’où, une bioreconnaissance de l’analyte par l’anticorps marqué a lieu, ce qui a pour conséquence le déplacement de celui-ci. L’éloignement de l’anticorps et de son quencher permet le rétablissement du signal de fluorescence « ON ».Mycotoxins are substances naturally produced by microscopic fungal species. Contamination of human food by such mycotoxins can lead to serious health problems. That's why, the World Health Organization recommended to control the mycotoxin concentration in food. Mycotoxins are detected by various conventional analytical methods. Even if these techniques are efficient, they are frequently expensive and time consuming. The purpose of our present work is to develop a novel immunofluorescence-based device to detect mycotoxins (Aflatoxin B1 and Patulin as proofs of concept). We aim to have a simple and accessible biosensor based as a competitive immunoassay for continuous flow detection involving a fluorescence resonance energy transfer (FRET). The procedure is based on SPIT-FRI method which can be used in different environments. Thus, my PhD work focused on the synthesis of heterotrifunctional crosslinkers « tripods », containing three different orthogonal groups (aminooxy, azido and thiol). This crosslinker is attached on a gold surface through the thiol functional group by self assembly monolayer adsorption (SAM). The aminooxy and azido functional groups are respectively used to graft a fluorophore as a donor energy D and a mycotoxin analog which structurally close to the target (respectively Aflatoxin B2 or Patulin ). The latter will be recognized by a specific antibodies equipped with the appropriate quencher (Acceptor) to enhance the FRET efficiency. Once the antibody bounds to the toxin analogue, the fluorescence in turned « OFF » through Fluorescence Resonance Emission Transfer (FRET). The detection of toxins on flow is based on a competetion immunoassay between the toxin and its analogue. The strong affinity of immobilized antibodies with toxins in food samples leads an interaction between them and will displace the antibody/quencher from the solid phase, and thus turn the fluorescence « ON »

Development of miniaturized fluoescene-based device for mycotoxin detection

National audienc

Synthèse de réactifs multifonctionnels et d'analogues de mycotoxine. Application à la détection de mycotoxines dans des solutions alimentaires.

Mycotoxins are substances naturally produced by microscopic fungal species. Contamination of human food by such mycotoxins can lead to serious health problems. That's why, the World Health Organization recommended to control the mycotoxin concentration in food. Mycotoxins are detected by various conventional analytical methods. Even if these techniques are efficient, they are frequently expensive and time consuming. The purpose of our present work is to develop a novel immunofluorescence-based device to detect mycotoxins (Aflatoxin B1 and Patulin as proofs of concept). We aim to have a simple and accessible biosensor based as a competitive immunoassay for continuous flow detection involving a fluorescence resonance energy transfer (FRET). The procedure is based on SPIT-FRI method which can be used in different environments. Thus, my PhD work focused on the synthesis of heterotrifunctional crosslinkers « tripods », containing three different orthogonal groups (aminooxy, azido and thiol). This crosslinker is attached on a gold surface through the thiol functional group by self assembly monolayer adsorption (SAM). The aminooxy and azido functional groups are respectively used to graft a fluorophore as a donor energy D and a mycotoxin analog which structurally close to the target (respectively Aflatoxin B2 or Patulin ). The latter will be recognized by a specific antibodies equipped with the appropriate quencher (Acceptor) to enhance the FRET efficiency. Once the antibody bounds to the toxin analogue, the fluorescence in turned « OFF » through Fluorescence Resonance Emission Transfer (FRET). The detection of toxins on flow is based on a competetion immunoassay between the toxin and its analogue. The strong affinity of immobilized antibodies with toxins in food samples leads an interaction between them and will displace the antibody/quencher from the solid phase, and thus turn the fluorescence « ON ».Les mycotoxines sont des métabolites secondaires développées par différentes espèces de champignons. Elles sont présentes dans l’environnement et peuvent entrer dans la chaîne alimentaire, et provoquer des intoxications graves. De ce fait, des doses tolérables pour chaque mycotoxine ont été fixées par l’Organisation Mondiale de Santé. Une quantité infime de ces toxines peut contaminer l’ensemble de la chaîne alimentaire, il est donc nécessaire de mettre au point des méthodes de détection fines et sensibles des toxines résiduelles. Il existe des techniques de laboratoire longues et coûteuses pour détecter la présence de ces composés mais ces techniques ne sont pas à la portée des petits producteurs et difficilement exportable hors des laboratoires de recherche. Afin de mieux satisfaire les besoins du marché agroalimentaire, ce projet de thèse a eu pour but de développer un immunocapteur microfluidique pour la détection des mycotoxines (Aflatoxine B1 et Patuline) basé sur le phénomène de transfert d’énergie par résonance de fluorescence (FRET). Ce dispositif « OFF-ON » repose sur la Méthode SPIT-FRI. L’outil se compose d’un réactif hétérotrifonctionnel « tripode » portant trois fonctions orthogonales entre elles (oxyamine, azoture et thiol). Cette molécule est localisée sur une surface d’or par sa fonction thiol par la méthode SAM. Les deux autres fonctions oxyamine et azoture ont servi respectivement pour le greffage d’un fluorophore jouant le rôle d’un donneur d’énergie et un analogue de mycotoxine. Ce dernier permet d’accrocher un anticorps spécifique anti-analyte marqué par un quencher (Accepteur d’énergie) adéquat au fluorophore. De ce fait, le phénomène de FRET entre ces deux partenaires s’opère. En présence de l’analyte introduit en flux, la forte affinité entre l’analyte par l’anticorps marqué permet une bioreconnaissance entre eux, ce qui a pour conséquence le déplacement de celui-ci. L’éloignement de l’anticorps et de son quencher permet le rétablissement du signal de fluorescence. D’où, une bioreconnaissance de l’analyte par l’anticorps marqué a lieu, ce qui a pour conséquence le déplacement de celui-ci. L’éloignement de l’anticorps et de son quencher permet le rétablissement du signal de fluorescence « ON »

