Improving the statistical detection of regulated genes from microarray data using intensity-based variance estimation

BACKGROUND: Gene microarray technology provides the ability to study the regulation of thousands of genes simultaneously, but its potential is limited without an estimate of the statistical significance of the observed changes in gene expression. Due to the large number of genes being tested and the comparatively small number of array replicates (e.g., N = 3), standard statistical methods such as the Student's t-test fail to produce reliable results. Two other statistical approaches commonly used to improve significance estimates are a penalized t-test and a Z-test using intensity-dependent variance estimates. RESULTS: The performance of these approaches is compared using a dataset of 23 replicates, and a new implementation of the Z-test is introduced that pools together variance estimates of genes with similar minimum intensity. Significance estimates based on 3 replicate arrays are calculated using each statistical technique, and their accuracy is evaluated by comparing them to a reliable estimate based on the remaining 20 replicates. The reproducibility of each test statistic is evaluated by applying it to multiple, independent sets of 3 replicate arrays. Two implementations of a Z-test using intensity-dependent variance produce more reproducible results than two implementations of a penalized t-test. Furthermore, the minimum intensity-based Z-statistic demonstrates higher accuracy and higher or equal precision than all other statistical techniques tested. CONCLUSION: An intensity-based variance estimation technique provides one simple, effective approach that can improve p-value estimates for differentially regulated genes derived from replicated microarray datasets. Implementations of the Z-test algorithms are available at

A new in vitro model to evaluate differential responses of endothelial cells to simulated arterial shear stress wave forms.

In the circulation, flow-responsive endothelial cells (ECs

Functional Vascular Endothelium Derived from Human Induced Pluripotent Stem Cells

Summary Vascular endothelium is a dynamic cellular interface that displays a unique phenotypic plasticity. This plasticity is critical for vascular function and when dysregulated is pathogenic in several diseases. Human genotype-phenotype studies of endothelium are limited by the unavailability of patient-specific endothelial cells. To establish a cellular platform for studying endothelial biology, we have generated vascular endothelium from human induced pluripotent stem cells (iPSCs) exhibiting the rich functional phenotypic plasticity of mature primary vascular endothelium. These endothelial cells respond to diverse proinflammatory stimuli, adopting an activated phenotype including leukocyte adhesion molecule expression, cytokine production, and support for leukocyte transmigration. They maintain dynamic barrier properties responsive to multiple vascular permeability factors. Importantly, biomechanical or pharmacological stimuli can induce pathophysiologically relevant atheroprotective or atheroprone phenotypes. Our results demonstrate that iPSC-derived endothelium possesses a repertoire of functional phenotypic plasticity and is amenable to cell-based assays probing endothelial contributions to inflammatory and cardiovascular diseases

Valoración energética y diseño óptimo de impulsiones con caudal variable

[ES] En este trabajo se presenta una metodología para la valoración energética de estaciones de bombeo que abastecen caudales variables. El caudal impulsado se caracteriza como variable estocástica mediante su función de densidad. Dada la dificultad de conocer dicha función en la realidad cuando no existen aforadores, se deberá estimar mediante la adopción de hipótesis racionales. Las hipótesis de Clèment se han usado para caracterizar dicha función de densidad asociada al caudal distribuido en zonas regables a la demanda. Caracterizado el caudal, se determina el consumo energético a partir del conocimiento de las curvas características (altura-caudal y potencia-caudal) de cada uno de los impulsores. La metodología presentada permite la evaluación de cualquier sistema de bombeo teniendo en cuenta la variabilidad del caudal.López, R.; Reca Cardeña, J.; Camacho, E.; Roldán Cañas, J.; Alcaide García, M. (1995). Valoración energética y diseño óptimo de impulsiones con caudal variable. Ingeniería del Agua. 2(1):19-24. https://doi.org/10.4995/ia.1995.2653192421Clément, R. y Galand (1979) Irrigation par aspersion et réseaux collectifs de distribution sous pression. Editorial Eyrolles.Granados, A. (1990) Infraestructura de regadíos: redes colectivas de riego a presión (2a edición). E.T.S. de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos, Universidad Politécnica de Madrid.ITUR (1992) Catálogo comercial de bombas.López Luque, R. (1991) Optimización de sistemas de impulsión y distribución de agua para riego, Riegos y Drenajes XXI. 50:29-33.Mataix, C. (1975) Turbomáquinas hidráulicas. ICAI.Meyer, P.L. (1974) Introductory probability and statistical aplications. Addison-Wesley Publishing Company, Reading, Massachussets.Unidad Docente Mecánica de Fluidos (1992) Curso de ingeniería hidráulica aplicada a los sistemas de distribución de agua. Universidad Politécnica de Valencia

Estudio morfosintáctico, léxico, semántico y gramatical de los antropónimos originarios de los pobladores del distrito de Chinchero, provincia de Urubamba – Cusco