Development of miniaturized fluoescence-based device for mycotoxin detection

International audienc

Antibiosis and bmyB Gene Presence As Prevalent Traits for the Selection of Efficient Bacillus Biocontrol Agents against Crown Gall Disease

This study aimed to improve the screening method for the selection of Bacillus biocontrol agents against crown gall disease. The relationship between the strain biocontrol ability and their in vitro studied traits was investigated to identify the most important factors to be considered for the selection of effective biocontrol agents. In fact, previous selection procedure relying only on in vitro antibacterial activity was shown to be not suitable in some cases. A direct plant-protection strategy was performed to screen the 32 Bacillus biocontrol agent candidates. Moreover, potential in vitro biocontrol traits were investigated including biofilm formation, motility, hemolytic activity, detection of lipopeptide biosynthetic genes (sfp, ituC and bmyB) and production of antibacterial compounds. The obtained results indicated high correlations of the efficiency of the biocontrol with the reduction of gall weight (p = 0.000) and the antibacterial activity in vitro (p = 0.000). Moreover, there was strong correlations of the efficiency of the biocontrol (p = 0.004) and the reduction in gall weight (p = 0.000) with the presence of the bmyB gene. This gene directs the synthesis of the lipopeptide bacillomycin belonging to the iturinic family of lipopeptides. These results were also confirmed by the two-way hierarchical cluster analysis and the correspondence analysis showing the relatedness of these four variables. According to the obtained results a new screening procedure of Bacillus biocontrol agents against crown gall disease could be advanced consisting on two step selection procedure. The first consists on selecting strains with high antibacterial activity in vitro or those harbouring the bmyB gene. Further selection has to be performed on tomato plants in vivo. Moreover, based on the results of the biocontrol assay, five potent strains exhibiting high biocontrol abilities were selected. They were identified as Bacillus subtilis or Bacillus amyloliquefaciens. These strains were found to produce either surfactin or surfactin and iturin lipopeptides. In conclusion, our study presented a new and effective method to evaluate the biocontrol ability of antagonistic Bacillus strains against crown gall disease that could increase the efficiency of screening method of biocontrol agents. Besides, the selected strains could be used as novel biocontrol agents against pathogenic Agrobacterium tumefaciens strains