El presente estudio tiene como finalidad analizar los antropónimos de los pobladores distrito de Chinchero-Urubamba-Cusco desde el punto de vista morfosintáctico, léxico, semántico, gramatical y filiación lingüística. Así mismo, la investigación es de carácter descriptivo y explicativo, desarrollado a partir de la observación directa con los pobladores de las diferentes comunidades campesinas del distrito mencionado, para el corpus de la investigación se ha recurrido al padrón de los pobladores y a la nómina de matrícula de los estudiantes en las instituciones educativas. Los resultados nos muestran que según la filiación lingüística de los antropónimos el 93% son de procedencia quechua, un 4% proceden del aimara-quechua, el 1% proceden del aimara, quechua de los puquinas, quechua-español. Por otro lado, de acuerdo al análisis morfosintáctico de los antropónimos, el 52% están constituidos por monemas, el 46% por morfema lexical y el 2% constituido por morfemas gramaticales. De igual manera, en el análisis léxico-semántico de los antropónimos, el 52% presentan lexema simple, un 44% está constituido por un lexema quechua compuesto, el 2% conformado por un lexema quechua pluralizado, el 1% corresponde al lexema aimara simple y el otro 1% por un lexema aimara compuesto. Por último, en el análisis gramatical de los antropónimos, el 41% está constituido por sustantivos compuestos, el 8% por un adjetivo, el 2% por un verbo y solo el 1% por un adjetivo sustantivado, verbo sustantivado, así como un sustantivo y adjetivo respectivamente. En conclusión, la gran mayoría los antropónimos de los pobladores del distrito de Chinchero son autóctonos quechuas, así mismo son en su mayoría los antropónimos son monemas por cuanto son pertenecen a la categoría de sustantivo propio que funciona como lexema simple

Implementación de un Manual de Gestión Energética para Edificios Atendiendo las Necesidades Presentes y Futuras del Desempeño Energético

This research article was developed by implementing a manual for the improvement of energy performance in buildings seeking to reduce GHG emissions and thereby mitigate climate change, taking into account the current situation of the building located in the city of Puebla, Mexico. Determining their energy consumption by accounting for electronic equipment and asking the owners how long they are used, in the same way their carbon footprint was determined to serve as a parameter for the present and future of the building, they always seek to reduce it. With the data obtained through the implementation and the corresponding energy analysis, low or no-cost improvement proposals were determined before the building enters into operation.Este artículo de investigación se desarrolló al implementar un manual para la mejora del desempeño energético en edificios buscando reducir las emisiones de GEI y con esto mitigar el cambio climático, teniendo en cuenta la situación actual del edificio ubicado en la ciudad de Puebla, México. Determinando su consumo energético por medio de contabilizar los equipos electrónicos y preguntar a los dueños el tiempo que se usan los mismos, de igual manera se determinó su huella de carbono para que nos sirva como parámetro para el presente y futuro del edificio siempre buscan reducirla. Con los datos obtenidos por medio de la implementación y el análisis energético correspondiente se determinaron propuestas de mejora de bajo o nulo costo antes de que el edificio entre en operaciones. &nbsp

KLF2 Is a Novel Transcriptional Regulator of Endothelial Proinflammatory Activation

The vascular endothelium is a critical regulator of vascular function. Diverse stimuli such as proinflammatory cytokines and hemodynamic forces modulate endothelial phenotype and thereby impact on the development of vascular disease states. Therefore, identification of the regulatory factors that mediate the effects of these stimuli on endothelial function is of considerable interest. Transcriptional profiling studies identified the Kruppel-like factor (KLF)2 as being inhibited by the inflammatory cytokine interleukin-1β and induced by laminar shear stress in cultured human umbilical vein endothelial cells. Overexpression of KLF2 in umbilical vein endothelial cells robustly induced endothelial nitric oxide synthase expression and total enzymatic activity. In addition, KLF2 overexpression potently inhibited the induction of vascular cell adhesion molecule-1 and endothelial adhesion molecule E-selectin in response to various proinflammatory cytokines. Consistent with these observations, in vitro flow assays demonstrate that T cell attachment and rolling are markedly attenuated in endothelial monolayers transduced with KLF2. Finally, our studies implicate recruitment by KLF2 of the transcriptional coactivator cyclic AMP response element–binding protein (CBP/p300) as a unifying mechanism for these various effects. These data implicate KLF2 as a novel regulator of endothelial activation in response to proinflammatory stimuli

Fuentes naturales de drenaje ácido: cuenca del río Tambo (Puno-Moquegua)

La zona de estudio está ubicada entre los departamentos de Puno y Moguegua, abarca la subcuenca de Ichuña que comprende la parte alta de la cuenca del Río Tambo (Fig. 1). El presente trabajo se realizó en el marco del Proyecto: Estudio de Línea Base Geoambiental en la cuenca del Río Tambo. El objetivo del estudio radica en establecer la relación del PH de las aguas superficiales con los contenidos de Fe total de las rocas, con la finalidad de conocer las litologías que tienden a formar aguas ácidas.Para lo cual, se observó el comportamiento del Fe2O3 en la roca y en el agua. En este sentido, se realizó la caracterización litogeoquímica en base a unidades litológicas hipabisales (Ia), sedimentarias (IIa, IIb, IIc, IId, IIe, IIf), volcánicas, y volcano-sedimentarias (IIIa, IIIb, IIIc, IIId, IIIe, IIIf) y zonas de alteración (Va). Asimismo, se realizó la caracterización hidroquímica de acuerdo a los componentes mayoritarios de las aguas superficiales. Es así que, se observó que las zonas con presencia de sulfuros están relacionadas a mineralizaciones de alta y baja sulfuración y están restringidos al este de la subcuenca de Ichuña y al sur del poblado del mismo nombre, cuyas aguas ácidas se mantienen hasta en los drenajes de segundo orden (Ríos Itapallane, Crucero, San Antonio y Jachata). La vetas y brechas hidrotermales con presencia de sulfuros (Va) son las que contienen elevadas concentraciones de Fe (15-90 ppm) al igual que las areniscas cortadas por venillas de goethita y hematita (IIb, IId y IIe), pero en el primer caso los sulfuros en contacto con el oxígeno del aire y agua generan aguas ácidas, mientras que la disolución de óxidos, hidróxidos y minerales silicatados y carbonatos producen aguas alcalinas; concluyendo que la mineralogía es el factor que controla la formación de aguas ácidas de origen geogénico